外周血受体相互作用蛋白激酶3、混合系列蛋白激酶样结构域水平与新生儿坏死性小肠结肠炎病情严重程度的关系

目的分析新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)患儿外周血受体相互作用蛋白激酶3(RIPK3)、混合系列蛋白激酶样结构域(MLKL)的表达情况及其与病情严重程度的关系。方法选取92例NEC患儿纳入NEC组,并根据病情严重程度进一步分为轻度NEC组(Ⅰ级)60例和重度NEC组(Ⅱ~Ⅲ级)32例,另选取同期诊治的60例腹股沟斜疝患儿纳入对照组。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测外周血RIPK3 mRNA、MLKL mRNA表达;采用Pearson相关分析法明确NEC组外周血RIPK3 mRNA与MLKL mRNA表达的相关性;采用免疫印迹法检测NEC回肠组织和正常回肠组织中RIPK3、MLKL蛋白表达;采用多因素Logistic回归分析明确重度NEC发生的独立危险因素。绘制受试者工作特征曲线,分析外周血RIPK3 mRNA、MLKL mRNA单独及联合预测重度NEC的价值。结果NEC组外周血RIPK3 mRNA、MLKL mRNA相对表达量分别为(2.41±0.52)、(3.03±0.64),高于对照组的(1.02±0.21)、(0.93±0.20),差异有统计学意义(P<0.001)。NEC回肠组织中RIPK3、MLKL蛋白相对灰度值分别为(1.20±0.21)、(1.13±0.24),高于正常回肠组织的(0.34±0.12)、(0.32±0.11),差异有统计学意义(P<0.05)。NEC组患儿外周血RIPK3 mRNA与MLKL mRNA相对表达量呈正相关(r=0.623,P<0.001)。重度NEC组合并气腹征、多器官功能障碍综合征、败血症者占比和RIPK3 mRNA、MLKL mRNA相对表达量均高于轻度NEC组,差异有统计学意义(P<0.05);RIPK3 mRNA、MLKL mRNA相对表达量升高是重度NEC发生的独立危险因素(P<0.05)。外周血RIPK3 mRNA、MLKL mRNA联合预测重度NEC的曲线下面积大于RIPK3 mRNA、MLKL mRNA单独预测(Z=4.127、4.261,P<0.05)。结论RIPK3 mRNA、MLKL mRNA在NEC患儿外周血中表达升高,两者均与NEC病情严重程度有关,且两者联合检测对重度NEC具有较高的预测价值。

