杨树基因组AMT转运蛋白的生物信息学特性(英文)

本研究中,通过隐马尔科夫模型(HMM)和杨树蛋白质库搜索,共找到 17 个杨树铵转运体蛋白(PtAMTs)。利用生物信息学方法,我们对杨树家族 17 条 AMT 蛋白序列的系统发生和 AMT 基因组定位进行分析,然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构进行预测和分析,同时还分析了杨树与拟南芥、水稻、番茄、百脉根和欧洲油菜的 AMT 基因家族之间的联系。二级结构预测结果发现不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;α- 螺旋和无规则卷曲为主要二级结构组成部分。同源性比对分析表明,PtAMT 基因家族主要分为 2 个亚家族,AMT1 (11 个成员)和 AMT2 (6 个成员),基因结果分析表明 AMT2 亚家族成员不含内含子。杨树 AMT 蛋白的亚细胞定位分析表明 PtAMT 主要定位于膜结构上。电子表达图谱分析结果表明:只有 XP_002309151 和 XP_002334025 基因有对应的 EST 序列,并有相应的电子表达谱,并主要在花蕾表达。