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Construction of the Plasmid Reference Molecule for Detection of Transgenic Soybean MON89788 被引量:4
1
作者 李飞武 邵改革 +7 位作者 邢珍娟 李葱葱 夏蔚 张明 Fei-wu Gai-ge Zhen-juan Cong-cong 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2010年第5期55-58,86,共5页
[Objective] The aim was to construct a plasmid reference molecule (PRM) for detection of transgenic soybean MON89788. [Method] the lectin gene sequence,3'-junction and 5'-junction sequence between host plant D... [Objective] The aim was to construct a plasmid reference molecule (PRM) for detection of transgenic soybean MON89788. [Method] the lectin gene sequence,3'-junction and 5'-junction sequence between host plant DNA integrated DNA of MON89788 soybean were amplified independently,and the three fragments were cloned into the cloning vector pMD18-T in order through molecular manipulation method to construct pMD-LM3M5,the applicability of the constructed novel PRM was tested. [Result] Sequencing confirmation result showed that the PRM was 3 700 bp in length,containing 1 029 bp of recombined DNA fragment. The limits of qualitative detection of the PRM were 10 copies. [Conclusion] The PRM constructed in this study was suitable for the identification of MON89788 event. 展开更多
关键词 genetically modified organisms Plasmid reference molecule MON89788 soybean Event-specific detection
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基于参考的基因序列压缩算法综述
2
作者 蔡佳威 胡川 +1 位作者 王华进 沈志宏 《数据与计算发展前沿(中英文)》 CSCD 2024年第4期59-76,共18页
【背景】在过去的二十年里,DNA测序技术持续发展,海量生物序列数据的产生给数据存储、管理和传输带来了严峻的挑战。【目的】本文主要总结近十五年基于参考的基因序列压缩算法,以寻求加速生物数据共享和降低存储成本的方法。【方法】本... 【背景】在过去的二十年里,DNA测序技术持续发展,海量生物序列数据的产生给数据存储、管理和传输带来了严峻的挑战。【目的】本文主要总结近十五年基于参考的基因序列压缩算法,以寻求加速生物数据共享和降低存储成本的方法。【方法】本文从算法的发展角度出发,按照不同算法所使用的关键技术和针对压缩优化的方案进行分类。通过实验验证当前主流算法的性能,揭示当前基于参考的压缩算法所存在的问题。提出一些值得探讨的研究方向,并对未来的研究方向进行了展望。【结果】本文分析了已有基于参考的基因序列压缩算法使用的技术,包括基于单核苷酸多态性、检测最大精确匹配、分段/分块处理和基于LZ77等技术。并对几种较著名的算法进行了复现,发现这些算法倾向于在基准数据集上表现出高压缩比,但在普通数据集上的压缩比普遍不高。【结论】目前已有的基于参考的基因序列压缩算法在理论上可以加速数据传输效率、节约存储成本,但是实用性存疑。须继续改进公共子序列匹配方式以提升对普通数据集的支持,增加预处理参考序列步骤以降低匹配时间开销。 展开更多
关键词 参考序列 基因压缩 DNA序列
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葫芦科作物基因组学研究进展 被引量:1
3