混合谱系激酶结构域样蛋白、caspase-8及受体相互作用蛋白激酶3 mRNA在不同阶段乙型肝炎病毒感染患者中的表达及诊断价值

目的探讨混合谱系激酶结构域样蛋白(MLKL)、caspase-8及受体相互作用蛋白激酶3(RIPK3)mRNA在不同阶段乙型肝炎病毒(HBV)感染患者中的表达水平及诊断价值。方法选择2016年11月至2019年11月新乡市传染病医院收治的175例HBV感染患者为研究对象,根据病情程度将患者分为慢性乙型肝炎(CHB)组(n=67)、肝硬化(LC)组(n=61)和肝细胞肝癌(HCC)组(n=47);另选择同期于本院体检的80例体检健康者为对照组。采集各组受试者外周静脉血,应用实时荧光定量聚合酶链反应法检测外周血单个核细胞(PBMC)中MLKL、caspase-8及RIPK3 mRNA表达水平;采用Pearson相关检验分析HBV感染不同阶段患者PBMC中MLKL、caspase-8及RIPK3 mRNA表达水平的相关性,受试者操作特征曲线下面积(AUC)评估MLKL、caspase-8及RIPK3 mRNA表达水平对不同阶段HBV感染患者的鉴别诊断价值。结果4组受试者PBMC中MLKL、RIPK3、caspase-8 mRNA表达水平比较差异有统计学意义(F=1019.364、1009.381、159.407,P<0.05)。CHB组、LC组、HCC组患者PBMC中MLKL、RIPK3 mRNA表达水平显著高于对照组,caspase-8 mRNA表达水平显著低于对照组(P<0.05)。LC组、HCC组患者PBMC中MLKL、RIPK3 mRNA表达水平显著高于CHB组,caspase-8 mRNA表达水平显著低于CHB组(P<0.05)。HCC组患者PBMC中MLKL、RIPK3 mRNA表达水平显著高于LC组,caspase-8 mRNA表达水平显著低于LC组(P<0.05)。Pearson相关检验结果显示,不同阶段HBV感染组患者PBMC中MLKL mRNA表达与RIPK3 mRNA表达呈正相关(r=0.414、0.432、0.449,P<0.01),MLKL mRNA表达与caspase-8 mRNA表达呈负相关(r=-0.556、-0.378、-0.721,P<0.01),RIPK3 mRNA表达与caspase-8 mRNA表达呈负相关(r=-0.415、-0.400、-0.416,P<0.01)。PBMC中MLKL、caspase-8及RIPK3 mRNA表达水平鉴别CHB和HCC的AUC分别为0.918、0.859和0.912,三者联合鉴别CHB和HCC的AUC为0.945。PBMC中MLKL、caspase-8及RIPK3 mRNA表达水平鉴别LC和HCC的AUC分别为0.768、0.834和0.839,三者联合鉴别LC和HCC的AUC为0.895。结论HBV感染不同阶段患者PBMC中MLKL、caspase-8及RIPK3 mRNA表达水平显著上升,且三者之间存在显著相关性,MLKL、caspase-8及RIPK3 mRNA表达水平可作为鉴别诊断不同阶段HBV感染患者的生物学标志物。

宫颈癌组织含Jumonji结构域的蛋白2B、造血相关PBX相互作用蛋白的表达与预后关系的分析

目的 探讨宫颈癌(CC)组织中含Jumonji结构域的蛋白2B(JMJD2B)、造血相关PBX相互作用蛋白(HPIP)的表达与患者预后的关系。方法 选取2014年6月至2016年6月唐山市妇幼保健院收治的84例CC患者作为研究对象。采用免疫组织化学法检测CC组织中JMJD2B、HPIP蛋白表达情况,分析JMJD2B、HPIP蛋白表达与临床病理特征的关系。采用定量聚合酶链反应(PCR)法检测CC组织中JMJD2B、HPIP mRNA表达水平,分析各相关因素与CC患者5年总存活率(OS)的关系。结果 84例CC组织样本中,JMJD2B、HPIP蛋白阳性表达率分别为60.71%和54.76%;不同病理类型、国际妇产科联盟(FIGO)分期、有无淋巴节转移及不同分化程度CC组织中JMJD2B、HPIP蛋白阳性表达率均存在显著差异(P<0.05)。CC组织中JMJD2B、HPIP mRNA表达水平均显著高于CC癌旁组织(P<0.05);FIGO分期高、有淋巴节转移、分化程度低及JMJD2B、HPIP阳性表达均是CC患者5年OS的独立危险因素(P<0.05)。结论 CC组织中JMJD2B、HPIP表达均显著上调,且均是CC患者的独立预后指标。

NOD样受体家族含CARD结构域5在胃癌中的相互作用蛋白及其对胃癌的诊断价值

目的 探究NOD样受体家族含CARD结构域5(NLRC5)在胃癌中的相互作用蛋白,并明确其对胃癌的诊断价值。方法 采用癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究NLRC5在胃癌组织和癌旁组织中的差异,结合STRING网站分析NLRC5的相互作用蛋白,通过基因表达综合(GEO)数据库验证TCGA数据库筛选出来的蛋白对胃癌的诊断价值。引用临床模型,验证筛选出来的蛋白在胃癌组织和癌旁组织中的表达情况,确定各蛋白间的相关性,通过受试者工作特征(ROC)曲线明确其对胃癌的诊断价值。结果 TCGA结果显示,胃癌组织中NLRC5表达水平明显高于癌旁组织(P﹤0.01)。蛋白-蛋白相互作用发现,核因子κB激酶复合物抑制剂组分(CHUK)、核因子κB激酶亚单位β的抑制剂(IKBKB)、三重基序蛋白25(TRIM25)与NLRC5均呈正相关。经过GEO数据库验证得到TRIM25、CHUK、IKBKB与NLRC5可以构建联合模型诊断胃癌。临床模型中NLRC5在胃癌组织中高表达,且与TRIM25、IKBKB、CHUK表达水平均呈正相关(P﹤0.01)。NLRC5联合TRIM25、IKBKB、CHUK对胃癌有较高的诊断价值。结论 TRIM25、IKBKB、CHUK参与NLRC5在胃癌发展中的相关调控机制,在胃癌诊断中具有较高的效能。

