目的分析旋毛虫抗原刺激MCF-7乳腺癌细胞前后的差异表达基因,为乳腺癌的治疗提供新的靶点及思路。方法利用Illumina HiSeq对旋毛虫幼虫抗原刺激前、后的MCF-7细胞进行转录组测序,通过cutadapt对原始数据进行过滤,用RPKM(Reads Per Kilo ...目的分析旋毛虫抗原刺激MCF-7乳腺癌细胞前后的差异表达基因,为乳腺癌的治疗提供新的靶点及思路。方法利用Illumina HiSeq对旋毛虫幼虫抗原刺激前、后的MCF-7细胞进行转录组测序,通过cutadapt对原始数据进行过滤,用RPKM(Reads Per Kilo bases per Million reads)方法计算基因表达量,以差异基因log2fold change≥1且FDR≤0.05筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过Gene Ontology(GO)数据库、KEGG pathway数据库对差异表达基因的功能和参与的信号通路进行分析,利用qRT-PCR对差异表达基因进行验证。 结果转录组测序数据过滤后分别得到51 617 374和44 494 010条有效序列,从中筛选出21个差异表达基因,与对照MCF-7细胞(CON组)相比,旋毛虫抗原刺激的MCF-7细胞(AG组)有13个上调基因,8个下调基因。差异表达基因主要富集于分子结合、催化活性、细胞组分、胞膜组分、生物调节、细胞过程等,主要参与TGF-β、Jak-STAT、ErbB、Hippo、mTOR信号通路调节及碳代谢、氨基酸生物合成、丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸代谢、视黄醇代谢、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸代谢及血管平滑肌收缩等。利用qRT-PCR对显著下调基因受体活性修饰蛋白3(Receptor activity modifying protein 3,RAMP3)的表达进行验证,结果与转录组测序一致。 结论旋毛虫抗原刺激导致MCF-7乳腺癌细胞RAMP3表达降低,RAMP3可能参与旋毛虫抗原抗肿瘤过程。展开更多
文摘目的分析旋毛虫抗原刺激MCF-7乳腺癌细胞前后的差异表达基因,为乳腺癌的治疗提供新的靶点及思路。方法利用Illumina HiSeq对旋毛虫幼虫抗原刺激前、后的MCF-7细胞进行转录组测序,通过cutadapt对原始数据进行过滤,用RPKM(Reads Per Kilo bases per Million reads)方法计算基因表达量,以差异基因log2fold change≥1且FDR≤0.05筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过Gene Ontology(GO)数据库、KEGG pathway数据库对差异表达基因的功能和参与的信号通路进行分析,利用qRT-PCR对差异表达基因进行验证。 结果转录组测序数据过滤后分别得到51 617 374和44 494 010条有效序列,从中筛选出21个差异表达基因,与对照MCF-7细胞(CON组)相比,旋毛虫抗原刺激的MCF-7细胞(AG组)有13个上调基因,8个下调基因。差异表达基因主要富集于分子结合、催化活性、细胞组分、胞膜组分、生物调节、细胞过程等,主要参与TGF-β、Jak-STAT、ErbB、Hippo、mTOR信号通路调节及碳代谢、氨基酸生物合成、丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸代谢、视黄醇代谢、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸代谢及血管平滑肌收缩等。利用qRT-PCR对显著下调基因受体活性修饰蛋白3(Receptor activity modifying protein 3,RAMP3)的表达进行验证,结果与转录组测序一致。 结论旋毛虫抗原刺激导致MCF-7乳腺癌细胞RAMP3表达降低,RAMP3可能参与旋毛虫抗原抗肿瘤过程。
