林木多地点半同胞子代测定遗传分析R语言程序包及其应用

子代测定是林木育种中的关键环节,有关子代测定的遗传参数和统计量计算还存在不少问题。用于计算多种遗传参数的R语言程序包Halfsib MS,可以对多地点或单地点的半同胞子代测定遗传统计模型进行分析计算,并且可以处理平衡数据或不平衡数据。该程序包首先采用固定效应模型计算亲本配合力及其他固定效应;然后再用随机效应模型计算遗传方差和协方差进而估算遗传力,并计算每一个参数估计的标准误和显著性检验统计量;最后,对于多个数量性状,给出了它们在家系效应、地点与家系互作效应及区组与家系互作效应水平上的遗传相关系数及其标准误。该程序包可在网站http://fgbio.njfu.edu.cn/tong/halfsibms/halfsibms.html上自由下载使用。

植物标本标签设计的原则及R程序包herblabel

植物标本是分类学、生态学和分子生物学最重要的凭证之一。标本的采集和鉴定信息需清晰、准确、美观地展示和保存于标本标签中,不能有歧义以及拼写错误。在标签的制作过程中,数据输入的方式要简单、直接,标签文件生成过程中最好能自动分析错误,且在打印之前要便于修改和调整。本文探讨了打印植物标本标签的若干原则以及注意事项,并介绍了用R语言编写的herblabel程序包生成植物标本标签以及鉴定标签的过程。herblabel程序包基于Darwin Core和CVH5.0数据交换标准,可快速批量生成几种样式的RTF标签,且标签简洁、美观,易于编辑。herblabel程序包具有检查地点完整程度,学名拼写和接受状态,科、属在APG等新系统下的对应关系等功能,可有效减少数据录入过程中产生的错误。此外,本程序包在打印标签时使用的是基于Darwin Core标准保存的标本数据库,不仅方便统计和管理,也可以直接用于全球生物多样性信息网络(GBIF)数据共享或者数字植物标本馆的建设。该程序包可显著提高植物标本馆标本制作、管理和信息录入的工作效率,减轻工作人员的负担,并在植物生物多样性编目中发挥重要作用。

获取生物物种名录信息的R程序包SP2000

物种名录为衡量区域和全球生物多样性提供了数据基础。随着互联网的兴起与发展,人们将地球上已知的动物、植物、微生物等类群的物种名录信息存储到公共数据平台中,并对物种名录进行快速及时地更新,这极大地促进了分类学、保护生物学和宏观生态学等学科的发展,成为政府或国际组织开展物种保育现状评估、红色名录编撰和生物多样性保护的重要依据。物种2000中国节点(http://www.sp2000.org.cn)和Catalogueof Life网站(http://www.catalogueoflife.org)分别是中国和全球最大的生物物种名录数据平台,截至2020年6月4日,其收录的物种数分别为122,280种和1,829,672种。然而这些数据平台仅提供物种查询、检索、下载等基本功能,难以满足使用者准确、快速地批量获取所需生物物种名录数据信息的需求,制约了这些大数据平台在生物多样性研究和保护中的作用。因此,我们选取R语言开发了程序包SP2000,旨在帮助用户批量获取中国或全球生物物种名录信息。该程序包具有跨Windows、MacOS、Linux等多个系统运行、操作便捷、代码开源等特点。为了方便用户使用,本文详细介绍了SP2000的基本原理、特点及使用指南,包括程序包的下载、安装、运行和参数设置等。