基于部分18S rDNA,28S rDNA和COI基因序列的索科线虫亲缘关系

通过PCR扩增获得我国常见昆虫病原索科线虫6属10种18S rDNA、28S rDNA(D3区)和COI基因序列,结合来自GenBank中6属10种索科线虫的18S rDNA同源序列,用邻接法和最大简约法构建系统进化树。结果显示:12属索科线虫分为三大类群,第一大类群是三种罗索属线虫(Romanomermis)先聚在一起,再与两索属(Amphimermis)和蛛索属(Aranimermis)线虫聚为一支;在第二大类群中,六索属(Hexamermis)、卵索属线虫(Ovomermis)和多索属(Agamermis)亲缘关系最近,先聚在一起,再与八腱索属(Octomyomermis)和Thaumamermis线虫聚为一支。第三大类群由索属(Mermis)和异索属(Allomermis)线虫以显著水平的置信度先聚在一起,再与蠓索属(Heleidomermis)和施特克尔霍夫索属(Strelkovimermis)线虫聚为一支。从遗传距离看,基于3个基因的数据集均显示索科线虫属内种间差异明显小于属间差异,武昌罗索线虫(R.wuchangensis)和食蚊罗索线虫(R.culicivorax)同属蚊幼寄生罗索属线虫,其种间的遗传距离最小。

基于28S rDNA部分序列的石磺科系统发育研究

采用PCR技术对采集自中国大陆沿海5地8个群体石磺的28S rDNA部分序列进行扩增。将测序结果与Gen-Bank中的另外3条石磺科贝类的对应序列一起,以小鼠28S rDNA基因序列进行参照,截取D1、D2、D3区域,拼接后进行比对分析。在获得的689bp的序列中,有76个变异位点,28个简约信息位点,A+T平均含量为30.9%,C+G平均含量为69.0%。以分类关系较近的菊花螺科(Siphonaria alternate)为外群,用NJ、MP、ML和贝叶斯法构建分子系统树。4种方法得到的进化树拓扑结构很相似,得到的结果也与沈和定提出的中国大陆沿海石磺科贝类可划分为Peronia、Platevindex、Onchidium、Paraoncidium4个属的观点基本一致。同时,28S rDNA部分序列的系统分析还显示,4个属中Peronia属与Paraoncidium属亲缘关系较近,Platevindex属与Onchidium属关系比较近。

基于28S rDNA基因序列研究十种臂尾轮虫的系统关系和分类地位

通过对角突臂尾轮虫、尾突臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫、剪形臂尾轮虫、方形臂尾轮虫、壶状臂尾轮虫、红臂尾轮虫、镰形臂尾轮虫、萼花臂尾轮虫和十指臂尾轮虫等10种臂尾轮虫以及透明囊足轮虫、大肚须足轮虫和晶囊轮虫等其他3种轮虫的28SrDNA序列分析,使用MAGE软件构建这13种轮虫系统发生树(NJ树、ME树、UPGMA树和MP树),探讨了臂尾轮属、须足轮属、晶囊轮属和囊足轮属之间以及10种臂尾轮虫之间的系统关系。结果表明,本研究所涉及的轮虫28SrDNA序列差异百分比均值为30.15%,可作为分子标记应用于轮虫属间和属内种间系统关系研究;系统树均支持将十指臂尾轮虫作为一个独立的支系从臂尾轮属中分离出来;裂足臂尾轮虫应隶属臂尾轮属;壶状臂尾轮虫和红臂尾轮虫是两个独立的种;透明囊足轮虫与臂尾轮属亲缘关系较近。

