重庆养殖中华鳖群体遗传多样性的RAPD分析

[目的]利用RAPD标记技术对重庆4个养殖地区中华鳖的遗传多样性进行分析。[方法]选取(潼南、永川、江津、长寿)4个地区养殖中华鳖样本,运用RAPD方法对4个地区的中华鳖遗传多样性与其遗传距离进行了分析。[结果]用20个随机扩增引物得到142个扩增片段,多态片段数量为95个,4个地区的多态位点比例范围为50.78%~64.54%,总多态位点比例为66.90%,总基因多样性为0.227,种群内基因多样性为0.135,遗传分化系数为0.307,基因流为1.127。4个养殖中华鳖群体的遗传距离为0.049~0.151。[结论]重庆4个地区养殖中华鳖遗传多样性较高,且大部分遗传变异存在于种群内,个体间亲缘关系较近,遗传变异度较小。

基于RAPD分子标记的观赏春石斛遗传多样性分析

【目的】利用RAPD分子标记对观赏春石斛的遗传多样性进行分析。【方法】以10份观赏春石斛种质资源为供试材料,采用100条RAPD随机引物进行筛选。【结果】从筛选出来的15条具有良好多态性的引物中扩增得到125个DNA条带,其中80个条带表现出多态性,多态性位点比率为63.89%。聚类分析结果显示,在相似系数为0.37时10份样本分为两大类,在相似系数0.41时可进一步分为两个亚类群。【结论】利用RAPD分子标记可以鉴别观赏春石斛种质资源。

基于ISSR和RAPD分子标记的15株糙皮侧耳遗传多样性分析

平菇(糙皮侧耳)是我国食用菌栽培主要品种之一,国内各地栽培品种较多,平菇资源的遗传多样性较丰富。为了明确平菇菌株间的亲缘关系及遗传距离,借助ISSR和RAPD两种分子标记技术,对收集到的国内主产区的15个平菇菌株进行DNA遗传多样性分析,为后期平菇适应性试验提供理论依据。通过ISSR和RAPD两种分子标记引物筛选试验,获得9对多肽引物,利用9对引物对15份平菇DNA样品进行多样性PCR扩增,并采用NTSYS-PC分析软件对供试菌株的遗传多样性进行聚类分析。结果显示,参试平菇菌株遗传距离在0.26~0.56;9对引物共扩增产生了102条清晰条带,平均每对引物扩增产生11.3条带;多态性条带90条,多态性条带比例为88%,平均每对引物组合扩增产生10条多态性条带;在遗传距离0.36的水平上,供试的15个平菇品种分为4个类群,P101和P121分别单独分为一个类群,P102、P112、P120、P122、P104、P125、P107、P113、P124归为一个类群,P117、P123、P118、P119归为一个类群。供试材料之间遗传差异大,遗传多样性较丰富,研究结果为本地区平菇产业发展及育种提供新的菌株。

国产姜黄属药用植物RAPD分析与分类鉴定

运用 RAPD技术刻划了国产姜黄属药用植物的遗传背景差异 ,并结合经典分类和异地栽培观察和聚类分析 ,初步澄清了姜黄属植物的一些分类学争议 ,从

铁皮石斛野生居群遗传多样性的RAPD分析与鉴别

目的采用RAPD分子标记技术,对铁皮石斛8个野生居群的遗传多样性、亲缘关系以及分子鉴别等进行研究.方法筛选随机引物进行RAPD分析,通过UPGMA聚类,研究铁皮石斛各居群间的遗传关系,构建居群亲缘关系的分子系统树;利用特异性条带对铁皮石斛野生居群进行指纹分析鉴别.结果共筛选出10个有效引物,在8个野生居群材料的RAPD扩增中共得到439个位点,平均每个引物扩增出43.9个位点,每个居群扩增出54.9个位点;在所获得的104条可重现谱带中,9条是单态的,95条是多态的,多态性程度达91.35%,遗传距离在0.590～0.727之间,平均为0.686.结论铁皮石斛居群间遗传差异明显,具有较丰富的遗传多样性;RAPD可以作为铁皮石斛野生居群遗传多态性、居群亲缘关系和分子鉴别研究的有效手段;引物S412可以有效鉴别铁皮石斛的8个野生居群.

