期刊文献+
共找到21篇文章
< 1 2 >
每页显示 20 50 100
我国珠母贝属(Pinctada)主要种类亲缘关系的初步分析 被引量:15
1
作者 喻达辉 朱嘉濠 贾晓平 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期211-217,共7页
采用核糖体DNA内部转录间隔子1(ITS1)序列初步分析了珠母贝属8个种的亲缘关系。结果表明,ITS1长度范围分布在402—474bp之间,大珠母贝的ITS1序列最长,黑珠母贝的最短。作为外群的企鹅珍珠贝ITS1长385bp。系统发育分析表明,所研究种类聚... 采用核糖体DNA内部转录间隔子1(ITS1)序列初步分析了珠母贝属8个种的亲缘关系。结果表明,ITS1长度范围分布在402—474bp之间,大珠母贝的ITS1序列最长,黑珠母贝的最短。作为外群的企鹅珍珠贝ITS1长385bp。系统发育分析表明,所研究种类聚合成3个类群。类群I包括合浦珠母贝Pinctadafucata和覆瓦珠母贝P.imbricata。类群II包括白珠母贝P.albina、黑珠母贝P.nigra、长耳珠母贝P.chemnitzi和射肋珠母贝P.radiata,其中前2个种聚合成1枝,后两个种聚合成另一枝,分别形成两个亚群类群IIA和类群IIB。类群III包括珠母贝P.margaritifera和大珠母贝P.maxima。类群IIA与类群IIB之间、类群III的大珠母贝与珠母贝之间的遗传距离较近(0.080—0.100),类群I与类群II之间遗传距离较远(0.250—0.270),类群III与类群I和类群II之间的遗传距离最大(0.400—0.570)。类群I中我国的P.fucata和澳大利亚的P.imbricata之间遗传距离很小(0.000—0.013),而两者的种内遗传距离分别为0.002—0.013和0.005,种内与种间遗传距离相重叠,表明P.fucata和P.imbricata应为同种。类群IIA的P.albina与P.nigra之间的遗传距离为0.013,可能为两个亚种。类群IIB中的P.radiata与P.chemnitzi之间的遗传距离只有0.005—0.007,而本研究的P.chemnitzi的ITS1序列与GenBank中的P.chemnitzi的ITS1序列高度一致,表明P.radiata的鉴别可能有误。 展开更多
关键词 珠母贝属 内部转录间隔子 系统发育分析 亲缘关系
下载PDF
基于SNP分子标记的新疆野生黄花苜蓿遗传多样性分析
2
作者 杜雨 于秀明 +3 位作者 汪鹏 李倩 王玉祥 张博 《饲料研究》 CAS 北大核心 2024年第4期68-73,共6页
为揭示新疆野生黄花苜蓿的遗传多样性,研究利用SLAF-seq技术对材料进行SNP开发。结果显示,材料测序平均Q30值为96.32%,平均GC值为37.99%。研究共开发了376 641个SLAF标签,多态性SLAF标签119 331个;SNP平均完整性为24.77%,平均杂合率5.53... 为揭示新疆野生黄花苜蓿的遗传多样性,研究利用SLAF-seq技术对材料进行SNP开发。结果显示,材料测序平均Q30值为96.32%,平均GC值为37.99%。研究共开发了376 641个SLAF标签,多态性SLAF标签119 331个;SNP平均完整性为24.77%,平均杂合率5.53%。供试新疆野生黄花苜蓿品系的有效等位基因数、观测等位基因数、期望杂合度、观测杂合度和Shnnon Wiener指数的平均值分别为1.380、1.594、0.220、0.117和0.327。研究表明,聚类分析将材料分为7类,PCA将材料分为3类,但样品的来源为同一个祖先。 展开更多
关键词 黄花苜蓿 SLAF-seq 分子标记 遗传多样性 群体结构分析 亲缘关系分析
下载PDF
不同地区褐黄血蜱的单倍型多态性、遗传分化和种系发育关系分析
3
作者 李中波 侯强红 +1 位作者 舒鸣 程天印 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第9期60-66,共7页
