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Identification, Genetic Analysis and Mapping of Resistance to Phytophthora sojae of Pm28 in Soybean 被引量:14
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作者 WU Xiao-ling ZHANG Bao-qiang +5 位作者 SUN Shi ZHAO Jin-ming YANG Feng GUO Na GAI Jun-yi XING Han 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2011年第10期1506-1511,共6页
Phytophthora sojae Kanfman and Gerdemann (P. sojae) is one of the most prevalent pathogens and causes Phytophthora root rot, which limits soybean production worldwide. Development of resistant cultivars is a cost-ef... Phytophthora sojae Kanfman and Gerdemann (P. sojae) is one of the most prevalent pathogens and causes Phytophthora root rot, which limits soybean production worldwide. Development of resistant cultivars is a cost-effective approach to controlling this disease. In this study, 127 soybean germplasm were evaluated for their responses to Phytophthora sojae strain Pm28 using the hypocotyl inoculation technique, and 49 were found resistant to the strain. The hypocotyl of P1, P2, F1, and F2:3 of two crosses of Ludou 4 (resistant)×Youchu 4 (susceptible) and Cangdou 5 (resistant)×Williams (susceptible) were inoculated with Pm28, and were used to analyze the inheritance of resistance. The population derived from the cross of Ludou 4×Youchu 4 was used to map the resistance gene (designated as Rps9) to a linkage group. 932 pairs of SSR primers were used to detect polymorphism, and seven SSR markers were mapped near the resistance gene. The results showed that the resistance to Pm28 in Ludou 4 and Cangdou 5 was controlled by a single dominant gene Rps9, which was located on the molecular linkage group N between the SSR markers Satt631 (7.5 cM) and Sat_186 (4.3 cM). 展开更多
关键词 phytophthora sojae resistance identification genetic analysis resistance gene ssr marker
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基于SSR分子标记的面包果资源遗传多样性分析 被引量:1
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作者 伍宝朵 高效梅 +3 位作者 胡丽松 谭乐和 闫林 吴刚 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第7期1383-1391,共9页
面包果被认为是最有潜力解决热带饥荒的粮食作物,具有较高的经济价值。我国面包果资源引种于多个国家,来源较丰富,目前未对其进行系统的分类和遗传多样性分析。为明确面包果资源间遗传距离,揭示其亲缘关系,本研究从75对SSR标记中筛选出3... 面包果被认为是最有潜力解决热带饥荒的粮食作物,具有较高的经济价值。我国面包果资源引种于多个国家,来源较丰富,目前未对其进行系统的分类和遗传多样性分析。为明确面包果资源间遗传距离,揭示其亲缘关系,本研究从75对SSR标记中筛选出33对扩增条带清晰、多态性高、稳定性好的标记,用于面包果资源的遗传多样性分析。对面包果资源进行PCR扩增,使用8%变性聚丙烯酰胺凝胶检测PCR扩增产物,利用NTSYS软件进行遗传多样性相关分析。