基于28SrDNA的叩甲科分子系统发育关系研究

【目的】通过对叩甲科（Elateridae）昆虫核糖体28SrDNA基因片段序列进行比较，从分子水平研究叩甲科昆虫的系统发育关系，并和传统分类结果相比较，为我罔叩甲科分类系统的论证和进一步修订奠定基础。【方法】将自测的我罔9种（含两个地理种群）共10个叩甲科昆虫样品的28SrDNA基因片段序列与GenBank报道的32种叩甲科昆虫进行同一性比较，用DNAStarLasergenev7．1．0和MEGA4．0（NJ法、MP法和ME法）构建分子系统发育树。【结果】在获得的890bp的序列中，保守位点477个，占全部位点的56．1％；简约位点291个，占全部位点的34．2％；G＋C的平均含量为63．9％，明显高于A＋T的平均含量，碱基组成偏向G和C；转换（transition）稍高于颠换（transversion）。遗传距离分析表明叩甲科昆虫各亚科内各种问遗传距离在0．000～0．130之间变动，明显小于各亚科之间的遗传距离。不同的系统发育树都支持叩甲科为一单系群，并将10个亚科聚为4个聚类簇：聚类簇I为梳爪叩甲亚科（Melanotinae）＋叩甲亚科（Elaterinae），聚类簇Ⅱ为槽缝叩甲亚科（Agrypninae）＋萤叩甲亚科（Pyrophorinae）＋单叶叩甲亚科（Conoderinae），聚类簇Ⅲ为小叩甲亚科（Negastriinae）＋心盾叩甲亚科（Cardiophorinae），聚类簇Ⅳ为齿胸叩甲亚科（Denticollinae）＋尖鞘叩甲亚科（Oxynopterinae）和异角叩甲亚科（Pityobiinae）。它们来源于2个支系，支系1包含聚类簇Ⅰ，支系2包含聚类簇Ⅱ、聚类簇Ⅲ和聚类簇Ⅳ，而Senodoniaquadricollis总是单独作为一支与其他叩甲分开。【结论】本研究证实了过去基于成虫和幼虫形态为基础的分类系统的基本合理性，一是叩甲科为一单系类群；二是叩甲科可明显地分为4个簇群；三是心盾叩甲亚科（Cardiophorinae）为一单系类群，但其他许多亚科存在并系的情况，特别是Senodoniaquadricollis的归属还需进一步论证。28SrDNA序列分析是一种很好的研究叩甲科从种级到科级各类群问的系统发育关系的方法。

基于28S rDNA基因的天牛科部分种类的分子系统发育

对天牛科4亚科32种天牛的28S rDNA基因部分序列进行测定和分析,并结合GenBank数据库中6种天牛的28S rDNA基因部分序列,采用最大简约法和贝叶斯法重建天牛科7亚科38种天牛的系统发育树,探讨它们之间的系统发育关系。在获得的772bp的序列中,保守位点521个,占全部位点的67.5%;简约信息位点136个,占全部位点的17.6%。G+C的平均含量为60.8%,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C,转换稍高于颠换。系统发育树表明:天牛亚科、锯天牛亚科、花天牛亚科及沟胫天牛亚科均为单系群,与传统形态分类结果一致。28S rDNA序列是一种有效的解析天牛科高级分类阶元系统发育关系的分子标记。

28S rDNA PCR-RFLP分析在侧耳属系统发育研究中的应用

对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最高 ,AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明 ,菌株间的相似系数为 0 .5 6 9～ 1.0 0 0 ,在 92 %相似水平可将侧耳分为 5大类 :Ⅰ .红平菇和桃红侧耳 ;Ⅱ .鲍鱼菇和囊盖侧耳 ;Ⅲ .具核侧耳 ;Ⅳ .金顶侧耳 ;Ⅴ .

基于28S rDNA D2基因片段与形态特征的矛茧蜂亚科系统发育研究(膜翅目:茧蜂科)

