云南松SSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立适宜云南松SSR-PCR的反应体系和扩增程序,利用近缘种火炬松的引物,采用正交设计L16(45)对云南松SSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了适于云南松的SSR反应体系。在10μL的反应体系中,模板DNA的用量为30.0 ng,TaqDNA聚合酶的用量为1.0 U,Mg2+的浓度为2.0 mmol/L,dNTPs浓度为0.4 mmol/L,引物的浓度为0.2μmol/L。扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性45 s,48℃退火30 s,72℃延伸30 s,30个循环;72℃延长10 min,4℃保存。最后利用1个居群对该体系进行稳定性验证,结果可用于云南松SSR标记的研究。

云南松SSR-PCR反应体系的优化研究

本项研究以云南松实生苗幼嫩针叶为材料,采用单因素试验设计,分析云南松SSR-PCR扩增反应体系中各组分对扩增结果的影响,并进一步采用正交试验设计对SSR-PCR扩增反应程序进行优化。结果表明,在15μL SSR-PCR反应体系中包括,1×Taq PCR Buffer,模板DNA用量30 ng,Taq聚合酶用量1.0 U,0.2 mmol·L-1dNTPs,3.0 mmol·L-1Mg2+以及正、反引物各0.2μmol·L-1;扩增反应程序为,94℃预变性4 min;94℃变性30 s,退火30 s,72℃延伸45 s,35个循环;最后72℃延伸10 min,4℃保存。该反应条件的建立为开展云南松种质资源SSR分子标记研究提供了参考依据。

大蒜SSR体系的建立与优化

为建立适宜大蒜（Allium sativum L.）的SSR反应体系和扩增程序,应用L16（45）正交设计对影响SSR-PCR的主要参数进行优化。结果表明,适宜大蒜的SSR反应体系总体积为20μL,其中含TaqDNA聚合酶0.02 U/μL、引物为0.2μmol/L、Mg2＋2.0 mmol/L、dNTP 0.2 mmol/L、DNA 30 mg/L;PCR适宜扩增程序为：94℃预变性3 min,94℃变性30 s,55℃45 s,72℃延伸90 s,35次循环,94℃变性30 s,53℃45 s,72℃延伸1 min,10次循环的最后一个循环延伸增加为10 min。并优化引物最适合退火温度为53.5~58.5℃。利用此反应体系对40份大蒜品种进行SSR扩增并电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,证明此体系稳定可靠。在此基础上,利用优化的SSR反应体系对100对大葱SSR引物进行筛选,从中筛选出1对扩增谱带清晰稳定性好的SSR引物,并对40份大蒜品种进行遗传多样性分析。这一对SSR引物共检测出3个多态性条带可将供试材料聚为2大类,大部分品种（系）都按照其地理来源和遗传背景进行聚类。

光萼荷属植物SSR反应体系确立与指纹图谱构建

利用正交试验设计优化并确立光萼荷属(Aechmea)植物SSR反应体系,构建部分光萼荷属植物的SSR分子指纹图谱。结果表明:光萼荷属植物的最佳SSR反应体系为10μL总体积包括1×PCR buffer、Mg2+2.0 mmol.L-1、dNTPs 200μmol.L-1、引物2.5μmol.L-1、模板DNA 90 ng和Taq DNA聚合酶1.5 U。利用该体系和6对SSR引物对15份光萼荷属植物进行扩增反应和电泳检测,其中M1、M3、M4等3对SSR引物扩增图谱清晰、多态性较高,均能将该15份光萼荷属植物鉴别出来,初步建立了15份光萼荷属植物的SSR分子指纹图谱,进一步证明该SSR反应体系稳定可靠,可以有效用于光萼荷属植物种质资源鉴定。

正交设计优化大豆SSR-PCR反应体系及引物筛选

以大豆(Glycine maxL.)为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对大豆SSR扩增结果的影响,并确定影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量。以CTAB法提取的大豆叶片DNA为模板,应用L16(44)正交设计对影响大豆SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适合大豆SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。大豆SSR-PCR优化反应体系为:2.0μL10×PCRBuffer,30 ng模板DNA,150μmol/LdNTP,0.4μmol/LSSR引物,1.5 UTaqDNA聚合酶,2.0 mmol/L Mg2+,加ddH2O至终体积20.0μL。优化的PCR扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,50℃退火1 min,72℃延伸1 min,共35个循环,72℃延伸5 min,4℃保存。同时选用200对大豆引物对2份材料进行扩增,筛选出条带清晰,多态性好的引物74对,用于大豆SSR标记的进一步研究。