作者 江彪 闫晋强 +3 位作者 晏石娟 谢大森 刘文睿 王敏 《广东农业科学》 CAS 2023年第4期1-12,F0002,共13页
葫芦科拥有许多常见的蔬菜和瓜果,在农业生产和人民生活中占有举足轻重的地位。高质量参考基因组是重要农艺性状相关基因挖掘、种质资源精准鉴评及分子设计育种体系建立及应用的重要前提。随着测序技术的快速发展,陆续建立了Sanger、Roc... 葫芦科拥有许多常见的蔬菜和瓜果,在农业生产和人民生活中占有举足轻重的地位。高质量参考基因组是重要农艺性状相关基因挖掘、种质资源精准鉴评及分子设计育种体系建立及应用的重要前提。随着测序技术的快速发展,陆续建立了Sanger、Roche 454、Illumina、PacBio等测序平台,测序成本不断降低,不同物种的基因组测序工作陆续完成。黄瓜是葫芦科作物研究的模式作物,是第一个完成基因组测序的蔬菜作物。随后,包括西瓜、甜瓜、南瓜和冬瓜等在内的葫芦科作物逐步完成了全基因组测序,显著提升了葫芦科作物的基因组学、系统进化和分子生物学研究水平。本文综述了葫芦科主要作物在全基因组测序方面取得的一系列重要进展,全基因组测序工作在葫芦科作物起源与进化、重要农艺性状相关基因挖掘等方面的实际应用情况,并对葫芦科作物端粒到端粒(T2T)基因组和泛基因组的构建进行了展望。 展开更多
关键词 葫芦科作物 基因组 全基因组测序 物种进化 农艺性状 基因挖掘
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基于二代测序技术的玉米内标准基因扩增子的筛选与评估
4
作者 陈利红 周俊飞 +5 位作者 梁晋刚 李甜甜 王颢潜 方治伟 陈红 彭海 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第20期146-154,共9页
通过对先前研究报道的7个内标准基因的核苷酸序列分析,设计13个扩增区域(扩增子);利用208个普通玉米品种(系)对这13个扩增子进行高通量测序与分析,并对其序列保守性、特异性、检出稳定性及其动态检测范围进行评估,以获得合适的基于二代... 通过对先前研究报道的7个内标准基因的核苷酸序列分析,设计13个扩增区域(扩增子);利用208个普通玉米品种(系)对这13个扩增子进行高通量测序与分析,并对其序列保守性、特异性、检出稳定性及其动态检测范围进行评估,以获得合适的基于二代测序技术定量检测玉米DNA含量或拷贝数的内标准基因扩增子。结果显示,7个内标准基因的13个扩增子在208个玉米样品中的检出率为94.7%~100%,而在水稻、大豆、棉花、白菜等25个非玉米样品中均未被检出,基本符合内标准基因种内高度一致与种间高度特异的标准;种内保守性分析显示E3-UBI-1扩增子不含单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,InDel),而剩余12个扩增子至少含有一个SNP或InDel;稳定性分析结果显示最不稳定的内标准基因扩增子是IVR,最稳定的是ADH1-2;它们的动态检测范围为0.2~200 ng。综合上述结果,ADH1-2与E3-UBI-1比较适合作为二代测序技术平台中定量检测玉米DNA含量或转基因玉米成分的内标准基因扩增子。 展开更多
关键词 玉米 二代测序 内标准基因 定量检测 稳定性
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基于转录组测序的斑地锦内参基因筛选及验证 被引量:1
5
作者 许建丰 桂明明 +3 位作者 张永康 尧子钊 黄胜和 饶泽昌 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2273-2280,共8页
斑地锦(Euphorbia maculata)是一种常用中药材,其中黄酮类化合物槲皮素是其主要药效成分之一。目前斑地锦槲皮素生物合成基因研究鲜见报道,而实时荧光定量PCR(RT-qPCR)是基因研究的常用方法之一,但具有合适的内参基因是RT-qPCR相对定量... 斑地锦(Euphorbia maculata)是一种常用中药材,其中黄酮类化合物槲皮素是其主要药效成分之一。目前斑地锦槲皮素生物合成基因研究鲜见报道,而实时荧光定量PCR(RT-qPCR)是基因研究的常用方法之一,但具有合适的内参基因是RT-qPCR相对定量的前提条件。为了获得适合的斑地锦内参基因,本研究基于转录组测序结果,筛选出斑地锦EmSE、EmUBC、EmGDI1、EmLSM12、EmGBP、EmSYP22、EmTRI1、EmRSZ21、EmRPL7以及课题组前期得到的EmUBQ共10个基因作为侯选内参基因。通过RT-qPCR检测10个候选内参基因在斑地锦营养生长期和生殖生长期的根、茎、叶及果中的表达情况,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析候选基因的表达稳定性,通过几何平均值法对不同软件所得结果进行整合并明确综合排名,即EmGDI1>EmUBQ>EmSE>EmUBC>EmLSM12=EmGBP>EmTRI1>EmSYP22> EmRSZ21=EmRPL7。以EmGDI1为内参基因,对槲皮素生物合成过程中的一个关键酶基因EmC4H进行表达分析,EmC4H在不同生长期不同组织内的表达差异与转录组测序结果趋势基本一致。本研究开发的内参基因EmGDI1可作为斑地锦不同生长期基因组织特异性表达研究中适合的内参基因。 展开更多
