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New Investigation of Potential Acting on an Electron in a Molecule to Draw Molecular Faces
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作者 DU Xia ZHU Yijing +1 位作者 LIU Shuang ZHAO Dongxia 《Chemical Research in Chinese Universities》 SCIE CAS CSCD 2015年第6期982-986,共5页
A new approach to calculate the potential acting on an electron in a molecule(PAEM) has been established for drawing the molecular face(MF) of a macromolecule, according to the classic point charge model and the a... A new approach to calculate the potential acting on an electron in a molecule(PAEM) has been established for drawing the molecular face(MF) of a macromolecule, according to the classic point charge model and the atom-bond electronegativity equalization method(ABEEMσπ) for one electron in a molecule. We introduced a dy- namic charge distribution from the view of a local electron movement in a molecule based on the new approach, and as further direct evidence, we calculated some physical quantities using the original ab initio method and the new method to verify the accuracy of the method, such as the boundary distance(BD), molecular face surface area(MFSA) and molecular reactivities indicated by the MFs for a variety of organic molecules. All the results by the new method are in agreement with the results by ab initio method. 展开更多
关键词 potential acting on an electron in a molecule(paem) molecular face(MF) Boundary distance(BD) molecular face surface area(MFSA)
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Exploration of the potential acting on an electron within diatomic molecules 被引量:3
2
作者 ZHAO Dongxia GONG Lidong YANG Zhongzhi 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2002年第8期635-640,共6页
The potential acting on an electron within a molecule (PAEM) is formulated, and then calculated using the ab initio MELD program plus a separate calculation program in the RHF molecular orbital theory, finally the thr... The potential acting on an electron within a molecule (PAEM) is formulated, and then calculated using the ab initio MELD program plus a separate calculation program in the RHF molecular orbital theory, finally the three-dimensional graphs of the potentials have been drawn. We have systematically investigated this kind of the potentials for a series of the diatomic molecules, such as HF, HCl, HBr, LiF, LiCl, and so on. The three-dimensional graph can clearly display the variation of the potential felt by an electron within a molecule and get a deeper understanding of the electronic motion and chemical bonding within a molecule. 展开更多
关键词 DIATOMIC molecule potential acting on AN electron three-dimensional graph chemical bonding.
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Molecular intrinsic characteristic contours of small organic molecules containing oxygen atom 被引量:4
3
作者 GONG Lidong ZHAO Dongxia YANG Zhongzhi 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2003年第18期1943-1946,共4页
By utilizing the classical turning point of the electron movement, we have defined and computed the mo-lecular intrinsic characteristic contour (MICC) via the com-bination of the ab initio quantum chemistry computatio... By utilizing the classical turning point of the electron movement, we have defined and computed the mo-lecular intrinsic characteristic contour (MICC) via the com-bination of the ab initio quantum chemistry computational method with the ionization potential measured by photo-electron spectroscopy experiment. In this paper, we calcu-lated the MICCs of several small organic molecules contain-ing oxygen atom for the first time. The three-dimensional pictures have been drawn, by performing a large number of calculations. The analysis on some characterized cross-sec-tions of the MICC can provide atomic spatial changing information in the process of forming a molecule. 展开更多
关键词 moleculAR INTRINSIC CHARactERISTIC contour potential acting on an electron within a molecule small organic molecules CONTAINING oxygen atom ionization potential moleculAR graph.
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Theory on the molecular characteristic contour (Ⅱ)——Molecular intrinsic characteristic contours of several typical organic molecules 被引量:2
4
作者 GONG Lidong ZHAO Dongxia YANG Zhongzhi 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS 2005年第2期89-100,共12页
The molecular intrinsic characteristic contour (MICC) is defined based on the clas-sical turning point of electron movement in a molecule. Three typical organic molecules, i.e. methane, methanol and formic acid, were ... The molecular intrinsic characteristic contour (MICC) is defined based on the clas-sical turning point of electron movement in a molecule. Three typical organic molecules, i.e. methane, methanol and formic acid, were employed as examples for detailed introduction of our method. Investigations on the cross-sections of MICC provide important information about atomic size changing in the process of forming molecules. The electron density distributions on the MICCs of these molecules were calculated and shown for the first time. Results showed that the electron density distribution on the MICC correlates closely with molecular chemical properties, and it provides a new insight into molecular boundary. 展开更多
关键词 moleculAR INTRINSIC CHARactERISTIC CONTOUR (MICC) potential acting on an electron in a molecule electron density organic molecules ab INITIO method.