核受体辅活化子PNRC与孤儿核受体SF1的相互作用有赖于SF1的AF-2功能结构域

核受体辅活化子PNRC(proline richnuclearreceptorcoregulatoryprotein ,富含脯氨酸的核受体辅调节蛋白 )可通过含SH3结合模体的PNRC2 78 30 0区域与孤儿核受体类固醇生成因子 1(steroido genicfactor 1,SF1)相互作用 .激活功能 2 (activationfunction 2 ,AF 2 )结构域在核受体配体依赖性转录激活中发挥了重要作用 ,为探讨AF 2结构域在SF1转录激活中的作用机制 ,采用酵母双杂合分析、缺失突变技术和瞬时转染等研究方法考察了AF 2结构域对SF1反式激活功能及SF1与PNRC相互作用的影响 .SF1的反式激活功能有赖于AF 2结构域 ,其机制是SF1AF 2结构域的突变严重影响了SF1与PNRC的有效相互作用 ,并消除了PNRC对SF1反式激活功能的辅激活作用 .结果表明 ,SF1与PNRC的相互作用有赖于AF

肺癌转移相关基因ABCE1编码蛋白与β-肌动蛋白的相互作用结构域研究

目的明确肺癌转移相关基因ABCE1编码蛋白与β-肌动蛋白的相互作用结构域。方法通过转化技术,在E.coli BL21(DE3)中诱导表达前期研究获得的表达载体pGEX-4T-1-ABCE1-55,获得GST-ABCE1-55重组融合蛋白表达,应用GST pull-down的方法验证p GEX-4T-1-ABCE1-55与β-肌动蛋白有无相互作用。结果 GST-ABCE1-55是带有GST标签的含有357个氨基酸的重组蛋白,大小约66×10~3,在GST pull-down实验中,GST-ABCE1-55并不能与β-肌动蛋白特异结合。结论肺癌转移相关基因ABCE1编码蛋白与β-肌动蛋白的相互作用结构域应位于ABCE1蛋白第358位至第600位编码氨基酸中。

胰岛素受体底物PH结构域相互作用蛋白结构和功能研究进展

PHIP是一种与胰腺β细胞中胰岛素受体底物(IRS)的PH结构域相互作用的蛋白。根据小鼠PHIP(mPHIP)mRNA翻译的不同起始位点,除全长的PHIP1外,mPHIP基因还编码其他3种不同变异体。在胰岛素诱导的信号途径中,主要分布于细胞核的PHIP1和IRS-1的PH结构域相互作用,介导IRS蛋白酪氨酸的磷酸化。IRS-2和PHIP1的共表达能诱导IRS在细胞膜上的定位,促进葡萄糖转运蛋白4(GLUT4)向细胞质膜的转移。PHIP1的表达能提高β-细胞内细胞周期蛋白D2的表达,促进β细胞的生长。PHIP1的表达活化蛋白激酶B(PKB),活化的PKB能明显抑制β细胞的凋亡。PHIP与胰岛素信号传导途径中其他信号分子的相互作用机制尚不明确。

结构域相互作用数据库的产生、发展与应用

结构域是进化上的保守序列单元,是蛋白质的结构和功能的标准组件.典型的两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构域间的结合,而且识别相互作用结构域对于在结构域水平上彻底理解蛋白质的功能与进化、构建蛋白质相互作用网络、分析生物学通路等十分重要.目前,依赖于对实验数据的进一步挖掘和对各种不同输入数据的计算预测,已识别出了一些相互作用/功能连锁结构域对,并由此构建了内容丰富、日益更新的结构域相互作用数据库.综述了产生结构域相互作用的8种计算预测方法.介绍了5个结构域相互作用公共数据库3DID、iPfam、InterDom、DIMA和DOMINE的有关信息和最新动态.实例概述了结构域相互作用在蛋白质相互作用计算预测、可信度评估,蛋白质结构域注释,以及在生物学通路分析中的应用.

