分子3维结构显示软件在生化与分子生物学教学中的应用

介绍了利用分子三维结构显示软件(Pymol)辅助进行生物分子结构与功能教学的应用经验,包括该软件的基本功能及使用方法,在氨基酸序列与蛋白质结构的定位与展示,生物大分子结构的多角度演示,基于分子结构的机理讲析等教学中的应用实例。教学实践表明,使用Pymol辅助教学清晰直观、生动活泼,对学生理解生物大分子的结构与功能,学好生化与分子生物学有很大帮助。

1例B(A)02等位基因的鉴定及分子机制研究

目的 B(A)02等位基因的鉴定及分子机制的研究。方法对1例B(A)02等位基因者ABO血清学定型使用标准血清学实验方法,对ABO基因7个外显子及其侧翼序列做PCR扩增、基因克隆和测序分析;使用Py MOL软件建立B糖基转移酶(GTB)的空间模型并进行分析。结果血清学检测结果符合B(A)亚型特点,DNA克隆和测序分析显示被检者为B(A)02/O01杂交基因,在B101等位基因上存在700C>G错义突变,导致GTB发生P234A氨基酸置换。通过对GTB空间结构的分析,认为P234A置换影响了第234位氨基酸与Met-266的分子间作用力,从而改变了GTB识别供糖体的结合凹槽的结构,使GTB能够结合并转移N-乙酰氨基半乳糖(Gal Nac)至底物H抗原,从而在红细胞膜上形成弱A抗原。结论 P234A的置换影响了决定GTB识别特异性的Met-266与Ala-268所组成的特异性识别区域的空间结构,从而改变了ABO血型的抗原性。