黔北麻羊CTSK、FN1基因生物信息学分析及其在性腺轴中的表达

【目的】研究组织蛋白酶K(Cathepsin K,CTSK)和纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)基因与黔北麻羊繁殖率之间的相互关系,为研究CTSK、FN1基因调控山羊卵泡发育的分子机制提供参考。【方法】通过生物信息学方法分析黔北麻羊CTSK、FN1蛋白理化性质、亚细胞定位、信号肽位点和蛋白高级结构,并进行氨基酸同源性分析,构建系统发育进化树;采用荧光定量PCR法检测CTSK、FN1基因在单羔、多羔黔北麻羊性腺轴(下丘脑、垂体、子宫、输卵管、卵巢)中的表达量。【结果】CTSK、FN1基因分别编码330和2478个氨基酸,理论PI值分别为8.82和5.37,CTSK是一种具有信号肽的稳定亲水性蛋白,而FN1是一种具有信号肽的不稳定亲水性蛋白;亚细胞定位结果说明:CTSK蛋白可能主要在细胞外和内质网中发挥生物学作用,而FN1蛋白可能主要在细胞核中发挥生物学作用;高级结构预测结果显示,CTSK和FN1蛋白均主要由无规则卷曲构成;与其他动物相比,黔北麻羊CTSK、FN1基因均与反刍动物绵羊及牛的亲缘关系最近。qPCR分析表明:CTSK和FN1基因在单羔、多羔黔北麻羊下丘脑、垂体、子宫、输卵管和卵巢组织中均有表达,与单羔组相比,多羔组CTSK基因在卵巢、下丘脑、子宫中的表达量均极显著下调(P<0.01),而FN1基因在下丘脑和子宫中的表达均极显著上调(P<0.01),在卵巢中显著上调(P<0.05)。【结论】CTSK基因表达量与黔北麻羊的繁殖性状呈负相关,FN1基因则呈正相关,CTSK和FN1基因均是影响黔北麻羊繁殖性能的重要候选基因。

RERG基因多态性与黔北麻羊生长性状的相关性研究

以黔北麻羊为研究对象,利用PCR-SSCP和直接测序技术,对RERG基因的第3、4外显示和部分第5外显子进行多态性检测,结果在第3外显子处发现了1个SNP(C264A),进一步将该SNP位点与生长性状进行关联分析,结果表明,AB型个体的体重、体高、体长、胸围、胸深、胸宽、管围均大于AA型和BB型个体。AA型和BB型个体的体重、体高、胸围与AB型个体差异极显著,AA型个体与BB型个体的体长差异显著,AA型个体与AB型个体的体长差异极显著。研究显示,RERG基因对黔北麻羊的生长有一定影响。

黔北麻羊RERG基因cDNA克隆与序列分析

选择与羊同源性较高的牛RERG基因组序列设计特异性引物,提取黔北麻羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对RERG基因进行克隆测序及序列分析。结果表明:首次克隆了黔北麻羊RERG基因cDNA序列629 bp,GenBank登录号为JN672576,该基因共编码199个氨基酸。黔北麻羊RERG基因与牛的RERG基因同源性高达98.5%。聚类分析显示:哺乳动物、禽类和两栖类各为一类。该聚类结果与动物间遗传距离大小一致,也与各动物在动物学上的分类相吻合,说明RERG基因编码区适于构建种间系统进化树。

黔北麻羊RERGL基因cDNA克隆与生物信息学分析

选择与羊同源性较高的牛RERGL基因组序列设计特异性引物,提取黔北麻羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对RERGL基因进行克隆测序及序列分析。结果表明,成功克隆了黔北麻羊RERGL基因,其cDNA序列646 bp,GenBank登录号JN 671919,编码205个氨基酸。生物信息学分析表明,黔北麻羊RERGL基因蛋白二级结构α-螺旋占40.68%,延伸链占16.18%,无规则卷曲占43.14%;没有跨膜螺旋结构域且没有糖基化位点。