结果表明:33个SSR标记的扩增条带多态性比率为94.57%,共检测出199个多态性位点,平均每个标记检测出6.030个;SSR标记的PIC值在0.623~0.940之间,平均为0.865;面包果资源间遗传相似系数在0.517~0.951之间,平均遗传相似系数为0.685,且硬面包果Ⅰ型ZZP资源内个体间差异最大,平均遗传相似系数为0.626,无核型面包果XYS1-3资源内个体间差异最小,平均遗传相似系数为0.723;遗传相似系数为0.713时,将30份面包果资源聚成5类,XBL(Artocarpus odoratissimus)和园林栽培硬面包果Ⅰ型种质(ZZP、LX、STH、HJ5)聚为一类,无核型面包果(SLLK、XYS2、XYS3、XYS5、XYS6、YN)聚为一类,硬面包果Ⅱ型(SLM2、YDNXY1、G1、G2)聚为一类,硬面包果Ⅱ型(W1、W3、SMY、8-4、8-3、5-5、5-6)聚为一类;三维图能较好地将XBL和园林栽培硬面包果Ⅰ型与食用价值较大的无核型面包果和硬面包果Ⅱ型区分开。依据聚类分组情况,可推测XYS2、XYS3、XYS5和XYS6可能引种于越南,XYS1-3、YBG和XYS1可能引种于印度尼西亚,FJ可能是无核型面包果。该研究阐明了30份面包果资源间的亲缘关系,为面包果品种选育、鉴别提供理论依据。 展开更多
关键词 面包果 种质资源 ssr分子标记 亲缘关系 遗传多样性
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基于SSR标记的江南牡丹品种群遗传多样性及亲缘关系 被引量:3
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作者 张旻桓 姚奕平 +6 位作者 黄宇 金晓玲 叶烨 邢文 雍玉冰 张雨朦 黄承前 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期164-172,共9页
【目的】揭示江南牡丹可能的起源,为江南牡丹种质资源的遗传背景明晰和种质创新利用提供依据。【方法】利用筛选的14对SSR引物对47份资源376份样品进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】14对引物共检测平均等位基因的变化区间为1.500~... 【目的】揭示江南牡丹可能的起源,为江南牡丹种质资源的遗传背景明晰和种质创新利用提供依据。【方法】利用筛选的14对SSR引物对47份资源376份样品进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】14对引物共检测平均等位基因的变化区间为1.500~2.786,总体的平均等位基因为1.797,观测杂合度(Ho)变化区间为0.371~0.786,期望杂合度(He)的变化区间为0.250~0.510,平均值分别为0.320和0.560,观测杂合度(Ho)的平均值大于期望杂合度(He)。固定指数(F)的变化区间为-1.000~0.011,平均值为-0.805。等位基因丰富度(Ar)的最大值为2.79(‘香丹’),最小值为1.5,平均值为1.769,基本上为江南牡丹的传统品种。江南牡丹品种中来源于湖南牡丹的品种相对其他来源的品种具有较高的遗传多样性。江南牡丹大部分传统品种与卵叶牡丹显示了较近的关缘关系,其中‘四旋’‘玫红’‘轻罗’‘川红’有很近的遗传距离,整体来讲是一个较为独立的群体。‘凤丹’‘香丹’与杨山牡丹和紫斑牡丹显示了较近的亲缘关系。‘雪源红’和‘香玉’与大部分中原牡丹聚为一类,推测为早年引种至江南地区的中原牡丹品种。【结论】肉质花盘亚组可能没有参与江南栽培牡丹的起源,江南牡丹大部分传统品种有杨山牡丹、卵叶牡丹、紫斑牡丹、矮牡丹和四川牡丹的基因,这些种共同形成了江南牡丹品种群。 展开更多
关键词 牡丹 遗传多样性 亲缘关系 ssr 分子标记
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基于SSR标记的55份清远野生茶树种质资源遗传多样性和亲缘关系分析 被引量:2
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作者 穆小婷 廖侦成 +4 位作者 凌彩金 郑溪 林建勇 何建平 江丽冰 《中国茶叶》 2023年第2期36-43,共8页
遗传多样性分析是开展茶树种质资源聚类、茶树品种筛选和产品开发的重要基础,利用SSR分子标记技术从DNA水平首次对清远全市8个县(市、区)的55份本土野生茶树资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析评估。16对SSR引物共扩增出189个等位基... 遗传多样性分析是开展茶树种质资源聚类、茶树品种筛选和产品开发的重要基础,利用SSR分子标记技术从DNA水平首次对清远全市8个县(市、区)的55份本土野生茶树资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析评估。16对SSR引物共扩增出189个等位基因,每对引物为3~20个,平均11.8125个;多态信息含量(PIC)在0.3055~0.9042之间,平均值为0.6987;观测杂合度(Ho)在0.0566~0.8364之间,平均值为0.5391;期望杂合度(He)在0.0918~0.9195之间,平均值为0.7238;Shannon多样性指数(I)在0.2218~2.6356之间,平均值为1.7968;按遗传距离0.53为阈值可将参试的55份资源分为7个类群。研究认为清远野生茶树资源间的遗传差异较大、遗传基础较宽,具有比较丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 ssr标记 遗传多样性 亲缘关系 清远市 茶树
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DNA Sequence-Based Markers for Verification of Ramet-to-Ortet Relationship in Oil Palm (<i>Elaeis guineensis</i>Jacq.)
