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RLM-RACE法扩增獐茅液泡膜Na^+/H^+逆向转运蛋白基因5′-cDNA末端序列 被引量:2
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作者 王景艳 张高华 +2 位作者 苏乔 安利佳 刘兆普 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期903-907,共5页
根据已获得的盐生植物獐茅(Aeluropus littoralisvar.sinensisDebeaux)液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白(Na+/H+antiporter)基因部分cDNA片段,设计2条特异引物(GSP1、GSP2),采用RLM-RACE(RNA ligase-medi-ated rapid amplification of 5′and 3... 根据已获得的盐生植物獐茅(Aeluropus littoralisvar.sinensisDebeaux)液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白(Na+/H+antiporter)基因部分cDNA片段,设计2条特异引物(GSP1、GSP2),采用RLM-RACE(RNA ligase-medi-ated rapid amplification of 5′and 3′cDNA ends)法获得了其5-′cDNA末端序列,并找出了转录起始位点。该片段长816 bp,与芦苇液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白基因序列同源性最高达91%,与拟南芥、盐角草、水稻、大麦、小麦的同源性分别为81%、82%、86%、87%和81%,为该基因全长的克隆及启动子的研究奠定了基础。与其它测定基因转录起始位点的方法相比,RLM-RACE方法更快捷、简便、准确。 展开更多
关键词 獐茅 NA^+/H^+逆向转运蛋白 rlm-RACE 5-′cDNA末端 转录起始位点
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RLM-RACE法快速克隆盐角草胆碱单加氧酶cDN A5′末端全序列 被引量:2
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作者 葛庆燕 吴凇 +1 位作者 苏乔 安利佳 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2005年第3期336-338,共3页
采用RLM-RACE法,根据已获得的盐角草胆碱单加氧酶基因的部分序列,设计2条特异性嵌套PCR引物,成功地克隆了该基因cDNA 5′末端全序列,测序结果显示该片段包括5′UTR 154个核苷酸和编码区606个核苷酸,编码N端202个氨基酸.Blast P结果表明... 采用RLM-RACE法,根据已获得的盐角草胆碱单加氧酶基因的部分序列,设计2条特异性嵌套PCR引物,成功地克隆了该基因cDNA 5′末端全序列,测序结果显示该片段包括5′UTR 154个核苷酸和编码区606个核苷酸,编码N端202个氨基酸.Blast P结果表明,该片段编码的蛋白序列与辽宁碱篷及其他藜科植物的胆碱单加氧酶同源性达到85%以上.同时找出了其转录起始位点,即为该序列的第1个碱基g. 展开更多
关键词 rlm-RACE 盐角草 胆碱单加氧酶 cDNA 5′末端 转录起始位点
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葡萄microRNA156b和microRNA172c及其靶基因在冬芽二次成花过程中的表达特性研究 被引量:4
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作者 王晨 张演义 +3 位作者 房经贵 宋长年 刘洪 王西成 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期59-64,共6页
利用半定量RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)技术检测‘藤稔’葡萄microRNA156b(Vv-miR156b)和microRNA172c(Vv-miR172c)及其靶基因(Vv-SPL9和Vv-AP2)在摘心处理(5月14日、5月20日、5月28日)后不同发育时期冬芽中的表达情况,并利用R... 利用半定量RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)技术检测‘藤稔’葡萄microRNA156b(Vv-miR156b)和microRNA172c(Vv-miR172c)及其靶基因(Vv-SPL9和Vv-AP2)在摘心处理(5月14日、5月20日、5月28日)后不同发育时期冬芽中的表达情况,并利用RLM-5'-RACE验证了miRNAs作用其靶基因的方式。结果表明:仅5月28日摘心处理的冬芽能够进行花芽分化并形成花序,而其他处理及对照未能花芽分化。2种RT-PCR检测结果基本一致,5月28日摘心处理的2条miRNAs表达水平明显下降,且花序中有最低表达。相应的靶基因在冬芽二次成花过程中的表达水平呈现出与其miRNAs相反的变化趋势。RLM-5'-RACE结果显示,2条miRNAs介导靶基因裂解,裂解位点均在miRNAs 5'端的第10和11位碱基之间。表明microRNA156b和microRNA172c通过介导相应靶基因的裂解调控其靶基因的表达,从而影响葡萄冬芽的二次成花。 展开更多
关键词 葡萄 microRNAs 靶基因 冬芽 实时荧光定量RT-PCR rlm-5'-race
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马铃薯低温响应的ScmiR390-5p及其靶基因表达与结构分析 被引量:5
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作者 谢洁 王明 +4 位作者 丁红映 李青 王万兴 熊兴耀 秦玉芝 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期2295-2308,共14页