黔北麻羊MC4R基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探究黔北麻羊黑素皮质素受体-4(melanocortin receptor-4,MC4R)基因多态性及其与生长性状的关联性,为黔北麻羊的选种选育提供理论依据。【方法】选取196只6月龄黔北麻羊,利用DNA混合池结合Sanger测序筛选MC4R基因单核苷酸多态性(SNP)位点,并采用SPSS 22.0软件中的一般线性模型(GLM)对MC4R基因SNP位点与黔北麻羊生长性状进行关联分析。【结果】在黔北麻羊MC4R基因中发现4个SNPs位点:g.59345469 C>A和g.59346773 T>C位点分别位于5′-和3′-端非编码区(UTR);g.59345871 A>C位点突变导致第37位天冬氨酸(Asp)变为丙氨酸(Ala),引起RNA二级结构及蛋白质二级结构、三级结构发生明显改变;g.59346263 A>G位点突变导致第168位异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val),对RNA二级结构和蛋白质二级结构有明显影响。关联分析结果显示,g.59345469 C>A位点对黔北麻羊体重、胸围和管围均有显著影响(P<0.05);g.59345871 A>C位点对黔北麻羊体重、体高、管围和胸围均有显著影响(P<0.05);g.59346263 A>G位点对黔北麻羊体高、体重和胸围均有显著影响(P<0.05);g.59346773 T>C位点对黔北麻羊体重和胸围均有显著影响(P<0.05)。4个SNPs位点联合共检测到9种单倍型和21种双倍型,其联合对黔北麻羊体重、体高、胸围和管围均产生显著遗传效应(P<0.05),纯合双倍型H5H5(AAAAGGCC)个体的生长性状优于其他双倍型。【结论】黔北麻羊MC4R基因存在4个SNPs位点,与黔北麻羊体重和胸围均存在显著关联,可作为黔北麻羊体重和胸围的遗传标记用于分子育种。

黔北麻羊SIRT1基因睾丸组织表达及其过表达对间质细胞发育和抗氧化能力的影响

【目的】分析沉默信息调节因子1(SIRT1)在黔北麻羊不同月龄睾丸组织与12月龄性腺轴组织中的表达水平,以及对睾丸间质细胞发育及抗氧化能力的影响,为探明SIRT1基因调控睾丸间质细胞生长发育机制提供理论基础。【方法】以1、3、6、9和12月龄健康的黔北麻羊公羊为研究对象,采用实时荧光定量PCR检测不同月龄睾丸组织及12月龄性腺轴组织(下丘脑、垂体、睾丸和附睾)中SIRT1的表达量;将过表达载体pEGFP-N3-SIRT1和空载体pEGFP-N3转染至山羊睾丸间质细胞,运用CCK-8法检测细胞的增殖情况,划痕试验检测细胞迁移效率,利用实时荧光定量PCR检测细胞增殖、发育及抗氧化相关基因的表达量。【结果】SIRT1基因在3、6、9和12月龄睾丸组织中的表达水平均显著高于1月龄(P<0.05,下同),以12月龄的相对表达量最高;在性腺轴上,睾丸组织中SIRT1基因相对表达量显著高于下丘脑、垂体和附睾。CCK-8法结果显示,过表达SIRT1基因在12 h后极显著促进睾丸间质细胞的增殖(P<0.01);划痕试验发现,过表达SIRT1基因组在9和18 h的细胞迁移率均显著高于空载体组;实时荧光定量PCR结果显示,过表达SIRT1基因可显著促进睾丸发育相关基因[胰岛素样生长因子2基因(IGF2)],细胞增殖相关基因[增殖细胞核抗原基因(PCNA)]和抗氧化相关基因[超氧化物歧化酶基因(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶1基因(GPx1)和血红素加氧酶1基因(HO-1)]的表达,对抗氧化相关基因[核因子E2相关因子2基因(Nrf2)]的表达无显著影响(P>0.05)。【结论】SIRT1基因在黔北麻羊不同月龄的睾丸组织中均有表达。成功将过表达SIRT1基因表达在睾丸间质细胞,且可能通过提高黔北麻羊睾丸间质细胞中相关基因的表达,促进细胞增殖和发育,并提高其抗氧化能力,进而直接或间接影响睾丸间质细胞的生理功能。