关键词 斑地锦 内参基因 转录组测序 实时荧光定量PCR
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琥珀蚕内参基因的克隆及表达稳定性检测 被引量:4
6
作者 陈安利 钟健 +4 位作者 刘增虎 李琼艳 廖鹏飞 杨伟克 董占鹏 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期390-397,共8页
琥珀蚕(Antheraea assama)是一种重要的野蚕种质资源。为了开展琥珀蚕功能基因的研究,选择合适的内参基因非常必要。通过c DNA末端快速扩增技术获得琥珀蚕功能基因研究的3个常用内参基因β-actin、GAPDH和18S rRNA的c DNA全长序列,采... 琥珀蚕(Antheraea assama)是一种重要的野蚕种质资源。为了开展琥珀蚕功能基因的研究,选择合适的内参基因非常必要。通过c DNA末端快速扩增技术获得琥珀蚕功能基因研究的3个常用内参基因β-actin、GAPDH和18S rRNA的c DNA全长序列,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析3个基因在蚕体不同组织中的转录水平,并利用标准化分析软件ge Norm和Norm Finder分析其表达的稳定性。结果显示,3个内参基因的表达稳定性依次为β-actin、GAPDH、18S rRNA。就组织表达而言,β-actin在幼虫的中肠、脂肪体、马氏管、气孔、丝腺和卵巢以及蛹的输卵管中表达相对稳定;就发育时期的表达而言,β-actin在蛾期的表达也相对稳定。此外,GAPDH在幼虫头部、表皮和血液中的表达相对稳定;18S rRNA在幼虫精巢中的表达相对稳定。对琥珀蚕功能基因表达进行qRT-PCR所需内参基因数量的分析表明,选用2个内参基因即可满足试验需求。 展开更多
关键词 琥珀蚕 内参基因 全长CDNA序列 表达稳定性
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实时定量PCR鉴定转基因作物纯合体 被引量:6
7
作者 张丽 刘丽丽 +1 位作者 梁晓声 王海英 《中南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第1期43-46,共4页
以水稻内标准基因磷脂酶D基因(phospholipase D,PLD)和转基因水稻TT51-1特异性旁侧序列为检测靶标,对单株转基因水稻的种子播种后长出的单株进行了荧光定量PCR,以其内标准基因和旁侧序列Ct值的差值判断了植株的纯合体,并用标准曲线计算... 以水稻内标准基因磷脂酶D基因(phospholipase D,PLD)和转基因水稻TT51-1特异性旁侧序列为检测靶标,对单株转基因水稻的种子播种后长出的单株进行了荧光定量PCR,以其内标准基因和旁侧序列Ct值的差值判断了植株的纯合体,并用标准曲线计算了转基因含量,证实了此法的可靠性,说明此法用于鉴定植株的纯合体简便准确. 展开更多
关键词 转基因作物 纯合体 内标准基因 旁侧序列 实时荧光定量PCR
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广西壮族自治区HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析 被引量:19
8
作者 陈杰 苏玲 +6 位作者 梁绍伶 刘伟 刘小良 梁富雄 邢辉 李荣建 邵一鸣 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第3期240-245,共6页
使用PCR技术对14份广西HIV-1阳性感染者外周血单核细胞(PBMCs)样品进行扩增,获得HIV-1膜蛋白(env)基因的核酸片段,并对其C2-V3及邻区350-450个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明,14份... 使用PCR技术对14份广西HIV-1阳性感染者外周血单核细胞(PBMCs)样品进行扩增,获得HIV-1膜蛋白(env)基因的核酸片段,并对其C2-V3及邻区350-450个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明,14份样品中9份为泰国B(B′)亚型,5份为E亚型毒株。其中B′亚型毒株的基因离散率为4.2%,与A-E参考亚型及部分B亚型代表株序列相比较,与包括泰国、缅甸及云南德宏在内的B亚型毒株序列十分接近,相互之间基因离散率在3.0%-4.4%的范围内;而E亚型毒株的基因离散率为2.1%,与国际E亚型毒株的基因离散率最近,为5.6%,与其它国际参考亚型基因离散率很远,在21.1%-27.3%。根据以上数据及其它资料提示,广西存在B′和E两种亚型的HIV-1的流行,且其B′亚型毒株的传入,与流行在云南德宏州的相同亚型HIV-1毒株密切相关。 展开更多
