为探究G蛋白信号调节蛋白2(Regulator of G Protein Signaling 2,RGS2)在泛癌中的表达与预后和免疫浸润的关系,利用生物信息学方法、结合R语言与多个数据库进行了深入分析。首先,通过TCGA数据库分析RGS2在33种癌症肿瘤组织与正常组织中...为探究G蛋白信号调节蛋白2(Regulator of G Protein Signaling 2,RGS2)在泛癌中的表达与预后和免疫浸润的关系,利用生物信息学方法、结合R语言与多个数据库进行了深入分析。首先,通过TCGA数据库分析RGS2在33种癌症肿瘤组织与正常组织中的差异表达,并通过GEO数据库对部分结果进行验证;再通过Cox回归分析与log-rank检验进行预后分析。接着进行免疫浸润分析,并通过ssGSEA分析RGS2对免疫微环境的影响;根据RGS2表达的高低分组获取差异基因,并通过Gene Ontology(GO)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析找到与RGS2相关的分子通路。最后,通过STRING数据库、GENEMANIA数据库获取RGS2的相关基因,搭建蛋白互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)。结果表明,RGS2表达量在24种癌症肿瘤组织显著下调,在4种癌症中显著上调。RGS2在膀胱尿路上皮癌、肾透明细胞癌、肝细胞肝癌、胃腺癌中为危险因素,但在皮肤黑色素瘤、子宫癌肉瘤为保护因素。免疫浸润分析结果表明,RGS2表达与多数免疫细胞表达量显著正相关,但与Th17细胞表达量显著负相关。富集分析表明,RGS2与补体活化、免疫球蛋白受体结合等功能和通路密切相关。PPI蛋白互作网络显示RGS2与RGS4、GNA11、GNA14等基因具有显著相关性。综上所述,RGS2在28种癌症中显著差异表达,可作6种癌症的独立预后因子,与多种癌症的免疫浸润水平显著相关。因此,RGS2有望成为多种癌症的诊断、预后、免疫浸润的新型生物标志物,有望成为一种新的治疗靶点。展开更多
Tumor-associated macrophages(TAMs)play crucial roles in tumor progression and immune responses.However,mechanisms of driving TAMs to antitumor function remain unknown.Here,transcriptome profiling analysis of human ora...Tumor-associated macrophages(TAMs)play crucial roles in tumor progression and immune responses.However,mechanisms of driving TAMs to antitumor function remain unknown.Here,transcriptome profiling analysis of human oral cancer tissues indicated that regulator of G protein signaling 12(RGS12)regulates pathologic processes and immune-related pathways.Mice with RGS12knockout in macrophages displayed decreased M1 TAMs in oral cancer tissues,and extensive proliferation and invasion of oral cancer cells.RGS12 increased the M1 macrophages with features of increased ciliated cell number and cilia length.Mechanistically,RGS12 associates with and activates MYC binding protein 2(MYCBP2)to degrade the cilia protein kinesin family member 2A(KIF2A)in TAMs.Our results demonstrate that RGS12 is an essential oral cancer biomarker and regulator for immunosuppressive TAMs activation.展开更多
我国是家猪养殖和消费大国,提高母猪的繁殖力对于促进我国生猪产业的发展具有重要的作用。排卵率和产仔数是影响家畜繁殖力的关键因素,其中BMP15(bone morphogenetic protein 15)基因已被鉴定是控制绵羊排卵数和多胎性状的一个主效基因...我国是家猪养殖和消费大国,提高母猪的繁殖力对于促进我国生猪产业的发展具有重要的作用。排卵率和产仔数是影响家畜繁殖力的关键因素,其中BMP15(bone morphogenetic protein 15)基因已被鉴定是控制绵羊排卵数和多胎性状的一个主效基因,然而目前在家猪BMP15基因中尚未发现类似绵羊多胎品系的天然突变。基于高等哺乳动物基因功能的保守性和CRISPR/Cas9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9)等基因组编辑技术对动物基因组定点修饰的高效性,应用CRISPR/Cas9技术对家猪BMP15基因进行精确的遗传修饰,使家猪获得类似多胎绵羊的天然突变,对于研究该基因对家猪繁殖力的影响以及培育高繁殖力家猪新品系具有重要的意义。本研究通过CRISPR/Cas9对长白猪胎儿成纤维(porcine embryonic fibroblasts,PEF)细胞中BMP15基因进行打靶,T7E1分析显示打靶效率仅有5%。随后通过共转染RGS双荧光替代性报告载体(RFP-GFP surrogate reporter),并应用流式细胞术分选出双荧光细胞,富集到基因组被CRISPR/Cas9修饰的细胞,使基因打靶效率提高至18%。本研究结果表明,应用RGS双荧光替代性报告载体可以有效提高CRISPR/Cas9在PEF细胞中对BMP15基因的打靶效率,为今后通过体细胞核移植技术培育BMP15基因编辑猪进行了有效的探索。展开更多
