猪源Rab基因shRNA文库与稳定细胞株的构建及其对猪伪狂犬病病毒增殖的影响

【目的】探究Rab家族蛋白在猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)感染宿主细胞中的作用。【方法】以猪肾上皮细胞(PK15)为试验模型,构建Rab基因shRNA文库,并用嘌呤霉素筛选获得稳定的能够抑制猪源Rab基因表达的细胞株。用实时荧光定量PCR检测细胞敲减效率,通过流式细胞术检测敲减Rab基因对PRV增殖的影响;用Western blotting检测PRV-gB蛋白表达量,使用实时荧光定量PCR检测敲减Rab基因后PRV-gB、PRV-TK基因以及相关细胞炎性因子表达量。【结果】试验成功构建包含13种Rab基因敲减细胞系的shRNA文库。流式细胞术检测结果显示敲减Rab基因能显著抑制PRV-GFP增殖(P<0.05);病毒滴度与Western blotting检测结果表明,敲减Rab基因极显著抑制子代病毒的产生以及PRV-gB蛋白的表达(P<0.01)。实时荧光定量PCR检测结果显示,敲减Rab基因会显著或极显著抑制PRV-gB、PRV-TK基因表达(P<0.05;P<0.01);敲减Rab14和Rab27基因后细胞中IFN-β、ISG15、IL-1β、IL-18基因表达量均显著或极显著升高(P<0.05;P<0.01)。【结论】敲减Rab基因能够抑制PRV增殖。研究结果为进一步研究Rab基因在PRV生活周期中发挥的作用奠定基础。

猪睾丸ACE启动子驱动的SPAG6 shRNA真核表达载体的构建

本文旨在研究猪睾丸ACE启动子驱动的SPAG6 shRNA在猪睾丸支持细胞(ST)中的干扰作用。利用PCR法从ST细胞基因组中扩增猪睾丸ACE启动子,构建重组质粒ACE-pIRES2-DsRed、ACE-pGL3-basic,通过红色荧光蛋白表达和双荧光素酶报告基因检测试验检测猪睾丸ACE启动子在ST细胞中的转录活性;根据SPAG6 mRNA靶序列设计合成3条siRNA序列,通过脂质体转染至ST细胞,利用实时荧光定量PCR及Western Blot检测siRNA的干扰效率;基于人miR-30a结构设计SPAG6 shRNA,构建重组载体ACE-sh-SPAG6-pcDNA3.1,Western Blot检测其对SPAG6的干扰效果。结果表明,成功构建重组质粒ACEpIRES2-DsRed、ACE-pGL3-basic,并证明猪睾丸ACE启动子在ST细胞中具有较强的转录活性;各试验组均能对靶基因SPAG6 mRNA的表达产生抑制作用,以siRNA-3的作用最佳。siRNA-3转染48 h后,SPAG6蛋白表达量显著下降(P<0.001),成功筛选出SPAG6基因的最佳干扰序列;成功构建重组质粒ACE-shSPAG6-pcDNA3.1,转染ST细胞48h后SPAG6蛋白表达量较阴性对照组显著下调(P<0.001)。本研究成功构建了猪睾丸ACE启动子驱动的SPAG6 shRNA真核表达载体,并在ST细胞中验证了其具有较好的干扰效果。

表达PD-1 shRNA增强靶向CD19 CAR-T细胞对肿瘤细胞的杀伤能力

目的:设计和构建表达PD-1 shRNA的靶向CD19 CAR-T细胞并验证其体外肿瘤细胞杀伤能力。方法:设计并构建表达PD-1 shRNA的CD19 CAR分子基因,将其包装成逆转录病毒载体,通过qPCR法检测病毒载体拷贝数。将慢病毒转导人原代T细胞,获得三种CAR-T细胞,分别为RNAU6-CD19 CAR-T、PD-1 shRNA1-CD19 CAR-T、PD-1 shRNA2-CD19 CAR-T细胞。采用qPCR法检测三种CAR-T细胞中PD-1 mRNA的表达水平,流式细胞术检测三种CAR-T细胞中PD-1表达水平,萤光素酶报告基因实验、流式细胞术检测在不同效靶比时CAR-T细胞对CD19阳性靶细胞(人淋巴瘤daudi细胞)的杀伤功能。结果:RNAU6-CD19 CAR、PD-1 shRNA1-CD19 CAR、PD-1 shRNA2-CD19 CAR三种CAR分子成功包装成逆转录病毒载体,病毒载体拷贝数均高于1×10^(7)拷贝/mL,转导人原代T细胞获得CAR-T细胞,RNAU6-CD19 CAR-T、PD-1 shRNA1-CD19 CAR-T、PD-1 shRNA2-CD19 CAR-T细胞转导效率分别为43.1%、55.1%、41.7%。与RNAU6-CD19 CAR-T细胞相比,PD-1 shRNA1-CD19 CAR-T、PD-1 shRNA2-CD19 CAR-T细胞中PD-1 mRNA表达水平均显著降低(均P<0.01)、细胞表面PD-1表达水平更低(均P<0.01)、体外对daudi细胞的杀伤率更高(P<0.05或P<0.01)。结论:成功构建表达PD-1 shRNA的靶向CD19 CAR-T细胞,其对CD19阳性靶细胞的杀伤率显著提高,PD-1 mRNA及其翻译产物PD-1的表达减少,CAR-T细胞的耗竭减缓。

pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒的构建与鉴定

目的构建pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒靶向敲低ZNF703。方法根据人和鼠ZNF703基因序列中的外显子区在RNA干扰平台上(broadinstitute.org)设计shRNA的靶向序列,并根据pLKO.1中Age I和EcoR I酶切位点序列设计并合成ZNF703 shRNA的引物;对引物进行退火;将pLKO.1质粒进行酶切、胶回收;用T4酶进行连接、转化、涂板,对阳性克隆菌落PCR鉴定和测序鉴定;将构建好的质粒利用慢病毒包装并转染HCT-116细胞系,Q-PCR检测ZNF703的敲低效率。结果成功构建pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒,并且利用病毒包装体系构建ZNF703 shRNAHCT-116细胞系,RT-PCR结果显示设计并构建的pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒可用于有效敲低ZNF703。结论成功构建可用于有效敲低人或鼠源细胞系中ZNF703的pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒。

