基于R语言PMCMRplus包实现完全随机设计资料Nemenyi秩和检验

目的利用R语言PMCMRplus包实现数值变量或等级资料多个独立样本两两比较的Nemenyi检验,为广大研究人员实现Nemenyi法检验提供参考。方法利用医学统计学教材和文献中的相关数据,演示用PMCMRplus包实现Krukal-Wallis检验和Nemenyi检验的过程和代码。结果R语言PMCMRplus包方便地实现了数值变量多个独立样本两两比较的Nemenyi检验,且能输出精确的χ2值和P值。结论R语言PMCMRplus包进行Nemenyi检验过程与代码易于解读、具有可操作性,为研究人员提供了实用的操作参考。

多变量Meta分析在R语言mvmeta包的实现

目的介绍多变量Meta分析的原理及其在R语言mvmeta包的实现。方法以β-受体阻滞剂、硬化疗法及对照组三种非手术治疗方式预防肝硬化出血为例,分别计算两种疗法与对照组的初次出血危险性的危险度(odds ratio,OR)值,将ln(OR)值视为多变量,然后用R语言mvmeta包实现多变量Meta分析。结果多变量Meta分析的结果为,β-受体阻滞剂、硬化疗法与对照组的OR值及95%可信区间分别为0.508 9(0.270 5,0.957 1)、0.552 2(0.318 4,0.957 7),说明两种疗法与对照组比较的初次出血危险性均小于1,差异具有统计学意义。研究间相关系数为0.436 5。结论当Meta分析的结局为多变量或多组时,多变量Meta分析可同时考虑多个结局变量以及研究间结局变量之间的相关,使得分析更加合理,结果更加准确和可信。

基于R语言rpart包与party包的分类树建模研究

目的比较R语言中rpart包与party包所构建决策树的不同。两个不同的包所构建的模型可推广应用于其他领域的决策树分类问题。实验过程中涉及的数据预处理、分类树建模、模型可视化、测试的思路与方法,也可借鉴应用于其他领域的分类树建模预测工作。方法对R语言内置数据集iris应用分类回归树(classification and regression tree,CART)方法与条件推断决策树,并运用R语言实现并建立决策树模型。结果 rpart包所得决策树模型与party包所得决策树模型在预测iris测试集的准确率均为96.7%。结论 rpart包所得到的决策树与party包所得到的决策树在对iris测试集的预测效果上无差异。

R语言animation包的辅助教学探索

概率论与数理统计课程中有许多概念和定理不容易理解,板书授课难以表达全部含义。通过研究R软件中的animation包的使用方式,列举了大数定律、中心极限定理及经验分布函数一致收敛性的动画演示过程,对R语言animation包的辅助教学进行探索。

基于R语言MASS包的LDA建模研究

LDA算法是数据挖掘中用于判断样品所属类型的经典算法,广泛应用于生物学、医学、情报学等领域。本文描述了一个使用R语言MASS包进行LDA建模与测试的实验。实验中使用一组真实存在的鸢尾花数据为研究对象,所建立的模型可用于判断鸢尾花的种类。文中描述的数据处理与建模思路可借鉴应用于其他情景的LDA建模工作。

基于R语言的Apriori算法在挖掘商品交易数据中的应用

Apriori算法是一种挖掘关联规则的频繁项集算法,广泛应用于商业领域与网络安全领域。描述了使用R语言arules扩展包的Apriori算法对真实的商品交易数据进行关联规则挖掘的过程,并对挖掘结果进行分析。对商品交易数据的关联规则挖掘思路可借鉴应用于其他情景的关联规则挖掘。

基于云计算的翻转课堂在编程类课程中的应用

面向非理工专业学生开设编程选修课程可使其适应大数据时代的职场及学术要求,但面临缺乏可及性、稳定性强的编程操练环境,理论课程难度较大而课时不足,以及个体化指导和过程性评价不足等困难。在“R语言与数据可视化入门”课程中,通过搭建云计算平台,借助swirl自主学习包实现理论课程翻转教学,借助MOOC/自媒体/自制视频资源实现数据分析与可视化实践课程翻转教学,结合侧重于过程性评价的多元考核方式,达到较好的教学效果。本教学设计对其他非理工专业学生的编程选修课程具有一定示范推广价值。

围手术期抗菌药物医嘱预点评工具的设计与效果

目的 设计围手术期抗菌药物医嘱预点评工具,以提高医院围术期抗菌药物管理工作效率。方法 以开源软件R为平台,以相关指导原则和文件为依据,使用tidyverse等R包构建预点评工具,使用shiny包构建web应用程序。使用设计的预点评工具回顾性点评川北医学院附属医院2021年4月1日—2022年12月31日的出院病历,并与既往人工点评结果进行比较,统计分析使用McNemar配对检验。结果 该医嘱预点评工具可快速完成出院病历抽样、批量预点评、结果统计、数据可视化和结果输出,并可根据实际需要灵活调整点评规则。与人工点评相比,预点评工具效率更高,点评速度为每份13.46 ms。在人工累计点评的2 642份出院病历中,使用类型(预防性或治疗性)的判断方面,预点评与人工点评结果相比(预防性使用占比:76.85%vs.78.21%),差异无统计学意义(P=0.078)。在预点评和人工点评均判定为预防性使用的1 857份出院病历中,不合理检出率(39.90%vs.30.32%)差异有统计学意义(P<0.01)。在经由高级职称临床药师复核确认的63份典型不合理病历中,60份被预点评工具判定为不合理,典型不合理检出率为95.24%。结论 基于R构建的医嘱预点评工具可提高围手术期抗菌药物医嘱点评效率,点评结论与统计结果较为可靠,值得进一步发展和应用。