RAPD和ISSR标记检测黄麻属遗传多样性的比较研究

应用RAPD和ISSR标记,分别对来自非洲地区和中国的15份黄麻野生种(10个种),以及来自中国、印度、越南、日本等地的12份黄麻栽培品种基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果表明:(1)参与分析的所有RAPD和ISSR引物都对DNA模板浓度的梯度变化不敏感,对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性,ISSR优于RAPD;(2)25个RAPD和ISSR引物分别扩增出329条和283条带,多态比率分别为89.36%和92.5%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(3)RAPD和ISSR标记检测同组供试材料种间或种内的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.48～0.98和0.33～0.97,ISSR检测出种间遗传多样性的分辨力较RAPD为高,但两者GS相关系数高达0.955;(4)RAPD和ISSR标记的分子聚类获得了趋势相近,但不完全相同的聚类树,两种标记均能准确地把原始黄麻野生种与栽培种中的长果种和圆果种及其近缘野生种聚在不同的种群中,分子分类结果与传统经典分类相符,并揭示出种间或种内基因型的遗传差异与亲缘关系,而ISSR比RAPD能检测到种间更高的遗传差异性;(5)两种标记均可揭示种间与种内的遗传多样性及其进化的亲缘关系,可为进一步开展黄麻分子辅助育种和起源与进化研究提供有价值的理论依据。

应用RAPD标记技术探讨枣与酸枣的分类学关系

Genetic relationships between Ziziphus jujuba and Ziziphus spinosa populations were studied using RAPD data in population genetics. 275 loci were gained among which 249 loci were polymorphic by 22 primers. The polymorphic loci percentage was 89% among Z.spinosa population while that of Z.jujuba population was 56%. 31 specific RAPD markers were detected on 3 Z.jujuba varieties and 15 Z.spinosa forms. Cluster analysis showed: when λ=12, the forms tested were divided into 2 groups. One included Z. jujuba cv. Zanhuangdazao, Yudichuangan, Yuanshichuangan, Xiaochuangan, Qiantai No.1, Luzhuangchuangan; the other included Z. jujuba cv. Zilingdan and 26 Z. spinosa forms. All above indicated that Z. jujuba and Z.spinosa should be regarded as two separate species.

日本对虾野生种群和养殖种群遗传结构的RAPD标记研究

于1997年4月在福建和山东青岛分别采集日本对虾野生种群和养殖群体的样品,采用RAPD标记技术对其遗传结构进行初步研究。用20个随机引物在野生种群和养殖群体中分别扩增出157和153条DNA片段,其中多态性片段数分别为85和58条,多态性片段的比例分别为54.14％和37.91％,平均杂合度分别为0.2517和0.1343。野生种群的多态性位点比例和条合度明显高于养殖群体,说明中国的日本对虾野生种质资源状况较好,应加以合理保护。与野生种群相比,养殖群体的杂合度有所下降,提示在日本对虾的育苗育种过程中应引进标记辅助选择等技术手段。

当归药材道地性的RAPD分析

目的 从 DNA分子水平上探讨当归药材道地性的生物学基础。方法 对来自不同产地的 18个当归样品 ,提取其基因组 DNA,并进行 RAPD分析。对筛选出的 10个引物的 RAPD结果进行聚类分析 ,得出 18个当归样品的聚合树状图。结果 显示地理分布距离越小 ,当归的遗传差异越小 ;反之 ,越大。但生态环境特别是小生境对当归遗传差异的作用亦不可忽视。

厚朴DNA分子标记的研究——正品的RAPD研究

目的 利用RAPD技术探讨厚朴种内关系、道地性问题 ;寻找正品厚朴DNA指纹特征。方法 选择代表厚朴主要分布区的 11个产地 33个的个体材料作为样本 ,经DNA提取 ,用 74个随机引物进行PCR扩增。结果 从17个引物中得到 116条带 ,用于种内关系探讨 ,经聚类分析 ,得到 3个主要分支及反映正品种及优良品种的特异性引物和条带。结论 (1)将厚朴分为 3个地理宗更合适 ,分别是 :典型的厚朴、典型的凹叶厚朴及中间类型 ,这与叶的形态等性状一致 ;(2 )“川朴”及“温朴”有明显的遗传分化 ,且与有效成分相关 ,故厚朴的道地性主要来源于遗传差异 ;(3)

用RAPD技术鉴定两个小冰麦易位系

本文对从小冰麦异附加系中选育出的两个抗锈品系小冰麦33号,小冰麦34号及其原始亲本新曙光一号和抗源供体天兰冰草进行了RAPD分析,确定了小冰麦33号和小冰麦34号是含一段冰草DNA的易位系。文中还讨论了RAPD做为一种准确、快速鉴定易位系的方法的可行性。