为了探究不同地区褐黄血蜱的单倍型多态性、遗传分化和种系发育关系,本试验以采自于湖南、河南两省的褐黄血蜱(各10只,共20只)为研究对象,通过PCR扩增其细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cox1)和还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基Ⅳ(nad4)基... 为了探究不同地区褐黄血蜱的单倍型多态性、遗传分化和种系发育关系,本试验以采自于湖南、河南两省的褐黄血蜱(各10只,共20只)为研究对象,通过PCR扩增其细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cox1)和还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基Ⅳ(nad4)基因序列,对其单倍型多态性(Hd)、遗传分化和种系发育关系进行分析。结果显示,cox 1基因序列(849 bp)包含4个变异位点,5个单倍型(h=5,A1~A5,Hd=0.653),其基因分化系数(Gst)=0.061,遗传分化系数(Fst)=-0.047,基因流(Nm)=-5.625;nad 4基因序列(626 bp)包含3个变异位点,3个单倍型(h=3,B1~B3,Hd=0.363),其Gst=0.004,Fst=0.074,Nm=3.125;cox 1+nad 4基因序列包含7个变异位点,7个单倍型(h=7,C1~C7,Hd=0.768),其Gst=-0.010,Fst=-0.015,Nm=-16.560;在所构建的种系发育树中,20只褐黄血蜱均处于种系发育树的一个分支。结果表明,湖南、河南两省的褐黄血蜱个体之间虽表现出单倍型多态性,但它们之间具有较近的亲缘关系,尚未出现遗传分化。 展开更多
关键词 褐黄血蜱 cox 1 nad 4 基因变异 单倍型多态性 遗传分化 种系发育关系
下载PDF
基于SLAF-seq技术的石斛兰SNP标记开发及亲缘关系分析 被引量:2
4
作者 崔学强 黄昌艳 +3 位作者 邓杰玲 李先民 李秀玲 张自斌 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期141-148,共8页
利用SNP标记技术对收集的石斛兰种质资源进行亲缘关系分析,为新品种选育亲本选择提供理论依据。以60份石斛兰种质资源为对象,用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)对种质进行SNP标记开发及亲缘关系分析。通过对各样品的测序数据进行... 利用SNP标记技术对收集的石斛兰种质资源进行亲缘关系分析,为新品种选育亲本选择提供理论依据。以60份石斛兰种质资源为对象,用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)对种质进行SNP标记开发及亲缘关系分析。通过对各样品的测序数据进行统计,共获得157.34 Mb Clean Reads数据,各样本Reads数据在576 195-5 359 710之间。样本平均测序质量值Q30为93.85%,平均GC含量为40.16%。通过测序数据分析,共获得1 337 217个SLAF标签,标签的平均测序深度为9.63×,其中具多态性的SLAF标签有1 049 638个。共开发得到11 248 186个群体SNP标记,每个样品的SNP标记数目介于694 015-6 367 379之间,SNP标记完整度为2.71%-24.89%,杂合率为1.13%-5.74%。对群体SNP过滤,共获得31 499个高度一致性的有效SNP标记。利用筛选获得的SNP标记构建系统发育树,60份石斛兰种质资源被分为3个亚群,这3个亚群分别包含材料为Q1:3份,Q2:21份,Q3:36份。种质聚类结果与形态学分类结果基本一致。利用SLAF-seq技术能高效、精确地开发出适用于石斛兰种质遗传分析的SNP标记,开发的SNP标记可为石斛兰育种、遗传图谱构建、品种鉴定以及农艺性状的关联分析等研究提供分子基础。 展开更多
关键词 石斛兰 SLAF-seq SLAF标签 SNP标记 群体结构 发育树 亲缘关系 遗传分析
下载PDF
我国五大湖三角帆蚌群体ITS-1序列变异分析 被引量:11
5
作者 王建军 李家乐 +1 位作者 汪桂玲 白志毅 《湖泊科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期208-214,共7页
