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rePROBE:Workflow for Revised Probe Assignment and Updated Probe-set Annotation in Microarrays
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作者 Frieder Hadlich Henry Reyer +4 位作者 Michael Oster Nares Trakooljul Eduard Muráni Siriluck Ponsuksili Klaus Wimmers 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 SCIE CAS CSCD 2021年第6期1043-1049,共7页
Commercial and customized microarrays are valuable tools for the analysis of holistic expression patterns,but require the integration of the latest genomic information.This study provides a comprehensive workflow impl... Commercial and customized microarrays are valuable tools for the analysis of holistic expression patterns,but require the integration of the latest genomic information.This study provides a comprehensive workflow implemented in an R package(rePROBE)to assign the entire probes and to annotate the probe sets based on up-to-date genomic and transcriptomic information.The rePROBE package can be applied to available gene expression microarray platforms and addresses both public and custom databases.The revised probe assignment and updated probe-set annotation are applied to commercial microarrays available for different livestock species,i.e.,chicken(Gallus gallus;ChiGene-1_0-st:443,579 probes and 18,530 probe sets),pig(Sus scrofa;PorGene-1_1-st:592,005 probes and 25,779 probe sets),and cattle(Bos Taurus;BovGene-1_0-st:530,717 probes and 24,759 probe sets),as well as available for human(Homo sapiens;HuGene-1_0-st)and mouse(Mus musculus HT_MG-430_PM).Using current species-specific transcriptomic information(RefSeq,Ensembl,and partially non-redundant nucleotide sequences)and genomic information,the applied workflow reveals 297,574 probes(15,689 probe sets)for chicken,384,715 probes(21,673 probe sets)for pig,363,077 probes(21,238 probe sets)for cattle,481,168 probes(23,495 probe sets)for human,and 324,942 probes(32,494 probe sets)for mouse.These are representative