限制性酶切位点关联DNA测序技术(restriction-site-associated DNA sequencing,RAD-seq)是在二代测序技术基础上发展起来的一种简化基因组技术(reduced-representation genome sequencing,RRGS)。RAD-seq利用限性核酸内切酶使基因组片段...限制性酶切位点关联DNA测序技术(restriction-site-associated DNA sequencing,RAD-seq)是在二代测序技术基础上发展起来的一种简化基因组技术(reduced-representation genome sequencing,RRGS)。RAD-seq利用限性核酸内切酶使基因组片段化,经过修饰后连接含标记的接头构建文库并进行测序。因其具有操作简单、实验成本低、通量高等优点,在分子生态学、进化基因组学、保护遗传学等领域得到应用。目前发展起来的RAD-seq技术主要包括利用稀有酶和物理打断方式进行基因组片段化的mbRAD、利用稀有酶和常见酶组合酶切的方式进行基因组片段化的ddRAD、利用IIB型限制性内切酶得到短片段文库的2bRAD、利用同裂酶和Illumina试剂盒建库的ezRAD和完全利用Nextera试剂盒建库的nextRAD。本文对每种RAD-seq技术的特点及其在昆虫种群遗传学、群落生态学、物种界定、系统发育和遗传连锁图谱构建等研究领域的应用进行了综述。展开更多
[目的]筛选一种能够得到高质量桑树基因组DNA的方法。[方法]采用天根试剂盒法(Plant Genomic DNA Kit离心柱型),并稍加改进,从11个桑种的新鲜嫩叶中提取DNA。[结果]该方法简单快速,不需要复杂仪器,且能有效地除去桑叶中的多糖、多酚、...[目的]筛选一种能够得到高质量桑树基因组DNA的方法。[方法]采用天根试剂盒法(Plant Genomic DNA Kit离心柱型),并稍加改进,从11个桑种的新鲜嫩叶中提取DNA。[结果]该方法简单快速,不需要复杂仪器,且能有效地除去桑叶中的多糖、多酚、蛋白质等杂质,得到的DNA能够满足RAD-Seq高通量的测序要求。[结论]建立了一种用于桑RAD-Seq高通量测序的基因组DNA提取方法。展开更多
Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-seq)技术是在二代测序基础上发展起来的一项基于全基因组酶切位点的简化基因组测序技术。该方法技术流程简单,不受有无参考基因组的限制,可大大简化基因组的复杂性,减少实验费用,通过...Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-seq)技术是在二代测序基础上发展起来的一项基于全基因组酶切位点的简化基因组测序技术。该方法技术流程简单,不受有无参考基因组的限制,可大大简化基因组的复杂性,减少实验费用,通过一次测序就可以获得数以万计的多态性标记。目前,RAD-seq技术已成功应用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位、辅助基因组序列组装、群体基因组学以及系统发生学等基因组研究热点领域。文章主要介绍了RAD-seq的技术原理、技术发展及其在基因组研究中的广泛应用。鉴于RAD-seq方法的独特性,该技术必将在复杂基因组研究领域具有广泛的应用前景。展开更多
旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SN...旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SNP标记计算观察杂合度(Ho)、群体内核酸多态性(Pi)、群体的平均近交系数(Fis)等指标,分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构,并通过选择性清除分析和全基因组关联分析(GWAS)筛选出候选基因,利用KOBAS对候选基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因。测序结果表明,静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data,Q30达到93%以上。遗传多样性分析表明,白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238533、233562和240820个SNPs标记,Ho、Pi和Fis分别在0.2732~0.2782、0.3049~0.3096和0.0961~0.1098之间。群体结构分析表明,静原鸡根据不同羽色分为不同类群。通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个(FZD4、WNT16、EDNRB、TYR、KRAS、CTNNB1、DDC、MC1R、CAMK2A、PRKCB、PRKCA)与静原鸡羽色相关的候选基因,富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关。综上所述,本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状,为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础。同时,筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因,为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点。展开更多
限制性酶切位点相关DNA测序(restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)是在二代测序技术上发展起来的简化基因组测序技术,该技术操作简单、实验成本低、并且简化了基因组的复杂度.鱼类是脊椎动物中物种数最多的类群,由于生...限制性酶切位点相关DNA测序(restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)是在二代测序技术上发展起来的简化基因组测序技术,该技术操作简单、实验成本低、并且简化了基因组的复杂度.鱼类是脊椎动物中物种数最多的类群,由于生活环境的不同,造就了丰富的物种多样性,常作为基因组学的研究对象.目前,在鱼类基因组学研究中,RAD-seq技术广泛应用于鱼类的系统发育、物种分化、遗传图谱、群体遗传和适应性进化等方面的研究.研究主要基于RAD-seq技术在鱼类基因组学中的研究进展进行综述,以期为鱼类资源的保护和合理利用提供参考依据.展开更多
Background: The Common Pheasant(Phasianus colchicus) Linnaeus, 1758 is the most widespread pheasant in the world and widely introduced as a game bird. Increasing needs for conservation genetics and management of both ...Background: The Common Pheasant(Phasianus colchicus) Linnaeus, 1758 is the most widespread pheasant in the world and widely introduced as a game bird. Increasing needs for conservation genetics and management of both wild and captive populations require permanent genetic resources, such as polymorphic microsatellites in order to genotype individuals and populations.Methods: In this study, 7598 novel polymorphic microsatellites for the Common Pheasant were isolated using a RAD-seq approach at an Illumina high-throughput sequencing platform. A panel of ten novel microsatellites and three existing ones from the chicken genome were multiplexed and genotyped on a set of 90 individuals of Common Pheasants(representing nine subspecies and ten individuals each) and 10 individuals of the Green Pheasant(P. versicolor).Results: These 13 microsatellites exhibited moderate to high levels of polymorphism, with the number of alleles per locus ranging from 2 to 8 and expected heterozygosities from 0.049 to 0.905. The first analysis of the genetic structure of subspecies/populations using a Bayesian clustering approach, implemented in STRUCTURE, showed two genetic clusters, corresponding to both the Green and the Common Pheasant, with further evidence of subpopulation structuring within the Common Pheasants.Conclusion: These markers are useful genetic tools for sustainable uses and evolutionary studies in these two Phasianus pheasants and probably other closely related game birds.展开更多