本研究选取矛茧蜂亚科Doryctinae（昆虫纲Insecta：膜翅目Hymenoptera：茧蜂科Braconidae）的6族15属18种做内群，茧蜂科其它7亚科11属11种做外群，首次结合同源核糖体28S rDNA D2基因序列片段和100个形态学和解剖学特征对该亚科进行了系统发育学研究。利用“非圆口类”的小腹茧蜂亚科Microgastrinae为根，以PAUP’4．0和MrBayes3．0B4软件分别应用最大简约法（MP）和贝叶斯法对矛茧蜂亚科的分子数据和分子数据与非分子数据的结合体进行了运算分析；并以PAUP’4．0对矛茧蜂亚科的28SrDNAD2基因序列片段的碱基组成与碱基替代情况进行了分析。结果表明：矛茧蜂亚科的28SrDNAD2基因序列片段的GC含量在39．33％～48．28％之间变动，而对于碱基替代情况来讲，矛茧蜂亚科各成员间序列变异位点上颠换（transversion）大于转换（transition）。不同的分析算法所产生的系统发育树都表明矛茧蜂亚科是一个界限分明的单系群；在矛茧蜂亚科内，除了吉丁茧蜂族Siragrini为单系群外，其他族（矛茧蜂族Doryctini和方头茧蜂族Hecabolini）都是并系群。对于矛茧蜂亚科内各属之间的相互亲缘关系，不同算法所得的系统发育树的拓扑结构不完全一致，表明矛茧蜂亚科内（属及族）的系统发育关系还有待于进一步研究。

基于16S rDNA和28S rDNA D2基因序列与形态特征联合分析的中国角顶叶蝉亚科系统发育研究(半翅目:叶蝉科)(英文)

首次在国内利用28S rDNA D2区段和16S rDNA基因序列,结合50个形态特征对角顶叶蝉亚科(Deltocephalinae)[半翅目(Hemiptera):叶蝉科(Cicadellidae)]19个属进行系统发育分析研究。从无水乙醇浸泡保存的标本中提取基因组DNA并扩增了19个内群和1种外群Typhlocybinae[半翅目(Hemiptera):叶蝉科(Cicadellidae)]种类的28S rDNA D2基因片段并测序,同时扩增了16SrDNA基因片段并测序11条,采用了GenBank中1个种类的16S rDNA同源序列。采用PAUP*4.0和MrBayes3.0两个分析软件和3种建树方法,利用同源28S D2 rDNA和16S rDNA两个基因序列与形态特征结合进行系统发育分析研究。分析结果表明,二叉叶蝉族Macrostelini是一个单系,并在角顶叶蝉亚科的系统发育中处于基部的位置,是内群中最原始的族;角顶叶蝉族Deltocephalini中除了纹翅叶蝉属Nakaharanus,其余各属构成单系;殃叶蝉族Euscelini内属的归属比较混乱,可能是一个并系群,属间差异有待进一步研究。隆额叶蝉族Paralimnini与顶带叶蝉族Athysanini是姐妹群。带叶蝉属Scaphoideus与纹翅叶蝉属Nakaharanus是姐妹群,二者与木叶蝉属Phlogotettix的关系最近,三者构成一个单系,建议将三者归为带叶蝉族Scaphoideini。研究结果还表明,小眼叶蝉族Xestocephalini和Balcluthini的系统发育位置不明,有待进一步研究。

苔藓动物主要类群28SrDNA多变区的分子形态分析及其系统学意义

测定了苔藓动物主要代表类群3种苔虫的28S rDNA全序列（3 459～3 613 bp）,结合已公布的相关类群的28S rDNA全序列数据,分析了其一级结构特征,并分别绘制了D2、D3和D8区段的二级结构.比较分析结果显示：各类群的全序列总长均超过3 300 bp,GC含量为41.8%～57.7%;D3和D8区段的二级结构保守性较高,D2区差异显著;各区段的长度变化较大,但是,大多都具有相似的主干结构.基于二级结构多变区分子形态学特征的比较基本和基于一级结构的分子系统学结论相吻合,提示它们同样包含着重要的系统发育信息.