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杂环化合物的分子形貌的研究 被引量:6
5
作者 赵东霞 夏刚山 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2008年第4期469-473,共5页
杂环化合物广泛存在于自然界,与生物学有关的重要化合物多数为杂环化合物.使用MP2/6-311++G(3df,3pd)优化呋喃、噁唑和异噁唑的几何结构,并计算了分子处于电子基态的第一电离能.使用MELD精密从头计算程序中的SDCI/3-21+G*,并结合我们自... 杂环化合物广泛存在于自然界,与生物学有关的重要化合物多数为杂环化合物.使用MP2/6-311++G(3df,3pd)优化呋喃、噁唑和异噁唑的几何结构,并计算了分子处于电子基态的第一电离能.使用MELD精密从头计算程序中的SDCI/3-21+G*,并结合我们自编的分子形貌程序,研究了这些分子中1个电子所受到的作用势,探讨了化学键区域内的作用势的势垒Dpb大小与化学键强弱的关系,得出Dpb是可以用来表征化学键强弱的1个物理量.同时,描绘出了这些杂环化合物的分子形貌,探讨了杂环化合物中的杂原子对五元环上电子共轭效应的影响. 展开更多
关键词 分子内禀特征轮廓 分子中1个电子所受到的作用势 分子形貌 作用势的势垒(Dpb) 杂环化合物
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应用分子形貌理论研究类SN2反应 被引量:3
6
作者 杨忠志 闵芳 +2 位作者 赵东霞 宫利东 丁艳丽 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2381-2388,共8页
应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的... 应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的动态变化过程. 展开更多
关键词 分子形貌 分子特征边界轮廓 前沿电子密度 分子中一个电子受到的作用势 化学键的Dpb
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分子形貌半经验方法——快速预测D_(pb)的应用 被引量:1
7
作者 杨忠志 刘洋 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2014年第1期63-67,共5页
C-H强弱在理解DNA和RNA的损坏机理中起着非常重要的作用,得到了许多学者们的关注.以3′,5′-二磷酸核酸为模型分子,应用分子形貌半经验理论方法,使用MELD精密从头计算及自编程序快速计算了8种化合物沿着C-H方向上的Dpb.通过分析沿着C-H... C-H强弱在理解DNA和RNA的损坏机理中起着非常重要的作用,得到了许多学者们的关注.以3′,5′-二磷酸核酸为模型分子,应用分子形貌半经验理论方法,使用MELD精密从头计算及自编程序快速计算了8种化合物沿着C-H方向上的Dpb.通过分析沿着C-H方向上的Dpb,预测了化合物中C-H键的强弱,并获得了可能发生H-提取反应的活动顺序.通过计算DNA和RNA分子中糖基沿着C-H方向上的Dpb,预测发生H-提取反应难易程度的顺序分别为C1′-H>C2′-H>C4′-H>C5′-H>C3′-H和C1′-H>C4′-H>C5′-H>C3′-H>C2′-H.计算获得的Dpb数值表明,DNA和RNA中发生H-提取的位点都为C1′-H,预测的结果与文献中基本一致,可以为进一步研究相似体系中发生H-提取反应本质提供参考. 展开更多
关键词 单电子作用势 3′ 5′-二磷酸核酸 H -提取 the potential acting on an electron in a molecule (paem )
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碱基分子中单电子作用势判断化学键强弱的研究 被引量:1
8
作者 杨忠志 杜霞 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第3期356-359,共4页
