乙脑病毒CN株PrM/E基因的克隆及序列分析

通过RT -PCR扩增乙型脑炎病毒CN株主要抗原基因PrM /E ,并将PrM /E基因克隆、测序后 ,与GenbanK发表的JEVSA14 (U14 16 3)基因序列进行比较分析 ,发现CN株与JEVSA14强毒株的同源性为 98%。在JEV基因组 5′端 4 77～ 2 4 77的长 2 0 0 0nt的决定JEV抗原性的PrM /E区中 ,CN株与SA14株有 4 0个碱基不同 ,其中 2 8个碱基突变为同义突变 ,另外 12个为错义突变 ,导致相应的氨基酸序列 (6 6 6个 )中的 4个氨基酸发生了突变 ,其中有 2个氨基酸出现在含有关键的抗原决定簇的E蛋白内 。

乙型脑炎病毒分离株PrM/E基因测序和SA14、SA14-14-2的序列比较

该研究通过RT-PCR扩增乙型脑炎病毒分离株PrM/E基因测序后,将测序结果与GenBanK发表的JEV SA14基因序列和SA14-14-2进行比较分析,结果发现分离株与JEV SA14强毒株的同源性为98.1%,与SA1-14-2株的同源性为97.1%;在477-2477长为2000nt决定JEV抗源性的PrM/E区中,分离株与SA14株仅有40个碱基不同,其中12个碱基为错义突变,导致E基因2个氨基酸序列(E135和E232)与SA14的E区两个氨基酸的不同;而分离株与SA14-14-2株有48个碱基不同,导致E基因12个氨基酸序列与SA14-14-2不同。由于确定JEV毒性的10个关键性基酸的位置均在E蛋白上,分离株与SA14强毒株这10个氨基酸的位置完全一致,因此序列的比较结果表明;乙脑病毒分离株为强毒株。由此可以看出基因分析对于病毒毒力的判断具有重要参考意义。