基于28S rDNA C1-D2区的鳞盘虫科单殖吸虫系统学初步研究

首次利用核糖体28SrDNAC1-D2区序列对鳞盘虫科开展初步的系统学分析,探讨鳞盘虫科各亚科是否成立及其相互关系,并考察鳞盘虫属的单系性问题。结果表明:1)寄生在黄姑鱼Nibea albiflora上的Sinodiplectanotrema属虫种与鳞盘虫科虫种表现出较近的亲缘关系,因虫种后吸器不具鳞盘,故应纳入鳞盘虫科4亚科之一的Murraytrematoidinae亚科;2)本研究不支持Murraytrematoidinae亚科的单系性,并支持Doumingous(2004)废除Murraytrematoidinae亚科并将其中的Lobotrema和Murraytrema二属归入Diplectaninae亚科这一做法;3)对于Doumingous(2004)所提议的新Diplectaninae亚科是否为单系群需进一步探讨;4)本研究支持Lamellodiscinae亚科的单系性;5)7种鳞盘虫属虫种的分析结果显示鳞盘虫属具有明显的非单系性。今后需要将形态学分析和分子系统学分析结合起来,通过分析更多的虫种,才有可能理解鳞盘虫属及鳞盘虫科其它种类的适应辐射问题。

基于28S rDNA序列的姬小蜂科(膜翅目,小蜂总科)分类

选择28S rDNA D2区基因,针对GenBank中姬小蜂科总计542条相关序列,借助Blast Align、MUSCLE及TNT等生物信息学软件进行计算分析,提出了一种基于亚科水平的姬小蜂科快速DNA分类鉴定方法。建树结果对目前分类系统中姬小蜂科4亚科分类体系(Bouek,1988)予以支持;综合分析结果基本支持对于姬小蜂亚科以及灿小蜂亚科的分族、分属方法。同时对地位不明的两属Anselmella和Ophelimus的分类学地位提出了假设。

象山港养殖大黄鱼寄生新贝尼登虫成虫形态学和28S rDNA,ITS1分子鉴定

贝尼登类单殖吸虫是象山港海水养殖鱼类中一类危害严重的寄生虫。应用PCR扩增及DNA序列分析的分子生物学手段,并结合对成虫的形态学分析,对象山港养殖大黄鱼体表寄生的贝尼登类单殖吸虫(记作XSp)进行了种类鉴定,结果表明XSp从形态特征上属于新贝尼登虫属,与梅氏新贝尼登虫高度相似。扩增得到XSp的28SrDNA和ITS1序列长度分别为393和427bp,与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫的5个28SrDNA序列、2个ITS1序列的比对分析显示相似性除1个为97.4%外其余均大于99%,提示XSp与这几个鱾新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫为种内关系,而XSp与贝尼登虫的3个28SrDNA和1个ITS1序列相似性分别为84.3%～89.5%和60.2%。系统进化树显示该吸虫与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫形成一个紧密的簇,而与贝尼登虫亲缘关系较远。根据普通生物学和序列特征分析,将XSp定种为梅氏新贝尼登虫,并且支持Whittington和Horton(1996)提出的梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫为同种异名的分类观点。

食线虫真菌28S rDNA PCR扩增片段的RFLPs分析

本文对16个食线虫真菌(节丛孢属、隔指孢属和单顶孢属)菌株和3个其他相关丝孢菌(顶辐孢属和单端孢属)菌株的28S rDNA 片段进行了扩增, 并用限制性内切酶Sau3A I, Msp I, Rsa I and Hae III对PCR产物进行了消化。采用UPGMA法对 PCR 产物的限制性图谱特征进行了聚类分析。结果表明,捕食性真菌的聚类群与捕食器官类型相对应,顶辐孢属和单端孢属与捕食性真菌的遗传距离较远。该结果与rDNA 的ITS区间、5.8S和18S的序列分析结果一致。