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作者 Claude Bakoumé Mohamad Y. Aziah +7 位作者 Tangaya Praveena Chee Keng Teh Yahya Suzaini Musa Hamidah Mohamad S. Jangi Mohd N. Basiran Hashim Khairudin Kulaveersingam Harikrishna 《American Journal of Plant Sciences》 2011年第4期539-548,共10页
Since oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) does not breed true, tissue culture-derived material is the resource of choice for achieving oil palm homogeneity in terms of growth and yield. Currently, no genomic tagging me... Since oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) does not breed true, tissue culture-derived material is the resource of choice for achieving oil palm homogeneity in terms of growth and yield. Currently, no genomic tagging method is available with which one could verify the ortet (tissue donor oil palm) from which the clonal planting material (ramets) origi-nated, particularly in cases of unsatisfactory performance. Thus, Sime Darby Plantation used 10 genomic microsatellite markers to genotype 8 sets of 5 ramets +1 ortet and 2 single ortets. The average genetic distance (D) among oil palms from the same set of ramets and ortet was 0.0000 with the exception of sets containing off-type ramets (D = [0.0834 - 0.1505]). The dendrogram showed that the ramets and their ortet of origin formed a sub-cluster, confirming their simi-larity. The 10 microsatellite markers were valuable to Sime Darby as tools for verification of ramet-to-ortet relation-ships and for the identification of off-types. Furthermore, the set of 10 markers revealed a high expected heterozygosity (He = 0.634) that is a high expected heterosis effect on which yield depends. 展开更多
关键词 Tissue Culture Ramet-to-Ortet relationship off-Type RAMET genetic diversity ssr markerS Sime Darby Plantation
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基于SSR分子标记的41份茶树种质资源遗传多样性及亲缘关系分析
6
作者 蔡一鸣 蒋双丰 +4 位作者 毛光志 李梦笛 刁海龙 吴鹏飞 李俊玲 《中国农学通报》 2023年第30期54-60,共7页
为了对豫南茶树种质资源进行初步鉴定和评价,以豫南茶树种质资源圃内41份无性系品种为材料,利用SSR分子标记技术进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明:从33对引物中筛选出26对扩增较好的引物,26对引物共扩增出102条谱带,平均每对引... 为了对豫南茶树种质资源进行初步鉴定和评价,以豫南茶树种质资源圃内41份无性系品种为材料,利用SSR分子标记技术进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明:从33对引物中筛选出26对扩增较好的引物,26对引物共扩增出102条谱带,平均每对引物扩增条带4条,最少为2条,最多为7条,检测的平均观测等位基因数2个,平均有效等位基因数1.8664个,平均Nei’s遗传多样性0.4626,平均Shannon信息指数0.6550,引物多态信息量最大值0.80,最小值0.23,平均值0.62。聚类分析结果显示,在相似系数为0.5处,将41份材料分为4大类群,地理来源和遗传背景相近的大都聚在一起,供试品种的遗传距离为0.08~1.87,说明资源圃内品种间遗传基础较宽。 展开更多