【目的】研究马铃薯富含亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat receptor-like protein kinase LRR-RLK)类受体蛋白激酶基因SCLRRK1受miR390(ScmiR390-5p)调控响应非生物胁迫的机理。【方法】通过低温响应马铃薯miRNA测序分析与靶基因预测... 【目的】研究马铃薯富含亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat receptor-like protein kinase LRR-RLK)类受体蛋白激酶基因SCLRRK1受miR390(ScmiR390-5p)调控响应非生物胁迫的机理。【方法】通过低温响应马铃薯miRNA测序分析与靶基因预测,发现ScmiR390-5p通过调控1个可能的LRR类受体蛋白激酶基因对低温做出响应;利用实时荧光定量PCR技术(Quantitative Real-time PCR,RT-qPCR)验证ScmiR390-5p和SCLRRK1响应低温胁迫的表达情况;利用RLM-5′RACE确定ScmiR390-5p作用于SCLRRK1的切割位点;利用PCR技术克隆得到SCLRRK1的DNA序列和CDS序列,生物信息学分析SCLRRK1的结构和功能;利用RT-qPCR分析ScmiR390-5p/SCLRRK1在马铃薯各组织中的表达情况及其响应各种非生物胁迫的表达情况。【结果】RT-qPCR结果表明,低温诱导ScmiR390-5p表达,SCLRRK1的表达则受到低温的抑制,ScmiR390-5p和SCLRRK1的表达在低温胁迫下呈负相关性;RLM-5′RACE分析表明,ScmiR390-5p作用于SCLRRK1的切割位点是ATTCCT//CCTGAGTT,马铃薯ScmiR390-5p/SCLRRK1调控模块在低温响应中起作用。克隆结果表明SCLRRK1的CDS序列长度为2 685bp,编码894个氨基酸,DNA序列长度为3 549 bp,含有1个内含子、2个外显子、3′非编码区和5′非编码区,ScmiR390-5p的靶位点位于SCLRRK1 CDS序列内部(960—981 bp,GGAACTATTCCTCCTGAGTTT)。生物信息学显示SCLRRK1是1个富含亮氨酸重复序列(leucine-richrepeat,LRR)的类受体蛋白激酶基因,编码的蛋白属于跨膜分泌蛋白。马铃薯组织表达RT-qPCR分析显示,ScmiR390-5p在叶中的表达量最高,根次之,茎中(地上茎、块茎和匍匐茎)表达量较低;而SCLRRK1的表达情况与ScmiR390-5p相反,其在叶中的表达最低,在茎中表达最高(匍匐茎>块茎>地上茎)。多种非生物胁迫结果显示,ScmiR390-5p和SCLRRK1表达在NaCl胁迫下呈负相关,ScmiR390-5p受到NaCl胁迫诱导表达。与对照相比,ABA和6-BA处理下ScmiR390-5p表达先下降之后呈波浪小幅回调;6-BA处理下SCLRRK1表达持续升高,ABA处理下SCLRRK1表达先上升后下降。GA3、PEG和IAA处理8 h时,ScmiR390-5p的表达达到峰值,GA3、PEG和IAA处理都能诱导SCLRRK1表达,但其变化趋势与ScmiR390-5p相关性不强。【结论】SCLRRK1具备编码LRR类受体蛋白激酶的核酸、氨基酸序列和结构基础,是ScmiR390-5p的靶基因;ScmiR390-5p/SCLRRK1调控模块在马铃薯组织器官中具备明显作用;ScmiR390-5p在转录后水平通过抑制马铃薯SCLRRK1的表达对低温胁迫做出响应,同时,马铃薯ScmiR390-5p/SCLRRK1调控模块在NaCl和6-BA胁迫响应中起作用,但不对ABA、GA3、IAA和PEG胁迫做出响应,ScmiR390-5p和SCLRRK1分别在转录水平受到ABA、GA3、IAA和PEG胁迫信号调控。 展开更多
关键词 马铃薯 ScmiR390-5p SCLRRK1 实时荧光定量PCR rlm-5′RACE
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赤桉eca-miRn33及其靶基因EcaICE1的鉴定与表达分析
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作者 刘艳 张紫阳 +2 位作者 谭芷茵 周茜 林元震 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第6期800-805,共6页
以赤桉组培苗为材料,通过PCR扩增eca-miRn33前体基因序列,结合5′RLM-RACE和烟草瞬时表达分析其对靶基因EcaICE1的剪切特征,并利用实时荧光定量PCR分析叶片和茎干中eca-miRn33与靶基因EcaICE1在低温胁迫下的表达模式。结果显示:赤桉eca-... 以赤桉组培苗为材料,通过PCR扩增eca-miRn33前体基因序列,结合5′RLM-RACE和烟草瞬时表达分析其对靶基因EcaICE1的剪切特征,并利用实时荧光定量PCR分析叶片和茎干中eca-miRn33与靶基因EcaICE1在低温胁迫下的表达模式。结果显示:赤桉eca-miRn33前体基因序列全长60 bp,可形成典型的发卡结构,eca-miRn33成熟序列位于其前体的5′端;5′RLM-RACE和农杆菌介导的烟草瞬时表达试验结果表明eca-miRn33可靶向剪切EcaICE1;eca-miRn33表达量与EcaICE1表达量之间呈显著负相关。 展开更多
关键词 赤桉 miRn33 ICE1 低温胁迫 5rlm-RACE
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Cloning and Expression of a Profilin Gene from Rapeseed 被引量:4
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作者 叶秋 李旭锋 +3 位作者 徐莺 王劲 林娟 陈放 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2001年第7期727-730,共4页
Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PC... Profilin has recently been identified as an actin-binding protein in higher plants. A cDNA clone (designated Repro) encoding profilin gene was isolated from rapeseed ( Brassica napus L. cv. canadian Tween) using RT-PCR technique. Sequence analysis showed 82% similarity to Zea mays L. ZmPro3, 85% to Arabidopsis AthPRF1, 82% to Nicotiana tabacum L. NTPRO, 81% to Oryza sativa L. profilin A. A new full-length cDNA was obtained by 5'-RACE and 3'-RACE techniques. Sequence analysis showed that the size of full-length cDNA is 672 bp which contains a major open reading frame of 134 amino, acids, 5' and 3' untranslated regions and a long Poly (A) tail. Northern blot analysis showed that the profilin gene is a pollen and anther specific gene. 展开更多
关键词 profilin gene 3 '-race 5 '-race rapeseed pollen RT-PCR
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鼻咽癌细胞系CNE2中NPCEDRG基因mRNA剪接变异体分析 被引量:2
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作者 侯德富 关勇军 +5 位作者 关瑞 万恂恂 李国庆 欧阳咏梅 余艳辉 陈主初 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期841-850,共10页
NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克... NPCEDRG基因是采用基因定位候选克隆策略获得的1个鼻咽癌候选抑瘤基因.NPCEDRG在鼻咽癌细胞和组织中表达下调,重新恢复NPCEDRG基因在CNE2细胞系的表达,可部分逆转CNE2的恶性表型.本研究对CNE2细胞所表达的NPCEDRG基因mRNA剪接变异体克隆、鉴定,发现NPCEDRG基因至少有7个转录起始位点,其中NM_032316的TSS位于ATG上游-85 nt处,AF538150和AK094248的TSS位于-25 nt处;AF538150不存在第2外显子中6核苷酸序列(3'-TTGCAG-3')的缺失,其CDs为516 bp,编码1种由171个氨基酸组成的蛋白质(而非GenBank中公布的CDs为510 bp,1种由169个氨基酸组成的蛋白质).本研究成功克隆得到1种新的NPCEDRG基因的mRNA剪接变异体V2,其TSS位于-23 nt处,其CDs为297 bp,编码1种由98个氨基酸组成的蛋白质. 展开更多
关键词 NPCEDRG基因 mRNA剪接变异体 5'-race 3'-race RT-PCR
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microRNA靶基因检测技术研究进展 被引量:3
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作者 郭晓琴 孙红正 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2013年第4期11-13,18,共4页
microRNA是真核生物基因表达调控的重要因子,对其靶基因的验证是研究microRNA功能必不可少的环节。验证microRNA与其靶基因的相互作用,可以根据能否进行靶基因切割、能否造成目标靶基因RNA表达量或蛋白表达量降低以及能否形成RISC-mRNA... microRNA是真核生物基因表达调控的重要因子,对其靶基因的验证是研究microRNA功能必不可少的环节。验证microRNA与其靶基因的相互作用,可以根据能否进行靶基因切割、能否造成目标靶基因RNA表达量或蛋白表达量降低以及能否形成RISC-mRNA复合体等特征进行检测。基于此,从以上三方面对验证microRNA靶基因的技术进行了综述。 展开更多
关键词 MICRORNA 5’RLM—RACE target—mimic 靶基因 降解组 免疫共沉淀
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Cloning of the Full-length Gene for Tobacco Ethylene Receptor NTHK2 and Characterization of Its Kinase Domain 被引量:2
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作者 张志刚 巩燕 +4 位作者 何新建 王玉军 孙仲序 张劲松 陈受宜 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2003年第1期68-72,共5页