对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因... 对我国五大淡水湖:鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖、洪泽湖,鄱阳湖内包括进贤、余干、珠湖、都昌、湖口、永修,合计10个群体三角帆蚌78个个体核糖体DNA基因转录间隔子ITS-1进行PCR扩增、序列测定,获得78条长度为430 bp的同源序列.同源基因序列分析显示,五大淡水湖10个群体三角帆蚌78条ITS-1序列片段,G+C的含量都明显高于A+T的含量.鄱阳湖三角帆蚌的核苷酸多态性指数最高,而巢湖的核苷酸多样性指数最低.基于ITS-1序列片段的遗传距离表明,鄱阳湖内六个点群体间遗传距离很小,在0.0071到0.0092之间.五大湖间三角帆蚌群体遗传距离较远,在0.0752到0.1381之间,ITS-1序列片段构建系统树显示,鄱阳湖6个群体聚在了一起为单独一支,并与巢湖群体亲缘关系相近.洞庭湖群体和洪泽湖群体亲缘关系相近,单独为一支.太湖群体从鄱阳湖、巢湖群体分离开来,单独为一支. 展开更多
关键词 三角帆蚌 转录间隔区 ITS-1 遗传多样性 亲缘关系
下载PDF
重庆市HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析 被引量:13
6
作者 凌华 邢辉 +5 位作者 韩梅 邱照铸 钱天学 王玉 王俊 邵一呜 《中国艾滋病性病》 CAS 2005年第5期345-347,共3页
目的对重庆市流行的艾滋病(AIDS)病毒1型(HIV-1)进行分子流行病学调查,为艾滋病预防控制策略的制定提供依据。方法用套式聚合酶链反应(nested-PCR)对31份重庆市HIV-1抗体阳性者外周血单个核细胞(PBMC)中前病毒DNA的膜蛋白基因的C2-V3区... 目的对重庆市流行的艾滋病(AIDS)病毒1型(HIV-1)进行分子流行病学调查,为艾滋病预防控制策略的制定提供依据。方法用套式聚合酶链反应(nested-PCR)对31份重庆市HIV-1抗体阳性者外周血单个核细胞(PBMC)中前病毒DNA的膜蛋白基因的C2-V3区,及其邻区300个核苷酸序列进行测定和分析。结果31份标本中有21份扩增阳性并得到相应序列,扩增率为67.6%。经过基因离散率计算和系统树分析后证实:1份标本为CRF01-AE流行重组毒株,20份标本为HIV-1 BC重组毒株。结论目前重庆市HIV-1 BC重组病毒为优势流行株,为有效控制HIV流行,需要重点在吸毒人群中开展行为干预措施。 展开更多
关键词 艾滋病病毒1型 亚型 基因离散率 系统树分析
下载PDF
倍蚜种间亲缘关系及角倍蚜种群分化的RAPD分析 被引量:6
7
作者 杨子祥 陈晓鸣 +1 位作者 冯颖 张燕平 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第7期44-50,共7页
从40条RAPD随机引物中筛选了13条和9条,分别对11种倍蚜和角倍蚜4个地理种群的DNA进行PCR扩增和分析。结果表明:倍蚜的遗传距离在不同属之间为0.4828±0.1708,不同种之间为0.2520±0.1780,不同亚种之间为0.1472±0.0764,聚... 从40条RAPD随机引物中筛选了13条和9条,分别对11种倍蚜和角倍蚜4个地理种群的DNA进行PCR扩增和分析。结果表明:倍蚜的遗传距离在不同属之间为0.4828±0.1708,不同种之间为0.2520±0.1780,不同亚种之间为0.1472±0.0764,聚类分析反映了倍蚜属间、种间的亲缘关系及其远近程度,与形态分类结果基本一致;圆角倍蚜属与其他3个属的差异明显,可能是倍蚜中较早分化的类群。角倍蚜不同种群间的遗传距离为0.0759±0.0302,种群间具有丰富的DNA序列多态性并出现了一定程度的遗传分化,造成这种分化的原因可能是地理上的隔离。 展开更多
关键词 倍蚜 随机扩增多态性DNA 亲缘关系 遗传距离 聚类分析
下载PDF
烟台葡萄产区‘Cabernet’系列品系的遗传分析 被引量:3
8
作者 肖波 屈慧鸽 +1 位作者 张萍 张玉香 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2011年第2期123-127,共5页
探讨酿酒葡萄‘蛇龙珠’等‘Cabernet’品系之间的亲缘关系,为筛选优良酿酒葡萄品种提供依据。研究采用RAPD和SSR扩增技术,对6种‘Cabernet’进行遗传多样性分析。结果表明6种酿酒葡萄在系统树上划分为2大类群,虽然在遗传上4个‘蛇龙珠... 探讨酿酒葡萄‘蛇龙珠’等‘Cabernet’品系之间的亲缘关系,为筛选优良酿酒葡萄品种提供依据。研究采用RAPD和SSR扩增技术,对6种‘Cabernet’进行遗传多样性分析。结果表明6种酿酒葡萄在系统树上划分为2大类群,虽然在遗传上4个‘蛇龙珠’品系与‘品丽珠’及‘赤霞珠’都存在差异,但这4个‘蛇龙珠’品系并未形成单独的类群;从系统树中可以初步推断,蛇龙珠品系很可能是逐步从‘品丽珠’中通过性状筛选而获得的品系;相对独立的‘蛇龙珠’品种聚集的现象为优良酿酒葡萄品种的选育提供了一定的依据。 展开更多
