齿裂菌属和皮下盘菌属ISSR-PCR最佳反应条件的研究

在利用ISSR技术分析齿裂菌属和皮下盘菌属遗传多样性的研究中,为获得条带清晰、重复性好的ISSR扩增结果,对影响ISSR-PCR的条件进行了筛选,确定了此类菌物ISSR-PCR反应的最适宜条件:在15μLPCR反应体系中,10倍Taq酶缓冲液1.5μL,DNA模板8ng/μL,MgCl22.5mmol/L,dNTP0.15mmol/L,引物浓度0.4μmol/L,Taq酶1.00U,ddH2O9.0μL。最佳退火温度因不同的引物而定,最佳循环次数为35次。

散斑壳属ISSR-PCR反应条件的优化

以散斑壳属(Lophodermium)T29、T50、T62、R111菌株为研究材料,对该属ISSR-PCR反应体系中的模板DNA浓度、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶浓度以及退火温度等条件进行优化,寻找出适合此类真菌ISSR-PCR反应的最佳反应体系为15μL反应体系中,模板DNA浓度为4～8ng/μL、引物浓度0.4～0.5μmol/L、Mg2+浓度2.0～2.5mmol/L、dNTPs浓度0.15～0.30mmol/L、TaqDNA聚合酶量1.5～2.5U,退火温度为52℃。

麻楝ISSR-PCR反应体系的建立及优化

模板DNA、引物、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs),镁离子(Mg2+)浓度、Taq DNA聚合酶的用量以及退火温度是影响简单序列重复区间扩增-聚合酶链式反应(ISSR-PCR)的主要因素。以麻楝Chukrasia tabularis叶片基因组DNA为试验材料,系统地测试这6个因素对麻楝ISSR-PCR反应结果的影响。结果表明:最优的反应体系为20μL反应体系中含30 ng模板DNA,1.00μmol.L-1随机引物,0.15 mmol.L-1dNTPs,2.50 mmol.L-1Mg2+,2.50×16.67nkat Taq DNA聚合酶。最佳退火温度为56℃,ISSR-PCR反应程序为94℃预变性5.0 min,94℃变性45 s,56℃退火45 s,72℃延伸1.5 min,40个循环;72℃再延伸7.0 min,4℃保存。应用优化的ISSR-PCR反应体系对24份麻楝个体材料进行扩增,均能扩增出丰富稳定的条带。

萱草属植物ISSR-PCR反应体系的优化

以萱草属的3种植物为材料,对影响ISSR-PCR扩增效果的因素Taq酶用量、Mg2+浓度、dNTP用量、引物用量、模板DNA浓度以及退火温度等指标进行单因子筛选和优化,建立了适合萱草属植物ISSR-PCR分析的最佳PCR反应体系:20μL反应体系中Taq酶0.6U、Mg2+1.8mmol/L、1×Buffer2μL、dNTP0.2mmol/L、引物0.6mmol/L、DNA模板10ng/μL。扩增程序为94℃预变性5min,94℃变性40s,52℃退火45s,72℃延伸1.50min,共39个循环;72℃完全延伸5min,4℃保持。该反应体系及扩增程序扩增谱带清晰,产物量多,为利用ISSR-PCR分子标记研究萱草属植物的遗传多样性提供标准反应条件。

麻疯树ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以2年生的麻疯树嫩叶提取的DNA作为模板,固定ISSR-PCR扩增程序,对影响PCR扩增的模板DNA、dNTP、引物、TaqDNA聚合酶以及Mg2+浓度等5因素(不同水平)进行单因素设计优化,得到适合于麻疯树ISSR-PCR扩增的体系为:25μL反应体系中,含模板DNA300 ng、dNTP 0.15 mmol/L、引物0.20μmol/L、TaqDNA聚合酶1.0 U及Mg2+3.0 mmol/L。

毛白杨ISSR反应体系的建立及优化

为应用ISSR技术开展毛白杨遗传变异分析、辅助育种、品种鉴定、系统进化等研究,以(GTG)6为引物,通过单因子实验分别研究了退火温度、引物浓度d、NTP浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量对毛白杨ISSR-PCR反应的影响,建立并优化了适宜于毛白杨ISSR分析的扩增体系:20μL PCR反应体系,1×Taq DNA酶缓冲液(10 mmol/L Tris--HCl,50 mmol/L KCl,0.1%Trion X-100,pH 9.0),1.5 mmol/L MgCl2,1.0 U Taq酶,10 ng模板DNA,0.2μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTP.引物(GTG)6的最适退火温度为61℃.

珍稀植物杨叶肖槿ISSR体系建立及检测

针对珍稀植物杨叶肖槿ISSR反应的特点,建立了适用于杨叶肖槿遗传多样性研究的ISSR最适反应体系,具体包括:2.0μL 10×Buffer,27.5ng的模板DNA,2.0μL的dNTP,1U的Pyrobest DNA酶,1.25μmol/L的引物;最佳反应程序为94℃预变性5min,然后94℃变性1min,49℃退火45s,72℃延伸1min,35个循环;最后72℃延伸10min,4℃终止反应。应用该优化的反应体系筛选出了10条稳定性强、清晰度高而且表现出一定多态性的ISSR引物,并对杨叶肖槿进行了检测,获得了清晰稳定的扩增图谱。

都支杜鹃ISSR扩增条件的优化

对珍稀濒危物种都支杜鹃的ISSR扩增体系中的Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶含量和底物含量进行优化,并在优化后的基础上筛选出8条效果较好的引物,在梯度PCR仪中设置温度梯度,找到这些引物的最佳退火温度。优化结果表明,至少在一定的范围内底物浓度和Taq酶含量对PCR反应结果影响不大,相对而言,dNTP浓度和Mg2+浓度对反应结果的影响更加显著。优化后的15 ul PCR反应体系中包括20 ng模板DNA、0.3μM引物、1.5 ul Buffer(Mg2+free),0.5 U Taq酶、1.5 mM MgCl2和0.1 mM dNTP。