关键词 HIV-1 亚型 基因变异 序列测定
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蝴蝶兰PhPP2Aa基因作为低温胁迫内参基因的研究 被引量:2
9
作者 梁芳 许申平 +2 位作者 张燕 王默霏 崔波 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2022年第7期1338-1346,共9页
实时荧光定量PCR(qPCR)技术因其具有简单灵敏、准确高效等诸多优点,成为目的基因表达水平研究最常用的技术手段。而结果的可靠性取决于很多因素,其中使用合适的内参基因是qPCR技术最基本的应用前提。许多研究表明没有一种内参基因可以... 实时荧光定量PCR(qPCR)技术因其具有简单灵敏、准确高效等诸多优点,成为目的基因表达水平研究最常用的技术手段。而结果的可靠性取决于很多因素,其中使用合适的内参基因是qPCR技术最基本的应用前提。许多研究表明没有一种内参基因可以在任何条件下都能稳定地表达。目前尚未见到关于蝴蝶兰低温生长条件下最佳内参基因选择的有关报道。蛋白磷酸酶2A(PP2A)是真核生物体内一种主要的细胞内源丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶。本研究根据蝴蝶兰低温转录组测序结果克隆得到1个PP2A的A亚基基因,其cDNA开放阅读框(ORF)长度为1764 bp,编码1个含有587个氨基酸的蛋白,将该基因命名为PhPP2Aa,GenBank登录号为MW847782。序列分析结果表明,该基因与其他植物PP2A核苷酸序列相似性均在80%以上,氨基酸序列与小兰屿蝴蝶兰PP2A序列相似性为99.66%。基于氨基酸序列进化分析结果表明,蝴蝶兰PhPP2Aa与小兰屿蝴蝶兰和铁皮石斛的亲缘关系最近。将蝴蝶兰PP2A与其他7种候选内参基因(TUA、TUB、ACTIN、F-box、RPL19、RPL36及RPL41)进行实时荧光定量PCR,用3种常用内参基因分析软件对各个基因Ct值进行稳定性分析,结果表明蝴蝶兰8个候选内参基因在低温胁迫条件下表达水平最稳定的内参基因为PP2A,其次为ACTIN;最不稳定的基因为F-box,其次为TUA。以蝴蝶兰PP2A作为内参基因探讨低温胁迫响应基因PhNAC1的表达情况,结果显示蝴蝶兰PhNAC1的表达模式符合低温胁迫条件下的表达特性。该结果表明蝴蝶兰PhPP2Aa基因可作为低温胁迫条件下目的基因转录水平研究的内参基因。 展开更多
关键词 蝴蝶兰 蛋白磷酸酶2A 内参基因 低温胁迫 序列分析
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竹子基因调查分析报告 被引量:3
10
作者 郭起荣 张莹 +3 位作者 冉洪 廉超 胡陶 冯云 《世界竹藤通讯》 2015年第2期11-14,共4页
竹子作为一种重要经济植物,具有经济、生态和文化价值。随着生物技术的快速发展,越来越多的以竹类植物为对象的基因序列得到克隆与验证,基于BPG(2012)更新系统,截至2014年底,已经有3 913个竹子基因得到确证,这些基因覆盖了竹亚科的3个族... 竹子作为一种重要经济植物,具有经济、生态和文化价值。随着生物技术的快速发展,越来越多的以竹类植物为对象的基因序列得到克隆与验证,基于BPG(2012)更新系统,截至2014年底,已经有3 913个竹子基因得到确证,这些基因覆盖了竹亚科的3个族,隶属19个属30个种。文章统计分析了已确认的基因描述、基因类型和参考序列情况,展望了竹子基因发展态势。 展开更多
关键词 竹种 BPG 基因 全基因组测序 基因参考序列
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杜氏肌营养不良基因突变检测国家参考品的研制 被引量:1
11
作者 于婷 孙楠 +2 位作者 孙晶 黄杰 曲守方 《分子诊断与治疗杂志》 2021年第8期1205-1208,共4页
目的建立杜氏肌营养不良基因(DMD)突变检测国家参考品。方法收集DMD突变患儿及其家系血清,对建系成功的46份细胞系扩增繁殖至所需量后,进行基因组DNA提取并分装,制备成国家参考品。8家实验室采用8种二代测序(NGS)试剂和2种多重连接依赖... 目的建立杜氏肌营养不良基因(DMD)突变检测国家参考品。方法收集DMD突变患儿及其家系血清,对建系成功的46份细胞系扩增繁殖至所需量后,进行基因组DNA提取并分装,制备成国家参考品。8家实验室采用8种二代测序(NGS)试剂和2种多重连接依赖性探针扩增试剂(MLPA)对候选参考品进行了验证。通过NGS和MLPA试剂检测候选参考品评价参考品的均匀性。通过NGS试剂对反复冻融3次后的候选参考品进行检测以评价稳定性。结果4家实验室采用MLPA试剂的检测结果一致,8家实验室采用NGS试剂的检测结果基本一致,对于突变位点信息有争议的参考品,采用一代测序进行了测序验证。NGS和MLPA各自均匀性检测结果均一致,反复冻融3次后的检测结果与常规保存的检测结果一致。结论通过协作验证以及均匀性、稳定性分析,成功建立了DMD突变检测国家参考品,该参考品可用于DMD基因突变检测试剂盒的性能评价。 展开更多
