筛选普氏原羚粪便DNA中微卫星引物并应用于个体识别

为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物,结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71～0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79～0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等位基因数介于3.40～6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析。因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。

基于粪便DNA的岩羊微卫星引物的筛选及个体识别

贺兰山保护区岩羊Pseudois nayaur种群数量近年来增长很快,为了解贺兰山保护区的岩羊种群的遗传健康状况,从而更好地保护和管理岩羊种群,需要对岩羊种群的遗传多样性进行研究。在其近缘物种中选出36对微卫星引物对收集到的岩羊粪便DNA样品进行PCR扩增。结果发现,有9对引物在岩羊粪便DNA中扩增出了多态性位点。各位点基因杂合度介于0.26~0.95之间,平均杂合度为0.48,各位点多态信息含量介于0.23~0.68之间,平均多态性为0.48。

粪便DNA中筛选普氏原羚微卫星引物并应用于个体识别

为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品———粪便作为研究材料,应用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物对普氏原羚的基因组DNA进行PCR扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果发现,有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。各位点基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78,有效等位基因数介于3.40~6.59,平均有效等位基因为5.98,同时利用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,结果发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。

基于粪便DNA的藏狐微卫星位点筛选及个体识别(英文)

藏狐是我国青藏高原东部多房棘球绦虫和石渠棘球绦虫最主要的野生动物终末宿主。棘球绦虫会导致一类称为棘球绦虫病的致死性人兽共患疾病,青藏高原东部牧区是该病重要的流行区。因此作为终末宿主,评估藏狐种群的棘球绦虫感染率对于该病的流行病学研究意义明显。而要获取这方面信息,首先必须了解藏狐的种群数量。为此,我们基于非损伤取样的原则,使用藏狐新鲜粪便作为研究材料,从已发布的藏狐及近缘种的48个微卫星位点中筛选了11个用于藏狐粪便DNA多态性分析。对2011-2012年7-8月间收集的128份有效藏狐粪便样品(2011年68份,2012年60份)进行特异性PCR扩增,并用琼脂糖凝胶电泳和荧光引物标记法进行基因分型,根据各位点的等位基因频率计算出各位点的基因型数(N),期望杂合度(H e)、观测杂合度(H o)、多态信息含量(PIC)以及不同个体基因型相同概率值(PI)。结果发现,各位点N介于4-7,H e为0.66-0.80,H o为0.17-0.68,PIC为0.5496-0.7623。11个位点的累积PI值满足个体识别的需要(PI biased=1.283×10-11;PIsibs=7.572×10-5)。但是,由于粪便DNA质量差异较大,不同位点的扩增成功率差异较大(0.176-0.926)。我们发现,按照扩增成功率由高到低排列,前6个微卫星位点(P03,CXX172,CPH6,CPH8,P01i,P08)的扩增成功率均超过0.6,且累积PI值小于0.004(PI biased=2.775×10-7;PI sibs=3.606×10-3),表明这6个位点可以对藏狐进行个体识别。因此,针对本研究的数据,制定了如下的个体识别原则:(1)只有粪便DNA至少成功扩增出前6个微卫星位点的样品可以进入下一步分析;(2)所有位点的信息均相同的两个样品被认为是来自同一个体;(3)保险起见,如果仅有一对位点信息不相等,此两个样品依然被判定来自同一个体。在此基础上,我们从2011年样品中识别出30个藏狐个体,从2012年样品中识别出21个个体。

用微卫星指纹识别天鹅洲保护区长江江豚个体

DNA指纹个体识别技术是保护遗传学研究中的一种非常重要的手段。为了准确地识别天鹅洲保护区中的每一头长江江豚以开展保护遗传学及其它相关研究 ,并实施有效的种群管理 ,本研究应用 4个微卫星座位初步构建了该群体的DNA指纹图谱 ,并利用此图谱成功地对不同时期在保护区捕获的江豚进行了个体识别研究。

SSR在猪个体识别及肉产品溯源中的应用

DNA溯源技术是根据动物个体之间遗传物质DNA序列的差异而进行个体识别并追溯到原产地的一种溯源技术。在试验群体中(11个品种,192个体)检测了24个SSR标记的遗传多样性,通过杂合度和多态信息含量计算筛选出11个SSR标记可用于猪肉产品的DNA溯源。在此基础上进一步在屠宰场采样进行了溯源模拟实验,结果表明筛选的11个SSR标记能区分100个个体,10份组织样品的SSR标记基因型是一一对应的,并且和43号个体基因型匹配。研究表明SSR标记可以用于猪个体识别和猪肉产品的溯源。