基于R-Shiny和脚本的OpenFOAM远程应用开发

为提升基于计算流体力学(Computational Fluid Dynamics,CFD)的船舶性能评估效率和计算资源利用率,开发一种能提供操作界面、方便使用的OpenFOAM远程应用。以R语言的Shiny模块为B/S(Browser/Server)框架开发网页,通过网页将数据参数和几何文件提交给服务器,利用服务器脚本自动开展船舶性能计算。测试结果表明该应用能自动判断计算过程的收敛情况,提高计算资源的利用率;能记录并返回计算结果和收敛过程,便于用户查询。该应用作为一种简单、高效的OpenFOAM远程应用,能极大地简化OpenFOAM的使用流程,使科研人员将更多精力投入到船舶优化设计中,减少对计算工具的关注。

基于R语言rpart包的分类树建模研究

分类树是经典的数据挖掘方法之一,广泛应用于医学、生物学、信息安全等领域。R语言是一种用于统计分析与数据挖掘的开源工具。笔者描述了一个用于研究基于R语言的rpart包进行分类树建模、模型可视化与测试的实验。实验中使用一组真实存在的鸢尾花数据为建模对象,所建立的分类树模型可用于鸢尾花种类识别工作。笔者涉及的数据处理思路与建模方法可借鉴应用于其他领域的分类树建模工作。

C57BL/6小鼠胫骨前肌和趾长伸肌肌梭解剖学分析

目的定位C57BL/6小鼠胫骨前肌(TA)和趾长伸肌(EDL)肌梭分布,分析肌梭在骨骼肌中的固定方式,并统计肌梭各区域长度和赤道横截面积(CAS)等参数分析肌梭形态学共性,为肌梭的形态和功能研究提供解剖学基础。方法5只正常成年C57BL/6小鼠取TA和EDL,利用改良的骨骼肌冷冻技术得到无冰晶样本,样本连续冷冻切片,HE染色,显微成像,分析TA与EDL肌梭分布及肌梭在骨骼肌中与其他组织的连接方式。测量肌梭各区域长度和CAS,统计学分析肌梭形态特征。结果C57BL/6小鼠TA和EDL分布情况为:从尾端至头端方向,肌梭主要分布在肌腹中间偏上位置。从背侧至腹侧,肌梭靠近腓深神经入肌点分布。在肌梭末梢可以看到肌梭锚定连接梭外纤维并固定于骨骼肌中。单个肌梭形态观察分析显示,连接感觉神经纤维末梢的区域A和与运动神经纤维末梢连接区域B的长度有较明显相关性(相关系数为0.75)。结论C57BL/6小鼠TA和EDL肌梭分布特点可以为后续肌梭相关的形态学和电生理研究提供解剖信息,发现肌梭区域A和区域B的相关性可能有助于解释肌梭信号传递能力差异。

0-1整数规划模型在混合方案的经济性比选中的应用

在技术经济分析评价中,常见一类混合方案的经济性比选,采用传统方法评价比选比较繁琐,通过把混合方案的经济性比选抽象为0-1整数规划模型,并首次利用功能强大的开源、免费统计软件Rglpk包,结合具体混合方案实例求解模型。

分位数回归下的指标设计与实现

在讨论布林带技术指标的设计思想的基础上,基于分位数回归理论设计了一个新的技术指标:分位数回归带(QRBands),给出了分位数回归带指标的计算方法,并利用R软件及quantmod包实现了指标的计算,最后利用上证指数2018年1至8月价格数据绘制了分位数回归指标图并指出了分位数回归带与布林带的差异和分位数回归带指标的适用范围。

基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图制作方法

目的通过QIIME系统和R语言的“ggtree”包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程。方法通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为OTUs表,对OTUs表数据进行筛选和转换,用相关命令生成Newick格式的系统发生树文件,以此文件为输入,用R语言“ggtree”包的相关函数和代码绘制不同类型的系统发生树图。结果成功开发了绘制系统发生树图的工作流程,使用该流程对公开发表的细菌16S rRNA基因扩增子测序数据进行处理,生成了包含物种丰度和分类信息的OTUs表,以该表为输入数据,绘制了物种相对丰度累积条图和多种形式的系统发生树图。结论使用本流程绘制的图形更准确和美观,最大的优点是能通过各种附加信息对树形图进行多方面的注释,还可以针对系统发生与微生物丰度联合作图。