利用RAPD分析大青杨天然群体的遗传结构

本文利用ＲＡＰＤ分子标记技术从ＤＮＡ分子水平上探测了大青场（ｐｌｐｕｌｕｓｕｓｓｕｒｉｅｎｓｉｓＫｏｍ．）天然群体的遗传结构和分化程度。结果得出：用１４个随机寡核苷酸引物共产生１８０个扩增片段，扩增片断在２１１ｂｐ至１６３６ｂｐ之间。Ｓｈａｎｎｏｎ表型多样度（ＨＯ）估测值在群体间变动范围为０．２７１至０．３９２，平均为０．３１０。对分子水平变异分为群体间和群体内两部分进行分析，群体间分量占总变异的６２．３％，群体内只占３７．７％。不同引物在群体内探测能力也各不相同，ＣＨｌ－ｌ引物探测多样度（ＨＯ）最高（０．５４０），而２１１６引物最低（０．１５１）。

石蒜属种间亲缘关系RAPD分析

采用RAPD标记构建了石蒜属Lycoris植物 13个种的指纹图谱。从 5 2 0个随机引物中筛选出清晰且多态性高的 4 1个引物 ,共产生了 35 0条DNA片段 ,分子量在 0 3～ 3 0kb之间 ,其中 2 5 3条谱带具有遗传多态性 ,约占 72 3% ,平均每个引物扩增的DNA片段数为 6 2条。采用TFPGA数据分析软件 ,计算Nei氏相似性系数和遗传距离 ,建立了UPGMA聚类图。结果表明 :石蒜属 13个种明显聚为两大类 ,即具有单型核型结构 (Ⅰ型 )、染色体基数为x =11的 5个物种 :玫瑰石蒜L rosea、红蓝石蒜L haywardii、稻草石蒜L straminea、换锦花L sprengeri和石蒜L radiata聚为一类 ;具有两型核型结构 (V型和Ⅰ型 ) 8个物种即江苏石蒜L houdyshelii、乳白石蒜L albiflora、中国石蒜L chinensis、长筒石蒜L longituba、安徽石蒜L anhuiensis、夏水仙L squmigera、短蕊石蒜L caldwellii和忽地笑L aurea聚为一类。其中玫瑰石蒜和红蓝石蒜的亲缘关系最近 ,石蒜和忽地笑的亲缘关系较远 ,与细胞学的研究结果相吻合。通过RAPD分析 ,对玫瑰石蒜、红蓝石蒜和稻草石蒜是否天然杂交起源以及乳白石蒜、稻草石蒜和江苏石蒜的分类地位进行了探讨。

南北苍术的RAPD分析及其划分的初步探讨

目的 :用RAPD方法在分子水平上对南北苍术的划分进行初步探讨。方法 :用 40个引物对 7个居群的南苍术、北苍术及关苍术进行RAPD分析。RAPD分析软件RAPDistancePackage———Version 1.0 4中Dice的方法计算任意两个样品间的遗传距离 ,得树系图。结果 :共检测到多态位点 6 0个。聚类分析显示 ,苍术有以地域为界聚类的倾向 ,且南苍术首先与关苍术聚类后再与北苍术聚类。结论 :苍术的化学成分、遗传分化和地理分布有一定的相关性 ,以地域为界划分南北苍术有一定道理。

DNA提纯方法对9种菊属植物RAPD的影响

菊属植物组织中所含的多酚类、单宁、色素及多糖类物质是干扰RAPD扩增反应的主要成份。通过比较试验,使用十二烷基硫酸钠(SDS)法提取,DNA,并补加非水溶性聚乙烯吡咯烷酮(insoluble PVP),有效地去除了上述杂质,经纯化的DNA能很好地用于RAPD分析。试验还发现,4月上旬至5月中旬植物材料处于旺盛的营养生长状态时取材提取DNA较为适宜。

