基于RAPD的MCID法快速鉴定不结球白菜品种和遗传多样性分析

不结球白菜是长江中下游地区蔬菜周年供应的主栽品种,在种质资源保护和开发利用过程中,品种鉴定的难度随着市场上品种的增多而增加。利用基于DNA分子标记的人工绘制品种鉴别图(manual cultivar identification diagram,MCID)方法对笔者所在单位收集和保存的34份不结球白菜种质材料进行鉴定,同时进行NTSYS-pc遗传多样性分析。结果表明,利用筛选出的5对RAPD引物扩增出的多态性谱带即可构建34份不结球白菜的品种鉴定图,该图可以快速地筛选出某品种鉴定所需要的引物及需要参考的特征性谱带,具有较高的可操作性和实用性。聚类结果表明,34份不结球白菜种质材料与品种的聚类模式基本符合其农艺性状表现和遗传背景。研究结果可为不结球白菜品种鉴定和种质创新提供了科学依据,对不结球白菜种质资源的保护、研究及品种的早期鉴定具有重要意义。

江西省烟草赤星病菌RAPD遗传多样性分析

【目的】为明确江西省烟草赤星病菌Alternaria alternat的遗传多样性,开展了相关研究。【方法】运用RAPD分子标记法对江西省6个主要烟区赤星病分离出的37个菌株进行了遗传多样性、遗传结构与分化及种间遗传变异分析。【结果】其中6个不同地理种群的Nei’s基因多样性指数(He)为0.1618~0.3209,Shannon信息指数(I)为0.2419~0.4785,表明不同地理来源种群之间的链格孢菌具有丰富的遗传多样性;遗传距离分析表明,兴国和信丰的菌株遗传距离最小,亲缘关系较近,石城和黎川的菌株遗传距离最大,亲缘关系较远;居群每代迁移数(Nm)为1.8171,表明不同地理来源的种群间存在一定程度的基因流动;利用NTSYS软件按UPGMA法聚类分析,当相似系数划定为0.56时,可将37个菌株划分为10个类群,37个菌株基本上以地理来源聚类到不同分支,表明菌株间的遗传多样性受其地理来源影响明显。【结论】利用RAPD分子标记法明确了江西省主要烟区烟草赤星病菌Alternaria alternat的遗传多样性,为江西省烟区选育抗赤星病品种及其综合防治提供措施奠定理论基础。

基于RAPD技术对大曲芽孢杆菌近似菌株的分类研究

大曲是浓香型白酒酿制过程中最主要的微生物源,大曲中微生物的类型、丰度、新陈代谢活动等均会对浓香型白酒品质产生很大的影响。为了探究大曲中芽孢杆菌的分类及多样性,利用菌株随机扩增多态性DNA标记(random amplified polymorphic DNA,RAPD)分型和16S rDNA序列分析技术,对已分离出的芽孢杆菌进行RAPD分型和16S r DNA序列分析。结果表明,37株芽孢杆菌中有22株枯草芽孢杆菌、9株蜡样芽孢杆菌、3株地衣芽孢杆菌,其中枯草芽孢杆菌又可细分为8类,蜡样芽孢杆菌可细分为3类,地衣芽孢杆菌可分为3类;RAPD分型可以为大曲中芽孢杆菌的快速分型及后续的分类学研究提供理论依据,为研究芽孢杆菌在白酒酿造中的作用奠定基础。

Investigating the genetic diversity of several varieties of Iranian tomato (Solanum lycopersicum) using RAPD and ISSR molecular markers

Background:Numerous studies have demonstrated the existence of approximately 7,500 genetic tomato varieties worldwide.Hence,it is crucial to assess the genetic diversity among tomato cultivars.This study aimed to investigate the genetic diversity of selected Iranian tomato cultivars(Solanum lycopersicum)using RAPD and ISSR molecular markers.Method:Ten RAPD primers and ten ISSR primers were employed to assess the genetic diversity among 10 tomato cultivars:Matin,RFT 112,Hirad,Golsar,Raha,Hengam,Hedah,Fasa,JS12,and Emerald.Data analysis involved the UPGMA algorithm and NTYSYSpc software.Results:RAPD analysis revealed close genetic proximity between Fasa and JS12,as well as between Raha and Hadieh.Conversely,the RFT 112,Hengam,Hirad,and Emerald cultivars exhibited significant genetic diversity within this group.ISSR primer analysis identified Hengam as the most diverse variety,while Matin,Emerald,and Vibrid,as well as Raha and JS12,displayed genetic similarities with minimal observed diversity.Furthermore,the overall analysis of the cultivars using RAPD and ISSR markers indicated that Hengam exhibited the highest diversity among all the varieties.Notably,Raha and JS12 demonstrated limited diversity in this analysis.Conclusion:This research demonstrates substantial genetic diversity among the investigated tomato varieties,with Hengam displaying the highest diversity within this group.Furthermore,ISSR markers proved more effective in determining genetic diversity in tomato plants.