关键词 茶树 豫南 种质资源圃 遗传多样性 亲缘关系 ssr标记
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利用SRAP与SSR标记分析不同类型甜菜的遗传多样性 被引量:68
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作者 王华忠 吴则东 +1 位作者 王晓武 方智远 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期37-46,共10页
为选育优质甜菜新品种,指导种质资源引进和利用,为进行分子标记辅助选择育种提供科学依据,采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对甜菜单胚雄性不育系及保持系等49份材料进行遗传多样性分析。利用4个表型差异显著的甜菜品系对SRAP的64... 为选育优质甜菜新品种,指导种质资源引进和利用,为进行分子标记辅助选择育种提供科学依据,采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对甜菜单胚雄性不育系及保持系等49份材料进行遗传多样性分析。利用4个表型差异显著的甜菜品系对SRAP的64对引物组合及SSR的11对引物组合进行扩增,分别筛选出有效引物组合11对和9对。SRAP的11对引物组合共产生199条扩增带,其中有86条多态性带,多态性带的比率平均为43.7%。SSR的9对引物共产生35条扩增带,多态性比率为100%。全部材料的平均遗传距离为0.3860,平均遗传相似系数为0.6795,大约30%的材料遗传距离或遗传相似系数具显著或极显著差异。遗传相似系数平均值比较,多胚四倍体品系0.7264>单胚杂交组合0.7243>国外品种0.7060>多胚二倍体品系0.6908>单胚品系0.6837。在遗传距离0.20处,将49个甜菜材料划分为A、B、C、D4个类群,D类群又分为4个亚类,较好地显示了甜菜材料丰富的遗传多样性。表明不同甜菜品种具有相当高的异质性,国外与国内材料的遗传基础存在一定差异,但生产应用的甜菜品种间存在亲缘关系较近、遗传基础较窄的倾向。 展开更多
关键词 甜菜 ssr标记 SRAP标记 遗传多样性 亲缘关系
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基于SSR分子标记分析云南月季种质资源亲缘关系(英文) 被引量:19
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作者 邱显钦 张颢 +2 位作者 李树发 蹇洪英 唐开学 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期1764-1771,共8页
利用简单重复序列SSR(simple sequence repeat)标记技术对48份月季种质资源(包括14份野生种、20份古老月季品种和14份栽培品种)的遗传多样性和亲缘关系进行了分析。结果表明,(1)18对SSR引物在18个SSR位点上共检测到160个等位基因... 利用简单重复序列SSR(simple sequence repeat)标记技术对48份月季种质资源(包括14份野生种、20份古老月季品种和14份栽培品种)的遗传多样性和亲缘关系进行了分析。结果表明,(1)18对SSR引物在18个SSR位点上共检测到160个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6-13个,平均8.9个,材料间遗传相似系数变化范围为0.157 8-0.754 9,表明在分子水平上云南月季种质资源具有丰富的遗传多样性。(2)聚类分析结果显示,在相似系数为0.44处,可将14个野生种明显分为6个组,这与植物形态学分类结果上基本一致;在遗传相似系数为0.40水平上将48份供试材料分为八大组群。(3)亲缘关系分析结果显示,5个野生种和所有古老月季品种与大多数栽培品种的亲缘关系较近。 展开更多
关键词 月季 ssr分子标记 起源 遗传多样性 亲缘关系
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四川小麦地方品种和主栽品种SSR多态性比较研究 被引量:28
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作者 魏育明 郑有良 +4 位作者 周永红 刘登才 兰秀锦 颜泽洪 张志清 《四川农业大学学报》 CSCD 2001年第2期117-121,共5页