of 12,641,15,758,18,046,20,167,and 16,335 unique genes that are both annotated and positioned for chicken,pig,cattle,human,and mouse,respectively.Additionally,the workflow collects information on the number of single nucleotide polymorphisms(SNPs)within respective targeted genomic regions and thus provides a detailed basis for comprehensive analyses such as expression quantitative trait locus(eQTL)studies to identify quantitative and functional traits.The rePROBE R package is freely available at https://github.com/friederhadlich/rePROBE. 展开更多
关键词 Mapping MICROARRAY Probe assignment probe-set annotation Genomic database
原文传递
成矿系统:地球动力学的有效探针 被引量:77
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作者 陈衍景 肖文交 张进江 《中国地质》 CAS CSCD 2008年第6期1059-1073,共15页
笔者介绍了矿床研究促进地球动力学或大地构造研究突破的实例,证明成矿系统是理想的地球动力学探针。其原因之一是成矿系统往往由多种地质作用综合作用形成,更全面地记录了地质作用的信息;原因之二是矿床的研究程度高于其他类型的地质体... 笔者介绍了矿床研究促进地球动力学或大地构造研究突破的实例,证明成矿系统是理想的地球动力学探针。其原因之一是成矿系统往往由多种地质作用综合作用形成,更全面地记录了地质作用的信息;原因之二是矿床的研究程度高于其他类型的地质体,能够更准确地给出地球动力学演化的信息。作为尝试,笔者初步建立了重要成矿系统与地球动力学背景之间的链接,提出了一些似可通过成矿系统研究而解决的重要科学问题。 展开更多
关键词 成矿系统 地球动力学探针 构造环境 新思路
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超声相控阵矩阵阵列三维合成聚焦成像方法 被引量:5
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作者 孙昌立 迟大钊 +1 位作者 刚铁 于朋 《焊接学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第6期7-12,共6页
掌握缺陷的三维形态信息,会更利于无损评估,因此将合成聚焦二维成像方法扩展,初步探索了三维合成聚焦成像方法,以直观得到缺陷的超声三维成像.将该方法在MATLAB平台编程实现,然后通过超声相控阵矩阵探头采集到的完备集数据后处理进行了... 掌握缺陷的三维形态信息,会更利于无损评估,因此将合成聚焦二维成像方法扩展,初步探索了三维合成聚焦成像方法,以直观得到缺陷的超声三维成像.将该方法在MATLAB平台编程实现,然后通过超声相控阵矩阵探头采集到的完备集数据后处理进行了验证.结果表明,通过三维合成聚焦处理后,得到探头下方空间的超声成像的三维图像数据,然后在此基础上使用等值面法将缺陷的三维图像分割出来.该图像能够清晰反映出反射体的真实位置及空间分布;在超声探头没有机械移动扫描的前提下能够得到缺陷三维图像.对于探头移动空间受限的检测位置获取缺陷三维图像有一定的理论意义及实用价值. 展开更多
关键词 超声相控阵 矩阵阵列 完备集 三维合成聚焦成像
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基于西门子840D测头对刀技术研究 被引量:5
4
作者 陈华 陈东生 +3 位作者 何建国 吉方 唐小会 黄文 《制造技术与机床》 北大核心 2013年第11期17-20,共4页