黄果及红果人参、西洋参基因组的RAPD分子标记研究

利用RAPD技术对人参属(Ginseng)黄果人参、红果人参、黄果西洋参及红果西洋参基因组进行了分析。共采用15个随机引物,其中14个引物的扩增带型在不同品种间出现差异,共扩增出131条带,多态性达59 5%。聚类分析结果表明:人参与西洋参各自聚为一类,彼此遗传距离较远,黄果西洋参与红果西洋参、黄果人参与红果人参遗传距离均较近,但也存在着一定程度的核苷酸序列差异。RAPD及聚类分析结果与形态学和细胞学等分析结果基本一致,证实了RAPD分析方法是人参属系统分类、品种鉴定的有效方法。

甘蔗杂种的染色体和RAPD鉴定研究

采用体细胞染色体计数和RAPD(Random Amplified Polymorphism DNA)分子标记的方法鉴定甘蔗与蔗茅属间杂交种F1的真实性。结果表明,杂种F1材料01/47、01/85、01/120的2n=80-82,染色体遗传方式为n+2n。用110个随机引物进行RAPD扩增,63个引物可获得双亲的RAPD多态性,其中3个引物OPC-19、OPE-2、OPF-4可在杂种F1材料01/64和01/120的RAPD扩增标记中显示出双亲的特征谱带,分别为父本3500bp和母本1300bp、父本1350bp和母本900bp、父本550bp和母本900bp。

一个与大豆黄色种皮相关的RAPD标记

利用BSA法对11个黑色种皮的大豆品种和12个黄色种皮的大豆材料的基因组DNA进行了RAPD分析,供试的100个随机引物有 66 个产生了 RAPD扩增产物,其中产生 RAPD多态性的随机引物有15个。在所产生的扩增产物中,获得了一个与大豆种皮色相关的特异 DNA 片段S79500。同时,采用该标记对辽豆10号×PI437654杂交后代种皮颜色有分化的群体和黄、青、黑、褐色种皮的大豆进行检测,经验证这个 RAPD标记具有较高的重复性和稳定性,可用于辅助选育优良的黄色种皮的大豆新品种。

福建栽培大豆品种RAPD标记多样性分析

利用RAPD分子标记技术对福建18份栽培大豆品种遗传多样性进行研究。结果表明,12个引物共扩增出91条带,其中多态条带6 5条,多态性程度为71 4 3%。D =0 6 2时,聚类分析结果可以将供试材料分为3个大类群,即菜用大豆品种、杂交育成品种和地方品种、有半野生血缘的品种各聚成1类,揭示了福建省栽培大豆品种间的亲缘关系,同时还反映出品种间关系与地理起源有一定的相关。

芝麻种质资源RAPD分析及其遗传多样性

利用RAPD分子标记方法,选取60个随机引物,对从我国保存的芝麻种质资源中挑取的19个种质进行遗传多样性分析,选出扩增效果好的14个多态性引物,并用于统计分析,14个引物共扩增出142条带,其中多态性带61条,占43%,平均每个引物有4 36条,变化范围2～7条。依据聚类分析结果可将19个供试材料分为4大类,地理业源较远的国外种质与我国本地种质之间遗传差异较大。利用RAPD标记技术在基因水平上分析芝麻种质资源遗传多样性完全可行。

