泌尿生殖道感染沙眼衣原体PmpF基因多态性及分布特征

目的探讨泌尿生殖道感染沙眼衣原体PmpF基因的多态性及与临床感染的关系。方法收集2013年1月到2014年12月于解放军252医院就诊患者送检的泌尿生殖道分泌物标本,标本处理后使用沙眼衣原体核酸检测试剂盒筛选阳性标本,然后以巢式PCR扩增PmpF基因,扩增得到的PmpF基因选用4种内切酶进行酶切及RFLP分析并确定其基因型,根据PmpF-RFLP结果,选择代表菌株测定PmpF基因序列进行系统发育分析,进一步验证PmpF-RFLP结果,同时测定代表菌株的Omp1基因序列并与参考菌株进行比较,从而确定代表菌株的血清型。通过χ~2检验探讨沙眼衣原体PmpF基因型与患者性别、年龄的关系以反映其临床分布特征。结果 2年间从妇科、泌尿科和皮肤科3个科室获得阳性标本178份,117份标本扩增得到PmpF基因,PmpF-RFLP将117份标本分为3个Type型,占比分别为2.6%、36.8%、60.7%,挑选26株菌株进行Omp1序列测定,结果显示26株菌株属于D、Da、E、F、G、H、J 7种血清型,统计学分析表明PmpF基因型与患者性别、年龄的Fisher精确检验值分别为0.167、0.008。结论本地区引起泌尿生殖道感染的沙眼衣原体可以根据PmpF基因分成3个基因型,包括D、Da、E、F、G、H、J 7种血清型,血清型与PmpF基因型无对应关系,PmpF基因型与患者年龄有关,与性别无关。

沙眼衣原体多态膜蛋白PmpF基因克隆及生物信息学分析

目的克隆沙眼衣原体的多态膜蛋白PmpF基因,分析其生物学特征。方法以沙眼衣原体L2菌株DNA为模板,PCR扩增PmpF基因,克隆后测序,采用生物信息软件、数据库对其进行同源性比对,并分析其编码蛋白的主要化学特征、结构功能以及B细胞抗原表位。结果 PCR扩增实验株沙眼衣原体PmpF基因核苷酸序列长度为3 099bp,该菌株与同一生物型同源性≥99.97%,与不同生物型同源性<89.32%;与同一生物型氨基酸序列同源性≥99.90%,与不同生物型同源性达<89.25%。编码蛋白的分子质量单位为112.538 2ku,等电点为9.15,该蛋白具有信号肽和2个结构域。对蛋白质的二级结构和柔性区、氨基酸的亲水性、抗原指数及表面可及性预测结果分析,推测该蛋白含有14个优势B细胞抗原表位。结论本研究克隆了沙眼衣原体PmpF基因,推测其表达蛋白含B细胞抗原表位。为研究此基因的生物学功能奠定了基础。