在磁流变抛光设备中,自动对刀测量是建立工件坐标系、工件位姿测量及缎带标定等功能的必要前提。基于西门子840D数控系统,采用雷尼绍MCP测头,设计了对刀测量方案和对刀功能模块,较为经济地实现了磁流变抛光工艺对刀测量高定位精度及高... 在磁流变抛光设备中,自动对刀测量是建立工件坐标系、工件位姿测量及缎带标定等功能的必要前提。基于西门子840D数控系统,采用雷尼绍MCP测头,设计了对刀测量方案和对刀功能模块,较为经济地实现了磁流变抛光工艺对刀测量高定位精度及高安全可靠性的应用需求。该对刀技术方案可应用于普通数控机床自动化改造中实现自动对刀功能。 展开更多
关键词 西门子840D MCP测头 双测头对刀 防碰撞
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基于华中数控系统HNC-818B/M的测头对刀技术研究 被引量:4
5
作者 陈华 唐小会 +2 位作者 黄文 王平江 陈东生 《制造技术与机床》 北大核心 2014年第8期159-162,共4页
在磁流变抛光工艺装备中,自动对刀测量是完成确定性抛光工艺的必要前提,以实现建立工件坐标系、测量工件位姿及标定缎带。基于国产数控系统华中HNC-818B/M,采用雷尼绍MCP测头,设计了对刀测量方案和对刀功能模块,在国产数控机床上验证了... 在磁流变抛光工艺装备中,自动对刀测量是完成确定性抛光工艺的必要前提,以实现建立工件坐标系、测量工件位姿及标定缎带。基于国产数控系统华中HNC-818B/M,采用雷尼绍MCP测头,设计了对刀测量方案和对刀功能模块,在国产数控机床上验证了对刀测量方案的可行性,实现重复对刀测量精度优于2μm,其高安全可靠性满足磁流变抛光的应用需求。 展开更多
关键词 华中数控HNC-818B/M MCP测头 测头对刀 可靠性
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厚壁螺旋缝埋弧焊管焊缝横向缺陷超声波检测分析 被引量:2
6
作者 马朝辉 《钢管》 CAS 2019年第6期66-69,共4页
分析螺旋缝埋弧焊管自动超声波检测现状及存在的问题,设计了一种新的焊缝横向缺陷组合探头。分析认为:焊缝横向缺陷组合探头可以在不对探伤设备进行大幅度改造前提下,实现厚壁螺旋缝埋弧焊管焊缝横向缺陷的全覆盖检测,满足国家重点管线... 分析螺旋缝埋弧焊管自动超声波检测现状及存在的问题,设计了一种新的焊缝横向缺陷组合探头。分析认为:焊缝横向缺陷组合探头可以在不对探伤设备进行大幅度改造前提下,实现厚壁螺旋缝埋弧焊管焊缝横向缺陷的全覆盖检测,满足国家重点管线大壁厚(20 mm以上)钢管焊缝检测要求;由此获得的方法和经验亦可供厚壁螺旋缝埋弧焊管焊缝纵向缺陷检测借鉴,并推广至其他厚壁钢管焊缝探伤检测。 展开更多
关键词 螺旋缝埋弧焊管 焊缝 横向缺陷 超声波检测 组合探头
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高校学生党支部设置模式探讨 被引量:7
7
作者 李玉琴 韩善华 余德将 《牡丹江教育学院学报》 2005年第5期37-39,共3页
本文通过对当前高校学生党建工作存在问题的分析,提出了新形势下“高年级以班级为单位设立党支部,低年级设立联合支部”的高校学生支部构建模式,阐述了构建这一学生支部新模式的意义和作用,对当前高校党建工作有一定的参考价值。
关键词 高校 学生党建 模式 探讨
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测试条件对凝固型酸奶质构实验参数的影响 被引量:13
8
作者 徐鑫 赫君菲 +2 位作者 何佳易 徐广新 刘国艳 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第24期263-267,共5页
为探索测试条件对质构实验参数的影响,并建立凝固型酸奶的检测方法,对不同乳固体含量的凝固型酸奶进行分析。结果表明:硬度和黏附性与形变量呈正相关;随着测试速率的增加,黏附性显著减小,其他参数均有不同程度的增大;除了内聚性随着压... 为探索测试条件对质构实验参数的影响,并建立凝固型酸奶的检测方法,对不同乳固体含量的凝固型酸奶进行分析。结果表明:硬度和黏附性与形变量呈正相关;随着测试速率的增加,黏附性显著减小,其他参数均有不同程度的增大;除了内聚性随着压缩间隔时间的增加而增加之外,其他实验参数几乎都没有受到显著的影响;探头直径越大,测得的质构实验参数值也越大。确定形变量20%、测试速率60mm/min、压缩间隔时间0s为最佳测试条件,直径12.7mm的凝胶标准探头最灵敏,可以区分凝固型酸奶的乳固体质量分数差为0.8%。 展开更多
关键词 凝固型酸奶 形变量 测试速率 探头 压缩间隔时间 质构实验参数
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地层测试器极板式大探针短节的研制与试验 被引量:6