富氢水对糖尿病视网膜病变大鼠硫氧还蛋白相互作用蛋白/核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3通路及视网膜血管通透性的影响

目的 探究富氢水对糖尿病视网膜病变大鼠视网膜血管通透性及硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)/核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)通路的影响。方法 2020年6—9月,SD大鼠采用随机数字表法选取15只为空白组,其余大鼠尾静脉注射链脲佐菌素(STZ,60 mg/kg)和高脂饲料喂养构建DR模型,造模成功的大鼠采用随机数字表法分为模型组、富氢水低、高剂量组(5、10 mL/kg),每组15只。连续给药28 d后,记录大鼠体质量,检测空腹血糖(FBG)水平;眼底照相和荧光素血管造影(FFA)观察大鼠右眼新生血管和荧光素渗漏现象;光学相干断层扫描(OCT)检测视网膜厚度;伊文思蓝-白蛋白复合物渗漏分析视网膜血管通透性;HE染色观察视网膜病理变化;免疫荧光染色观察新生血管形成情况;TUNEL染色检测视网膜细胞凋亡;酶联免疫吸附(ELISA)试剂盒测量视网膜匀浆中血管生成素-1(Ang-1)、血管内皮生长因子(VEGF)、白细胞介素1β(IL-1β)、白细胞介素6(IL-6)水平;WB法检测视网膜TXNIP/NLRP3通路和凋亡相关蛋白的表达。结果 与空白组相比,模型组大鼠FBG[(26.49±2.18)mmol/L比(5.76±1.09)mmol/L]、血-视网膜屏障(BRB)通透性[(32.51±2.05)μg/g比(11.24±1.76)μg/g]、视网膜细胞凋亡[(23.31±2.14)%比(0.07±0.01)%]、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、TXNIP[(0.85±0.09)比(0.40±0.05)]、NLRP3[(0.93±0.10)比(0.48±0.07)]、IL-1β[(0.74±0.05)比(0.41±0.04)]、胱天蛋白酶-1(caspase-1)[(0.78±0.07)比(0.24±0.04)]表达、Bax/Bcl-2比值、视网膜匀浆中Ang-1、VEGF、IL-1β、IL-6水平显著增加(P<0.05),体质量、视网膜厚度[(148.31±12.76)μm比(223.57±17.23)μm]显著降低(P<0.05),视网膜有较多新生血管和血管曲折,血管渗漏严重,视网膜细胞明显水肿,有大量炎性渗出,神经节细胞层(GCL)细胞数量减少;与模型组相比,富氢水低、高剂量组大鼠FBG[(20.85±3.45)mmol/L、(14.27±2.42)mmol/L比(26.49±2.18)mmol/L]、BRB通透性[(24.67±1.85)μg/g、(17.48±1.63)μg/g比(32.51±2.05)μg/g]、视网膜细胞凋亡[(14.65±1.36)%、(9.85±1.22)%比(23.31±2.14)%]、Bax、Bcl-2、TXNIP[(0.64±0.09)、(0.52±0.08)比(0.85±0.09)]、NLRP3[(0.72±0.09)、(0.61±0.08)比(0.93±0.10)]、IL-1β[(0.62±0.06)、(0.53±0.05)比(0.74±0.05)]、caspase-1[(0.57±0.06)、(0.41±0.05)比(0.78±0.07)]表达、Bax/Bcl-2比值、视网膜匀浆中Ang-1、VEGF、IL-1β、IL-6水平明显降低(P<0.05),体质量、视网膜厚度[(173.62±14.46)μm、(196.54±15.75)μm比(148.31±12.76)μm]明显增加(P<0.05),视网膜水肿情况减轻,GCL细胞数量明显增加,损伤得到改善。结论 富氢水可抑制新生血管形成,降低DR大鼠视网膜血管通透性,减轻视网膜神经元损伤;其作用机制可能与抑制TXNIP/NLRP3通路的激活有关。