栉孔扇贝×虾夷扇贝子一代杂种优势的RAPD分析

应用RAPD技术对栉孔扇贝×虾夷扇贝子一代的杂种优势进行了研究,对栉孔扇贝(C)、虾夷扇贝(P)及其正交F1(C♀×P♂)、反交F1(P♀×C♂)共4个群体的RAPD扩增带谱进行了分析.从40个随机引物中筛选出16个扩增带丰富的引物进行扩增,共得到l15条清晰稳定的扩增带,扩增片段大小在200～2000bp之间,其中有82个扩增位点具有多态性,多态性位点比率为71.3%.栉孔扇贝与正反交子代的相对遗传距离分别为0.0852和0.2886;虾夷扇贝与正反交子代的相对遗传距离分别为0.2327和0.0559,杂种子代与两亲本的遗传差异不是对等的,而是偏向各自的母本,系统树、Shannon多样性指数同样证明了这一点.两亲本群体内相似性指数分别为0.8392和0.8451,均大于正交子代的群体内相似性指数,而小于反交子代的群体内相似性指数,表明正交子代群体的遗传多样性水平升高,产生杂种优势;反交降低,未产生明显的杂种优势,与4个群体Shannon遗传多样性指数计算分析结果一致.

橄榄基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化

以橄榄叶片为材料,进行橄榄基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化。试验表明,采用改良的SDS法,提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析。在25μL反应体积中,RAPD反应的优化体系为:18.5μLddH2O,0.5μLdNTP,2.5μlBuffer,1μL引物,0.5μLDNA模板,2μLTaqDNA聚合酶。

扶芳藤遗传多样性RAPD鉴定及类型划分研究

利用RAPD标记技术对56份扶芳藤、3份大叶黄杨和1份胶东卫矛材料进行遗传多样性分析,筛选出35个引物扩增出205条稳定、清晰、可重复的DNA片段,其中32个引物扩增出100条带具有多态性,其多态性频率48.78%;不同引物及不同位点谱带所揭示的扶芳藤遗传差异较大,其遗传多样性指数分布范围为0.0331￣0.8904;根据引物L04和U12扩增的RAPD带型和以遗传距离进行聚类分析结果可明显地区分扶芳藤与大叶黄杨、冬季全部落叶的与冬季不落或部分落叶的扶芳藤类型、从中国收集的扶芳藤资源与从捷克和美国引入的3个品种;同时聚类分析还可区分中国东南沿海地区与其他地区收集扶芳藤资源。

安徽野生香菇遗传多样性及杂种优势的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,利用17个引物对26个安徽野生香菇菌株和6个香菇栽培品种进行了遗传多样性分析,并构建了遗传相关聚类图。在128个RAPD标记中,多态性标记为104个,占81.3%。聚类分析显示,当以相异距离0.25为阈值,32个菌株被划为5个RAPD遗传组,多数菌株之间遗传相似性较低。表明供试菌株在DNA水平上存在比较显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。杂种优势的检测表明亲本间遗传距离较大的组合其杂种优势也较强。

重庆养殖中华鳖群体遗传多样性的RAPD分析

[目的]利用RAPD标记技术对重庆4个养殖地区中华鳖的遗传多样性进行分析。[方法]选取(潼南、永川、江津、长寿)4个地区养殖中华鳖样本,运用RAPD方法对4个地区的中华鳖遗传多样性与其遗传距离进行了分析。[结果]用20个随机扩增引物得到142个扩增片段,多态片段数量为95个,4个地区的多态位点比例范围为50.78%~64.54%,总多态位点比例为66.90%,总基因多样性为0.227,种群内基因多样性为0.135,遗传分化系数为0.307,基因流为1.127。4个养殖中华鳖群体的遗传距离为0.049~0.151。[结论]重庆4个地区养殖中华鳖遗传多样性较高,且大部分遗传变异存在于种群内,个体间亲缘关系较近,遗传变异度较小。

基于RAPD分子标记的观赏春石斛遗传多样性分析

【目的】利用RAPD分子标记对观赏春石斛的遗传多样性进行分析。【方法】以10份观赏春石斛种质资源为供试材料,采用100条RAPD随机引物进行筛选。【结果】从筛选出来的15条具有良好多态性的引物中扩增得到125个DNA条带,其中80个条带表现出多态性,多态性位点比率为63.89%。聚类分析结果显示,在相似系数为0.37时10份样本分为两大类,在相似系数0.41时可进一步分为两个亚类群。【结论】利用RAPD分子标记可以鉴别观赏春石斛种质资源。

