四川省几种重要猪腹泻病毒分子流行病学调查及其变异性分析

为了解四川地区流行的猪腹泻病毒类型及其分子流行病学特征,本研究用荧光定量PCR对2021—2023年四川省多个地区来源的猪腹泻样本进行检测;用RT-PCR对猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪A群轮状病毒(PoRVA)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪捷申病毒(PTV)进行分型鉴定,并分析其基因变异性、遗传进化特征和重组事件。结果显示,PEDV、PoRVA、PDCoV和PTV在四川地区仍呈现流行趋势,其总体阳性率分别为:14.2%(40/281)、13.2%(37/281)、15.6%(44/281)和12.5%(35/281),以PEDV与其他病原混合感染最为常见。本次检测共获得6株G2b型PEDV、3株G3型PDCoV、3株G9P[13]型PoRVA、1株G3P[13]型PoRVA、3株5型PTV、1株9型PTV。6株PEDV毒株与CV777、DR13、KPEDV-9、Chinju99、KNU-0801、AJ1102和LW/L等7个疫苗毒株相比在COE区和S1D中和表位区存在多个氨基酸突变位点;其中PSCLZ01和PSCMY04株在进化树中单独形成一个小支。3株PDCoV与四川往年流行毒株的遗传进化距离较近,但与其相比存在6~48个氨基酸的突变。4株PoRVA与早期疫苗株LLR相比,VP4基因有104~108个氨基酸变异,VP7基因有25个共同的氨基酸变异;从进化树上看,RSCMY01/G3P[13]的VP7基因与黑龙江毒株LNCY同属一个分支,但其VP4基因又与四川SCYA-C7聚为一支,表明该株PoRVA可能是在不同基因型毒株跨省际间传播过程中发生了基因重配。值得注意的是,本次检出PTV-5型和PTV-9型样本中,其他腹泻病毒均为阴性,表明上述两种基因型PTV可能是猪腹泻的重要病原。此外,PEDV PSCLZ01株和PDCoV PCSCMY02株的S基因都发生了重组事件,且亲本毒株来自国内外不同地区。上述结果揭示了近年四川地区流行的主要猪腹泻病毒类型及其基因多样性和遗传变异规律,丰富了四川地区猪腹泻病原的分子流行病学资料,为本地区猪腹泻病的防控和净化提供了重要的理论依据。

贵州省2017年~2023年PEDV和Po RVA流行病学调查及Po RVA VP7、VP4基因的遗传演化分析

为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪A群轮状病毒(Po RVA)的流行情况,本研究对2017年~2023年来自贵州省9个地区139个猪场的165份仔猪粪便样品进行Taq Man RT-q PCR检测,并对Po RVA阳性样品VP7、VP4基因进行RT-PCR扩增、测序,遗传进化分析及其编码氨基酸序列的变异分析。结果显示,PEDV、Po RVA和PEDV+Po RVA的感染率分别为67.88%(112/165)、38.79%(64/165)和21.21%(35/165),且在不同年份、不同地区和不同季节均检出三者的感染。PCR结果显示,本实验扩增出27株Po RVA VP7基因和22株VP4基因;遗传进化分析结果显示共鉴定出6种G型和3种P型,其中G9(29.63%)和P[13](68.18%)为优势基因型,G3、G4、G5、G11、G26、P[6]和P[23]分别占7.41%、22.22%、22.22%、3.70%、14.81%、13.64%、18.18%。21份Po RVA样品鉴定出10种G/P组合基因型,G9P[13](19.05%)为优势组合基因型,G4P[13]、G5P[13]、G3P[13]、G4P[6]、G5P[23]、G9P[23]、G11P[13]、G26P[6]、G26P[13]分别占14.29%、14.29%、9.52%、9.52%、9.52%、9.52%、4.76%、4.76%及4.76%。同源性分析结果显示,27株VP7基因和22株VP4基因序列与NX疫苗株相应基因序列之间的同源性分别为75.5%~94.0%和68.5%~75.6%,氨基酸序列的同源性分别为78.3%~96.6%和72.0%~82.5%,部分Po RVA上述基因序列与国外、人源RVA的同源性最高。氨基酸位点变异分析结果显示,与NX疫苗株相比,所测Po RVA VP7和VP4氨基酸序列均存在特征性位点的变异,其中G型Po RVA VP7无氨基酸位点的缺失和插入,G9型Po RVA VP7存在3处(I~(208)T、K~(212)A/V/T、V~(271)I)变异,G3、G4、G5、G11和G26型Po RVA VP7存在17处(S~(28)R/K、A~(29)I/T/M/V、L~(40)I/V、V~(44)L、S~(71)T、Q~(73)G/N/S/E、S~(90)A/Q/K/R、G~(94)N/S/A/K、N~(100)D/E、T~(122)A/S、T~(147)A/G/N/D、Q~(189)S/T、I~(208)L/Q/T、K~(212)T/I/P/N、A~(213)N/T/D、E~(267)D/N、V~(271)I)变异;3株P[6]型Po RVA VP4在aa136缺失T,13株P[13]型Po RVA VP4在aa188~aa189插入E/D~Y/F,P[6]、P[13]和P[23]型Po RVA VP4存在26处(I~(92)V、Q~(94)E、Q~(113)T/P/N、T~(114)N/Q/S/R、T~(115)Q/E、N~(116)S/L/T、P~(148)A/Q/V/S/I、T~(180)E/N/D、P~(162)T、I~(174)V/L、C~(269)Y、R~(281)N、A~(286)L/S、T~(302)N、A~(340)S/V、T~(379)S、T~(403)A、S~(438)P、R~(553)K、A~(569)A、M~(570)L、A~(608)S、E~(660)D、I~(726)F、K~(733)N、S~(739)T)变异。上述结果表明,2017年~2023年贵州省PEDV和Po RVA感染率高且基因型复杂,其中Po RVA存在以G9型、P[13]型为主的流行,优势组合基因型为G9P[13]。本研究丰富了贵州省PEDV和PoRVA的流行病学资料,尤其为PoRVA感染的防控和候选疫苗株的筛选提供了参考数据。