9
作者 陈永超 周明高 +2 位作者 秦小飞 张小康 宋万广 《石油机械》 2016年第1期16-19,24,共5页
常规的电缆式地层测试器在低孔低渗等复杂地层使用时出现取样纯度低,甚至取不到地层流体、泵抽时间长,导致仪器遇卡等问题。为此,基于现有仪器研制了适用于低孔低渗地层测压取样的极板式大探针短节,同时应用有限元软件分析了探针的坐封... 常规的电缆式地层测试器在低孔低渗等复杂地层使用时出现取样纯度低,甚至取不到地层流体、泵抽时间长,导致仪器遇卡等问题。为此,基于现有仪器研制了适用于低孔低渗地层测压取样的极板式大探针短节,同时应用有限元软件分析了探针的坐封能力,并通过室内及现场试验验证了探针短节的坐封性能。分析结果表明,极板式探针通过大幅度增大过流面积,解决了因渗透性低和压差大导致取样困难的难题,为低孔低渗地层的测压取样提供了有效途径;探针短节具有良好的坐封能力和较高的使用可靠性,具备现场作业测试能力。 展开更多
关键词 电缆式 地层测试器 测压取样 探针短节 极板式 坐封性能
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上扬子西南缘早三叠世嘉陵江组物源分析和构造环境:沉积学、重矿物电子探针和U-Pb年龄的限定 被引量:7
10
作者 张英利 贾晓彤 +2 位作者 王宗起 王坤明 陈木银 《地质学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第12期3197-3222,共26页
上扬子西南缘地区广泛分布峨眉山玄武岩,受其影响在中带金阳和外带荥经地区嘉陵江组发育滨岸和潮坪环境沉积物。本文在交错层理恢复的物源方向基础上,根据重矿物组成、重矿物电子探针和碎屑锆石测年结果,综合分析不同区域嘉陵江组物源区... 上扬子西南缘地区广泛分布峨眉山玄武岩,受其影响在中带金阳和外带荥经地区嘉陵江组发育滨岸和潮坪环境沉积物。本文在交错层理恢复的物源方向基础上,根据重矿物组成、重矿物电子探针和碎屑锆石测年结果,综合分析不同区域嘉陵江组物源区,进而探讨嘉陵江组形成的构造环境。嘉陵江组砂岩碎屑重矿物锆石、磷灰石、铬尖晶石等指示物源主要来自于岩浆岩,且自中带至外带基性岩浆岩所占比重逐渐减少。电气石电子探针分析显示,二者物源主要来自于贫锂花岗岩和变质砂岩、板岩。铬尖晶石显示,金阳地区物源来自峨眉山玄武岩和洋岛岩浆岩类岩石,荥经物源主要来自洋岛岩浆岩类岩石,个别为峨眉山玄武岩。碎屑锆石表明,嘉陵江组物源主要来自于新元古代岩浆岩和晚二叠世峨眉山玄武岩,前者经历再搬运。综合物源分析表明,嘉陵江组物源主要来自康滇古陆,岩石类型主要为峨眉山玄武岩和砂岩等。沉积序列和物源分析表明,嘉陵江组反映了沉积物蚀顶过程。结合地震资料、大火成岩省的分析成果表明,嘉陵江组形成于火山型裂谷边缘。 展开更多
关键词 嘉陵江组 碎屑重矿物 电子探针分析 碎屑锆石年代学 构造环境
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碾压混凝土初凝时间测定方法探讨 被引量:2
11
作者 王述银 李家健 《水力发电》 北大核心 2006年第9期64-67,共4页
碾压混凝土初凝时间是确定层面允许间歇时间的主要依据,初凝时间的长短会影响到施工工艺和质量控制措施。通过对碾压混凝土具有触变复原性质的贯入阻力临界值的研究,探讨了其初凝时间的确定方法。研究结果表明,碾压混凝土初凝时间的确... 碾压混凝土初凝时间是确定层面允许间歇时间的主要依据,初凝时间的长短会影响到施工工艺和质量控制措施。通过对碾压混凝土具有触变复原性质的贯入阻力临界值的研究,探讨了其初凝时间的确定方法。研究结果表明,碾压混凝土初凝时间的确定也应与常态混凝土一样,是在一定贯入阻力(5~7M Pa)范围内两条较相关直线的交点,而不能没有贯入阻力这个限制条件。 展开更多
关键词 初凝时间 贯入阻力 触变性 碾压混凝土
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地层测试器极板式超大探针坐封性能研究 被引量:1
12
作者 陈永超 张小康 +1 位作者 周明高 秦小飞 《机械工程师》 2015年第10期109-111,共3页
探针为极板式超大探针短节的关键部件,其坐封性能将影响到仪器能否正常工作。采用有限元方法计算得到探针橡胶的接触压力分布规律,并通过室内及现场试验验证了探针的坐封性能。测试表明,极板式超大探针具有良好的坐封能力,能够满足现场... 探针为极板式超大探针短节的关键部件,其坐封性能将影响到仪器能否正常工作。采用有限元方法计算得到探针橡胶的接触压力分布规律,并通过室内及现场试验验证了探针的坐封性能。测试表明,极板式超大探针具有良好的坐封能力,能够满足现场工作需求,应用前景良好。 展开更多