Previously the partial sequence of an ethylene receptor gene NTHK2 was isolated from tobacco (Nicotiana tabacum L. var. Xanthi) plants and it was wound and drought inducible. In the present study full-length cDNA of N... Previously the partial sequence of an ethylene receptor gene NTHK2 was isolated from tobacco (Nicotiana tabacum L. var. Xanthi) plants and it was wound and drought inducible. In the present study full-length cDNA of NTHK2 was cloned by 5'-RACE method. NTHK2 gene has 3 216 bp, with 509 bp of 5'-non-coding region and 427 lip of 3'-non-coding region, and encodes an ethylene-receptor homolog of 760, amino acids. NTHK2 protein has a putative signal peptide, three transmembrane domains, a histidine kinase domain and a receiver domain. In the putative histidine kinase domain, the histidine at the phosphorylation site was replaced by an asparagine. To study the biochemical property of NTHK2, its kinase domain was expressed as a fusion protein with glutathione S-transferase (GST) using yeast Schizzosaccharomyces pombe as an expression system. In vitro kinase assay showed that NTHK2 kinase domain can autophosphorylate in the presence of Mg2+, indicating that NTHK2 may function as a kinase. Further studies will elucidate the function of NTHK2 in plant. 展开更多
关键词 5 '-race NTHK2 kinase activity ethylene-receptor
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梅PmmiR319a与靶基因PmTCP2的验证与表达分析
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作者 王万许 侍婷 +2 位作者 高志红 倪照君 蔡斌华 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1908-1916,共9页
为验证PmmiR319a与PmTCP2基因的靶标关系,并研究PmmiR319a在梅花芽发育过程中的作用,本研究以梅品种‘大嵌蒂’为试验材料,克隆梅PmmiR319a前体序列及其靶基因PmTCP2,采用5'RACE技术对两者之间的靶标关系进行验证,并进一步分析在花... 为验证PmmiR319a与PmTCP2基因的靶标关系,并研究PmmiR319a在梅花芽发育过程中的作用,本研究以梅品种‘大嵌蒂’为试验材料,克隆梅PmmiR319a前体序列及其靶基因PmTCP2,采用5'RACE技术对两者之间的靶标关系进行验证,并进一步分析在花芽发育过程中的表达模式。结果表明,梅PmmiR319a前体序列含有茎环结构,通过序列比对和系统发育分析发现,不同物种的miR319a前体序列的茎环发卡结构和成熟体区域表现出较高的保守性。梅PmTCP2基因全长1 500 bp,编码499个氨基酸。荧光定量PCR分析结果表明,PmmiR319a在梅花发育的前期表达量高,而PmTCP2在梅花发育的中期和后期表达量较高,PmmiR319a与预测靶基因PmTCP2的表达模式呈负相关,表明二者存在负调控的关系,与预测的靶标关系一致。RLM-5'RACE技术验证结果表明,PmmiR319a对其靶基因PmTCP2的mRNA进行了切割,切割位点位于第10和第11个碱基之间。由此可知,PmmiR319a通过调控靶基因PmTCP2影响花的发育。本研究结果为阐明梅花中miR319a的功能提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 miR319a TCP2 荧光定量PCR rlm-5'RACE
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猪苓菌丝形成菌核的MAPK基因克隆及表达分析 被引量:2
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作者 刘蒙蒙 宋超 +1 位作者 邢咏梅 郭顺星 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2345-2350,共6页
【目的】克隆药用真菌猪苓MAPK基因并进行生物信息学分析及表达模式研究。【方法】利用5′-RACE-PCR技术从猪苓菌丝中克隆得到MAPK基因全长,利用生物信息学软件推测蛋白的理化性质、结构域;DNA Star对氨基酸进行多序列比对;用MEGA 5.0... 【目的】克隆药用真菌猪苓MAPK基因并进行生物信息学分析及表达模式研究。【方法】利用5′-RACE-PCR技术从猪苓菌丝中克隆得到MAPK基因全长,利用生物信息学软件推测蛋白的理化性质、结构域;DNA Star对氨基酸进行多序列比对;用MEGA 5.0做进化关系分析;借助实时定量PCR检测基因表达模式。【结果】猪苓MAPK基因的全长c DNA为1 293 bp,其中编码区占1 161 bp,共编码386个氨基酸,推测分子量为43.872 k D,理论等电点为6.68。猪苓的MAPK有MAPK中ERK1/2类型的保守区。系统进化树结果显示猪苓MAPK蛋白属于担子菌类群。实时荧光定量PCR分析结果表明猪苓菌核形成初期,菌核中的MAPK表达量显著高于菌丝组织,随着菌核的快速生长而减少。【结论】猪苓MAPK基因Pu MAPK的分子特征为进一步研究其在猪苓菌丝形成菌核过程中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 猪苓 MAPK基因 5'-race 实时荧光定量PCR 菌核形成
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