关键词 酿酒葡萄 亲缘关系 遗传分析
下载PDF
5种裸腹溞群体遗传变异及亲缘关系的初步分析 被引量:2
9
作者 张鹏 赵文 +2 位作者 刘卫东 殷旭旺 孙静娴 《大连水产学院学报》 CSCD 北大核心 2007年第3期180-183,共4页
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对5种裸腹溢(蒙古裸腹潘Moina mongolica、多刺裸腹潘M.macrocopa、直额裸腹涵M.rectirostris、微型裸腹泾M.micrura和近亲裸腹溢M.affinis)的亲缘关系及群体遗传变异程度进行了研究。在优化反应条... 采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对5种裸腹溢(蒙古裸腹潘Moina mongolica、多刺裸腹潘M.macrocopa、直额裸腹涵M.rectirostris、微型裸腹泾M.micrura和近亲裸腹溢M.affinis)的亲缘关系及群体遗传变异程度进行了研究。在优化反应条件下,对21个引物进行了扩增,从中筛选出6个带型清晰且重复性好的引物用于分析,共扩增出161条多态性谱带,片段长度为421—19329bp。根据遗传距离结果,利用Mega2.1软件包中的UPGMA和NJ程序进行聚类分析,结果表明:5种裸腹溢种间、群体间的遗传分化程度较大,进化地位的高低顺序为近亲裸腹潘〉直额裸腹溢〉多刺裸腹泾〉蒙古裸腹滋〉微型裸腹潘。 展开更多
关键词 裸腹潘 RAPD分析 遗传变异 进化 亲缘关系
下载PDF
应用四个短串联重复序列基因座研究七个民族间的遗传关系 被引量:2
10
作者 滕少康 徐林 +4 位作者 曹林枝 汪萍 赵丽娟 黄世宁 陈祖聪 《解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期403-406,共4页
目的:调查广西黑衣壮族人群4个短串联重复序列(short tandem repeats,STR)基因座:D5S818、D7S820、D13S317、vWA的群体遗传分布资料,探讨7个民族间的遗传关系。方法:应用荧光标记STR基因扫描技术分析152名广西黑衣壮族无关个体。以... 目的:调查广西黑衣壮族人群4个短串联重复序列(short tandem repeats,STR)基因座:D5S818、D7S820、D13S317、vWA的群体遗传分布资料,探讨7个民族间的遗传关系。方法:应用荧光标记STR基因扫描技术分析152名广西黑衣壮族无关个体。以遗传距离和系统发生树来分析7个民族间遗传关系。结果:4个STR基因座平均观察杂合度为0.7814;平均多态信息总量为0.7375;累积个体识别力达0.9928809,累积非父排除率达0.9928809。新疆乌孜别克族、新疆维吾尔族、甘肃裕固族、云南白族、广西黑衣壮族、浙江畲族聚为一群,东部蒙古族自成一群。结论:广西黑衣壮族的4个STR基因座属高度遗传多态性标记;新疆乌孜别克族和维吾尔族、广西黑衣壮族和浙江畲族遗传关系较近。 展开更多
关键词 短串联重复序列 遗传关系 遗传距离 黑衣壮族 系统发生分析
下载PDF
沙冬青根瘤菌固氮酶基因nifH PCR-RFLP分析 被引量:2
11
作者 毕江涛 贺达汉 +2 位作者 谢瑞梅 位秀丽 韦革宏 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期315-321,共7页
