m6A甲基化甲基转移酶RBM15在宫颈癌中的表达及临床意义

目的探究m6A甲基化甲基转移酶RNA结合蛋白15(RNA-binding Motif Protein 15,RBM15)与宫颈癌的相关性及临床意义。方法选取2011年1月1日至2018年1月1日期间于皖南医学院第一附属医院进行诊治的宫颈癌病例132例,另选20例正常宫颈组织病例作为对照,共152例,通过免疫组化法检测RBM15在宫颈癌中和正常宫颈中的表达水平,分析其相关性,并研究其表达量与临床分期及临床病理特征之间的关系。结果RBM15在宫颈癌中的阳性表达率56%显著高于正常宫颈0%(P=0.001),且宫颈癌的期别越高,RBM15表达越强(P=0.002)。复发宫颈癌中RBM15的表达也呈现为随期别逐渐上升的趋势(P=0.156)。RBM15的阳性表达与宫颈癌的肿瘤最大径、淋巴结转移、神经侵犯、脉管癌栓有关(P<0.05),而与肿瘤分级、病理类型、发病年龄、鳞状上皮细胞癌抗原(Squamous cell carcinoma antigen,SCCA)无关(P>0.05)。结论RBM15在宫颈癌中呈高表达,且与宫颈癌分期及临床病理特征具有一定的相关性,RBM15表达升高也会造成宫颈癌患者预后不良,这一发现日后有望成为宫颈癌诊治的新靶点。

血液病相关的RBM15分子的研究进展

RBM15可编码一种RNA结合蛋白,此蛋白可调控Notch、Wnt等多条信号通路,RBM15参与的这些信号通路均在细胞(特别是血细胞)的生长、凋亡过程中发挥重要作用。近年来,针对RBM15的研究逐渐兴起,已发现RBM15与多种疾病以及衰老的发生发展存在紧密联系。本文旨在对RBM15在急性/慢性髓性白血病、Kaposi's肉瘤、外周B淋巴细胞减少症等疾病和衰老过程中的作用及可能的作用机制进行详细总结,以期为相关研究提供参考。

RBM15结合促进RNA内含子或外显子滞留

RBM15是一种RNA结合蛋白,参与到RNA的m6A修饰及可变剪接调控中.然而,RBM15在转录组水平如何调控可变剪接尚不清楚.本研究应用超分辨率荧光显微镜技术发现,RBM15在细胞核中形成斑点状结构,且与核斑有密切接触或完全定位于核斑中.核斑为细胞核中无膜细胞器,富含多种剪接因子,这提示RBM15可能参与到可变剪接的调控过程中.为了确定RBM15能否及如何调控可变剪接,我们利用siRNA敲低RBM15,并对敲低RBM15和野生型细胞进行二代测序.结果显示,敲低RBM15能够引起1111个转录本中的1279个可变剪接事件的变化.与已发表的RBM15-CLIP数据进行比较分析,我们发现,这1111个转录本中,有191个能够与RBM15结合,提示这191个转录本可能为RBM15调控的直接靶标.进一步的分析表明,RBM15结合能够促进这191个转录本中的121个发生内含子或外显子的滞留.该研究揭示了RBM15在转录组水平调控可变剪接的规律.

基因表达联合甲基化分析探索肝癌肿瘤标志物

目的通过基因表达联合DNA甲基化分析,寻找潜在的肝癌肿瘤标志物,并验证其临床应用价值。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载原发性肝癌基因表达数据和启动子甲基化数据,并将甲基化谱与基因表达谱进行匹配。筛选出癌与癌旁组织中表达水平有差异的基因和启动子甲基化基因,进一步筛选出低启动子甲基化高表达基因(EI)和高启动子甲基化低表达基因(ES)。将EI和ES基因与人类蛋白互作网络整合,构建EI/ES互作子网,从中挖掘潜在的肝癌肿瘤标志物。利用多个公共数据库资料和组织芯片技术验证其表达差异及预后评估价值。结果基因表达联合甲基化分析筛选出潜在的肝癌肿瘤标志物RBM15B。TCGA、LIRIJP和大多数GEO数据库资料经分析显示,肝癌组织RBM15B mRNA表达水平高于癌旁组织(P<0.05),RBM15B mRNA高表达组总生存时间(P=0.005)和无进展生存时间(P<0.001)均短于低表达组,TNM 3~4组RAM15B mRNA表达水平高于TNM 1~2组(P=0.008)。HCC组织芯片分析结果显示,癌组织中RBM15B蛋白表达水平高于癌旁组织(P<0.001)。结论RBM15B为肝癌潜在的肿瘤标志物,其高表达提示不良预后。