利用 2 4个SSR标记对 8份四川小麦地方品种和 8份主栽品种的遗传多样性进行比较研究。结果表明 ,在 2 4个SSR标记位点上共检测到 75个等位变异 ,每一位点检测到的等位变异数目为 1到 6个 ,平均 3 1个 ;其中 2 1个SSR位点 (87 5 % )能够... 利用 2 4个SSR标记对 8份四川小麦地方品种和 8份主栽品种的遗传多样性进行比较研究。结果表明 ,在 2 4个SSR标记位点上共检测到 75个等位变异 ,每一位点检测到的等位变异数目为 1到 6个 ,平均 3 1个 ;其中 2 1个SSR位点 (87 5 % )能够揭示材料间的多态性。根据SSR标记数据计算四川小麦品种间的遗传相似系数 ,其变化范围为 0 5 44到 0 892 ,平均值为 0 6 99。从群体间的遗传相似系数来看 ,四川小麦地方品种群体内的遗传多样性较低 ,而主栽小麦品种群体内的遗传多样性相对较高。从UPGMA聚类关系来看 ,四川小麦地方品种间的亲缘关系较近 ,首先聚在一起 ;其中“中国春”与“成都光头”间的亲缘关系最近 ,进一步证实“中国春”是“成都光头” 展开更多
关键词 小麦 ssr标记 遗传多样性 遗传关系
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北京地区野生大豆种群SSR标记的遗传多样性评价 被引量:29
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作者 严茂粉 李向华 王克晶 《植物生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期938-950,共13页
使用40对SSR引物分析了北京地区野生大豆(Glycine soja)天然种群的遗传结构与遗传多样性。10个种群共检测到526个等位变异,平均每对引物等位基因数为13.15个,种群平均Shannon指数(I)为0.658,群体平均位点预期杂合度(He)为0.369,群体平... 使用40对SSR引物分析了北京地区野生大豆(Glycine soja)天然种群的遗传结构与遗传多样性。10个种群共检测到526个等位变异,平均每对引物等位基因数为13.15个,种群平均Shannon指数(I)为0.658,群体平均位点预期杂合度(He)为0.369,群体平均位点杂合度(Ho)为1.29%。平均种群内遗传多样度(Hs)为0.362,平均种群间遗传多样度(DST)为0.446,基因分化程度(GST)为0.544。该研究显示,中-西部生态区种群比北部和东部山区种群有较高的遗传多样性。在地理上,环绕北京地区的太行山和燕山两大余脉区域野生大豆种群遗传分化表现出地理差异。可能是经过干旱选择而形成的有抗旱潜力的种群在遗传上表现单一化。期待该种群提供耐旱基因。 展开更多
关键词 野生大豆 遗传多样性 ssr分子标记 北京
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基于SSR标记的四川大豆与引进大豆资源遗传多样性和群体结构分析 被引量:10
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作者 钟文娟 袁灿 +4 位作者 周永航 龚一耘 戢沛城 杨泽湖 牟方生 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期657-668,共12页
利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析。53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为... 利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析。53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为2~6个,平均每个位点的等位基因为3个,有效等位基因数Nei为1.474 4±0.237 5,多态性信息含量PIC为0.305 0±0.105 6;Shannon-Weaver指数值为0.476 2±0.124 9。这些参数显示了190份大豆资源异质程度不是很高,遗传多样性丰富程度一般,总体遗传多样性处于中等水平。UPGMA聚类分析结果显示190份大豆资源(群体1:P1)被分为3个大类,且四川审定大豆品种与野生大豆资源、国外引进资源亲缘关系较远,随后将四川审定大豆品种31份、国外资源13份和野生大豆资源8份共52份材料(群体2:P2)单独进行聚类分析,52份材料也被分成3个大类。群体1和群体2分别在K=3,K=2时得到合理群体结构。群体1的3个亚群分别是:亚群I由地域来源丰富的78份材料组成,不包含野生大豆资源;亚群II 59份材料中含7份野生大豆资源;亚群III 53份材料只包括1份野生大豆资源zy05292。群体2分成两个亚群:亚群Ⅰ26份材料中含24份四川审定大豆品种和2份国外资源;亚群II包含了6份审定大豆品种。供试的190份大豆资源蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性。群体结构不能严格地按照地域、来源国家的划分而区分,这一现象显示了大豆资源存在着广泛的基因交流。从分析结果来看,四川大豆资源的种质创新可以充分地利用国外引进资源与直立型野生大豆资源,进而丰富四川大豆的基因多样性。 展开更多
关键词 四川大豆 野生大豆 ssr标记 遗传多样性 群体结构
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38份晾晒烟种质资源遗传关系的SSR分析 被引量:20