利用固氮基因nifH PCR扩增,nifH PCR-RFLP及扩增产物序列分析方法对分离自宁夏和内蒙古部分地区的沙冬青根瘤菌代表菌株的nifH进行了遗传多样性和系统发育分析。结果表明,在80%相似水平上42株根瘤菌nifH PCR-RFLP基因图谱中有5个基... 利用固氮基因nifH PCR扩增,nifH PCR-RFLP及扩增产物序列分析方法对分离自宁夏和内蒙古部分地区的沙冬青根瘤菌代表菌株的nifH进行了遗传多样性和系统发育分析。结果表明,在80%相似水平上42株根瘤菌nifH PCR-RFLP基因图谱中有5个基因型聚类群。对不同基因型代表菌株的nifH PCR产物进行序列测定和系统发育关系分析,测试菌株在系统发育地位上与中慢生根瘤菌和中华根瘤菌相近,测试菌株与温带中慢生根瘤菌(Mesorhizobium temperatum isolate HAMBI 2583)序列相似性范围为95.6%-96.9%,与草木樨中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti strain CCBAU10062)基因序列相似性范围为99.8%-100%,基因序列同源性较高。本研究中nifH基因所揭示的沙冬青根瘤菌遗传多样性和系统发育关系说明沙冬青根瘤菌受染色体基因背景、地理环境以及菌株个体的进化而存在一定的差异。 展开更多
关键词 沙冬青 根瘤菌 固氮酶基因 限制性片段长度多态性分析 遗传多样性 序列分析 系统发育关系
下载PDF
家庭内不同感染者间HIV-1的遗传关系的初步分析
12
作者 翁育伟 严延生 陈舸 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2004年第12期1041-1044,共4页
目的 通过对存在于一个收养家庭内部的HIV 1的变异情况及其相互间的遗传关系的研究 ,推测该家庭内存在的HIV 1是否属同一来源。方法 从我省发现的某个家庭内HIV感染者成员的样品中扩增HIV 1的env基因的V3-V5区 ,进行序列测定和分析。... 目的 通过对存在于一个收养家庭内部的HIV 1的变异情况及其相互间的遗传关系的研究 ,推测该家庭内存在的HIV 1是否属同一来源。方法 从我省发现的某个家庭内HIV感染者成员的样品中扩增HIV 1的env基因的V3-V5区 ,进行序列测定和分析。并由其DNA序列推导对应的编码氨基酸。使用clustalX软件进行核酸序列和氨基酸序列的多重排列 ,利用PHYLIP软件包进行离散率分析、绘制进化树等。结果 该家庭 3个感染者体内存在的HIV 1均为AE重组病毒 ,在HIV 1毒株的遗传关系上 ,存在于养父母间毒株的亲缘较近 ,养子与养父母的亲缘关系较远。特别是在V3区的氨基酸序列特征上 ,养子的序列与养父母的序列有较为明显的不同。结论 可能有不同来源的病毒造成该家庭内成员的HIV 1感染。 展开更多
关键词 HIV-1 系统发育分析 遗传关系
下载PDF
泉州市无偿献血者4例HTLV-1毒株膜基因系统树分析 被引量:6
13
作者 林毅胜 吴福林 张志珊 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2004年第5期406-409,416,共5页
目的 HTLV的感染人群分布有明显的区域性特点 ,福建东南沿海是我国HTLV的主要流行区之一 ,输血是HTLV的主要传播途径。因此 ,调查泉州市无偿献血者HTLV - 1感染情况 ,了解该地区HTLV - 1毒株亚型、感染来源、基因特点 ,对阐明我国HTLV ... 目的 HTLV的感染人群分布有明显的区域性特点 ,福建东南沿海是我国HTLV的主要流行区之一 ,输血是HTLV的主要传播途径。因此 ,调查泉州市无偿献血者HTLV - 1感染情况 ,了解该地区HTLV - 1毒株亚型、感染来源、基因特点 ,对阐明我国HTLV - 1分布、起源和传播过程具有重要意义。方法 用PCR法扩增HTLV - 1毒株的外膜基因gp4 6片段 (envgp4 6 ) ,自动测序仪测序 ,并进行同源性比较和系统树分析。结果 获得了泉州无偿献血者 4例HTLV - 1envgp4 6部分氨基酸序列。结论 泉州市 4例HTLV - 1与来自日本、台湾HTLV - 1氨基酸序列接近 ,都属C亚型。 展开更多
关键词 献血者HTLV-1 基因亚型 聚合酶链反应 序列分析 系统树分析
下载PDF
基于SSR分子标记分析海南地区甘薯种质材料的亲缘关系 被引量:6
14
作者 邓吉良 孙言博 +4 位作者 吴跃 黄绵佳 周其良 朱国鹏 祝志欣 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1924-1932,共9页