基于ISSR和RAPD分子标记的15株糙皮侧耳遗传多样性分析

平菇(糙皮侧耳)是我国食用菌栽培主要品种之一,国内各地栽培品种较多,平菇资源的遗传多样性较丰富。为了明确平菇菌株间的亲缘关系及遗传距离,借助ISSR和RAPD两种分子标记技术,对收集到的国内主产区的15个平菇菌株进行DNA遗传多样性分析,为后期平菇适应性试验提供理论依据。通过ISSR和RAPD两种分子标记引物筛选试验,获得9对多肽引物,利用9对引物对15份平菇DNA样品进行多样性PCR扩增,并采用NTSYS-PC分析软件对供试菌株的遗传多样性进行聚类分析。结果显示,参试平菇菌株遗传距离在0.26~0.56;9对引物共扩增产生了102条清晰条带,平均每对引物扩增产生11.3条带;多态性条带90条,多态性条带比例为88%,平均每对引物组合扩增产生10条多态性条带;在遗传距离0.36的水平上,供试的15个平菇品种分为4个类群,P101和P121分别单独分为一个类群,P102、P112、P120、P122、P104、P125、P107、P113、P124归为一个类群,P117、P123、P118、P119归为一个类群。供试材料之间遗传差异大,遗传多样性较丰富,研究结果为本地区平菇产业发展及育种提供新的菌株。

RAPD标记构建芥蓝×甘蓝分子标记连锁图

以芥蓝C10 0 12 ×甘蓝秋50 Y7为杂交组合 ,构建了F2 作图群体 ,利用 3 0 0个随机引物对两亲本进行了RAPD检测 ,共筛选到 1 5 0个RAPD引物在亲本间表现多态 ,多态引物的比率为 5 8.3 %。共分析了 5 2个引物产生的 96个多态性RAPD标记在该群体中的遗传。 96个RAPD标记中有 94个在F2 群体中的分离比符合 3∶1 ,说明该群体适合于QTL分析 ,共发现两对共分离的RAPD标记。利用该作图群体构建了甘蓝的基本遗传图谱。该图谱由 9个主要的连锁图构成 ,覆盖基因总长度约为 5 5 5 .7cM。

应用RAPD分子标记探讨拟鹅观草属的种间关系

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,分析了拟鹅观草属(Pseudoroegneria)8种1亚种和鹅观草属(Roeg neria)7种植物。35个引物产生的344条DNA扩增片段中,328条(95.35%)具有多态性,利用344个RAPD标记,在NTSYS软件中,计算Jaccard遗传相似系数,建立UPGMA聚类图。结果表明:1)物种间遗传差异明显,具有丰富的遗传多样性;2)R.elytrigioides、R.alashanica和R.magnicaespes与拟鹅观草属的物种聚类在一起,表明它们与拟鹅观草属的亲缘关系较近,而与鹅观草属的亲缘关系较远;3)RAPD分子标记可以将拟鹅观草属的物种分开,而且形态相似,地理分布相同或相近的物种聚类在一起;4)RAPD结果与形态学和细胞学的分析结果一致,表明RAPD技术能为拟鹅观草属植物的系统学研究提供DNA水平上丰富的资料。

苦瓜品种亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD技术对来自国内外的45份苦瓜栽培品种进行了亲缘关系分析。实验采用UPGMA方法进行聚类分析,并在此基础上建立分子系统树。实验结果将45个苦瓜品种分成滑身苦瓜和麻点苦瓜2大类,滑身苦瓜又可以分为来源于东南亚和来源于国内的2组,麻点苦瓜也可分为来源于中国香港和来源于中国内地的2组,说明苦瓜品种存在一定的地域性差异,另外亲缘关系上相近的品种也聚类到一起。

云南常见药用红景天的RAPD分析

目的研究云南常见药用植物红景天的遗传背景。方法采用RAPD技术对3种6个居群59个红景天样品进行了遗传关系研究。结果大花红景天3个居群的多态位点百分率(PPB)分别为37.97%、46.15%、39.45%,Nei's基因多样性(h)分别为0.1103、0.1437、0.1371,Shannon's信息指数(I)分别为0.1736、0.2221、0.2067,物种水平的PPB为70.47%,I为0.2583,基因分化系数Gst为0.2630;长鞭红景天2个居群的PPB分别为43.67%、44.42%,I分别为0.2153、0.2174,物种水平的PPB为65.51%,Gst为0.3132,I为0.3139;云南红景天的PPB为36.97%,I为0.1881。结论RAPD分子标记可很好地用于红景天物种的分子鉴定和遗传背景研究。