相互作用结构域SH3和WW的蛋白质组学研究

在过去十年的研究中,发现许多蛋白质相互作用是通过相互作用结构域(如SH2,WW,SH3等)与其识别的另一个蛋白质中一段短肽序列的结合完成的,蛋白质相互作用结构域在蛋白质亚细胞定位、信号传导和蛋白复合体的组装等方面发挥重要功能。随着蛋白质组学技术的发展,高通量技术用于结构域结合特性及相互作用网络的研究。本文通过概述SH3和WW结构域的蛋白质组学研究策略的最新进展,总结结构域的几种现有研究策略。

基于结构域的芥子油苷合成相关蛋白质相互作用模型构建和预测

从蛋白质一级序列抽取蛋白质结构域信息建立结构域特征向量,使用结构域特征向量训练基于高斯径向基核的支撑向量机,用5折交叉验证对支撑向量机参数网格寻优,然后用最优化参数训练得到蛋白质相互作用预测器。结果表明:预测器的交叉验证ROC曲线下面积达到了85.49%,可以有效预测拟南芥相关的蛋白质相互作用。

FOXM1_(688-748)结构域相互作用蛋白的鉴定

为了鉴定转录因子FOXM1转录激活结构域(C-端第688位到748位氨基酸序列)的互作蛋白,以FOXM1的cDNA为模板,采用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法扩增获得其转录激活结构域序列,克隆进入原核表达载体pGEX-4T2;利用大肠杆菌原核表达获得融合谷胱甘肽S-转移酶(Glutathione S-Transferase,GST)标签的重组蛋白GST-FOXM1_(688-748);通过GST-pulldown结合质谱方法鉴定FOXM1_(688-748)的互作蛋白,成功构建了原核表达质粒pGEX-4T2-FOXM1_(688-748),获得了原核表达的重组蛋白GST-FOXM1_(688-748).将质谱鉴定获得的互作蛋白进行分析和归类,预示一些互作蛋白可以参与激活FOXM1的转录活性,如RPN2、MISP、MCM7蛋白,一些互作蛋白可以参与调控FOXM1蛋白的稳定性,如USP9Y、CUL4A、HSPB1、BAG2蛋白.FOXM1蛋白的转录激活结构域与许多不同功能的蛋白发生相互作用,暗示该结构域具有重要的分子生物学作用,期望为以FOXM1为靶点的临床药物研发提供实验依据.

同源结构域相互作用蛋白激酶2的研究进展

同源结构域相互作用蛋白激酶2(HIPK2)是一个核内丝氨酸／苏氨酸激酶,作为辅助因子,广泛参与转录调控。HIPK2位于核斑,在Sp100和TP53INPls的辅助下能够磷酸化p53的46位丝氨酸,加速p53的乙酰化,拮抗MDM2对p53的抑制作用,强化p53的功能。通过磷酸化,HIPK2加速CtBP和c- Myb被蛋白酶体降解,引起细胞发生不依赖p53的凋亡或分化。许多肿瘤细胞低表达HIPK2,表明HIPK2 可能是一个重要的抑癌基因。

同源结构域相互作用蛋白激酶2 (HIPK2)对博来霉素诱导小鼠肺纤维化的影响

目的:探讨HIPK2对博来霉素诱导的肺纤维化小鼠的影响。方法:成功构建博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型,构建稳定过表达HIPK2腺病毒载体,设为对照组、模型组和过表达HIPK2组,每组各5只,对肺组织进行HE和Masson染色,并用RT-PCR、Western Blot法测定肺组织中HIPK2和α-SMA含量。结果:博来霉素诱导肺纤维化小鼠模型中HIPK2表达下调(P 【0.05),α-SMA表达上调(P 【0.05),且纤维化程度加重;过表达HIPK2可抑制成纤维细胞的激活,使α-SMA表达下调(P 【0.05),且肺纤维化程度减轻。结论:HIPK2缺乏在肺纤维化机制中具有重要作用,HIPK2可抑制成纤维细胞的激活,减轻肺纤维化。