关键词 杜氏肌营养不良基因 国家参考品 二代测序法 多重连接依赖性探针扩增
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参考序列数据库构建与数据管理探讨
12
作者 郑思 孙良龙 李姣 《医学信息学杂志》 CAS 2020年第8期19-24,共6页
从参考序列数据特点以及数据产生、获取与维护、应用几方面阐述参考序列数据库构建及管理情况,探讨我国大型参考序列数据库建设问题,包括构建精细化的参考序列,促进我国精准医学发展;规范数据处理流程,确保数据质量等。
关键词 参考序列 数据库 数据管理 非冗余 基因注释 精准医学
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诺丽Actin基因片段克隆及实时荧光定量PCR方法的建立 被引量:8
13
作者 吴田 蓝增全 王华芳 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期16-22,共7页
为了解决诺丽实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测中无内参基因的现状,根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以诺丽果实总RNA反转录成c DNA为模板,进行PCR扩增,扩增出的基因片段克隆到p MD-18T载体,阳性克隆经PCR鉴定后测序... 为了解决诺丽实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测中无内参基因的现状,根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以诺丽果实总RNA反转录成c DNA为模板,进行PCR扩增,扩增出的基因片段克隆到p MD-18T载体,阳性克隆经PCR鉴定后测序。序列结果表明:该片段长393 bp,编码131个氨基酸;所得序列与麦蓝菜actin 1有最高的一致性(96%)和相似性(98%)。q RT-PCR结果表明,诺丽Actin基因在诺丽的各个组织、果实不同发育时期都能稳定表达,且表达水平基本一致,适合在诺丽基因表达研究中作为内参基因。 展开更多
关键词 基因克隆 内参基因 序列分析 表达分析
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高通量测序DNA文库定量质控技术研究 被引量:3
14
作者 王霞 欧阳艳艳 +2 位作者 王晶 王尚君 董莲华 《计量学报》 CSCD 北大核心 2020年第10期1308-1312,共5页
DNA文库定量的准确与否直接影响测序数据质量的好坏,因此,开展文库定量质控技术研究非常重要。针对Illumina高通量测序平台的DNA文库定量,建立了基于SYBR Green荧光染料嵌合的高特异性数字PCR绝对定量方法,用于DNA文库定量标准物质的定... DNA文库定量的准确与否直接影响测序数据质量的好坏,因此,开展文库定量质控技术研究非常重要。针对Illumina高通量测序平台的DNA文库定量,建立了基于SYBR Green荧光染料嵌合的高特异性数字PCR绝对定量方法,用于DNA文库定量标准物质的定值;并对制备的文库定量标准物质的适用性进行了验证。结果表明制备的5个水平的文库定量标准物质线性良好,可以作为Illumina平台DNA文库定量的标准曲线。 展开更多
关键词 计量学 高通量测序 文库定量 基因测序 质量控制 标准物质 数字PCR
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肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体和gDNA标准物质的研制 被引量:2
15
作者 赵琳娜 刘娜 +1 位作者 王学硕 崔生辉 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第18期103-110,共8页
目的:为满足肠道集聚性大肠埃希氏菌准确检测的实验室质量控制和能力验证需求,研制具有我国自主知识产权且具有全基因组测序信息的均匀稳定的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质。方法:利用二代高通量测序技术对肠道集聚性大肠... 目的:为满足肠道集聚性大肠埃希氏菌准确检测的实验室质量控制和能力验证需求,研制具有我国自主知识产权且具有全基因组测序信息的均匀稳定的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质。方法:利用二代高通量测序技术对肠道集聚性大肠埃希氏菌(CMCC 44841)进行全基因组测序,明确CMCC 44841的种属、血清分型、多位点序列分型和毒力基因。