【目的】分析海南地区甘薯种质材料间的亲缘关系,为海南地区甘薯种质资源的鉴定、引进和分子育种提供理论依据。【方法】从海南省及周边地区收集甘薯种质材料,从中筛选出长势较好的64份甘薯种质材料,利用30对SSR引物对其DNA进行PCR扩增... 【目的】分析海南地区甘薯种质材料间的亲缘关系,为海南地区甘薯种质资源的鉴定、引进和分子育种提供理论依据。【方法】从海南省及周边地区收集甘薯种质材料,从中筛选出长势较好的64份甘薯种质材料,利用30对SSR引物对其DNA进行PCR扩增,并进行UPGMA聚类分析及遗传距离分析,以期阐明其亲缘关系。【结果】30对引物共扩增得到161个清晰条带,其中多态性条带为135个,多态条带百分率达83.9%,平均每对引物扩增5.37个等位基因,各引物的多态信息含量(PIC)为0~0.75,平均为0.44。聚类分析结果表明,64份甘薯种质材料间的遗传相似性系数为0.74~0.98,平均为0.78,在遗传相似性系数0.75处可分为I、II和III三大类,86%甘薯种质材料归为第I类,遗传相似性系数总体较高;大部分采自海南的未知甘薯种质材料与采自江苏的材料关系较远,来自同一地区的材料分散于各个分支,无明显的地域性。64份甘薯种质材料间的遗传距离为0.02~0.37,平均为0.22,遗传距离整体较近。【结论】海南地区甘薯种质资源间的亲缘关系较近,遗传背景狭窄,可能是海南地区高温高湿、高光照等气候条件自然选择的结果。海南地区可适当引进亲缘关系较远的优质甘薯品种,促进种质创新,丰富海南甘薯的遗传资源。 展开更多
关键词 甘薯 亲缘关系 SSR 遗传相似性系数 聚类分析 海南
下载PDF
Advance of Study on SSR Molecular Marker in Citrus and Its Close Relatives
15
作者 Xue-Fei Wang Zhi-Hui Wang Xi-Rui Xiong Qiao-Qiao Yan Xue-Li Pu 《Journal of Life Sciences》 2011年第12期1078-1084,共7页
关键词 SSR分子标记 近亲 柑橘 DNA分子标记 遗传多样性分析 简单序列重复 聚合酶链反应 亲缘关系分析
下载PDF
中国狂犬病疫苗生产株CTN-1全基因序列分析 被引量:16
16
作者 石磊泰 俞永新 +6 位作者 刘景华 唐建蓉 吴小红 曹守春 李加 曲效民 董关木 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期195-201,共7页
本文首次对我国现行狂犬病疫苗生产用毒株CTN-1进行全长基因组序列测定和分析,为CTN-1疫苗在我国实际应用中的优势提供理论基础。利用RT-PCR方法分段扩增CTN-1全基因组序列,随后将PCR产物克隆到T载体、测序、拼接,用MegAlign软件比较CT... 本文首次对我国现行狂犬病疫苗生产用毒株CTN-1进行全长基因组序列测定和分析,为CTN-1疫苗在我国实际应用中的优势提供理论基础。利用RT-PCR方法分段扩增CTN-1全基因组序列,随后将PCR产物克隆到T载体、测序、拼接,用MegAlign软件比较CTN-1全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组序列的同源性;再以糖蛋白(G)基因为模板,用ClustalX和MEGA4软件进行系统进化分析。测序结果表明CTN-1全基因组序列的长度为11925nt(GenBank登录号FJ959397),序列分析表明CTN-1为基因Ⅰ型;CTN-1株全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组之间的同源性是81.5%~93.4%;与美国蝙蝠分离株SHBRV18的同源性最低,仅为81.5%;与新近从中国国内分离的野毒株HN10株的同源性最高,达93.4%。系统进化分析结果表明,CTN-1与国内不同地区大多数分离的狂犬病街毒株聚类于同一组内;而我国另一疫苗株aG株与国外疫苗株如Flury、PM、PV、ERA、RC-HL和个别中国街毒株分在另一组内。G基因氨基酸对比也显示CTN-1株与国内大多数街毒株的同源性高于其他疫苗株,结果说明CTN-1株较其他疫苗株病毒更适合制备用于预防中国狂犬病的灭活疫苗。 展开更多
关键词 CTN-1狂犬病疫苗株 全基因组序列 基因同源性 进化分析
原文传递
东北民猪线粒体DNA D-loop遗传多样性与母系起源研究 被引量:5
17
作者 陆超 郝林琳 +5 位作者 程云云 吴庆燕 李思明 付昊雨 刘娣 于浩 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期675-678,共4页
