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抗癌晶体蛋白Parasporin-2空间结构的研究 被引量:2
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作者 林毅 张同武 +1 位作者 陈智山 蔡福营 《激光生物学报》 CAS CSCD 2008年第2期181-185,171,共6页
通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化。为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示,所得的Parasporin-2空... 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化。为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示,所得的Parasporin-2空间模型良好。比较了Cry46Aa1与Cry46Ab1这两种高度同源的抗癌晶体蛋白的空间结构,找出了其空间结构上的不同之处。通过大分子对接程序Hex4.5,模拟了Parasporin-2与受体GPI-瞄固蛋白(CD59)的相互作用。结果显示,Parasporin-2中参与对接的活性位点位于两个α-螺旋下方的凹槽内,而CD59中的四个loop倾向于插入该凹槽内。研究结果为Parasporin-2的抗癌机制研究及其理性改造奠定了基础。 展开更多
关键词 抗癌晶体蛋白 同源建模 分子动力学模拟 大分子对接
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Insilico structural analysis of parasporin 2 protein sequences of non-toxic bacillus thuringiensis
2
作者 Ayyasamy Mahalakshmi Rajaiah Shenbagarathai 《Journal of Biomedical Science and Engineering》 2010年第4期415-421,共7页
The unusual and remarkable property of parasporin 2 of non-insecticidal Bacillus thuringiensis is specifically recognizing and selectively targeting human leukemic cell lines. The 37-kDa inactive nascent protein is pr... The unusual and remarkable property of parasporin 2 of non-insecticidal Bacillus thuringiensis is specifically recognizing and selectively targeting human leukemic cell lines. The 37-kDa inactive nascent protein is proteolytically cleaved to the 30-kDa active form that loses both the N-terminal and the C-terminal segments. Accumulated cytological and biochemical observations on parasporin-2 imply that the protein is a pore-forming toxin. To confirm the hypothesis, insilico analysis was performed using homology modeling. The resulting model of parasporin 2 protein is unusually elongated and mainly comprises long β-strands aligned with its long axis. It is similar to aerolysin-type β-pore-forming toxins, which strongly reinforce the pore-forming hypothesis. The molecule can be divided into three domains. Domain 1, comprising a small β-sheet sandwiched by short α-helices, is probably the target-binding module. Two other domains are both β-sandwiches and thought to be involved in oligomerization and pore formation. Domain 2 has a putative channel-forming β-hairpin characteristic of aerolysin-type toxins. The surface of the protein has an extensive track of exposed side chains of serine and threonine residues. The track might orient the molecule on the cell membrane when domain 1 binds to the target until oligomerization and pore formation are initiated. The β-hairpin has such a tight structure that it seems unlikely to reform as postulated in a recent model of pore formation developed for aerolysin-type toxins. Parasporin 2 (Accession no: BAD35170) protein sequence analysis indicated two different domains namely, aerolysin toxin and clostridium toxin domain based on different database searches (CDD and Pfam). It showed a close similarity with the available PDB template (PDB id: 2ZTB) of parasporin which has cytocidal activity against MOLT-4, HL60 and Jurkat cell lines. Based on the PSI Blast analysis, 3D structures of the domains were predicted by using Swiss model