中国野桑蚕mtDNA COⅡ-ATPase 6基因区域的序列测定及分析

对中国山东青州野桑蚕mtDNACOⅡ-ATPase6基因区域进行了序列测定与分析。结果表明在所测定的1.9kb左右的片段中,含有COⅠ基因的部分序列、tRNA-Leu基因、COⅡ基因、tRNA-Lys基因、tRNA-Asp基因、ATPase8基因、ATPase6基因和部分COⅢ基因,该片段的基因组织结构与其他家蚕/野桑蚕的基本一致,显示蚕类线粒体基因排列的保守性。COⅡ、ATPase8、ATPase6三个结构基因不同家蚕/野桑蚕之间的比对分析表明,它们在核苷酸水平、氨基酸水平的同源性很高。结构基因密码子与其他蚕类的相似;3个tRNA基因(tRNA-Leu、tRNA-Lys、tRNA-Asp)的碱基错配率高,TψC环缺乏相对保守的T-ψ-C-Pu-A序列,各臂的碱基配对数、各环碱基数目变化较大。以COⅡ、ATPase8、ATPase6基因的核苷酸序列进行家蚕/野桑蚕的分子进化分析表明,家蚕同中国野桑蚕的亲缘关系最近,是家蚕起源于中国野桑蚕的又一证据。

中国野桑蚕mtDNA中Cyt b基因的克隆及序列分析

通过PCR的方法,对中国青州野桑蚕mtDNA中Cytb基因及侧翼序列进行克隆和序列分析。所获得的序列长度为1761nt,含有完整的Cytb基因t、RNA-ser基因及ND6和ND1基因的部分序列。同源性分析显示,所测定的Cytb基因与中国安康野桑蚕、日本野桑蚕、中系夏芳家蚕、中系C-108家蚕、日系Aojuku家蚕和韩国Backokjam家蚕的Cytb基因具有很高的同源性;基于线粒体Cytb基因的核苷酸序列的分子系统进化分析显示,中国青州野桑蚕与家蚕的亲缘关系较近,表明家蚕可能起源于中国野桑蚕。

基于mtDNA ND1基因的家蚕进化分析

对中国青州野桑蚕mtDNA中ND1基因进行了克隆和序列分析。结果显示,野桑蚕ND1基因全长为933bp,编码310个氨基酸残基,A+T含量较高,达78.7%;同源性分析显示,不同来源的家蚕和野蚕ND1基因在核苷酸水平和氨基酸水平具有很高的相似性;以ND1基因的核苷酸序列及氨基酸残基序列进行了家蚕及野桑蚕的分子进化分析,进一步证明家蚕起源于中国野桑蚕。用mtDNA的ND1基因的核苷酸序列Blast家蚕的基因组序列,发现家蚕基因组中存在与ND1基因部分区域同源的序列,表明家蚕基因组中存在起源于线粒体的假基因。

中国沙皮犬mtDNA D-loop第一高变区多态性分析

对中国沙皮犬广东原产地种质群mtDNA的D-loop第一高变区扩增片段569bp进行了遗传多样性和分子进化分析.单倍型、NJ树和ML树等分析结果表明,85个中国沙皮犬个体享有21种单倍型,单倍型的多样度为0.936,发现中国的家犬品种(即中国沙皮犬)拥有E枝系中的单倍型,揭示了沙皮犬母系遗传背景的多态性和复杂性,从分子水平上证明了中国沙皮犬是一个古老的犬种.

大石鸡亚种分化及一新亚种描述(鸡形目,雉科)

通过地理分布、形态差异、分子进化证明了我国特有种大石鸡Alectorismagna分化为两个亚种 ,指名亚种A .magnamagna和兰州亚种新亚种A .magnalanzhouensissubsp .nov .。对新亚种与指名亚种的形态进行了比较。测新亚种 1 2个和指名亚种 7个样本的mtDNA控制区 4 86个碱基 ,两个亚种间无共享单倍型 ,其间基因交流受到限制 ;新亚种各取样种群间共享一种单倍型 ,说明它们来自共同祖先 ;新亚种序列变异 0 2 7% ,而指名亚种为0 91 % ,其间差异显著 (t=1 77,p =0 0 4 6 <0 0 5 ) ;两个亚种间的遗传距离为 0 0 1 0 3,约 5 0万年前它们分歧进化。

