猪Mitf基因的比较基因组学和进化分析

Mitf(Microphthalmia-associtated transcription factor)是小眼畸形相关转录因子,在黑色素细胞的发育、分化和功能调节上起着重要作用,同时还参与了其它3种细胞包括肥大细胞、破骨细胞和眼色素上皮细胞的发育和分化。针对猪的Mitf基因,从GenBank核酸数据库和proenseml网站下载4条猪的含有Mitf基因片段的基因组序列与牛、人、鼠3种物种的Mitf基因组序列进行比较基因组分析,结果发现,下载的猪Mitf基因组序列或没有排序,或存在一定错误排列。通过生物信息学和比较基因组分析,将猪Mitf基因的基因组序列进行重新组装,得到由6条有序基因组片段组成的较为完整的Mitf基因组序列,并根据人类Mitf基因的转录本信息推测出5种不同猪Mitf基因的转录本。进化分析表明,在人类、小鼠、猪、牛、马和狗中,猪和牛Mitf基因的进化关系最近,提示做猪基因的生物信息学分析可借鉴牛的基因分析结果。

表达在猪卵巢组织的新直向同源基因SLC25A3的模拟分析及其试验研究

目的借助比较基因组学、模拟分析和具体试验,快速获取直向同源序列结构和功能信息。方法通过"基于模式生物基因导向的EST功能注释法"鉴别出猪直向同源ESTs,以一个直向同源的线粒体磷酸载体编码基因SLC25A3为基础,结合组织表达信息,筛选卵巢组织中表达的ESTs序列进行该基因的虚拟克隆,并通过引物步移法进行具体的试验序列研究。结果鉴别、获取了直向同源基因SLC25A3的基因结构及功能信息,进行了试验具体研究,获得了该基因的cDNA全序列,实现了功能信息的物种间传递。结论结合基于模式生物基因导向的EST功能注释法和大量生物信息学工具,可以快速获得直向同源基因及其序列和功能信息,实现有价值信息在物种间的快捷转移和传递,为比较基因组学研究中序列功能注释与分析提供可靠的选择。