部分烟草核心种质RAPD分析

本研究对24个不同类型烟草核心种质进行了RAPD标记。通过43个RAPD引物PCR扩增的214个分子量不同的DNA片段,标记出24个烟草核心种质的指纹图谱,表现了高度的遗传多样性。通过聚类分析,将24个种质分为6大聚类群,类群Ⅰ包含11种质,其中烤烟5个,晒烟3个,白肋烟2个,雪茄烟1个;类群Ⅱ包含9个种质,其中烤烟2个,晒烟2个,白肋烟2个,香料烟2个,马里兰烟1个;类群Ⅲ、Ⅴ,分别包含晒烟、黄花烟各1个;Ⅳ、Ⅵ为2个野生种。各类群遗传差异由大到小顺序为Ⅵ>Ⅴ>Ⅳ>Ⅲ>Ⅱ>Ⅰ。种质间的遗传差异并不完全取决于栽培类型间的差异,而与种质间演化关系有关,野生种与栽培种间存在较大的遗传差异。

中药白芷种质资源的RAPD分析

目的：对中药白芷的种质资源进行分析。方法：用１２个随机引物对野生白芷、杭白芷的４个居群超过１７个个体的基因组ＤＮＡ进行ＲＡＰＤ分析。结果：共扩增出４０个位点，其中多态位点２６个，占６．５％；祁、杭白芷的多态位点的百分率显示出低水平的遗传变异。根据ＲＡＰＤｉｓｔａｎｃｅ分析，祁、杭间的遗传距离（０．１６０）小于祁白芷居群内单株间和杭白芷不同居群间遗传距离，并且它们都小于野生白芷与祁、杭白芷间的遗传距离。结论：祁、杭白芷应属同一类群，与野生白芷有一定区别。

太湖猪遗传多样性和系统发生关系的RAPD分析

报道了对太湖猪7个类群、红灯笼猪、约克夏种猪及太湖地区野猪共57个个体随机扩增多态DNA（RAPD）分析的结果，重建了太湖猪的系统发生树。实验从40个引物中选用重复性较好的13个引物对所有个体进行了随机扩增，共获得198个RAPD标记，单个引物获得的标记数在3～16间。RAPD分析结果表明：（1）在太湖猪各类群内及类群间都具有较高的相似性指数，类群间平均遗传距离为0．05又反映太湖猪群体的遗传变异较小；（2）红灯笼猪也应是太湖猪的一个类群；（3）太湖猪与太湖地区的野猪亲缘关系较近；（4）太湖猪在品种形成的过程中可能较早的分裂为2支，一支形成现存的米猪、二花脸猪及嘉兴黑猪3个类群，红灯笼猪也属于这一支。另一支形成现存的沙乌头猪、梅山猪、枫径猪及横径猪4个类群。对太湖猪遗传多样性的保护策略作了探讨。

辣椒种质遗传多样性的RAPD和ISSR及其表型数据分析

用RAPDI、SSR分子标记及28个表型性状数据对辣椒属5个栽培种的13份材料进行了分析,结果表明:23条RAPD引物共扩增出209条带,平均每个引物扩增出9.09条,多态性位点比率为83.73%;16条ISSR引物共扩增出94条带,平均每个引物扩增出5.88条,多态性位点比率为79.79%.与RAPD相比,ISSR标记检测到的有效等位基因数(Ne)及Shannon多样性指数(I)、遗传离散度(Ht)和遗传分化系数(Gst)等遗传多样性参数都较大,多态性位点比例在亲缘关系较近的一年生辣椒(Capsicum annuum)种内较高,说明ISSR有更高的多态性检测效率,并且适合亲缘关系较近的种群间遗传多样性分析.基于RAPDI、SSR的聚类与基于表型数据的聚类之间存在极显著正相关,且都能将C.annuum与其它栽培种区分开来.

闽楠天然种群遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记分析了闽楠主要分布区江西和福建两省的8个天然种群的遗传多样性和种群遗传分化。应用12条引物从160个植株中共检测到135个位点,其中多态位点134个。RAPD数据经Lynch-Milligan矫正后利用POPGENE软件计算出种群间遗传分化系数GST为0.373;利用Shannon多样性表型指数估算出46.4%的变异存在于种群间;分子方差分析(AMOVA)亦显示种群间变异占43.3%(P<0.001)。尽管遗传变异主要存在于种群内,但闽楠种群间亦存在强烈的遗传分化,这可能与闽楠种群生境片断化、地理隔离等有关。根据闽楠的遗传变异特点,建议尽可能多地保护闽楠天然种群,对遗传多样性较高的福建西芹、浦城、明溪等种群应予以重点保护,同时收集各地闽楠遗传资源进行迁地保护,并通过种群扩繁以及合理回归自然等方式扩大种群规模、增强种群间的基因流,以维持其遗传多样性水平。