采用rDNA测序的方法鉴定1株祖菲无绿藻碳水化合物变种(英文)

目的鉴定1株由脑膜炎患者分离的无绿藻菌株。方法常规的形态学、生化方法及扩增相关基因序列进行菌种鉴定。选用真菌通用引物扩增核糖RNA(rRNA)28S大亚基(LSU)、核糖体内转录间区(ITS) DNA;真核细胞特异性引物及无绿藻种属特异性引物扩增核糖体18S小亚基(SSU)DNA。序列结果用BLAST软件分析(网址:www.ncbi .nl m.nih.gov/BLAST)。比对一致性在99 %以上的菌株,作为正确的鉴定结果。结果该菌在25℃、37℃均可生长,沙堡弱培养基(SDA)、马铃薯培养基(PDA)见光滑湿润的白色酵母样菌落,镜下圆形、椭圆形的孢子及裂殖成圆形或不规则形的内孢子,无菌丝、子囊、芽孢,根据形态学特征鉴定为无绿藻。API 20C AUX鉴定系统提示与威克汉姆无绿藻的一致性为2 .9 %。核酸序列分析显示核糖体内转录间区( ITS) DNA可能存在复杂结构,不适合无绿藻的测序鉴定;但核糖体大亚基(LSU)及小亚基(SSU)DNA序列分析,与祖菲无绿藻碳水化合物变种(Prototheca zopfii var . hydrocarbonea)一致性分别为94 %、99 .9 %。结论形态学是菌种鉴定基础,形态学结合核酸序列分析的方法,可使该临床罕见菌株,鉴定至种的水平。在所选择的基因序列中,18S SSU rDNA比28S LSU rDNA序列分析,更有利于该临床分离株的鉴定。