应用RAMP分子标记研究红花资源遗传多样性

采用RAMP（Random amplified microsatellite polymorphism）对原产于42个国家的84份红花材料进行遗传多样性分析。结果表明,被测材料间RAMP标记多态性较高。16个引物组合所产生的122条DNA扩增片段中,有118条具有多态性,PPB为96.7%。PIC的变化范围为0.580～0.978,平均值0.874。每个引物可扩增出4～11个DNA片段,平均获得7.6个DNA片断,其中7.4个具有多态性,遗传相似系数（GS）的变化范围0.338～0.907,平均值为0.665。基于GS的聚类结果可以将所有84份材料完全分开,并划分为6类,聚类结果与材料的地理分布有一定关系,来源于亚洲和美洲的材料多样性相对比较丰富,所有来自中国的材料被聚为一大类。据此认为,红花种质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异,RAMP分子标记是评价红花资源遗传多样性的有效方法。

萝卜基因组DNA的RAMP-PCR体系优化

以萝卜为材料，对基因组DNA的RAMP分析体系中的Mg^2＋、dNTPs和引物浓度进行优化。分别设计3个浓度梯度：Mg^2＋为0．75、1．5、3．0mmol·L^-1；dNTPs为0．05、0．15、0．3mmol·L^-1；引物为0．065、0．2、0．4μmol·L^-1，并对合适退火温度进行研究。筛选出的RAMP优化体系为（20μL）：dNTPs 0．15mmol·L^-1，Mg^2＋ 1．5mmol·L^-1，引物0．2～0．4μmol·L^-1，DNA 10ng，Taq E 0．8U；PCR扩增程序为94℃ 3min，94℃ 1min，45℃ 1min，72℃ 1．5min，42个循环，72℃ 8min。运用此体系，进行引物组合筛选，并对7个萝卜品种的遗传多样性与品种鉴定进行RAMP标记分析。

利用RAMP-PCR技术对枸杞10个品种资源的分析

以枸杞为材料,建立基因组DNA的有效提取方法,并对10个枸杞品种进行RAMP技术分析研究。结果表明,利用10对引物共扩增出87个条带,其中多态性条带53个;多态性条带比率33.3%～81.9%,10个枸杞品种间的遗传距离为0.1111～0.8333;研究表明,利用RAMP进行枸杞的品种DNA指纹分析是可行的。

利用RAMP分子标记对酸枣资源的遗传多样性分析

为了探讨不同区域酸枣资源的遗传多样性，完善酸枣的DNA分子指纹鉴定方法，用24对引物对31份酸枣样品进行RAMP分子标记分析，从中筛选出14条有多态性并且条带清晰的引物，共扩增了132个位点，多态性位点107个，多态性比率81.1%。遗传多样性分析结果表明，31份酸枣样品的遗传距离为0.1209～0.5172；根据扩增结果可将参试的31份样品划分为6类。

RAMP与REMAP分子标记技术及其应用

引物设计是RAMP和REMAP标记分析的关键,二者都使用锚定的微卫星序列引物。目前已开发出多个RAMP锚定微卫星序列引物,与不同的RAPD引物进行扩增,得到更多的引物组合。REMAP使用反转录转座子的外向LTR引物和锚定微卫星序列引物。而RAMP分析采用不对称PCR循环,在PCR扩增的后15个循环中,退火温度设为2个;REMAP则采用常规PCR循环。扩增产物可在聚丙烯酰胺凝胶、变性聚丙烯酰胺凝胶、琼脂糖凝胶上进行电泳分离,检测时可使用同位素、银染或溴化乙锭染色等技术。目前,这两种标记技术已在作物和动物种质资源的遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、转基因植株基因稳定性分析等方面都有成功的应用。

乌头种质资源遗传多样性的RAMP分析

探索乌头种质资源的遗传多样性,为乌头新品种选育提供理论基础.本文采用RAMP（ramp amplified microsatellite polymorphism）对来自于四川平武、北川、安县和青川等地的48份栽培乌头居群进行了遗传多样性分析.结果表明,被测材料间RAMP标记多态性较高.73对引物组合共扩增出991条带,其中775条具有多态性,多态性位点百分率（PPB）为78.2％,每个引物可扩增出2 ～ 24条多态性带,平均10.6条.材料间遗传相似性系数（GS）变化范围为0.664 ～0.982,平均达0.933.聚类分析表明,利用RAMP标记可将全部材料区分开,并划分为6类,聚类结果与材料的地理分布有一定关系,来源于平武锁江和安县雎水的材料多样性相对比较丰富.结果显示,乌头种质资源在分子水平上确实存在较大遗传差异,RAMP标记可作为评价乌头遗传多样性的有效工具之一.