基于28S rDNA分析板栗和杉木上针叶小爪螨物种分化原因

【目的】我国经济林树种板栗和杉木上的重要害螨一直被认为是同一种螨——针叶小爪螨,但针叶小爪螨的山东板栗种群和浙江杉木种群间存在生殖隔离,且生殖隔离并非由地理隔离和能调控寄主生殖的内共生菌引起,似乎二者已分化为2个独立的种。本研究目的是明确其成种原因,丰富物种形成理论。【方法】从之前做杂交试验时所采集的针叶小爪螨板栗和杉木种群中各随机取3头雌成螨,提取单头雌成螨的总DNA,使用根据其他小爪螨28S rDNA两端保守序列设计的引物扩增28S rDNA,扩增产物纯化后测序。比较2种群的28S rDNA序列,并基于28S rDNA序列构建小爪螨属系统发育树,结合已有研究分析两种群分化原因。【结果】每个种群的3个个体的28S rDNA序列完全一致,无种群内变异。2种群的28S rDNA序列一致性为98. 3%,遗传距离为1. 7%。在基于28S rDNA序列构建的小爪螨属系统发育树上,浙江杉木种群与采自日本的日本柳杉上的本岛小爪螨亲缘关系最近,山东板栗种群与采自日本的日本栗上的栗小爪螨的亲缘关系最近。【结论】板栗和杉木上的叶螨并非由同一种叶螨因适应不同寄主植物分化而成,很可能是2个独立的物种。

基于28S rDNA D2基因片段与形态特征的优茧蜂亚科系统发育研究

本研究选取优茧蜂亚科Euphorinae（膜翅目Hymenoptera：茧蜂科Braconidae）的8族19属23种作为内群,茧蜂其它6个亚科的8属8种作外群,首次结合同源核糖体28S rDNA D2基因序列片段和41个形态学特征对该亚科进行了系统发育学研究。利用＂圆口类＂的内茧蜂亚科Rogadinae、茧蜂亚科Braconinae、矛茧蜂亚科Doryctinae的3个亚科为根,以PAUP＊4.0和MrBayes3.0B4软件分别应用最大简约法（MP）和贝叶斯法对优茧蜂亚科的分子数据和分子数据与非分子数据的结合体进行了分析;并以PAUP＊4.0对优茧蜂亚科的28S rDNA D2基因序列的片段的碱基组成与碱基替代情况进行了分析。结果表明：优茧蜂亚科的28S rDNA D2基因序列片段的GC%含量在40.00%~49.25%之间变动,而对于碱基替代情况来讲,优茧蜂亚科各个成员间序列变异位点上颠换（transversion）大于转换（transition）;不同的分析和算法所产生的系统发育树都表明目前根据形态定义出的优茧蜂亚科Euphorinae不是一个单系群,而是一个与蚁茧蜂亚科Neoneurinae和高腹茧蜂亚科Cenocoelinae混杂在一起的并系群;在优茧蜂亚科内部,悬茧蜂族Meterorini和食甲茧蜂族Microctonini（排除猎户茧蜂属Orionis）为单系群,而宽鞘茧蜂族Centistini、大颚茧蜂族Cosmophorini、优茧蜂族Euphorini、瓢虫茧蜂族Dinocampini为并系群;悬茧蜂族Meterorini在优茧蜂亚科Euphorinae内位于基部位置的观点得到部分的支持,同时食甲茧蜂族Microctonini被判定为相对进化的类群。此外对于优茧蜂亚科内各属之间的相互亲缘关系,不同算法所得到的系统发育属的结果不完全一致,这表明优茧蜂亚科内（属及族）的系统发育关系还有待于进一步研究。

基于28S rDNA序列的2种飞虱内生真菌多样性研究

飞虱是农业的重要害虫之一,其体内存在大量共生菌,它们为寄主提供氨基酸、固醇类物质以及蛋白质等多种营养成分,保证飞虱的正常生长和繁殖。利用对飞虱内生真菌28S rDNA基因克隆和序列比对分析的方法,首次对烟翅白背飞虱SogatellaKolophon和长绿飞虱Saccharosydneprocerus体内内生真菌的多样性进行研究。结果显示,烟翅白背飞虱腹部脂肪体内可能存在4种内生真菌,其中热带假丝酵母Candidatropicalis为优势共生菌;长绿飞虱可能存在6种内生真菌,其中担子菌酵母Derxomyces anomala和泡状莫氏黑粉菌Moesziomycesbullatus系为飞虱首次发现。另外,在这2种飞虱体内均发现了一种与白地霉Galactomyces geotrichum相似度为99%的内生真菌,这也是该菌在飞虱体内的首次报道。本研究为以后探讨内生真菌与其宿主的进化关系及探索利用内生菌防治飞虱害虫奠定了基础。