正交设计优化狗牙根SSR-PCR反应体系

以SDS法提取的狗牙根(Cynodon spp.)叶片DNA为模板,应用正交试验设计,从Mg^(2+)、dNTP、引物和DNA聚合酶4种因素三个水平,对SSR扩增效果进行研究,并通过比较不同浓度模板DNA的浓度对PCR扩增的影响,确立适合狗牙根SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响,狗牙根SSR-PCR优化反应体系为:10×buffer、60 ng模板DNA、Mg^(2+)2.5 mmol/L、dNTP 200μmol/L、primer 0.8μmol/L和Taq DNA聚合酶0.5U,总体积10μL。运用该体系对包括三种10份优良坪用型狗牙根进行了检验,证明该体系稳定可靠。这一优化体系的建立为今后利用SSR标记技术进行狗牙根遗传多样性研究、种质资源鉴定以及亲缘关系分析等提供依据。

红松SSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立红松SSR-PCR最佳反应体系,以CTAB法提取的红松针叶DNA为模板,应用单因子试验及L16(45)正交试验系统分析了DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶浓度等对SSR-PCR扩增结果的影响,并对延伸时间、热循环参数进行了探讨,建立了稳定的、可重复的红松SSR-PCR最佳反应体系及PCR扩增参数。结果表明,PCR的最佳反应体系为:10μL体系中,1×PCRbuffer1μL、DNA模板50～120ng,Mg2+3mmol/L,dNTP0.4mmol/L,引物0.5μmol/L,Taq酶0.75U。利用该体系筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物13对。在此反应体系下,所扩增谱带清晰、稳定、多态性高。

香菇SSR-PCR技术体系的优化及其在遗传多样性分析中的初步应用

为建立稳定的香菇SSR技术体系,采用L16(45)正交试验设计,对影响香菇SSR-PCR的主要因素进行了优化筛选,建立了最佳的反应体系。在20μl反应体系中,包含1.5mmol/LMg2+,75ng模板DNA,0.25mmol/L dNTPs,0.50μmol/L引物及1.5UTaq酶。梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为62℃。以该体系为基础,应用5对引物扩增8个香菇菌株的基因组DNA,扩增条带清晰稳定,聚类分析结果能较好地反映供试菌株的地理来源关系。以0.5的相似性为分割点,8个菌株可分成2大类群。类群Ⅰ主要由北方菌株组成,类群Ⅱ由南方菌株组成。该研究为SSR标记技术在香菇分子生物学研究方面的应用奠定了基础。

月季SSR-PCR反应体系的建立和优化

采用L16（54）正交设计和二因素完全随机试验,分析了月季SSR-PCR反应体系的主要成分TaqDNA聚合酶、样本浓度、Mg2＋浓度d、NTP浓度以及引物浓度对扩增结果的影响,建立了适合月季的SSR反应体系。研究结果表明：在20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶宜加入1.5 U,样本最适宜浓度为30-40 ng,Mg^2＋的最适浓度为1-1.5 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为1μmol/L。用建成的反应体系对19对引物筛选,对12个月季品种扩增,3%的琼脂糖凝胶电泳检测,品种间DNA谱带多态性丰富,证明该体系稳定可靠。

树莓SSR体系的建立及优化

为建立适宜树莓(Rubus idaeus L.)的SSR分析体系,设计Taq DNA聚合酶、Primer、Mg2+、dNTP和DNA的5因素4水平正交试验,对SSR反应体系进行筛选和优化。结果表明:适宜树莓的SSR分析体系为15μL反应体系中含Taq DNA聚合酶0.5U,Primer 0.2μmol·L-1,Mg2+0.9mmol·L-1,dNTP 0.25 mmol·L-1,DNA 60ng;Primer Rubus285a的最佳退火温度为54～59℃。利用此反应体系对部分树莓品种进行SSR-PCR扩增并电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,证明此体系稳定可靠。