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作者 张雪廷 童治军 +2 位作者 焦芳婵 肖炳光 曾千春 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期653-658,678,共7页
从自主开发的近3000对烟草SSR引物中随机选出30对SSR引物,对38份晾晒烟种质资源的遗传关系进行了分析。在38份供试材料中共检测出173个等位基因,每对SSR引物可检测到的等位基因数为2~11个,平均为5.77个;遗传相似系数(GS)的变化范围为0.... 从自主开发的近3000对烟草SSR引物中随机选出30对SSR引物,对38份晾晒烟种质资源的遗传关系进行了分析。在38份供试材料中共检测出173个等位基因,每对SSR引物可检测到的等位基因数为2~11个,平均为5.77个;遗传相似系数(GS)的变化范围为0.140~0.928,平均为0.534。表明38份晾晒烟的遗传多样性丰富,遗传差异较大,亲缘关系较远。聚类分析表明,在L1(GS=0.165)处可将38个品种分为2个类群,即晾晒烟类群和美国从烟草起源地收集的烟草(TI,tobaccoinstruction)类群;晾晒烟类群又可进一步分为4个亚类,其聚类结果与所期望的结果基本一致。表明SSR是一种有效、稳定和可靠的分子标记,能较好地从分子水平上揭示晾晒烟种质资源的遗传背景和亲缘关系。 展开更多
关键词 晾晒烟 ssr标记 遗传多样性 亲缘关系
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中国小麦地方品种的SSR遗传多样性分析 被引量:8
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作者 张玲丽 孙道杰 +2 位作者 冯毅 王辉 宋喜悦 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2010年第7期85-90,97,共7页
【目的】揭示我国主要麦区小麦地方品种的遗传多样性。【方法】选用分布于小麦各染色体臂上的42对SSR引物,对我国10个麦区81个小麦地方品种的遗传变异情况进行分析。【结果】共检测到316个等位变异,单个引物扩增的等位变异为1~17个,平... 【目的】揭示我国主要麦区小麦地方品种的遗传多样性。【方法】选用分布于小麦各染色体臂上的42对SSR引物,对我国10个麦区81个小麦地方品种的遗传变异情况进行分析。【结果】共检测到316个等位变异,单个引物扩增的等位变异为1~17个,平均为7.5个。参试小麦地方品种的多态信息含量PIC值为0~0.90,平均为0.63。平均等位变异数A基因组>D基因组>B基因组,平均PIC值各基因组间差异不大。遗传多样性最丰富的麦区是黄淮冬麦区和西南冬麦区。聚类分析结果表明,来自同一生态区的全部材料没有完全聚在一起,但冬麦区和春麦区材料间差异较明显。【结论】我国小麦地方品种具有较高的遗传变异,不同麦区间遗传多样性差异较大。 展开更多
关键词 小麦地方品种 遗传多样性 遗传关系 ssr标记
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中国东北野生大豆SSR遗传多样性及亲缘关系分析 被引量:8
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作者 魏苗 李建东 +3 位作者 燕雪飞 王国骄 胡翼宁 田凤芝 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期388-392,396,共6页
利用60对SSR引物对东北52份野生大豆资源进行遗传多样性分析。结果表明:①其中40对SSR引物扩增出408个等位变异,平均每个位点等位变异10.2个,Shannon-Weaver指数变化范围为1.2203~2.6392,平均为2.0560,东北野生大豆具有较丰富的遗传变... 利用60对SSR引物对东北52份野生大豆资源进行遗传多样性分析。结果表明:①其中40对SSR引物扩增出408个等位变异,平均每个位点等位变异10.2个,Shannon-Weaver指数变化范围为1.2203~2.6392,平均为2.0560,东北野生大豆具有较丰富的遗传变异;②41~43°N×124~126°E区的野生大豆资源分布广、遗传多样性丰富,推测处于该经纬区间的辽河平原为东北野生大豆的初生遗传多样性中心;39~41°N×120~122°E区的野生大豆遗传多样性指数较高,但搜集的资源仅有4份,推测处于该经纬区间的辽东丘陵区可能为东北野生大豆的次生多样性中心。证明东北野生大豆形成了不均衡的2个多样性中心;③基于SSR数据,把52份野生大豆材料共聚为6大类,聚类结果与野生大豆材料地理分布具有一定的相关性。 展开更多
关键词 野生大豆 微卫星 遗传多样性 亲缘关系
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基于SSR标记的8个山荆子居群遗传多样性和遗传关系分析 被引量:14
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作者 王雷宏 郑玉红 汤庚国 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期42-46,共5页