贵州黑山羊和黔北麻羊MSTN基因DraI酶切多态性分析

以贵州黑山羊和黔北麻羊为材料,根据山羊MSTN基因序列(GenBank登录号:EF588035)设计1对引物,用PCR-RFLP法对该序列进行多态性分析。结果表明:PCR扩增片段207 bp处存在TTTTA的插入,导致出现1个DraI酶切多态性位点,黑山羊纯合野生型(AA)为优势基因型,杂合型(AB)和纯合突变型(BB)为非优势基因型,A等位基因为优势基因;黔北麻羊纯合野生型(CC)为优势基因型,杂合型(CD)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,C等位基因为优势基因。

Myf5、Myf6基因在黔北麻羊与努黔F1代不同组织表达差异性的研究

实验旨在探究Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代各组织间的相对表达水平。应用实时荧光定量PCR法检测Myf5、Myf6基因在黔北麻羊(3只)和努黔F_1代(3只)的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、股二头肌和臂三头肌等组织间的相对表达量。结果表明:各组织Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代间表达差异不显著;2种基因在黔北麻羊臂三头肌、股二头肌和背最长肌相对表达量均极显著高于肾脏、肝脏、心脏、脾脏、肺脏(P<0.01),其中Myf5基因在肾脏相对表达量显著高于脾脏和肺脏(P<0.05),Myf6基因在心脏和肝脏相对表达量均显著高于脾脏(P<0.05);2种基因在努黔F_1代臂三头肌、股二头肌和背最长肌相对表达量均极显著高于肝脏、肾脏、心脏、脾脏、肺脏(P<0.01),心脏和肝脏相对表达量均显著高于肺脏(P<0.05)。综上,Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代8种组织中均有表达且表达量不等,在肌肉组织中的表达量最高。

GHSR基因多态性与黔北麻羊生长性状关联性分析

为了将GHSR基因应用于山羊生长性状的标记辅助选择中,利用PCR-SSCP技术分析了黔北麻羊生长激素促分泌素受体GHSR基因外显子1、2、3’UTR区及5’UTR区的多态性及其与黔北麻羊生长性状的关联。结果表明,在GHSR基因外显子2和3’UTR区各检测到2个SNP位点G996A和T1424C,其中G996A位点为错义突变,氨基酸由甘氨酸变为丝基酸,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA;外显子1和5’UTR区未发现多态位点。进一步将G996A位点与生长性状进行关联性分析,发现GG和GA基因型个体的体重显著高于AA基因型个体,胸深显著低于AA基因型个体。初步推断GHSR基因G996A位点是非常有价值的辅助选择标记,可为黔北麻羊生长性状方向选择提供理论依据。

黔北麻羊MSTN基因的多态性分析

为给黔北麻羊品种遗传资源的保护及进一步选育提供科学依据,利用BsmAI、MspI、EcoRI、MvaI、XmnI、MnII等6种限制性内切酶对黔北麻羊MSTN基因部分内含子1、2和外显子2进行PCR-RFLP多态性分析。结果表明:在扩增的MSTN基因1 241bp序列中含有BsmAI、EcoRI、MvaI和MnII 4个酶切位点,但均不具有多态性;未发现MspI和XmnI酶切位点。

黔北麻羊LHβ基因多态性及其与产羔数的相关性分析

采用直接测序法检测LHβ基因在黔北麻羊中的单核苷酸多态性,以探讨促黄体素β亚基基因多态性与黔北麻羊产羔数的关系,以及该基因对黔北麻羊繁殖力的影响。结果表明:LHβ基因检测到2个突变位点,在外显子2第414位点发生了由C→T碱基突变,导致苏氨酸突变为甲硫氨酸;检测到AA、Aa 2种基因型。A等位基因频率为0.933 4,a等位基因频率为0.066 7,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P>0.05)。在内含子2第718位点发生了由G→A碱基突变,检测到BB、Bb 2种基因型。B等位基因频率为0.950 0,b等位基因频率为0.0500,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P>0.05)。

