Phytozome:绿色植物基因组的比对平台

随着植物基因组投资机构的增加和下一代测序应用的发展,植物基因组测序和基因组相关资源的数量正在迅速增长。与此越来越多的数据进行交互,而Phytozome是一个比较植物基因组和基因家族的数据和分析中心。Phytozome提供了每一种植物的基因的进化史观在序列水平、基因结构、基因家族和基因组结构,同时提供访问序列和功能注释越来越多的完整植物基因组,包括所有的陆地植物和在联合基因组研究所(Joint Genome Institute,JGI)测序选定的藻类,以及其他地方选定的测序物种。通过全面的植物基因组数据库和网站,这些数据和分析提供更广泛的植物科学的研究共同体,并提供帮助链接模型系统与其他经济和生态意义的植物比较基因组学工具。

香叶醇生物合成相关基因NUDX1的进化分析

茶树中存在2个亚细胞定位不同的NUDX1基因(CsNUDX1-cyto和CsNUDX1-chlo),其中定位于细胞质的CsNUDX1-cyto基因与香叶醇生物合成密切相关。为探究NUDX1基因在不同茶树品种中的序列、功能差异及其在物种间的进化,通过序列比对、基因克隆、进化树构建、代谢物分析、功能验证等分析了该基因在茶树与非茶树植物中的进化以及香叶醇积累差异。结果表明,不同茶树基因库中组装的CsNUDX1s核苷酸序列存在差异;RT-PCR克隆显示4个阿萨姆变种和4个中国变种茶树中均有CsNUDX1-cyto和CsNUDX1-chlo的阳性克隆,且核苷酸序列存在差异。利用Phytozome网站数据进行序列比对及进化树构建,结果显示共有58个植物中存在CsNUDX1同源基因;该基因在植物物种间较为保守,在低等植物藻类基因组中也存在;在单子叶禾本科植物中,除短柄草(Brachypodium distachyon)泛基因组中存在蛋白序列匹配率大于58%的目的基因,其余均较低,尤其是在部分禾本科植物中该基因存在缺失。代谢物分析表明15个禾本科植物水稻、小麦和玉米品种鲜叶中均未检测到香叶醇的合成,而4个茶树品种嫩梢中香叶醇含量为0.87~4.12μg·g^(-1)。此外,茶树CsNUDX1s基因在幼嫩叶片中有高表达;阿萨姆变种茶树佛香3号的CsNUDX1-cyto同样具有合成香叶醇的功能。本研究表明,NUDX1基因广泛存在植物基因组中,在茶树基因组中存在2个CsNUDX1s基因,并与茶树叶片中香叶醇的合成相关。