目的探究RGS20 mRNA在三阴性乳腺癌患者中的表达水平,并分析与临床预后的关系。方法随机收集2013年6月-2015年6月入院治疗三阴性乳腺癌的患者82例,采用qRT-PCR检测患者乳腺癌组织和癌旁正常组织中RGS20 m RNA的表达,采用免疫组化检测三...目的探究RGS20 mRNA在三阴性乳腺癌患者中的表达水平,并分析与临床预后的关系。方法随机收集2013年6月-2015年6月入院治疗三阴性乳腺癌的患者82例,采用qRT-PCR检测患者乳腺癌组织和癌旁正常组织中RGS20 m RNA的表达,采用免疫组化检测三阴性乳腺癌患者乳腺癌组织中RGS20的表达,并分析其表达与三阴性乳腺癌临床特征的关系及预后的影响。结果三阴性乳腺癌组织中RGS20 mRNA的表达显著高于癌旁组织(t=13.006,P=0.000);三阴性乳腺癌组织中RGS20阳性表达率为68.29%,显著高于癌旁组织15.85%(χ^2=46.260,P=0.000);三阴性乳腺癌患者不同淋巴结的转移情况、临床分期及Ki67百分比等临床病理特征中RGS20的表达具有显著性差异(χ^2=4.666、5.781、4.167,P=0.031、0.016、0.041);随访36个月,RGS20阳性表达的三阴性乳腺癌患者3年无疾病生存期(DFS)和3年总生存期(OS)均显著低于阴性表达的患者(Log-rankχ^2=3.904、4.957,P=0.048、0.026)。结论 RGS20在三阴性乳腺癌组织中过表达,其表达在不同淋巴结转移情况、临床分期及Ki67中表达百分比有显著差异,且RGS20阴性表达的三阴性乳腺癌患者生存时间明显较高,可作为三阴性乳腺癌潜在的治疗靶点和预后预测因子。展开更多
文摘为探究G蛋白信号调节蛋白2(Regulator of G Protein Signaling 2,RGS2)在泛癌中的表达与预后和免疫浸润的关系,利用生物信息学方法、结合R语言与多个数据库进行了深入分析。首先,通过TCGA数据库分析RGS2在33种癌症肿瘤组织与正常组织中的差异表达,并通过GEO数据库对部分结果进行验证;再通过Cox回归分析与log-rank检验进行预后分析。接着进行免疫浸润分析,并通过ssGSEA分析RGS2对免疫微环境的影响;根据RGS2表达的高低分组获取差异基因,并通过Gene Ontology(GO)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析找到与RGS2相关的分子通路。最后,通过STRING数据库、GENEMANIA数据库获取RGS2的相关基因,搭建蛋白互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)。结果表明,RGS2表达量在24种癌症肿瘤组织显著下调,在4种癌症中显著上调。RGS2在膀胱尿路上皮癌、肾透明细胞癌、肝细胞肝癌、胃腺癌中为危险因素,但在皮肤黑色素瘤、子宫癌肉瘤为保护因素。免疫浸润分析结果表明,RGS2表达与多数免疫细胞表达量显著正相关,但与Th17细胞表达量显著负相关。富集分析表明,RGS2与补体活化、免疫球蛋白受体结合等功能和通路密切相关。PPI蛋白互作网络显示RGS2与RGS4、GNA11、GNA14等基因具有显著相关性。综上所述,RGS2在28种癌症中显著差异表达,可作6种癌症的独立预后因子,与多种癌症的免疫浸润水平显著相关。因此,RGS2有望成为多种癌症的诊断、预后、免疫浸润的新型生物标志物,有望成为一种新的治疗靶点。
基金supported by National Institutes of Health(NIH)grants AG048388 and AR066101 to Dr.Shuying Yangsupported by U.S.Department of Defense(DOD)grants PR201467 and RA210159 to Dr.Shuying Yang。
文摘Tumor-associated macrophages(TAMs)play crucial roles in tumor progression and immune responses.However,mechanisms of driving TAMs to antitumor function remain unknown.Here,transcriptome profiling analysis of human oral cancer tissues indicated that regulator of G protein signaling 12(RGS12)regulates pathologic processes and immune-related pathways.Mice with RGS12knockout in macrophages displayed decreased M1 TAMs in oral cancer tissues,and extensive proliferation and invasion of oral cancer cells.RGS12 increased the M1 macrophages with features of increased ciliated cell number and cilia length.Mechanistically,RGS12 associates with and activates MYC binding protein 2(MYCBP2)to degrade the cilia protein kinesin family member 2A(KIF2A)in TAMs.Our results demonstrate that RGS12 is an essential oral cancer biomarker and regulator for immunosuppressive TAMs activation.
文摘我国是家猪养殖和消费大国,提高母猪的繁殖力对于促进我国生猪产业的发展具有重要的作用。排卵率和产仔数是影响家畜繁殖力的关键因素,其中BMP15(bone morphogenetic protein 15)基因已被鉴定是控制绵羊排卵数和多胎性状的一个主效基因,然而目前在家猪BMP15基因中尚未发现类似绵羊多胎品系的天然突变。基于高等哺乳动物基因功能的保守性和CRISPR/Cas9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein 9)等基因组编辑技术对动物基因组定点修饰的高效性,应用CRISPR/Cas9技术对家猪BMP15基因进行精确的遗传修饰,使家猪获得类似多胎绵羊的天然突变,对于研究该基因对家猪繁殖力的影响以及培育高繁殖力家猪新品系具有重要的意义。本研究通过CRISPR/Cas9对长白猪胎儿成纤维(porcine embryonic fibroblasts,PEF)细胞中BMP15基因进行打靶,T7E1分析显示打靶效率仅有5%。随后通过共转染RGS双荧光替代性报告载体(RFP-GFP surrogate reporter),并应用流式细胞术分选出双荧光细胞,富集到基因组被CRISPR/Cas9修饰的细胞,使基因打靶效率提高至18%。本研究结果表明,应用RGS双荧光替代性报告载体可以有效提高CRISPR/Cas9在PEF细胞中对BMP15基因的打靶效率,为今后通过体细胞核移植技术培育BMP15基因编辑猪进行了有效的探索。