server. Accuracy of the prediction of 3D structure of different domains of parasporin protein was further validated by Ramachandran plot and PROCHECK (G-value). The structure is dominated by β-strands (67%, S1-12), most of which are remarkably extensive, running all or most of the longer axis of the molecule. This study helped to elucidate the 3D structure of parasporin 2 (Acc. No. BAD35170) which might enable to probe further its specific mechanism of action. Though the similarity is observed in the domain architecture, there is variation in the regions of the domains even among the same group of parasporin 2. Docking of this model structure and experimental structure with specific receptors of the cancer cells will facilitate to explore mechanism of parasporin 2 action and also provide information about its evolutionary relationship with toxic Cry proteins. 展开更多
关键词 parasporin HOMOLOGY Model NON-TOXIC BACILLUS THURINGIENSIS Cell LINES
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苏云金杆菌Ⅰ型抗癌晶体蛋白的分子模建
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作者 袁宇熹 张同武 +1 位作者 陈智山 林毅 《华侨大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2009年第4期420-424,共5页
通过同源建模,得到Ⅰ型抗癌晶体蛋白Parasporin-1的初始三维结构.经分子动力学方法优化后,利用Ramachandran Plot检测和结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示,结构模型中的键长、键角及二面角的分布合理,与模板蛋白的主链α碳原子的... 通过同源建模,得到Ⅰ型抗癌晶体蛋白Parasporin-1的初始三维结构.经分子动力学方法优化后,利用Ramachandran Plot检测和结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示,结构模型中的键长、键角及二面角的分布合理,与模板蛋白的主链α碳原子的均方根差值为0.537 592,在合理范围之内.此外,通过分析Paras-porin-1结构域Ⅰ中的-βloop-β结构片段,推测出第2个蛋白酶处理激活位点的位置在两个芳香族疏水性氨基酸F167与Y168之间. 展开更多
关键词 Ⅰ型抗癌晶体蛋白 同源建模 分子动力学模拟 蛋白酶 激活位点
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Ⅱ型抗癌晶体蛋白的芳香族氨基酸及其与抗肝癌活性间的关系 被引量:1
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作者 陈爱明 林毅 《华侨大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2012年第4期408-411,共4页
利用氨基酸序列比对,蛋白质间相互作用位点预测和蛋白质与蛋白质对接,研究Ⅱ型抗癌晶体蛋白的氨基酸组成与其抗肝癌活性之间关系.结果表明:Ⅱ型抗癌晶体蛋白分子上位点49,51,52,55~60,194和205~212的氨基酸残基,特别是芳香族氨基酸在... 利用氨基酸序列比对,蛋白质间相互作用位点预测和蛋白质与蛋白质对接,研究Ⅱ型抗癌晶体蛋白的氨基酸组成与其抗肝癌活性之间关系.结果表明:Ⅱ型抗癌晶体蛋白分子上位点49,51,52,55~60,194和205~212的氨基酸残基,特别是芳香族氨基酸在配体和受体蛋白质间的相互作用中起着重要作用;在Hex的蛋白质与蛋白质对接中,配体P11和P32与受体甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的结合能量最低,表明P11和P32更容易与GAPDH结合. 展开更多
关键词 Ⅱ型抗癌晶体蛋白 苏云金芽孢杆菌 芳香族氨基酸 分子对接 甘油醛-3-磷酸脱氢酶
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苏云金芽孢杆菌Ⅳ型抗癌晶体蛋白的分子模建
5
作者 何伟 张同武 林毅 《生物信息学》 2009年第4期320-322,325,共4页
通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-4的初始三维结构,利用分子动力学的方法对初始三维结构进行优化,同时分析了模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示得到的Parasporin-4结构是具... 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-4的初始三维结构,利用分子动力学的方法对初始三维结构进行优化,同时分析了模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示得到的Parasporin-4结构是具有三个结构域,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.547 742,在合理范围之内,表明Parasporin-4蛋白模型良好。研究结果为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供了结构信息。 展开更多
关键词 抗癌晶体蛋白 空间结构 同源建模 分子动力学模拟
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具有抗癌活性的伴孢晶体蛋白研究进展
6
作者 田凌 林毅 《现代农业科技》 2010年第9期27-28,30,共3页