蛋白质相互作用的表征手段与结构域研究进展

经典的蛋白质相互作用的研究方法包括遗传学方法、分子生物学方法和生物物理学方法。随着物理学、化学和信息学技术的不断渗透,有些新兴技术突飞猛进,这些技术很可能在蛋白质相互作用的研究领域中发挥重要作用。另外,一些结构域介导了某些蛋白质的相互作用,受到了越来越多的关注。

WW结构域——蛋白质蛋白质相互作用的一种模式

WW结构域是由 38～ 40个氨基酸残基严密组织形成一个连贯、紧凑的结构域 ;它以包含两个色氨酸残基为主要特征 ,能专一地与含有XPPXY保守序列的蛋白质相互作用 .这种相互作用涉及许多细胞内事件 ,如非受体信号传导、转录调节、蛋白质降解等等 ,并且这种相互作用的变化会直接或间接影响到人体的正常生理代谢功能而引起疾病 .

早老蛋白氨基端与羧基端结构域的相互作用

目的研究早老蛋白分子相互作用及相互作用结构域。方法利用 RT- PCR扩增人早老蛋白- 1和早老蛋白- 2全长 cDNA。在此基础上构建多种缺失体，采用酵母双杂交体系分析它们之间的相互作用。结果 (1）早老蛋白- 1的氨基端多肽与羧基端多肽之间存在直接的相互作用，能形成同源二（多）聚体。早老蛋白- 1羧基端相互作用位点定位于第 361～ 447位氨基酸。这一相互作用不依赖于其旁侧亲水环结构功能域的存在，也无需其它配体参与；（ 2）早老蛋白- 1氨基端片段或羧基端片段自身之间均不能形成同源二（多）聚体；（ 3）早老蛋白- 2氨基端多肽与羧基端多肽之间也存在上述相互作用，能形成同源二（多）聚体；（ 4）早老蛋白- 1的羧基端片段与早老蛋白- 2的氨基端片段、早老蛋白- 2的羧基端片段与早老蛋白- 1的氨基端片段不发生相互作用。结论早老蛋白氨基端多肽与羧基端多肽之间直接的相互作用可能参与、并有助于早老蛋白的装配和成熟，是其功能的结构基础。

基于结构域组合信息预测蛋白质相互作用

基于多个结构域联合作用导致蛋白质间相互作用的假设,提出了一种预测蛋白质间相互作用的新方法。使用支持向量机分析结构域组合对序列的氨基酸理化性质得到其序列特征值,同时采用统计分析的方法获取其频率特征值,最后通过融合上述两种特征估计该结构域组合间发生相互作用的可能性,并以此预测蛋白质间相互作用关系。该方法能够预测所有结构域组合间相互作用关系,且对于蛋白质相互作用关系有着较好的预测效果。

死亡结构域蛋白Daxx与DNA病毒蛋白相互作用及影响的研究进展

死亡结构域蛋白Daxx是一种多功能蛋白,能参与细胞凋亡、抗病毒等活动。病毒感染发生时,病毒生成的某些蛋白与Daxx相互作用,经不同途径可抑制或促进Daxx的抗病毒反应。Daxx与不同病毒蛋白或甚至同一病毒的不同蛋白相互作用,都将产生不同的抑制或促进作用。现对Daxx与人腺病毒、人巨细胞病毒和人乳头瘤病毒等DNA病毒表达蛋白的相互作用及影响作一简要概述。

同源结构域相互作用蛋白激酶2抗肾脏纤维化机制研究进展

综述同源结构域相互作用蛋白激酶2抗肾脏纤维化机制研究进展。同源结构域相互作用蛋白激酶2(homeodomaininteracting protein kinase-2,HIPK 2)作用于多条肾脏纤维化相关信号通路上游,在肾小管间质纤维化中发挥重要作用,可能成为潜在抗肾纤维化治疗的有效靶点,结合HIPK2功能结构、在肾纤维化信号通路作用以及治疗进展做以综述,以期为抗肾纤维化治疗的研究提供参考。