关键词 EFDT 极板式 超大探针 接触压力 坐封性能
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接触式对刀仪在刀具长度补偿中的应用
13
作者 朴成道 尹凤哲 +1 位作者 沈文豪 咸成吉 《煤矿机械》 北大核心 2013年第12期111-113,共3页
刀具长度补偿是数控加工中心加工的重要操作内容,其准确性将直接影响零件的加工精度和机床的生产效率。为了提高加工中心的加工效率和精度,从实用角度介绍了接触式对刀仪在加工中心刀具长度补偿中的应用。
关键词 接触式对刀仪 刀具长度补偿 加工中心
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闸调器疲劳试验机图像监测系统的研究
14
作者 李萍 蒋智 +1 位作者 李亚荣 宋健飞 《铁道学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第4期112-115,共4页
简要介绍闸调器疲劳试验机图像监测系统的结构原理;提出1种基于粗糙集理论的闸调器疲劳试验图像监测方法,分别从对闸调器疲劳试验过程中的状态图像进行调制和编码、根据粗糙集理论对图像像素信息进行处理、利用探针法对图像中的特征信... 简要介绍闸调器疲劳试验机图像监测系统的结构原理;提出1种基于粗糙集理论的闸调器疲劳试验图像监测方法,分别从对闸调器疲劳试验过程中的状态图像进行调制和编码、根据粗糙集理论对图像像素信息进行处理、利用探针法对图像中的特征信息进一步简化等3方面进行讨论;给出状态判断向量,根据图像分析的结果可准确识别疲劳试验中闸调器的工作状态,在分析各状态参数的基础上判断出闸调器疲劳试验过程中的主要故障。试验表明,处理1幅图片的时间不超过55 ms。基于该方法的闸调器疲劳试验机监测系统可以取代人工监测。 展开更多
关键词 闸调器疲劳试验机 粗糙集 图像处理 探针法
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虚拟信号检测仿真中的探头组建模研究
15
作者 李彦广 刘爱军 《电子测试》 2014年第3期20-22,共3页
为确保虚拟检测工具的探头组在信号检测仿真中的运动行为具备较强的真实感,依托Virtools虚拟仿真平台,构建由刚性部件和柔性线缆组成的探头组结构模型,根据线段投影相似原理,提出探头组运动控制算法,设计了运动控制过程,并基于此编写仿... 为确保虚拟检测工具的探头组在信号检测仿真中的运动行为具备较强的真实感,依托Virtools虚拟仿真平台,构建由刚性部件和柔性线缆组成的探头组结构模型,根据线段投影相似原理,提出探头组运动控制算法,设计了运动控制过程,并基于此编写仿真程序脚本,使探头组模型具备柔性特质。 展开更多
关键词 信号检测 探头组 建模
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数字式超声波探伤仪横波探头自动校准的原理及应用
16
作者 王晓蕊 张晓青 贾三山 《无损检测》 2012年第7期77-80,共4页
在分析了横波探头工作原理和自动校准原理的基础上,利用已知声速与未知声速的同步传播来实现声速的自动校准,进而计算零点偏移。使用试块CSK-ⅠA对入射点和折射角,即K值的自动校准进行了试验。并对探头前沿引入新的计算方法来减小误差... 在分析了横波探头工作原理和自动校准原理的基础上,利用已知声速与未知声速的同步传播来实现声速的自动校准,进而计算零点偏移。使用试块CSK-ⅠA对入射点和折射角,即K值的自动校准进行了试验。并对探头前沿引入新的计算方法来减小误差。最后分析了影响缺陷评定的因素。 展开更多
关键词 自动校准 波峰记忆 零点偏移 探头入射点 折射角
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一种优化IPv6源路由拓扑探测的方法 被引量:1
17
作者 刘振山 王清贤 罗军勇 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2008年第10期69-72,共4页
