表达序列标签数据库搜索克隆斑马鱼QM基因及其数字化差异显示分析

QM基因是一种与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关的重要基因,已在人类及许多物种中得到了克隆,但鱼类中尚无报道.我们利用表达序列标签数据库和电子克隆等技术,成功克隆了斑马鱼QM基因,并对该基因的结构进行了系统分析.结果显示,斑马鱼QM基因cDNA全长769 bp,含648 bp开放阅读框架,编码215个氨基酸,5'UTR 25 bp,3'UTR122 bp,所编码的QM多肽分子量24.6 kDa,等电点(pI)10.6,含潜在的蛋白酶C磷酸化位点、N-酰基化位点和酰胺化位点.比较斑马鱼QM和人等13个物种QM的同源性,发现其氨基酸序列相似性为66%～92%.数字化差异显示分析结果表明,QM基因在斑马鱼胚胎及成体多种组织中均有广泛表达.研究结果为今后利用生物信息学快速克隆新的鱼类功能基因打下了方法学基础,也为进一步研究鱼类QM基因功能提供了依据.

一个推测的马氏珠母贝肿瘤抑制子QM的cDNA分析

从马氏珠母贝(P.martensii)足的SMART cDNA文库中得到了一个与肿瘤抑制子QM基因同源的克隆.测序获得了757bp的全长cDNA序列,推测的开放阅读框位于23-673bp,编码217个氨基酸,由20种氨基酸组成,最少的为色氨酸,仅占1.4%,最多的为精氨酸,有24个,占11.1%;同GenBank数据库中查找到的马氏珠母贝(P.fucata)QM基因仅在末尾有4个氨基酸存在差异.P.fucata缺少P.martensii在开放阅读框的第637处对应的碱基C,导致P.fucata的QM蛋白在3′端多了13个氨基酸和缺乏多聚腺苷酸加尾信号AATAAA.因而,已报道的P.fucata QM基因很可能由于测序等原因导致在开放阅读框第637处缺失了碱基C.

QM基因研究进展

对QM基因的研究进展做了综述,希望为深入开展不同物种QM基因功能研究提供一些参考。

绵羊QM基因的电子克隆及其生物信息学分析

[目的]为研究绵羊QM基因的生物学功能奠定基础。[方法]利用EST数据库和电子克隆等技术克隆绵羊QM基因,通过生物信息学分析预测其序列结构,检测其在绵羊不同组织中的表达情况并分析其与其他14物种QM基因的同源性。[结果]首次成功克隆了绵羊QM基因,全长771 bp,含有1个最长为645 bp ORF,编码的蛋白分子量为24.61 kD,为碱性蛋白质。QM蛋白的二级结构含有6个α-螺旋和10个β-折叠,其余为无规卷曲。QM基因在绵羊脾脏、脑组织和骨组织中较好表达,在其余7种组织中也均有表达。QM基因在病变组织中表达量比正常组织高。在14个物种中绵羊QM基因与牛的进化距离最短。[结论]QM基因与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关,且有极高保守性。