芒果SSR-PCR反应体系的优化

通过正交实验,以芒果品种金煌芒为材料,对影响芒果SSR-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、Taq酶、模板DNA、引物这5个因素进行了优化。结果表明,各因素水平变化对PCR反应影响的显著性依次为:模板DNA>dNTPs>引物>Mg2+>Taq酶。最终确立SSR反应体系的最优条件为:20μL体系中,10×buffer2μL,模板DNA80ng,dNTPs0.4mmol/L,引物0.2μmol/L,Mg2+1.8mmol/L,Taq酶0.75U。

正交设计优化茄子SSR反应体系

以茄子基因组 DNA 为模板,利用正交设计方法对茄子 SSR 反应体系中的 Mg^(2+)、模板 DNA、Taq 聚合酶、dNTP、引物5个因素进行了优化,同时对反应程序中的退火温度及循环次数进行筛选。结果确定了茄子10 μL体积 SSR 反应体系的最优条件为:Buffer 为1 μL,Mg^(2+)为2.25 mmol·L^(-1),dNTP 为400 μmol·L^(-1),上下游引物各为39.60 ng,Taq 聚合酶为0.75 U,DNA 约为100ng。PCR 程序为94 ℃预变性2 min;然后进行35个循环的94℃变性30 s,52℃复性30 s,72℃延伸45 s;72℃延伸8 min 后4℃保存。

航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系的优化以及引物的筛选

航天育种的变异频率高、变异幅度大、有益变异多、稳定性强,优势明显。依据正交试验设计原理,设计了用正交试验和细调正交试验来确定航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系中各成分的浓度,从dNTP、Taq酶、Pri mers、Mg2+4种因素对航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR反应体系进行了优化,得到适合航天搭载紫花苜蓿SSR-PCR最佳反应体系,即25μL的反应体系中含有dNTP 0.2 mmol/L、TaqDNA聚合酶2U、引物0.7μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、以及10×buffer和60 ng模板DNA。在试验确定最佳反应体系基础上,对17对SSR引物进行筛选,选出6对扩增条带信号强、背景清晰的引物。

菊花SSR-PCR反应体系的建立和优化

为快速确定菊花SSR反应体系,利用正交实验设计L16(45)对菊花基因组SSR-PCR反应体系的5个因素(模板DNA、Mg2+、dNTP、引物和Taq酶)在4个水平上进行正交设计,筛选出适合菊花的最佳SSR-PCR反应体系,进一步利用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平。结果表明:建立菊花基因组DNA SSR-PCR反应体系为25μL:60ng模板DNA、2.0mmol/L Mg2+、0.1mmol/L dNTP、0.3μmol/L引物、1UTaq酶。并对菊花引物进行梯度退火试验,其最佳退火温度在53.1℃;扩增程序是:95℃预变性5min;32个循环的94℃变性50s、53.1℃退火50s、72℃延伸50s;72℃延伸8min,4℃保存。该体系的建立为今后菊花SSR分析奠定了基础。

结缕草SSR反应体系的正交优化(英文)

为了快速获得结缕草（Zoysia japonica）SSR反应体系，采用5因素（模板DNA，Mg^2＋，dNTP，Taq酶和引物）4水平正交设计筛选合适的结缕草SSR体系，并通过随机挑选3对Tm相近的引物对该优化体系进行验证。结果表明：正交设计可应用于SSR—PCR反应体系的优化，20μl最佳PCR反应体系中包括2μl 10×buffer、1．0U Taq酶、0．2mM 引物、100ng 模板 DNA、0．2mM dNTP、2．0mM Mg^＋；对结缕草进行梯度退火实验，其最佳退火温度为56～58℃；可行扩增程序是：94℃预变性4min、进行35个循环的94℃变性30S、56～58℃退火40S，72℃延伸1min；72℃延伸10min，4℃保存；该最适反应体系的建立，为今后结缕草SSR分析奠定了坚实基础。