对CMCC 44841进行astA、aggR、pic特征性基因聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)确认。采用冷冻干燥技术制备含量为103 CFU/样品的菌球和含量为20 ng/样品的gDNA小球。参照CNAS-GL017对20个菌球样品进行均匀性检验,采用单因素方差分析对结果进行统计分析。将样品分别于-20、4、25℃和37℃条件下保藏,对其贮藏稳定性和运输稳定性进行评价。组织3家实验室进行协同标定和验证。使用5种不同基质的即食食品样本,按照国标法检验标准物质的适用性。结果:利用生物信息学分析,CMCC44841基因组大小为5.057285 Mb,GC含量为50.6%,编码区基因5173个。种属鉴定结果为大肠埃希氏菌(Escherichia coli),血清预测结果为O127:H21,MLST为ST40型,携带除aggR、astA、pic之外其他相关的毒力基因。PCR扩增出astA、aggR、pic片段大小分别为102、400 bp和1111 bp。菌体标准物质均匀性检验结果F=1.59,符合标准物质的要求。菌体和gDNA标准物质样品于-20℃和4℃保藏60 d,25℃保藏7 d,37℃保藏5 d后仍然稳定。经3家实验室协同标定,菌体标准物质样品含量均为103 CFU/样品。20件不同基质的食品样品加入肠道集聚性大肠埃希氏菌标准物质进行检验,均可以检出。结论:本研究所制备的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质所用菌株来源于我国国内分离菌株,且具有明确的全基因组序列信息,均匀性和稳定性均符合要求,适用性良好,能够满足食品检测实验室的质量控制和能力验证的需求。 展开更多
关键词 致泻大肠埃希氏菌 肠道集聚性大肠埃希氏菌 基因组DNA 标准物质 全基因组测序 毒力基因
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PCR analysis of Yq microdeletions in infertile males, a study from South India 被引量:9
16
作者 S. Ramesh Babu M. Swarna +1 位作者 P. Padmavathi P.P. Reddy 《Asian Journal of Andrology》 SCIE CAS CSCD 2002年第4期265-268,共4页
AIM: To estimate the frequency of microdeletions in the long arm of Y-chromosome of 20 infertile males from South India. METHODS: Polymerase chain reaction (PCR) amplification using Y-specific STS of azoospermia facto... AIM: To estimate the frequency of microdeletions in the long arm of Y-chromosome of 20 infertile males from South India. METHODS: Polymerase chain reaction (PCR) amplification using Y-specific STS of azoospermia factor (AZF) regions i.e., SY 84 for AZFa, SY 127 for AZFb and SY 254 for AZFc. RESULTS: Of the 20 infertile subjects 3 (15 %), one azoospermic and two oligozoospermic, showed microdeletions in the AZF region of Y-chromosome. CONCLUSION: The frequency of deletions involving AZF region of the Y-chromosome is 15 % in azoospermic and severely oligozoospermic infertile men. PCR amplification of AZF locus is useful for the diagnosis of microdeletions in the Y-chromosome. 展开更多
关键词 Chromosome Deletion Chromosomes Human Y Base sequence Chromosome Mapping Comparative Study DNA Primers Female gene Frequency Humans India Infertility Male MALE OLIGOSPERMIA Polymerase Chain Reaction reference Values Research Support Non-U.S. Gov't Seminal Plasma Proteins