IPv6网络普遍支持源路由的特性及源路由探测具有发现交叉链路的能力,因而成为近年来网络拓扑发现领域研究的焦点。但源路由探测冗余避免和种子节点选取这两个核心问题至今没有得到合理的解决。提出了一种优化IPv6源路由拓扑探测的方法,... IPv6网络普遍支持源路由的特性及源路由探测具有发现交叉链路的能力,因而成为近年来网络拓扑发现领域研究的焦点。但源路由探测冗余避免和种子节点选取这两个核心问题至今没有得到合理的解决。提出了一种优化IPv6源路由拓扑探测的方法,该方法利用分布式拓扑探测方式获取的基本拓扑信息为源路由种子节点的选取和探测冗余避免创造了有利的前提条件,从而显著提高了IPv6源路由拓扑探测的执行效率。通过对CERNET2网络的实际测试结果体现了该方法在提高覆盖率和探测冗余避免两个主要方面都具有优势。 展开更多
关键词 探测停止集 源路由 探测跳板 种子
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热力设备停用期间腐蚀速率的测试研究 被引量:1
18
作者 李志成 张秀丽 +2 位作者 王应高 李永立 寄玉玉 《材料保护》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期62-63,共2页
建立了发电机组热力设备在停用期间金属腐蚀速率的测试系统;模拟其腐蚀环境,分别采用腐蚀失重法和电感探针法检测了不同材料在不同湿度及盐分条件下的腐蚀过程与趋势,对腐蚀因素进行了分析,找出了各腐蚀因素与腐蚀速率之间的量化关系,... 建立了发电机组热力设备在停用期间金属腐蚀速率的测试系统;模拟其腐蚀环境,分别采用腐蚀失重法和电感探针法检测了不同材料在不同湿度及盐分条件下的腐蚀过程与趋势,对腐蚀因素进行了分析,找出了各腐蚀因素与腐蚀速率之间的量化关系,可为机组停用期间的防锈蚀提供依据。 展开更多
关键词 防锈蚀 发电机组热力设备 停用 腐蚀速率 测试方法 电感探针法 失重法
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模具零件数控加工在线检测宏程序编程及应用 被引量:8
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作者 何飞翔 朱小明 +1 位作者 韩伟 李凤静 《现代制造工程》 CSCD 北大核心 2021年第5期70-74,共5页
针对形状复杂的注塑模具零件加工工序多、配合精度要求高和模具制造过程中检测过程耗费时间及人力的问题,探索应用UG软件CMM模块对模具零件进行机床在线检测,规划模具零件检测几何要素和测头动作路径,编制并调用系统检测的宏程序,运用... 针对形状复杂的注塑模具零件加工工序多、配合精度要求高和模具制造过程中检测过程耗费时间及人力的问题,探索应用UG软件CMM模块对模具零件进行机床在线检测,规划模具零件检测几何要素和测头动作路径,编制并调用系统检测的宏程序,运用宏程序条件转移功能同步生成检测误差,从而拓展数控机床的功能,节省零件在其他检测设备上的装夹、找正和检测时间,提高模具零件加工精度和装配效率,以适应大量个性化产品对模具的需求。 展开更多
关键词 在线检测 测头设置 路径规划 宏程序调用 检测误差
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沉积物古DNA探秘灭绝古人类演化 被引量:2
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作者 平婉菁 刘逸宸 付巧妹 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期362-369,共8页
古DNA领域首次从世界不同洞穴遗址的沉积物里提取古核基因组以揭示相关物种演化的突破性进展,标志着沉积物古DNA研究正式进入全基因组时代。近期,一种新的沉积物古核DNA富集方法成功从西班牙Estatuas洞穴沉积物里捕获多个尼安德特人的核... 古DNA领域首次从世界不同洞穴遗址的沉积物里提取古核基因组以揭示相关物种演化的突破性进展,标志着沉积物古DNA研究正式进入全基因组时代。近期,一种新的沉积物古核DNA富集方法成功从西班牙Estatuas洞穴沉积物里捕获多个尼安德特人的核DNA,揭示该灭绝古人类群体此前未知的人口更替的历史。沉积物古核DNA富集突破了古DNA研究依赖化石材料的限制,为深入探究远古不同人类群体在更宏大时空框架下迁徙、演化与适应的历史提供了更多可能。由此,本文将着重解读该研究带来的对尼安德特人遗传历史的新认识及其方法创新的重要意义;此外还将结合人类化石DNA及其他沉积物研究所发现的灭绝古人类线粒体DNA证据,厘清尼安德特人的种群多样性及其种群间分离或替代的历史。 展开更多
关键词 沉积物古DNA 核基因组 灭绝古人类 尼安德特人 丹尼索瓦人 杂交捕获 探针组 种群替代
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