不同保存方式下金龟甲虫DNA提取方法及28S rDNA序列分析

通过电泳检测和PCR扩增28SrDNA核基因序列的结果,比较了无水乙醇、75%乙醇、针插干制3种金龟甲虫标本的保存方式和SDS-蛋白酶K法、CTAB法、饱和NaCl法3种提取DNA方法.结果显示,SDS-蛋白酶K法、CTAB法提取3种保存方式的标本时,可成功提取DNA并有效扩增目的基因;饱和NaCl法仅能提取无水乙醇保存标本的DNA并扩增目的基因,而75%乙醇保存标本和干制标本的DNA提取和基因扩增均不理想.

基于28S rDNA部分序列的指环虫属分子系统分析

基于核糖体28S部分序列,对来自中国的22种及国外的35种指环虫属(Dactylogyrus Diesing,1850)单殖吸虫进行分子系统发育研究,采用Phylosuite平台构建贝叶斯(bayesian,BI)及最大似然法(maximum likelihood,ML)系统发育树,结果显示非洲的鲤科(Cyprinidae)、欧洲的鲤科、亚洲(中国)的鲤科和鲈科(Percoidea)鱼鳃部寄生指环虫属单殖吸虫各自聚为独立的进化支,其中,采自中国的指环虫为并系群.ML树显示亚洲的鲤科鱼类寄生指环虫起源最早,另外指环虫属的早期宿主除魚巴系鱼外还包括雅罗鱼支系.两种系统发育树均未表现出明显的物种区分关系,说明指环虫属的进化分析受到宿主特异性、采集地、进化历史及分子序列的变异度等多方面的影响.

甜菜霜霉病菌形态鉴定及28S rDNA序列分析

【目的】利用形态学和分子生物学技术,对新疆甜菜霜霉病进行鉴定和基因序列分析。【方法】挑取甜菜叶片上霉层,对孢囊梗及孢子囊进行显微观察;提取甜菜霜霉病菌DNA,用卵菌纲通用引物NL1/NL4进行PCR扩增、序列测定、同源性比较。【结果】显微观察到的病原菌孢囊梗及孢子囊与已报道的甜菜霜霉病菌形态一致;PCR扩增28S rDNA末端序列为801 bp,Genbank比对结果显示该段序列与霜霉属粉霜霉菌(Peronospora farinose)最为接近,同源率在99%以上,与霜霉属主要典型株系同源性均在90%以上。【结论】显微形态观察和分子生物学鉴定结果一致,该病原菌属霜霉属,粉霜霉。

基于28S rDNA的南海刺长腹剑水蚤(Oithona setigera)种群遗传多样性研究

长腹剑水蚤属是海洋中小型浮游动物中最为丰富的类群之一,在生物地理学与海洋生态学研究中均具有重要地位。本研究基于 28S rDNA 分析了南海长腹剑水蚤属中较为常见的刺长腹剑水蚤 Oithona setigera 的单倍型多样性和种群遗传结构。结果显示, 792bp 长度的核苷酸片段中,碱基 G+C 的平均含量为 58.2%,高于 A+T 含量(41.8%)。种群平均遗传距离ΦST为 0.011。在 22 个种群共计 186 个个体中,发现了 28 个单倍型,其中单倍型 H10 在 21 个种群中均被发现,最远距离超过 1000km,说明刺长腹剑水蚤可以实现远距离的扩散且受到南海海流影响。Mantel 检验结果显示,刺长腹剑水蚤种群遗传距离和地理距离无线性相关性(R= 0.04615, P=0.678);RDA 变差分解结果显示,空间变量全模型对种群遗传结构的解释率为 53.3%,结合种群平均遗传距离ΦST 为 0.011,我们判断目前观测到的刺长腹剑水蚤的种群遗传结构可能由历史上种群扩展带来的拓殖隔离造成。