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海南岛淡水鱼类环境DNA宏条形码参考数据库的初步构建及比较分析 被引量:6
17
作者 陈治 蔡杏伟 +3 位作者 张清凤 李高俊 马春来 申志新 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期1-12,共12页
为确定海南岛淡水鱼类环境DNA研究的最优参考数据库及最优目标基因,比较了自建数据库与公共数据库在COI、12S、16S 3个条形码片段上的物种覆盖度、注释准确率及种间差异阈值。结果表明:1)实地采集鱼类72种,其中有16(COI)、20(12S)和22(1... 为确定海南岛淡水鱼类环境DNA研究的最优参考数据库及最优目标基因,比较了自建数据库与公共数据库在COI、12S、16S 3个条形码片段上的物种覆盖度、注释准确率及种间差异阈值。结果表明:1)实地采集鱼类72种,其中有16(COI)、20(12S)和22(16S)种鱼类的参考序列为该研究首次提供;2)仅有68.06%(COI)、66.67%(12S)和69.44%(16S)的鱼类在公共数据库比对到高相似度序列;3)自建数据库对两个数据库共有鱼类的物种注释准确率显著高于公共数据库(COI:100%vs 69.64%;12S:96.15%vs 67.30%;16S:96%vs 70%);4)COI基因是判别海南岛淡水鱼类的最优目标基因,16S次之;5)基于K2P遗传距离确定的种间差异阈值分别为0.0069(COI)、0.0056(12S)和0.0075(16S),其物种判别准确率为94.96%(COI)、89.05%(12S)和92.70%(16S)。结果表明自建数据库优于公共数据库,建议使用COI、16S作为海南岛淡水鱼类环境DNA宏条形码基因。 展开更多
关键词 环境DNA 海南岛 淡水鱼类 参考序列 种间差异阈值 COI基因
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肿瘤基因突变检测的标准化研究
18
作者 张文新 黄传峰 +5 位作者 孙楠 高飞 胡泽斌 孙晶 黄杰 曲守方 《中国医药生物技术》 2020年第4期392-397,共6页
目的探索制备EGFR和ALK等肿瘤基因突变参考品的方法,用于评价肿瘤基因突变检测试剂盒(二代测序法)的性能。方法收集EGFR和ALK等基因突变的组织切片和细胞系,提取样本的DNA和RNA。采用数字PCR方法对样本对应的基因突变进行验证和定量,确... 目的探索制备EGFR和ALK等肿瘤基因突变参考品的方法,用于评价肿瘤基因突变检测试剂盒(二代测序法)的性能。方法收集EGFR和ALK等基因突变的组织切片和细胞系,提取样本的DNA和RNA。采用数字PCR方法对样本对应的基因突变进行验证和定量,确定阳性参考品及其突变比例;然后将阳性参考品和野生型样本混合,稀释至突变率为5%和含100个融合RNA拷贝数的样本,经数字PCR定量后,作为检测限参考品。采用肿瘤基因突变检测试剂盒(二代测序法)进行准确性和检测限项目检测。结果数字PCR的结果表明成功制备了阳性参考品和检测限参考品,并确定其突变比例;制备的参考品能被肿瘤基因突变检测试剂盒(二代测序法)正确检出。结论建立了制备肿瘤基因突变参考品的方法,制备的参考品可以用于评价肿瘤基因突变检测试剂盒(二代测序法)的性能。 展开更多
关键词 靶向药物 分子靶向治疗 基因突变 下一代测序 标准物质研究
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低水平HBsAg表达的慢性无症状HBV携带者Pre-S基因序列分析 被引量:1
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作者 王童 宋蕊 +5 位作者 李倩 戴玉柱 车飞虎 周华君 孙长贵 成军 《中华临床感染病杂志》 CSCD 2019年第2期93-100,共8页
目的探讨低水平HBsAg表达的慢性无症状HBV携带者(Asymptomatic chronic HBV carriers,ASCs)Pre-S基因序列特征及持续表达的分子机制。方法收集2015年2月至2016年12月浙江大学医学院附属第一医院、杭州市第六人民医院、解放军第九〇三医... 目的探讨低水平HBsAg表达的慢性无症状HBV携带者(Asymptomatic chronic HBV carriers,ASCs)Pre-S基因序列特征及持续表达的分子机制。方法收集2015年2月至2016年12月浙江大学医学院附属第一医院、杭州市第六人民医院、解放军第九〇三医院的654份ASCs血清标本和临床资料,根据HBsAg水平分为低水平HBsAg组(≤10 IU/mL)和高水平HBsAg组(>10 IU/mL),并且在与低水平HBsAg组年龄匹配的基础上,从高水平组血清标本中随机抽样100份,对138例低水平HBsAg患者和100例高水平HBsAg患者进行Pre-S/S基因组扩增与测序,构建系统进化树确定基因亚型,以高水平HBsAg组的HBV Pre-S基因成功测序结果为基础建立中国东部地区ASCs主要基因型的Pre-S基因参考序列,并对低水平HBsAg组的ASCs Pre-S基因序列进行对比分析。