为了保护东北民猪的遗传资源,对东北地区民猪群体进行线粒体DNA D-loop遗传多样性进行了调查,本研究对30头东北民猪的线粒体D-loop区部分序列(697 bp)进行扩增和测序,共检测到7个变异位点,界定了8种单倍型,核苷酸多样度(Pi)及单倍型多样... 为了保护东北民猪的遗传资源,对东北地区民猪群体进行线粒体DNA D-loop遗传多样性进行了调查,本研究对30头东北民猪的线粒体D-loop区部分序列(697 bp)进行扩增和测序,共检测到7个变异位点,界定了8种单倍型,核苷酸多样度(Pi)及单倍型多样度(H)分别为:0.217和0.789。结合已收录的30个亚欧猪种的线粒体D-loop序列,采用最大似然法构建的分子进化树明显分为欧洲与亚洲2个主要类群,民猪的8个单倍型都聚在亚洲分支上,并与莱芜黑猪及沂蒙黑猪较为接近,表明民猪是多母系起源群体,主要来自山东地区的华北型黑猪种群。 展开更多
关键词 民猪 MTDNA D-LOOP 序列分析 遗传多样性 系统进化
原文传递
HIV-1分子传播网络分析及应用 被引量:12
18
作者 李伟 钟平 +1 位作者 吴波 李小杉 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1258-1261,共4页
社会流行病学调查对揭示1型艾滋病病毒(HIV-1)传播特征起到了重要作用,但也存在调查成本高及可信性不足的缺点。随着系统进化分析方法学的进步以及快速增加的HIV-1序列,基于HIV-1基因信息的分子传播网络分析近年来快速发展并被广泛运用... 社会流行病学调查对揭示1型艾滋病病毒(HIV-1)传播特征起到了重要作用,但也存在调查成本高及可信性不足的缺点。随着系统进化分析方法学的进步以及快速增加的HIV-1序列,基于HIV-1基因信息的分子传播网络分析近年来快速发展并被广泛运用。本文综述了该分析方法的基本原理、运用现状、判定方法及参数选择,旨在为该方法的进一步发展和运用提供借鉴。 展开更多
关键词 1型艾滋病病毒 分子传播网络 基因距离 系统进化分析
原文传递
RNA与前病毒DNA进化分析技术在判定HIV-1传播关系中的作用比较 被引量:2
19
作者 董哲 熊润松 +5 位作者 梁富雄 胡婧 潘冬 廖玲洁 冯毅 邵一鸣 《中国病毒病杂志》 CAS 2015年第4期269-276,共8页
目的分别以HIV-1RNA和前病毒DNA为模板进行扩增实验,比较不同实验方法对判断HIV-1阳转家庭基因关联性的效率。方法对国家分析库中确认的阳转家庭,分别提取HIV-1RNA和前病毒DNA,用巢式PCR扩增pol区基因,通过系统进化树和基因距离分析配... 目的分别以HIV-1RNA和前病毒DNA为模板进行扩增实验,比较不同实验方法对判断HIV-1阳转家庭基因关联性的效率。方法对国家分析库中确认的阳转家庭,分别提取HIV-1RNA和前病毒DNA,用巢式PCR扩增pol区基因,通过系统进化树和基因距离分析配对家庭基因关联性。结果以RNA为模板扩增211份HIV-1阳性血浆,获得42份(42/211,19.91%)基因序列。其中共有12对配对家庭,确定有传播关系10对(10/12,83.33%),确定无传播关系1对(1/12,8.33%),不确定是否有传播关系1对(1/12,8.33%);以前病毒DNA为模板扩增270份HIV-1阳性全血,获得232份(232/270,85.93%)基因序列。其中共有97对配对家庭,确定有传播关系86对(86/97,88.66%),确定无传播关系7对(7/97,7.22%),不确定是否有传播关系4对(4/97,4.12%)。以RNA和前病毒DNA为模板扩增的序列系统进化树Bootstrap值高度相关(r=0.86,P=0.001),基因距离差异无统计学意义(Z=-8.10,P=0.443)。结论以前病毒DNA为模板能显著提高扩增阳性率,特别是在抗病毒治疗家庭中。前病毒DNA在一定程度上可以代替RNA为模板进行扩增,判断家庭内传播的关系。 展开更多
关键词 HIV-1 单阳家庭 基因特征分析 基因距离
原文传递
Discrimination between Demodex folliculorum(Acari:Demodicidae) isolates from China and Spain based on mitochondrial cox1 sequences 被引量:2
20
作者 Ya-e ZHAO Jun-xian MA +2 位作者 Li HU Li-ping WU Manuel DE ROJAS 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2013年第9期829-836,共8页