核糖核酸结合蛋白15在肝细胞癌术后预后评估中的价值

目的:研究核糖核酸结合蛋白15(RNA binding motif protein 15,RBM15)的表达水平在肝细胞癌术后预后评估中的价值。方法:回顾性收集中国人民解放军海军军医大学第三附属医院行肝细胞癌切除术的组织标本253例,制备组织芯片,行免疫组织化学染色,检测RBM15蛋白表达水平。结果:肝癌组织中的表达相比对应癌旁肝组织显著降低(n=29,P=0.0208)。RBM15蛋白表达越高则术后生存时间越短,术后复发时间也越短(RBM15高表达组的平均生存时间和平均复发时间分别为53.2个月和37.2个月,RBM15低表达组为58.1个月和47.1个月,P分别为0.011和0.017)。结论:肝细胞癌组织中RBM15蛋白的表达与肝细胞癌术后生存和复发相关,可作为肝细胞癌患者术后生存和肿瘤复发的预测指标。

RNA甲基化修饰N6-甲基腺苷在黑色素瘤预后及免疫微环境中的作用

目的黑色素瘤中构建基于m^(6)A甲基化调控因子的风险模型,以探究m^(6)A甲基化调控因子在黑色素瘤中的预后和免疫治疗价值。方法自2022年1—2月,南京大学医学院附属鼓楼医院整形烧伤科从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和基因型组织表达(genotype tissue expression,GTEx)数据库中收集470例黑色素瘤样本的基因表达数据和相应的临床信息以及1809例正常对照样本的序列数据。独立t检验分析20个m^(6)A甲基化调控因子在肿瘤和正常组织的差异表达。一致性聚类分析基于m^(6)A甲基化调控因子将黑色素瘤患者分为两个聚类,CIBERSORT分析比较两个聚类患者群体免疫浸润水平。通过Cox回归分析筛选与黑色素瘤预后显著相关的基因。Lasso回归分析用来构建在黑色素瘤中的风险预测模型。结果黑色素瘤样本与正常样本在不同m^(6)A甲基化调控因子间差异具有统计学意义,其中ZC3H13、YTHDF3、IGF2BP2、IGF2BP3在黑色素瘤中明显高表达(P<0.05)。聚类分析和CIBERSORT分析显示,集群1与集群2存在免疫浸润差异。基于Lasso回归分析筛选出RBM15B和WTAP作为m^(6)A相关的预后模型,高风险组患者生存期明显缩短(P=0.00179)。多因素Cox回归分析显示,RBM15B是黑色素瘤预后的独立预测因素,结合CIBERSORT分析显示,RBM15B高表达与浸润性免疫细胞具有相关性。结论m^(6)A甲基化调控因子在黑色素瘤中可以提示免疫浸润情况。基于黑色素瘤中关键m^(6)A甲基化调控因子所构建的预后风险模型具有较好的预测能力。RBM15B可能为黑色素瘤潜在风险因素和免疫浸润潜在相关m^(6)A调控因子。这项研究为对m^(6)A调控因子的表观遗传学理解和黑色素瘤的新治疗策略提供了新的见解。

m6A相关基因在宫颈癌中的表达及临床分析

为探讨宫颈癌(cervical cancer,CC)中N6-甲基腺苷(m6A)修饰相关基因的表达及临床意义,从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载3个宫颈癌mRNA表达相关的数据集,筛选出m6A相关基因(METTL3、METTL14、METTL16、WTAP、KIAA1429、RBM15、ZC3H13、FTO、ALKBH5、YTHDF1/2/3、YTHDC1、HNRNPA2B1、HNRNPC)在宫颈癌中的表达情况。对RBM15进行生物信息学分析,利用UALCAN分析RBM15表达与临床病理特征的关系,LinkedOmics数据库用于RBM15相关共表达基因分析,STRING构建蛋白质相互作用网络,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析RBM15与宫颈癌患者预后关系。GEO数据库差异分析结果显示RBM15在宫颈癌中的表达呈上升趋势(P<0.01),UALCAN分析RBM15表达与多个临床病理特征有关(P<0.05),LinkedOmics分析结果显示有460个基因与RBM15呈正相关,750个基因呈负相关(FDR<0.05),在STRING构建了RBM15蛋白质相互作用网络,生存分析结果显示RBM15基因低表达组的宫颈癌中位总生存时间高于高表达组的,但差异无统计学意义(HR=1.32,P=0.24)。本研究筛选了m6A相关基因在宫颈癌中的差异表达情况,并对RBM15进行生物信息学的分析,为RBM15在宫颈癌中的作用分析提供新的思路。