采用SPSS 12.01统计软件对数据进行分析。结果138例低水平HBsAg组Pre-S/S成功测序63例,其中B基因型52例,C基因型11例;100例高水平HBsAg组标本中Pre-S/S成功测序94例,其中B基因型48例,C基因型46例。通过序列比较分析发现,B基因型中,低水平HBsAg组Pre-S蛋白共发现81个氨基酸突变位点,其中有意义突变4个,分别为Pre-S1区F56I/V、T76A/N/P,Pre-S2区P15L/S/T、Y21T/F/H/N;高水平HBsAg组Pre-S蛋白发现47个氨基酸突变位点,其中有意义突变3个,为Pre-S1区L34F、V49A和P59S/L;B基因型中低水平HBsAg组的Pre-S蛋白氨基酸突变位点总数高于高水平HBsAg组,差异具有统计学意义(χ2=14.008,P<0.05)。C基因型中,低水平HBsAg组Pre-S蛋白发现19个氨基酸突变位点,其中有意义突变3个,分别为Pre-S1区W66V/G和A79V,Pre-S2区V32A;高水平HBsAg组Pre-S蛋白发现39个氨基酸突变位点,其中有意义突变2个,为Pre-S1区A79V和Pre-S2区T49I;C基因型中Pre-S蛋白氨基酸突变位点总数在两组间差异有统计学意义(χ2=7.571,P<0.05)。结论ASCs Pre-S基因存在有意义的突变,这些突变可能与低水平HBsAg持续表达相关。 展开更多
关键词 肝炎病毒 乙型 慢性无症状HBV携带者 低水平HBsAg pre-s基因参考序列
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豆状带绦虫肌动蛋白基因克隆及其作为分子内参的应用 被引量:2
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作者 张少华 骆学农 +1 位作者 李雪强 才学鹏 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期32-37,共6页
目的克隆豆状带绦虫(Taenia pisiformis)肌动蛋白基因(Tp-actin)全长c DNA,分析其基因结构、系统进化及作为内参基因的适用性。方法采用RT-PCR法扩增Tp-actin基因片段,RACE-PCR法获得3′和5′端c DNA序列,分别测序后拼接Tp-actin全长c ... 目的克隆豆状带绦虫(Taenia pisiformis)肌动蛋白基因(Tp-actin)全长c DNA,分析其基因结构、系统进化及作为内参基因的适用性。方法采用RT-PCR法扩增Tp-actin基因片段,RACE-PCR法获得3′和5′端c DNA序列,分别测序后拼接Tp-actin全长c DNA。利用生物信息学软件进行基因结构和系统进化分析。应用Primer Express软件设计Tp-actin和豆状带绦虫组织蛋白酶L样半胱氨酸蛋白酶基因(Tp CP)的特异性引物,实时荧光定量PCR(q RT-PCR)法检测引物特异性和Tp-actin基因扩增效率,并以Tp-actin作为内参基因,分析Tp CP在豆状带绦虫六钩蚴、囊尾蚴、成熟节片和孕节片等不同发育阶段组织中的表达特征。结果测序结果显示,Tp-actin基因片段为1 048 bp,3′和5′端基因片段分别为428和945 bp,与预期结果一致。拼接获得的Tp-actin全长c DNA为1 279 bp,其中3′UTR长118 bp,5′UTR长30 bp,开放阅读框为1 131 bp,序列已提交Gen Bank(登录号为JX624787)。生物信息学分析结果显示,该序列编码376个氨基酸,推测蛋白相对分子质量(Mr)为41 749,等电点为5.29,含6种特定功能位点和3个actin蛋白家族特征位点。系统进化分析显示,Tp-actin序列与猪带绦虫(Taenia solium)和枝形裂头绦虫(Diphyllobothrium dendriticum)的同源性分别为100%和99.7%。q RT-PCR结果显示,Tp-actin和Tp CP基因经特异性引物扩增,分别获得82和108 bp片段,与预期结果一致;Tp-actin和Tp CP基因熔解曲线均呈单一信号峰,引物特异性强;Tp-actin基因标准曲线线性相关系数(R2)为0.999,符合q RT-PCR对扩增效率的要求;以Tp-actin基因为内参基因,Tp CP基因在孕卵节片中相对转录水平比值为1.65,显著高于六钩蚴(1.00)、成熟节片(0.87)和囊尾蚴(0.62)(P<0.05)。结论Tp-actin基因高度保守,可作为豆状带绦虫基因表达调控及量化分析的内标参照。 展开更多
关键词 豆状带绦虫 肌动蛋白基因 序列分析 内参基因
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