2018-2020年赤道几内亚Bioko岛恶性疟原虫青蒿素耐药相关基因Pfubp1和Pfap2mu的单核苷酸多态性分析

目的了解赤道几内亚Bioko岛恶性疟原虫分离株青蒿素耐药相关基因Pfubp1和Pfap2mu的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)流行情况,为该地区疟疾防治方案的制定提供基线数据。方法采集2018—2020年赤道几内亚Bioko岛恶性疟患者临床血样184份,提取血样中恶性疟原虫基因组DNA。采用巢式PCR技术和Sanger测序法检测恶性疟原虫Pfubp1和Pfap2mu基因,并对基因序列进行比对分析。结果赤道几内亚Bioko岛分离株恶性疟原虫Pfubp1基因中,无突变虫株占88.83%(159/179)。20株突变虫株(11.17%,20/179)共分离出6个不同SNPs,该6个SNPs有4个非同义突变,分别为E1516G、K1520E、D1525E、E1528D;95.00%(19/20)的突变分离株中仅有1个基因突变位点,其中非同义突变占68.42%(13/19)。与以青蒿素为基础的联合疗法(artemisinin⁃based combination therapies,ACTs)耐药相关的Pfubp1基因中,D1525E和E1528D为已知主要流行突变位点;在第1525位点氨基酸,野生型虫株占99.44%(178/179)、突变型虫株占0.56%(1/179),该突变位点仅在2018年采集的样本中发现;在第1528位点,野生型虫株占93.30%(167/179)、突变型虫株占6.70%(12/179)。在Pfap2mu基因3个区域(Pfap2mu⁃inner1、Pfap2mu⁃inner2、Pfap2mu⁃inner3)的目标扩增片段中,野生型虫株所占比例分别为95.72%(134/140)、79.25%(126/159)和95.83%(161/168);在所有测序成功的样本中筛出16个不同SNPs,共有7个非同义突变,分别为S160N、K199T、A475V、S508G、I511M、L595F、Y603H;43株突变分离株中,有1个以上突变位点的占16.28%(7/43),其中非同义突变占28.57%(2/7)。与ACTs相关的已知延迟清除位点为S160N,野生型虫株占89.94%(143/159)、突变型虫株占10.06%(16/159)。结论赤道几内亚Bioko岛恶性疟原虫Pfubp1和Pfap2mu基因均发生不同水平突变,Pfubp1基因突变型比例低、Pfap2mu基因突变型比例较高,本研究还发现了Pfubp1 E1504E、K1520E和Pfap2mu A475V、S508G等新位点。