沙眼衣原体多态膜蛋白PmpF基因克隆及生物信息学分析

目的克隆沙眼衣原体的多态膜蛋白PmpF基因,分析其生物学特征。方法以沙眼衣原体L2菌株DNA为模板,PCR扩增PmpF基因,克隆后测序,采用生物信息软件、数据库对其进行同源性比对,并分析其编码蛋白的主要化学特征、结构功能以及B细胞抗原表位。结果 PCR扩增实验株沙眼衣原体PmpF基因核苷酸序列长度为3 099bp,该菌株与同一生物型同源性≥99.97%,与不同生物型同源性<89.32%;与同一生物型氨基酸序列同源性≥99.90%,与不同生物型同源性达<89.25%。编码蛋白的分子质量单位为112.538 2ku,等电点为9.15,该蛋白具有信号肽和2个结构域。对蛋白质的二级结构和柔性区、氨基酸的亲水性、抗原指数及表面可及性预测结果分析,推测该蛋白含有14个优势B细胞抗原表位。结论本研究克隆了沙眼衣原体PmpF基因,推测其表达蛋白含B细胞抗原表位。为研究此基因的生物学功能奠定了基础。