INHA、INHBA基因在单、多羔黔北麻羊不同组织的表达研究

为探究抑制素(Inhibin,INH)α亚基(INHA)和βA亚基(INHBA)基因在单、多羔黔北麻羊不同组织中的表达水平及初步探明其对山羊产羔性状的影响,本实验以单、多羔黔北麻羊母羊为研究对象,采集子宫、输卵管、垂体、下丘脑和卵巢组织并提取总RNA,通过qRT-PCR技术对INHA、INHBA基因mRNA在单、多羔黔北麻羊不同组织中的表达水平进行检测。结果表明:INHA、INHBA基因在单、多羔黔北麻羊卵巢组织中的表达量高于其他组织(P<0.01),在多羔组黔北麻羊卵巢中的表达量高于单羔组(P<0.01),INHA基因在单羔黔北麻羊5个组织的表达量依次为:卵巢>输卵管>垂体>子宫>下丘脑,在多羔黔北麻羊5个组织中的表达量依次为:卵巢>垂体>下丘脑>输卵管>子宫;INHBA基因在单羔黔北麻羊5个组织的表达量依次为:卵巢>输卵管>子宫>垂体>下丘脑,在多羔黔北麻羊5个组织中的表达量依次为:卵巢>子宫>输卵管>垂体>下丘脑。结果提示,INHA、INHBA基因主要调控单、多羔黔北麻羊母羊的卵巢组织,本研究为进一步探讨INHA、INHBA基因对山羊繁殖性能的影响机制及基因功能奠定基础。

黔北麻羊GHSR基因外显子多态性及其与体重体尺的关联分析

为给山羊品种的选育和种质鉴定提供理论依据,以黔北麻羊为试验对象,采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对GHSR基因进行单核苷酸多态性检测。结果表明:在黔北麻羊GHSR基因外显子2处检测到1个同义位点G200A,氨基酸由甘氨酸变为丝氨酸,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA,其频率分别为0.507 4、0.408 0和0.084 6,等位基因G、A频率分别为0.711 4和0.288 6。χ2检验表明,黔北麻羊GHSR基因G200A位点分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。基因型与体重体尺的关联分析显示,GG和GA基因型个体的体重显著高于AA基因型个体,胸深显著小于AA基因型个体(P<0.05),而其余5个指标差异不显著(P>0.05)。

黔北麻羊生长分化因子9和骨形态发生蛋白15基因遗传变异分析

试验将生长分化因子9(GDF9)基因和骨形态发生蛋白15(BMP15)基因作为候选基因,采用直接测序法检测GDF9和BMP15基因在黔北麻羊中的单核苷酸多态性。结果表明,在GDF9基因外显子2的562 bp处发生了突变(A→C),导致谷氨酰胺突变为脯氨酸,检测到AA、Aa 2种基因型,基因型频率分别为0.7273、0.2727;A、a等位基因频率分别为0.8637、0.1363。BMP15基因外显子2的480 bp处发生了突变(C→G),导致谷氨酰胺突变为谷氨酸,检测到BB、Bb 2种基因型,基因型频率分别为0.7000、0.3000;B、b等位基因频率分别为0.8500、0.1500。

SMAD1基因对黔北麻羊卵巢颗粒细胞的影响及组织表达分析

旨在验证SMAD1基因在转录组测序中单羔组对多羔组上调的结果,并探究SMAD1基因对黔北麻羊产羔性状的影响。本试验选取健康、体重45 kg、4岁左右的单、多羔黔北麻羊母羊为研究对象,采用qRT-PCR法检测SMAD1基因在单、多羔组黔北麻羊母羊子宫、输卵管、垂体、下丘脑及卵巢组织的表达水平,PCR扩增黔北麻羊SMAD1基因CDS区,构建pEGFP-N3-SAMD1重组质粒,利用脂质体转染法转染pEGFP-N3-SAMD1重组质粒进入卵巢颗粒细胞,分为超表达SMAD1试验组和pEGFP-N3空载体对照组,通过检测培养基中雌二醇和孕酮的浓度,利用CCK-8法和Annexin V-FITC法检测超表达SMAD1基因对卵巢颗粒细胞增殖、凋亡的影响,qRT-PCR检测超表达SMAD1基因对SAMD1、GnRHR、FSHR、BMP4、TIMP3基因mRNA表达的影响,来探究SMAD1基因对卵巢颗粒细胞的影响。结果表明,SMAD1基因在黔北麻羊各组织中均有表达。组间比较可知,卵巢和下丘脑组织单羔组极显著高表达于多羔组(P<0.01),输卵管组织中单羔组显著高表达于多羔组(P<0.05),其他组织未达到差异显著性(P>0.05)。本研究成功克隆了SMAD1基因CDS序列,未发现突变位点,并将pEGFP-N3-SAMD1重组质粒转染进入卵巢颗粒细胞,转染试验组培养基中E2含量在12、48 h显著高于对照组(P<0.05),P4含量在12 h显著高于对照组(P<0.05);超表达SMAD1基因对细胞增殖在24 h达到显著促进作用(P<0.05),48、72 h达到极显著促进作用(P<0.01),并且发现超表达SMAD1基因对卵巢颗粒细胞的凋亡具有抑制作用,与SMAD1基因对卵巢颗粒细胞增殖具有促进的结果是相符的。SMAD1基因超表达后繁殖相关基因GnRHR、FSHR、BMP4、TIMP3 mRNA的表达极显著降低(P<0.01)。综上表明,SMAD1基因超表达可提高E2、P4的生成,有助于黔北麻羊发情及妊娠的维持,促进细胞增殖,抑制细胞凋亡,也极显著抑制繁殖相关基因mRNA的表达,而这些繁殖相关基因都能够调控卵泡数、卵泡的发育与形成以及排卵。因此,SMAD1基因能够抑制这些基因的表达,致使黔北麻羊单羔组受胎率低,进而降低产羔数,这为产羔性状相关基因的研究提供了理论基础,初步认为SMAD1基因可作为探究影响山羊产羔性状的候选基因。