伴孢晶体蛋白是苏云金芽孢杆菌等少数芽孢杆菌在形成芽孢的同时形成的碱溶性蛋白晶体,它对约200种昆虫尤其是鳞翅目的幼虫有杀伤作用,最近人们发现某些菌株的伴孢晶体蛋白存在抗癌活性。概述了伴孢晶体的一般性结构,着重对PS2(Paraspori... 伴孢晶体蛋白是苏云金芽孢杆菌等少数芽孢杆菌在形成芽孢的同时形成的碱溶性蛋白晶体,它对约200种昆虫尤其是鳞翅目的幼虫有杀伤作用,最近人们发现某些菌株的伴孢晶体蛋白存在抗癌活性。概述了伴孢晶体的一般性结构,着重对PS2(Parasporin-2)的抗癌的分子机制进行了深入地剖析,并就研究中存在的问题和发展趋势进行了讨论。 展开更多
关键词 苏云金芽胞杆菌 伴孢晶体 结构 功能 抗癌机理 存在问题
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Parasporal Proteins from Bacillus thuringiensis and Their Cytotoxicity on Human Cancer Cells
7
作者 WANG Lei LV Yuan +2 位作者 YI Yin-sha YI Shang-hui LI Lin 《Chinese Journal of Biomedical Engineering(English Edition)》 CSCD 2015年第1期17-27,共11页
Parasporins(PSs) represent a novel functional category of crystal proteins(Cry) produced by non-insecticidal Bacillus thuringiensis. A distinct feature for PSs is their specific cytotoxicity against human cancer cells... Parasporins(PSs) represent a novel functional category of crystal proteins(Cry) produced by non-insecticidal Bacillus thuringiensis. A distinct feature for PSs is their specific cytotoxicity against human cancer cells from diverse origins, other than hemolytic or insecticidal activity. As structurally/functionally Cry proteins, parasporins are expressed as protoxins that require protease cleavage for activation. Currently,identified PSs is classified into 6 groups: PS1, PS2, PS3, PS4, PS5 and PS6, which are heterogeneous in cytotoxic spectrum and activity level. Some PSs have been explored for their mode of anticancer activities, reports mainly include pore formation induced by binding to putative receptors on cell membrane and apoptosis by intracellular Ca2+concentration. Further work should focus on the identification of new PS or PS homologs and better understanding of their anticancer mechanism before possible application in cancer therapy. 展开更多
关键词 bacillus thuringiensis parasporins cytotoxic effect human cancer cells
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Ⅱ型抗癌晶体蛋白抗肝癌作用的关键芳香族氨基酸 被引量:1
8
作者 廖利民 林淑芳 +2 位作者 田凌 陈爱明 林毅 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期823-835,共13页
为探讨Ⅱ型抗癌晶体蛋白(Parasporin-2)上与抗肝癌作用相关的关键氨基酸,利用5-BU对Parasporin-2活性区编码DNA(P2Y)进行PCR诱变,之后在大肠杆菌中表达,产物纯化后经MTT法检测其对肝癌细胞系和正常肝细胞系的作用。获得的9个突变体其抗... 为探讨Ⅱ型抗癌晶体蛋白(Parasporin-2)上与抗肝癌作用相关的关键氨基酸,利用5-BU对Parasporin-2活性区编码DNA(P2Y)进行PCR诱变,之后在大肠杆菌中表达,产物纯化后经MTT法检测其对肝癌细胞系和正常肝细胞系的作用。获得的9个突变体其抗肝癌活性差异极大,其中P2M1和P2M8对两种肝癌细胞系SMMC7721和Bel7402均有较强的细胞毒杀作用而不影响正常肝细胞系Chang-liver。比较了P2M1、P2M8和P2Y的二级结构与三级结构,发现二级结构上的变化如β折叠变长或α螺旋增加影响着Ⅱ型抗癌晶体蛋白的抗肝癌活性。基于突变体间氨基酸序列比对、突变体与受体间分子对接以及模拟突变等研究的结果表明,位点52、56、58和208上的氨基酸残基特别是芳香族氨基酸在Parasporin-2与受体间的互作中可能起着重要作用。 展开更多
关键词 Ⅱ型抗癌晶体蛋白 突变体 抗肝癌 芳香族氨基酸
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苏云金杆菌Ⅲ型抗癌晶体蛋白的分子模建 被引量:1
9
作者 何伟 张同武 林毅 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期279-282,共4页
通过同源建模获得抗癌晶体蛋白Parasporin-3的初始三维结构,利用分子动力学方法优化之。分析模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法评价模型。结果显示Parasporin-3蛋白模型分子具有3个结构域,与经典的杀虫晶体蛋白... 通过同源建模获得抗癌晶体蛋白Parasporin-3的初始三维结构,利用分子动力学方法优化之。分析模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法评价模型。结果显示Parasporin-3蛋白模型分子具有3个结构域,与经典的杀虫晶体蛋白结构相似,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.486751,在合理范围之内,表明Parasporin-3蛋白模型良好。并对Ⅲ型抗癌晶体蛋白的两种蛋白的预测结构进行了比较。为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供信息。 展开更多
关键词 抗癌晶体蛋白 空间结构 同源建模 分子动力学模拟
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