For a long time,classification of Demodex mites has been based mainly on their hosts and phenotypic characteristics.A new subspecies of Demodex folliculorum has been proposed,but not confirmed.Here,cox1 partial sequen... For a long time,classification of Demodex mites has been based mainly on their hosts and phenotypic characteristics.A new subspecies of Demodex folliculorum has been proposed,but not confirmed.Here,cox1 partial sequences of nine isolates of three Demodex species from two geographical sources(China and Spain) were studied to conduct molecular identification of D.folliculorum.Sequencing showed that the mitochondrial cox1 fragments of five D.folliculorum isolates from the facial skin of Chinese individuals were 429 bp long and that their sequence identity was 97.4%.The average sequence divergence was 1.24% among the five Chinese isolates,0.94% between the two geographical isolate groups(China(5) and Spain(1)),and 2.15% between the two facial tissue sources(facial skin(6) and eyelids(1)).The genetic distance and rate of third-position nucleotide transition/transversion were 0.0125,2.7(3/1) among the five Chinese isolates,0.0094,3.1(3/1) between the two geographical isolate groups,and 0.0217,4.4(3/1) between the two facial tissue sources.Phylogenetic trees showed that D.folliculorum from the two geographical isolate groups did not form sister clades,while those from different facial tissue sources did.According to the molecular characteristics,it appears that subspecies differentiation might not have occurred and that D.folliculorum isolates from the two geographical sources are of the same population.However,population differentiation might be occurring between isolates from facial skin and eyelids. 展开更多
关键词 Demodex folliculorum cox1 partial sequences DIVERGENCE genetic relationship phylogenetic tree
原文传递
上一页 1 2 下一页 到第
使用帮助 返回顶部