老挝家蚕线粒体cox3基因序列分析及分子进化研究初探

对老挝家蚕品种L11的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)cox3基因(cox3)进行PCR扩增、克隆和序列分析。结果表明,在测定的909bp的片段中,含有ATPase 6基因及tRNA-Gly基因的部分序列和cox3全序列。其中,cox3读码框包括789个核苷酸,编码262个氨基酸。L11 cox3和已经公布的家蚕(中国家蚕品种夏芳、日本家蚕Aojuku、韩国家蚕Backojam)mtDNAcox3基因完全一致,但与日本野桑蚕、中国野桑蚕的氨基酸同源性分别为99%和98%。

鱼类线粒体DNA研究新进展

线粒体DNA是分子生物学研究中的一个热门领域 ,已成为鱼类进化生物学和群体遗传学研究的重要分子遗传标记。本文对鱼类线粒体DNA分子生物学的最新研究进展进行了较详细的阐述 ,重点介绍鱼类线粒体DNA全序列的研究进展、组成及特征 ,鱼类线粒体DNA非编码区结构研究进展 ,鱼类线粒体DNA多态性及其主要的检测方法 ;综述了最近有关鱼类线粒体DNA在鱼类系统学、种间杂交渐渗、种群识别、起源和进化、地理分化等研究中的应用情况。

雀形目10种鸟类线粒体的DNA变异及分子进化

采用 14种限制性内切酶 (ApaⅠ、BamHⅠ、BglⅡ、EcoRI、EcoRⅤ、HindⅢ、HpaⅠ、KpnⅠ、PstⅠ、PvuⅡ、SalⅠ、ScaⅠ、XbaⅠ和XhoⅠ )对雀形目 3科 10种鸟类 (蒙古百灵、喜鹊、小嘴乌鸦、白腰朱顶雀、锡嘴雀、朱雀、红腹灰雀、灰腹灰雀、红交嘴雀和黄喉 )进行限制性片段长度多态分析 (RFLP分析 )。结果表明 :雀形目鸟类基因组大小存在遗传多态性 ,不同类群在酶切类型上表现出各自的特点 ,雀形目鸟类与非雀形目鸟类在线粒体DNA的进化速率有着相同的特点 ,化石记录的地质年代与线粒体DNA分子时钟记录的年代有着惊人的吻合 ,这两个互为独立事件的统一 ,提示线粒体DNA作为分子进化的良好工具。

暗纹东方鲀线粒体COI及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆了暗纹东方鲀COI基因1 546 bp及其5′端上游的tRNATyr基因和3′端下游的tRNASer基因序列共1 766 bp。用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中10个目14种鱼类的COI序列进行比较分析,显示暗纹东方鲀与这些鱼类的COI基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方鲀的同源性最高为97.6%,与同目不同科的矛尾翻车鲀和翻车鲀的同源性为76.5%和75.4%。根据暗纹东方鲀与其他1 314种鱼的COI基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。推定的这两种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构。

暗纹东方鲀线粒体COIII克隆及序列分析

克隆并测定了暗纹东方鲀线粒体基因组(m tDNA)含完整的细胞色素氧化酶亚基Ⅲ(CO III)及其下游70 bp的tRNAG ly序列。CO III基因编码框包含786个核苷酸,编码262个氨基酸的蛋白质。鱼类CO III的序列组成对A+T核苷酸的偏倚程度比较低。通过暗纹东方鲀与GenBank中8个目12种鱼类的CO III序列同源性比较,显示暗纹东方鲀与这些鱼类的CO III基因具有较高的同源性。根据暗纹东方鲀与鲀目其他5种鱼的CO III基因序列所建立的进化树,与传统的分类地位相吻合。推定的tR-NA的二级结构具有典型的三叶草型结构。根据CO III序列构建的分子进化树分析,认为在采用线粒体基因序列进行分子进化分析时,应综合考虑物种遗传变异的特点。

雉科四种鸟类线粒体DNAR的分子进化

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法分析了4种雉科(Phasianidae)鸟类的线粒体DNA(mtD-NA)控制区基因(D-loop)415bp基因序列.4种鸟类遗传距离在5.90％-23.67％.变异位点数为116个.大石鸡和石鸡的遗传距离为5.90％,二者分歧时间大约是290万年.斑翅山鹑与环颈雉遗传距离为21.06％,分歧时间为1000万年,山鹑属与雉属的遗传距离为21.06％,与石鸡属的遗传距离为22.41％;雉属与石鸡属的遗传距离为22.85％.三者分歧时间在1000-1150万年间,与化石材料相符.在系统树中斑翅山鹑与环颈雉属同一枝,说明1)在雉科系统发生中,雉属与山鹑属是近缘属或2)环颈雉与斑翅山鹑的分化较晚,关系密切,也与Randi得出的斑翅山鹑称为小雉的结论相吻合.