羽衣甘蓝SSR反应体系的优化

为优化羽衣甘蓝(Brassica oleracea var.acephala)SSR反应体系,并利用优化的体系进行引物的筛选。采用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平,并采用L16(45)正交设计进行试验优化,建立了羽衣甘蓝SSR-PCR最佳反应体系。结果表明,各因素不同水平浓度对扩增结果均有一定影响,羽衣甘蓝基因组DNA的最佳SSR反应体系为DNA模板量(50 ng/μL)1.0μL,10×PCR Buffer 1.0μL,引物量(2.0μmol/L)上下游各3.0μL,dNTPs(2.5 mmol/L)0.8μL,Taq聚合酶(5 U/μL)0.2μL,ddH2O 1.0μL,总体积10μL。检测了优化体系的稳定性,利用优化的反应体系对芸薹属植物20对SSR引物进行扩增并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,在所选用的20对引物中,18对扩增出了清晰的条带,11对具有特异扩增条带,多态性引物比率为61%,验证了该体系可用于羽衣甘蓝SSR-PCR扩增和SSR引物的筛选。

赤松ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立赤松ISSR-PCR反应体系,利用正交试验分别对影响赤松PCR反应的dNTP浓度、Mg^(2+)浓度、Taq酶浓度、引物浓度、模板浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定引物的最佳退火温度和循环次数.最终确定赤松ISSR-PCR最佳反应体系及扩增条件为:25μL反应体系中含2.5μL 10×PCR Buffer、3 mmol·L^(-1)dNTP、1.5 mmol·L^(-1)Mg^(2+)、0.5 U Taq酶、0.3μmol·L^(-1)引物、9 ng模板;扩增程序为:94℃预变性5 min,然后进行94℃变性30 s,55℃退火45 s(退火温度随引物不同而变化),72℃延伸2 min,35个循环,最后72℃延伸7 min.这一ISSR-PCR反应体系,为今后利用ISSR技术对赤松进行物种分类鉴定奠定了基础.

福建省53份茶树种质资源SSR-PCR反应体系的优化

[目的]优化茶树种质资源SSR-PCR反应体系。[方法]以福建省不同地区的53份茶树种质资源作为SSR-PCR体系优化的供试材料,通过L16(43)正交试验设计,对茶树SSR-PCR反应体系的3个影响因素:DNA模板浓度(ng/μL)、引物浓度(mmol/L)和Taq酶浓度(U)在4个水平上进行比较筛选,并进行PCR验证。[结果]优化后最佳的福建省茶树SSR-PCR反应体系为25μL体系,其中DNA模板浓度50 ng/μL、引物浓度0.25 mmol/L、Taq酶浓度1.25 U。并从23对茶树SSR引物中筛选出5对清晰、明亮、无杂带的引物,适用于福建省茶树SSR标记的进一步研究。[结论]该研究可为后续福建省茶树品种的亲缘关系分析、杂交品种的选育等研究提供依据。

火炬松SSR-PCR反应体系的建立及引物筛选

以火炬松(Pinus teada)幼嫩针叶为材料,采用单因素试验设计分析各组分对SSR-PCR扩增结果的影响,并进一步应用正交试验设计,从DNA模板、引物、d NTPs、Mg2+和Taq酶5个因素3个水平对SSR扩增效果进行研究,确定火炬松SSR-PCR的最佳反应体系。结果表明:各因素不同水平浓度对SSR-PCR反应结果均有影响,火炬松SSR-PCR优化后的反应体系为:DNA模板80 ng、引物0.3μmol/L、dNTPs 0.20 mmol/L、Mg^(2+)2.0 mmol/L、Taq酶1.00 U、1×PCR Buffer,总体积25μL。运用该体系从60对引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物8对,并用不同火炬松家系进行了检验,证明该体系稳定可靠。

马铃薯SSR-PCR反应体系的建立和优化

应用L16(45)正交设计对影响马铃薯SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适于马铃薯SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。马铃薯SSR-PCR优化反应体系为:10×PCR Buffer 1.0μl、模板DNA约30 ng、dNTP 200 mol/L、SSR引物66 ng、Taq DNA聚合酶0.25 U、Mg2+2.25 mmol/L,加ddH2O至终体积10.0μl。PCR扩增程序如下:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,53℃复性1 min,72℃延伸1.5 min,共35个循环;72℃延伸10 min,然后4℃保存。