黔北麻羊TYR基因多态性及生物信息学分析

为研究黔北麻羊毛色形成的遗传机制,本实验对黔北麻羊哺乳动物酪氨酸酶(TYR)基因外显子区域运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法进行多态性分析,在TYR基因外显子区域共筛选出5个SNPs,分别为Exon1-G617A、Exon1-G685T、Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)、Exon5-T1862C;进而利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质二级结构和三级结构分析,发现Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)引起m RNA二级结构的改变,其中Exon1-G685T、Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-T1862C突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低,其错义突变位点Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)均引起蛋白质二级结构和三级结构的改变。

TGFβ2和PPP3CA基因在黔北麻羊性腺轴组织表达及对卵巢颗粒细胞的调控研究

旨在对转录组测序中单羔组对多羔组TGFβ2和PPP3CA基因的上、下调结果进行验证,并探究黔北麻羊TGFβ2和PPP3CA基因对卵巢颗粒细胞的调控机制。本研究以单、多羔黔北麻羊母羊为试验对象。通过RT-qPCR技术检测TGFβ2与PPP3CA基因在单、多羔黔北麻羊性腺轴中的表达水平;构建目的基因真核表达载体。培养黔北麻羊卵巢颗粒细胞,并利用脂质体转染法将pEGFP-N3-TGFβ2、pEGFP-N3-PPP3CA重组质粒导入卵巢颗粒细胞,检测培养基中雌二醇(E2)、孕酮(P4)的浓度。利用CCK-8和Annexin V-FITC法检测TGFβ2、PPP3CA基因对卵巢颗粒细胞增殖、凋亡的影响。随后,利用RT-qPCR从细胞水平检测超表达TGFβ2、PPP3CA基因对TGFβ2、PPP3CA、GnRHR、FSHR、BMP4、TIMP3基因表达的影响。RT-qPCR结果表明,TGFβ2与PPP3CA基因在被检测的组织中均有表达,且在单羔组中的表达量普遍高于多羔组;免疫荧光法证实,所培养的细胞为黔北麻羊卵巢颗粒细胞;TGFβ2与PPP3CA基因真核表达质粒导入细胞后,在极显著提高TGFβ2与PPP3CA基因表达的同时,能够极显著地抑制卵巢颗粒细胞中FSHR、GnRHR、BMP4、TIMP3基因的表达(P<0.01)。细胞增殖与凋亡结果显示,TGFβ2与PPP3CA基因能够促进颗粒细胞凋亡,抑制其增殖。酶联免疫吸附试验结果表明,TGFβ2与PPP3CA基因能够显著促进E2的分泌,但对P4的分泌无显著影响。本研究成功构建了TGFβ2、PPP3CA基因真核表达载体,荧光定量结果表明,超表达TGFβ2、PPP3CA基因抑制了繁殖相关基因的表达,提示TGFβ2、PPP3CA基因对山羊繁殖相关基因表达有一定的影响。为进一步研究TGFβ2、PPP3CA基因对黔北麻羊繁殖力的影响提供基础数据。