碱基是遗传物质DNA和RNA的基本结构单元,与基因突变、癌症及遗传疾病许多健康问题息息相关.使用MELD精密从头计算及自编程序,计算了常见碱基分子腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和尿嘧啶中沿各化学键方向上的单电子作用势,并根据单电... 碱基是遗传物质DNA和RNA的基本结构单元,与基因突变、癌症及遗传疾病许多健康问题息息相关.使用MELD精密从头计算及自编程序,计算了常见碱基分子腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和尿嘧啶中沿各化学键方向上的单电子作用势,并根据单电子作用势势垒——Dpb对各化学键的强弱进行了比较.结果表明,N—H键的Dpb值明显高于C—H键的Dpb值,且胸腺嘧啶分子的C7—H键的Dpb相对于其他分子的C—H键明显偏低.由于Dpb可以用来表征化学键的强弱,因此,碱基分子中N—H键要强于C—H键,且胸腺嘧啶中的C7—H键最弱,在DNA中易被自由基或其他基团进攻,该结论与实验结果一致,为进一步探讨碱基分子的相关性质奠定了基础. 展开更多
关键词 碱基 单电子作用势 单电子作用势势垒 化学键强弱
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分子形貌所指示的羟基卡宾及其衍生物的质子转移反应
9
作者 赵东霞 张海霞 +1 位作者 冯文娟 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2187-2196,共10页
分子形貌(Molecular face,MF)定义分子的内禀电子转折边界面,同时在其上计算并描绘出前沿电子密度(MFED).MF不仅能显示分子的形状和大小,还能够指示分子的化学反应性.应用M06-2X/6-311++G(d,p)理论方法,对单线态和三线态羟基卡宾分子及... 分子形貌(Molecular face,MF)定义分子的内禀电子转折边界面,同时在其上计算并描绘出前沿电子密度(MFED).MF不仅能显示分子的形状和大小,还能够指示分子的化学反应性.应用M06-2X/6-311++G(d,p)理论方法,对单线态和三线态羟基卡宾分子及其衍生物的质子化反应进行研究并计算了这些反应的活化能.结果表明,吸电性和供电性较强的取代基,均使单线态反应活化能增大,只有吸电性较强的─CN才能使三线态反应活化能增大.应用分子形貌理论研究了上述反应,不仅展示出分子的形貌变化、与反应位点的关联,以及有关物理量的变化倾向,而且还定量地显示出,单线态羟基卡宾及其衍生物分子边界面上前沿电子密度极大值与极小值的差值,与其质子转移反应的活化能之间存在线性相关. 展开更多
关键词 质子转移反应 活化能 单电子作用势 前沿电子密度 分子形貌
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分子中单电子作用势研究甲酰胺分子内质子转移反应
10
作者 马竞 赵健 赵东霞 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2021年第1期46-51,共6页
质子转移反应是一种常见且重要的化学反应,但反应过程中分子界面上的电子密度和成键情况却鲜为关注.通过分子中单电子作用势PAEM和分子形貌理论对甲酰胺分子内的质子转移反应过程进行研究.结果表明,等PAEM值图能够判断化学键形成或断裂... 质子转移反应是一种常见且重要的化学反应,但反应过程中分子界面上的电子密度和成键情况却鲜为关注.通过分子中单电子作用势PAEM和分子形貌理论对甲酰胺分子内的质子转移反应过程进行研究.结果表明,等PAEM值图能够判断化学键形成或断裂的位置,同时也证实在过渡态时,质子与甲酰胺的O和N原子皆有成键作用.分子形貌展示了质子转移过程中界面上电子密度极值的变化情况.还利用键临界点处的Dpb定量化描述成键的强弱.总体来说,PAEM和分子形貌展示了甲酰胺分子内质子转移过程中成键和分子形状与界面上电子密度的变化情况,为其他质子转移反应机制的研究奠定理论基础. 展开更多
关键词 甲酰胺分子 质子转移反应 分子中单电子作用势 分子形貌理论
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用分子形貌理论探讨杂环化合物的键长、极化率和芳香性 被引量:1