8个忍冬品种遗传关系的RAMP分析

[目的]为忍冬种质资源的合理利用提供理论依据。[方法]运用RAMP标记技术对8个忍冬品种的遗传多样性进行分析,并采用UPGMA方法对其进行聚类。[结果]8个忍冬品种均具有较丰富的遗传多样性,其多态性比率为83.67%,遗传相似系数为0.5901～0.971 3,平均值为0.784 1。Nei's遗传距离和UPGMA分析结果显示,8个忍冬品种被聚为2大类,其中淡红忍冬与金银花的遗传相似系数最小(0.590 1),亲缘关系最远;贯月忍冬与格雷姆忍冬的遗传相似系数最大(0.971 3),亲缘关系最近。[结论]应用RAMP标记可有效分析忍冬品种的遗传多样性,为忍冬种质资源的鉴别、分类和有效利用提供依据。

核桃种质资源遗传多样性的RAMP标记分析

以核桃嫩叶为试材，对34份核桃种质资源进行了RAMP技术分析研究，以期建立基因组DNA的有效提取方法。结果表明：利用11对引物共扩增出185个条带，其中多态性条带142个，多态性条带比率62．5％～93．3％；34份核桃样品间的相异系数0．0274～0．4848。表明34份核桃种质资源具有较丰富的遗传多样性，用RAMP进行核桃资源的DNA指纹分析可行；核桃的遗传基础具有一定的地域特征，“石门核桃”种群在遗传关系上是相对独立的栽培群体。

应用RAMP标记分析长白山地区中国林蛙的遗传多样性

应用随机扩增微卫星多态性DNA(RAMP)标记技术对长白山地区中国林蛙60个个体间遗传多样性进行了分析。以便为中国林蛙种质资源的保护和利用以及物种分化研究提供基础资料。结果表明:120个RAMP引物中,有14个引物组合可扩增出清晰且具多态性的条带。这14个引物组合共扩增出107条带,其中105条具有多态性,多态条带比率为98.13%。每个引物可扩增出3～10条多态性条带,平均7.5条。多态条带比率、Shannon多样性指数(I)以及Nei氏基因多样度(h)均显示长白山地区中国林蛙具有较为丰富的遗传多样性。RAMP标记遗传相似性系数(GS)变异范围为0.4860～0.8505,平均值为0.6634,以GS平均值0.6634为阈值,可将所有供试材料划分为10类,其中大部分个体归为同一类,群体内并没有形成较明显的遗传分化。

Low-Cost Strategies for Development of Molecular Markers Linked to Agronomic Traits in<i>Prunus</i>

Evaluation of agronomic traits in Prunus breeding programs is a tedious process because of the long juvenile period of trees, the influence of juvenility and the existence of climatic factors affecting the expression of the trait. For these reasons, marker-assisted selection (MAS) strategies are particularly useful in these cases. The objective of this work is the analysis of alternative low- cost strategies for development of molecular markers linked to agronomic traits in Prunus including the application of modified Bulked segregant analysis (BSA) using Simple sequence repeat (SSRs) markers and the application of Random amplified polymorphism microsatellite (RAMP) markers. First BSA results showed that two SSR loci were found to be tightly linked to flowering time in almond. On the other hand, RAMP analysis has been demonstrated to be a potentially valuable molecular marker for the study of genetic relationships in Prunus. Results showed the dominant nature of these markers with a great abundance and transferability although with a reduced polymorphism. In addition, RAMP application in F1 progenies showed its suitability for molecular characterization and mapping, and later Quantitative trait loci (QTL) or BSA analysis.

一种新的分子标记方法——随机微卫星扩增多态DNA(RMAPD)

随机微卫星扩增多态DNA(RMAPD)是利用随机引物和微卫星的上游或下游引物一起作为该扩增的引物,在TaqDNA聚合酶、MgC l2、dNTPs和模板DNA等共同作用下进行PCR扩增的一种新型分子标记方法。其核心是RMAPD引物的有效性问题。通过对西农萨能奶山羊群体RMAPD电泳检测、数据统计分析及验证实验等证明RMAPD的引物是有效的。通过与微卫星和RAPD标记比较,发现RMAPD标记在扩增引物、扩增程序和重复性等方面区别于微卫星和RAPD标记;它是RAPD标记的一种广义的延伸,但又不完全等同于RAPD标记。因此,确定RMAPD是一种新的分子标记方法。该方法也具有DNA标记的特点,在群体遗传结构和亲缘关系分析以及标记辅助选择等动物遗传育种领域具有广阔的应用前景。