黔北麻羊SRD5A2基因干扰载体构建及其对产羔相关基因表达的影响

旨在探究SRD5 A2基因对山羊产羔性状相关基因表达的影响。本研究选择健康的(2~3岁)黔北麻羊经产母羊3只,体重约32 kg,采集卵巢组织并成功培养卵巢颗粒细胞。通过在线软件设计SRD 5A2基因的4对siRNA干扰序列和1对阴性对照序列,连接pGPH1/GFP/Neo载体后,将构建成功的干扰载体转染至黔北麻羊卵巢颗粒细胞。利用qRT-PCR方法筛选出干扰效率最佳的载体,检测其对SRD 5A2基因表达的影响。运用qRT-PCR检测沉默SRD 5A2基因对山羊产羔性状相关基因骨形态发生蛋白15(BMP 15)、生长分化因子9(GDF 9)、骨形态发生蛋白1B(BMPR-1B)和卵泡刺激素β亚基(FSHβ)表达的影响。结果表明,本试验在培养黔北麻羊卵巢颗粒细胞的基础上,成功构建了黔北麻羊SRD 5A2基因的干扰载体,并筛选出shRNA-SRD5A2-1干扰效果最佳(P<0.01);抑制SRD 5A2基因表达后,qRT-PCR检测产羔性状相关基因BMP 15、BMPR-1B、GDF 9和FSHβ的表达量均显著降低,BMP 15的表达量极显著低于shRNA-NC对照组(P<0.01),BMPR-1B、GDF 9和FSHβ的表达量显著低于shRNA-NC对照组(P<0.05)。本研究成功构建了SRD 5A2基因干扰载体并转染至卵巢颗粒细胞,发现体外沉默SRD 5A2基因可抑制产羔性状相关基因的表达,提示SRD 5A2基因与黔北麻羊产羔性状密切相关,本试验结果为进一步研究SRD 5A2基因对黔北麻羊产羔性状的调控机制提供了基础。

黔北麻羊不同组织中FABP1、FABP3基因表达水平的研究

本实验旨在探究肝脏型脂肪酸结合蛋白(FABP1)和心脏型脂肪酸结合蛋白(FABP3)基因在黔北麻羊不同组织中mRNA的表达水平。以6月龄、1周岁和1.5周岁黔北麻羊公、母羊为研究对象,采用实时荧光定量PCR技术检测黔北麻羊不同性别和不同生长时期心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、胸腺、下丘脑、十二指肠、皮下脂肪及背最长肌等11个组织中FABP1和FABP3基因的mRNA相对表达量。结果显示:FABP1、FABP3基因mRNA在黔北麻羊的11个组织中广泛表达,FABP1基因在肝脏中表达量最高,其次是十二指肠和肺脏,FABP3基因在心脏中表达量最高,其次是背最长肌和肾脏,其余各组织表达量较低。黔北麻羊FABP1、FABP3基因mRNA的表达量受性别、生长时期的影响,且存在一定的显著性差异,不同性别FABP1、FABP3基因mRNA的表达量母羊普遍高于公羊,不同时期FABP1、FABP3基因mRNA的表达量随月龄的增加总体呈小幅上升趋势。本研究结果为进一步研究FABP1、FABP3基因调控山羊脂质代谢和肉质性状提供理论依据。

黔北麻羊FTO基因SNPs筛选及其生物信息学分析

筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考。通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构分析及对SNPs突变位点峰高进行等位基因频率估算,并应用相应软件对FTO基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位等结构进行生物信息学分析。在FTO基因外显子区域共筛选出8个SNPs,分别为Exon2-C139T、Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C、Exon9-C1615G、Exon9-G1718A。分析表明,Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C位点的突变在CDS区内,其中Exon3-A242G(Gln-His)、Exon3-G387T引起m RNA二级结构的改变,Exon3-C339T、Exon3-G387T突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低。对FTO基因序列进行生物信息学分析,得出FTO是一种非分泌型的亲水性蛋白,不存在跨膜区域,发挥生物学作用的主要场所是细胞质,有7个Ser位点,5个Thr位点,5个Tyr位点,二级结构中ɑ螺旋结构数量最多。