Phrap算法在DNA序列拼接中的应用与改进

介绍DNA序列拼接的背景与意义,详细介绍和分析Phrap算法在DNA序列拼接中的应用,并针对DNA序列拼接算法提出改进。

生物序列拼接及其算法

生物序列拼接是鸟枪法(shotgun)测序中的一个重要环节.主要介绍了生物序列拼接及其研究中所涉及的一些基本问题,概述了两类主要的生物序列拼接算法,分析了其各自的特点,并对其进行了比较.

基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用

基于unix/linux操作系统和mysql数据库 ,利用phred/phrap ,stackpack ,blast软件 ,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析。它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化 ,去除载体污染和重复序列 ,序列聚类 ,拼接 ,分析可变剪切 ,数据库搜索进行相似性分析。该系统可以加速大规模EST测序的分析速度。

基于EST数据的水稻基因表达大规模初步分析

EST序列代表了组织基因表达的转录信号,本研究尝试开发简单高效的大规模EST分析方法,从NCBI下载水稻(Oryza sativa)的所有EST序列并进行分析以获取水稻发育过程基因表达的重要信息。通过进行blast比对和phrap拼接分析,及利用Unix文本过滤方法,从EST序列拼接获得了3万多个重叠群序列。进一步将重叠群序列与NCBI核酸数据库进行比对获得了各个序列的注释信息。从重叠群的组织表达初步挖掘中发现花药的表达数量最多,为下一步探讨水稻发育器官特异表达基因调控打下了重要基础。

基于PC/Linux的核酸序列分析系统的构建及其应用

基于PC机和Linux操作系统 ,利用Phred/Phrap/Consed软件和Blast软件 ,构建了核酸序列大规模自动分析系统 .该套系统可自动完成从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列去除、序列自动拼接、重复序列鉴定以及序列的相似性分析 ,可加速对大规模测序数据的分析和利用 .

基于测序软件进行生物信息学中数据分析

概述了生物信息学中的一些研究方向及分析方法,介绍了用于大规模DNA测序的分析软件系统——Phred/Phrap/Consed。通过利用Phred/Phrap/Consed等各种分析软件,时基因组学、蛋白质组学和基因芯片研究中巨量原始实验数据进行分析、处理,使之成为具有明确生物学意义的生物信息。