文摘限制性酶切位点关联DNA测序技术(restriction-site-associated DNA sequencing,RAD-seq)是在二代测序技术基础上发展起来的一种简化基因组技术(reduced-representation genome sequencing,RRGS)。RAD-seq利用限性核酸内切酶使基因组片段化,经过修饰后连接含标记的接头构建文库并进行测序。因其具有操作简单、实验成本低、通量高等优点,在分子生态学、进化基因组学、保护遗传学等领域得到应用。目前发展起来的RAD-seq技术主要包括利用稀有酶和物理打断方式进行基因组片段化的mbRAD、利用稀有酶和常见酶组合酶切的方式进行基因组片段化的ddRAD、利用IIB型限制性内切酶得到短片段文库的2bRAD、利用同裂酶和Illumina试剂盒建库的ezRAD和完全利用Nextera试剂盒建库的nextRAD。本文对每种RAD-seq技术的特点及其在昆虫种群遗传学、群落生态学、物种界定、系统发育和遗传连锁图谱构建等研究领域的应用进行了综述。
文摘[目的]筛选一种能够得到高质量桑树基因组DNA的方法。[方法]采用天根试剂盒法(Plant Genomic DNA Kit离心柱型),并稍加改进,从11个桑种的新鲜嫩叶中提取DNA。[结果]该方法简单快速,不需要复杂仪器,且能有效地除去桑叶中的多糖、多酚、蛋白质等杂质,得到的DNA能够满足RAD-Seq高通量的测序要求。[结论]建立了一种用于桑RAD-Seq高通量测序的基因组DNA提取方法。
文摘Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-seq)技术是在二代测序基础上发展起来的一项基于全基因组酶切位点的简化基因组测序技术。该方法技术流程简单,不受有无参考基因组的限制,可大大简化基因组的复杂性,减少实验费用,通过一次测序就可以获得数以万计的多态性标记。目前,RAD-seq技术已成功应用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位、辅助基因组序列组装、群体基因组学以及系统发生学等基因组研究热点领域。文章主要介绍了RAD-seq的技术原理、技术发展及其在基因组研究中的广泛应用。鉴于RAD-seq方法的独特性,该技术必将在复杂基因组研究领域具有广泛的应用前景。
文摘旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SNP标记计算观察杂合度(Ho)、群体内核酸多态性(Pi)、群体的平均近交系数(Fis)等指标,分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构,并通过选择性清除分析和全基因组关联分析(GWAS)筛选出候选基因,利用KOBAS对候选基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因。测序结果表明,静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data,Q30达到93%以上。遗传多样性分析表明,白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238533、233562和240820个SNPs标记,Ho、Pi和Fis分别在0.2732~0.2782、0.3049~0.3096和0.0961~0.1098之间。群体结构分析表明,静原鸡根据不同羽色分为不同类群。通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个(FZD4、WNT16、EDNRB、TYR、KRAS、CTNNB1、DDC、MC1R、CAMK2A、PRKCB、PRKCA)与静原鸡羽色相关的候选基因,富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关。综上所述,本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状,为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础。同时,筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因,为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点。
文摘限制性酶切位点相关DNA测序(restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)是在二代测序技术上发展起来的简化基因组测序技术,该技术操作简单、实验成本低、并且简化了基因组的复杂度.鱼类是脊椎动物中物种数最多的类群,由于生活环境的不同,造就了丰富的物种多样性,常作为基因组学的研究对象.目前,在鱼类基因组学研究中,RAD-seq技术广泛应用于鱼类的系统发育、物种分化、遗传图谱、群体遗传和适应性进化等方面的研究.研究主要基于RAD-seq技术在鱼类基因组学中的研究进展进行综述,以期为鱼类资源的保护和合理利用提供参考依据.
基金supported by the National Natural Science Foundation of China(No.31572251)to YLa grant from the China Postdoctoral Science Foundation(No.2016M590834)to BW
文摘Background: The Common Pheasant(Phasianus colchicus) Linnaeus, 1758 is the most widespread pheasant in the world and widely introduced as a game bird. Increasing needs for conservation genetics and management of both wild and captive populations require permanent genetic resources, such as polymorphic microsatellites in order to genotype individuals and populations.Methods: In this study, 7598 novel polymorphic microsatellites for the Common Pheasant were isolated using a RAD-seq approach at an Illumina high-throughput sequencing platform. A panel of ten novel microsatellites and three existing ones from the chicken genome were multiplexed and genotyped on a set of 90 individuals of Common Pheasants(representing nine subspecies and ten individuals each) and 10 individuals of the Green Pheasant(P. versicolor).Results: These 13 microsatellites exhibited moderate to high levels of polymorphism, with the number of alleles per locus ranging from 2 to 8 and expected heterozygosities from 0.049 to 0.905. The first analysis of the genetic structure of subspecies/populations using a Bayesian clustering approach, implemented in STRUCTURE, showed two genetic clusters, corresponding to both the Green and the Common Pheasant, with further evidence of subpopulation structuring within the Common Pheasants.Conclusion: These markers are useful genetic tools for sustainable uses and evolutionary studies in these two Phasianus pheasants and probably other closely related game birds.