采用10对SSR引物对8个山荆子〔Malus baccata(L.)Borkh.〕居群140个单株的基因组总DNA进行PCR扩增,并据此对8个居群的遗传多样性和遗传关系进行了分析。结果表明:用10对SSR引物共扩增出91条带,多态性条带百分率达100.00%。8个居群的遗... 采用10对SSR引物对8个山荆子〔Malus baccata(L.)Borkh.〕居群140个单株的基因组总DNA进行PCR扩增,并据此对8个居群的遗传多样性和遗传关系进行了分析。结果表明:用10对SSR引物共扩增出91条带,多态性条带百分率达100.00%。8个居群的遗传多样性参数差异较大,有效等位基因数为1.437 9~1.535 0,Nei’s基因多样性指数为0.256 0~0.309 2,Shannon信息指数为0.376 7~0.459 2,多态性条带百分率为64.84%~85.71%。居群间的有效等位基因数为1.616 9,Nei’s基因多样性指数为0.355 1,Shannon信息指数为0.528 5,均明显高于居群内;8个居群间的基因流为1.739 5,基因分化系数为0.223 3,显示居群间的基因交换较多。UPGMA聚类分析结果表明:在Nei’s遗传距离0.148 6处,8个居群被分为3组,河北塞罕坝居群单独为一组,山西五台山居群和北京东灵山居群为一组,其余5个居群为一组。据此推测:山荆子起源于中国华北和东北地区,山西灵空山、黑龙江小兴安岭、吉林长白山和山西中条山居群可能是其遗传多样性的核心居群。 展开更多
关键词 山荆子 居群 遗传多样性 遗传关系 ssr标记 聚类分析
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用SSR标记分析抗疫霉根腐病大豆品种(系)的遗传多样性 被引量:5
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作者 杜青 朱振东 +2 位作者 肖炎农 王晓鸣 武小菲 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2007年第3期253-260,共8页
利用50对SSR引物对抗疫霉根腐病大豆品种(系)进行遗传多样性分析。在166份品种(系)中,50个SSR座位共产生265个等位变异,平均每个座位5.3个。采用NTSYS-pc2.10计算品种(系)间遗传相似系数,平均相似系数为0.3124,表明抗疫霉根腐病大豆品种... 利用50对SSR引物对抗疫霉根腐病大豆品种(系)进行遗传多样性分析。在166份品种(系)中,50个SSR座位共产生265个等位变异,平均每个座位5.3个。采用NTSYS-pc2.10计算品种(系)间遗传相似系数,平均相似系数为0.3124,表明抗疫霉根腐病大豆品种(系)间的遗传差异较大。用UPMGA进行聚类分析,166个品种(系)在相似系数为0.33时被聚为6类,地理来源相同的品种(系)大多聚类在一起。一些具有相同或相近抗病反应型的品种(系)被聚类在同一个类群中,表明这些抗病品种(系)的遗传关系较近,应有选择地利用。W illiam s和C lark抗疫霉根腐病近等基因系构成明显不同于中国大豆的基因源,可以用于拓宽我国大豆品种的遗传基础。 展开更多
关键词 大豆 疫霉根腐病 抗性 ssr标记 遗传多样性
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兰属植物EST-SSR标记开发及应用 被引量:6
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作者 孙叶 刘红 +5 位作者 马辉 单东方 曹宏 包建忠 陈秀兰 赵国琦 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期681-688,共8页
本研究利用兰属植物杂交种转录组测序数据开发EST-SSR标记,分析标记的多态性及兰属种质的遗传多样性,为兰属植物种质资源的创新和分类研究提供参考。结果表明,转录组测序分析获得113780条Unigene,从中共识别到23709个SSR位点,SSR位点出... 本研究利用兰属植物杂交种转录组测序数据开发EST-SSR标记,分析标记的多态性及兰属种质的遗传多样性,为兰属植物种质资源的创新和分类研究提供参考。结果表明,转录组测序分析获得113780条Unigene,从中共识别到23709个SSR位点,SSR位点出现频率为20.84%。从设计的200对引物中筛选出20对具有多态性,并且扩增条带大小与预期相符的EST-SSR标记引物,对48份兰属种质材料进行PCR扩增,平均多态位点数为3.0,共检测到81.00个等位基因,平均每对引物检测到4.05个等位基因。观测杂合度平均值为0.3208,期望杂合度平均值为0.5070;Shannon’s信息指数的变化范围为0.2338~1.4724,平均值为0.9321,多态信息含量为0.1103~0.6622。对4个参试兰属植物种群进行遗传多样性分析,春兰和大花蕙兰的F1杂交种群与大花蕙兰种群亲缘关系较近,与春兰种群的亲缘关系较远。聚类分析结果表明,遗传相似系数为0.72时,48份种质聚成7类,春兰和大花蕙兰的F1代杂交种群大多聚入第I类,春兰种群聚入第V类,第II类、第III类、第IV类、第VII类均为大花蕙兰种群。 展开更多
关键词 兰属植物 EST-ssr标记 遗传多样性 亲缘关系