11
作者 赵东霞 李丹慧 +2 位作者 隋明航 朱尊伟 杨忠志 《中国科学:化学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期101-113,1-6,共13页
本文使用MELD精密从头计算中的CISD/3-21+G(d,p)方法,计算杂环化合物的单电子所受到的作用势(PAEM)和分子形貌(MF),探讨这些分子的化学键的单电子势垒(Dpb)与各自相应的化学键键长的关系,得出化学键的单电子势垒可以用来表征化学键的强... 本文使用MELD精密从头计算中的CISD/3-21+G(d,p)方法,计算杂环化合物的单电子所受到的作用势(PAEM)和分子形貌(MF),探讨这些分子的化学键的单电子势垒(Dpb)与各自相应的化学键键长的关系,得出化学键的单电子势垒可以用来表征化学键的强弱;探讨这些分子的杂环内的单电子势垒(Dpr)与分子极化率的关系,可知该势垒可以描述分子的变形性;绘出杂环化合物的分子形貌,计算垂直于分子平面方向上的边界轮廓界面的电子密度,探讨该分子界面电子密度的均匀度与杂环化合物芳香性的关系,进而为杂环芳香化合物的芳香性提出一个定量的标度. 展开更多
关键词 分子形貌 分子单电子作用势杂环化合物 化学键键长 极化率 芳香性
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惰性气体原子与HF分子相互作用的分子形貌动态研究
12
作者 蒋雪 王月娇 +2 位作者 刘星 杨忠志 赵东霞 《分子科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期405-414,共10页
研究了惰性气体原子(Rg=He,Ne,Ar和Kr)分别向HF分子两端原子接近过程中分子形貌的动态变化,使用MELD精密从头算方法中的CISD/6-311++G(2d,2p)方法,计算了FH-Rg和HF-Rg2个二聚体的单电子作用势、分子平面的边界轮廓以及相应界面上的电子... 研究了惰性气体原子(Rg=He,Ne,Ar和Kr)分别向HF分子两端原子接近过程中分子形貌的动态变化,使用MELD精密从头算方法中的CISD/6-311++G(2d,2p)方法,计算了FH-Rg和HF-Rg2个二聚体的单电子作用势、分子平面的边界轮廓以及相应界面上的电子密度.研究表明,惰性气体原子Rg分别向HF的两端接近时,双方的外形在接近的方向上均有伸手欢迎的表示,分子的前沿电子密度也相应的发生变化,对惰性键提供了一种新的认识. 展开更多
关键词 分子形貌 分子中的单电子作用势 惰性气体 HF分子 内禀特征参数 电子密度
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HF分子与惰性气体二聚体的分子形貌的理论研究
13
作者 孙秀萍 夏刚山 +1 位作者 赵东霞 杨忠志 《分子科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期29-35,共7页
采用Gaussian-03程序中的MP2/6-311++G(2d,2p)方法,优化了FH-Rg(Rg=He,Ne,Ar)二聚体的结构.使用MELD精密从头计算中的CISD方法,结合我们自编的程序,计算了这些二聚体的单电子作用势(PAEM),并绘出了它们的分子形貌图象.分子形貌所提供的... 采用Gaussian-03程序中的MP2/6-311++G(2d,2p)方法,优化了FH-Rg(Rg=He,Ne,Ar)二聚体的结构.使用MELD精密从头计算中的CISD方法,结合我们自编的程序,计算了这些二聚体的单电子作用势(PAEM),并绘出了它们的分子形貌图象.分子形貌所提供的形貌特征、前沿电子密度的特征等,可以直观地揭示He,Ne和Ar等原子与HF分子相互作用时2种相互作用的差别,即共价相互作用与非共价相互作用区分的直观形象的表征.从二聚体的内禀特征信息可以看出,F,H和Rg原子都发生了不同程度的变形,HF分子对惰性气体原子有一定影响,而惰性气体原子对HF分子的影响较小. 展开更多
关键词 单电子作用势 分子形貌 作用势的鞍点 内禀特征轮廓
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