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基于SSR标记的不同地理生态型野生大豆遗传多样性分析 被引量:4
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作者 齐广勋 王英男 +5 位作者 袁翠平 王玉民 刘晓冬 李玉秋 董英山 赵洪锟 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期334-343,共10页
为充分了解野生大豆的遗传进化特征,促进资源保护及高效利用,本研究利用29对SSR引物对6个不同地理生态型的126份野生大豆资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:共测到635个等位基因,平均等位基因数为21.897个,平均引物多态性信... 为充分了解野生大豆的遗传进化特征,促进资源保护及高效利用,本研究利用29对SSR引物对6个不同地理生态型的126份野生大豆资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:共测到635个等位基因,平均等位基因数为21.897个,平均引物多态性信息含量为0.883,Shannon指数和预期杂合度分别为2.586和0.890。STRUCTURE遗传结构预测将6个群体分为2个类群,东北区来源的野生大豆资源与西北、黄淮海、长江流域和南方来源归属不同类群。F-统计和AMOVA分子方差分析显示,总体变异的88%发生在个体间,8%发生在群体间,并且异交率呈现由北向南逐渐增加的趋势。Mantel检测显示,遗传距离与地理距离显著相关(r=0.468,P<0.01),与生育期不相关(P>0.05)。综上,野生大豆群体的分化是自然选择和"邻近效应"共同作用的结果,异交率水平和距离隔离是野生大豆遗传结构形成的重要因素。 展开更多
关键词 野生大豆 ssr标记 地理生态型 遗传多样性
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陕西省野生大豆种质资源的SSR遗传多样性研究 被引量:7
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作者 李为民 王宇超 +6 位作者 黎斌 张燕 卢元 周亚福 柏国清 丛晓峰 李思锋 《中国农学通报》 2015年第24期99-105,共7页
为了研究陕西地区野生大豆的遗传多样性特点,利用SSR分子标记分析了陕西省6个野生大豆(Glycine soja)天然种群和1个栽培大豆(Glycine max)种群的遗传结构与遗传多样性。结果显示:13个位点共检测出113个等位基因,平均每个位点的... 为了研究陕西地区野生大豆的遗传多样性特点,利用SSR分子标记分析了陕西省6个野生大豆(Glycine soja)天然种群和1个栽培大豆(Glycine max)种群的遗传结构与遗传多样性。结果显示:13个位点共检测出113个等位基因,平均每个位点的等位基因数似)为8.69个,等位基因数目范围为4~13个,有效等位基因数∽)范围为2.135(Satt590)~9.385(Satt487),平均有效等因基因数为5.623;观察杂合度(Ho)变化范围为0.033~0.121,平均为0.080;预期杂合度㈣)的变化范围为0.312~0.658,平均为0.482;种群平均Shannon遗传多样性指数(I)为0.657;野生大豆种群基因多样度比率(FST)为0.465。该研究显示,陕西省野生大豆具有较高水平的遗传多样性,野生大豆的遗传多样性普遍高于栽培大豆;随着海拔的不断升高,野生大豆遗传多样性变低;陕西中部、南部的野生大豆种质资源丰富、种群具有较高的遗传多样性,推测该区域为陕西省野生大豆的遗传多样性中心。 展开更多
关键词 野生大豆 遗传多样性 ssr分子标记
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SSR标记对野生大豆种群遗传结构的研究 被引量:10
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作者 徐立恒 李向华 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期41-45,共5页
使用40对SSR引物分析了8个省区天然野生大豆种群的遗传结构和遗传多样性。结果表明:15个种群共检测到633个等位基因,平均每对引物等位变异基因数平均值15.83个;种群平均Shannon指数(Ⅰ)0.7835,种群平均期望杂合度(He)0.4070,种群平均观... 使用40对SSR引物分析了8个省区天然野生大豆种群的遗传结构和遗传多样性。结果表明:15个种群共检测到633个等位基因,平均每对引物等位变异基因数平均值15.83个;种群平均Shannon指数(Ⅰ)0.7835,种群平均期望杂合度(He)0.4070,种群平均观察杂合度(Ho)0.0012,平均种群内遗传多样度(Hs)0.4277,平均种群间遗传多样度(DST)0.4543,种群分化系数(GST)0.5151;供试的15个天然野生大豆种群可分为4组,基本存在于2个地理分布区,天津以北地理区遗传多样性较高。 展开更多
关键词 野生大豆 ssr标记 遗传多样性
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