EIF4A3 shRNA慢病毒载体的构建及其稳定转染细胞系的建立

目的:构建真核细胞翻译起始因子4A3(EIF4A3)-短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体,建立Neuro-2a-EIF4A3-shRNA稳定转染细胞系。方法:通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库检索EIF4A3基因序列,设计并合成PCR鉴定引物,并将其连接至经EcoRⅠ和AgeⅠ酶切的慢病毒GV493载体,构建GV493-EIF4A3-shRNA慢病毒质粒,PCR筛选阳性克隆并测序鉴定。将GV493空载质粒和GV493-EIF4A3-shRNA重组质粒分别转染至HEK293T细胞中,分别为GV493对照慢病毒和GV493-EIF4A3-shRNA慢病毒,转染48 h后收集慢病毒进行包装并测定病毒滴度。将Neuro-2a细胞分为空白组、GV493对照组和GV493-EIF4A3 shRNA组,空白组不作处理,GV493对照组和GV493-EIF4A3 shRNA组分别采用相应慢病毒感染Neuro-2a细胞,慢病毒感染复数(MOI)为100,使用10 mg·L-1嘌呤霉素筛选成功感染慢病毒的Neuro-2a细胞,荧光显微镜观察各组Neuro-2a细胞的生长状态和绿色荧光表达情况;实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法和Western blotting法检测各组Neuro-2a细胞中EIF4A3 mRNA及蛋白表达水平。结果:PCR测序结果显示GV493-EIF4A3-shRNA重组质粒基因序列与设计合成的EIF4A3-shRNA序列一致,成功构建GV493-EIF4A3慢病毒载体。荧光显微镜观察可见HEK293T细胞荧光表达强烈,生长状态良好,慢病毒包装成功。GV493-对照慢病毒和GV493-EIF4A3-shRNA慢病毒的滴度均为2×10~8 TU·mL^(-1),GV493对照组和GV493-EIF4A3 shRNA组Neuro-2a细胞生长状态良好且表达绿色荧光,表明慢病毒感染稳定细胞系构建成功。RT-qPCR法,与空白组和GV493对照组比较,GV493-EIF4A3shRNA组Neuro-2a细胞EIF4A3mRNA表达水平明显降低(P<0.01)。Western blotting法,各组在相对分子质量49000处出现特异性条带,提示Neuro-2a细胞中EIF4A3蛋白表达成功;与空白组和GV493对照组比较,GV493-EIF4A3 shRNA组Neuro-2a细胞中EIF4A3蛋白表达水平明显降低(P<0.01)。结论:成功构建GV493-EIF4A3-shRNA慢病毒载体,建立了Neuro-2a-EIF4A3-shRNA稳定转染细胞系,为EIF4A3在颅内动脉粥样硬化的作用机制研究提供了参考。

LncRNA GATA3-AS1通过调控miR-362-3p/FABP5轴抑制宫颈癌细胞增殖、迁移及侵袭

目的:探究长链非编码RNA GATA3反义RNA 1(lncRNA GATA3-AS1)调控微小RNA-362-3p(miR-362-3p)表达对宫颈癌细胞恶性生物学行为的影响。方法:qRT-PCR检测宫颈癌细胞中lncRNA GATA3-AS1、miR-362-3p、FABP5表达;双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA GATA3-AS1和miR-362-3p的靶向关系、miR-362-3p和FABP5的靶向关系;将细胞分为pcDNA-NC组、pcDNA-GATA3-AS1组、si-NC组、si-GATA3-AS1组、si-GATA3-AS1+inhibitor-NC组、si-GATA3-AS1+miR-362-3p inhibitor组、miR-NC组、miR-362-3p mimics组、miR-362-3p mimics+pcDNA-NC组、miR-362-3p mimics+pcDNA FABP5组;Western blot检测蛋白表达;EdU法检测细胞增殖;Transwell检测细胞迁移侵袭。结果:在宫颈癌细胞系中,GATA3-AS1、FABP5均为高表达,miR-362-3p均为低表达,选择HeLa细胞进行后续实验;双荧光素酶报告基因实验表明,lncRNA GATA3-AS1和miR-802、miR-362-3p和FABP5具有靶向关系;与pcDNA-NC组比较,pcDNA-GATA3-AS1组Hela细胞EdU阳性率、迁移侵袭及MMP-2、MMP-9表达明显上升(P<0.05);与si-NC组比较,si-GATA3-AS1组HeLa细胞EdU阳性率、迁移侵袭及MMP-2、MMP-9表达明显下降(P<0.05);抑制miR-362-3p表达或过表达FABP5均可以明显逆转沉默GATA3-AS1或过表达miR-362-3p对于HeLa细胞增殖、迁移、侵袭的抑制作用。结论:沉默GATA3-AS1可以靶向上调miR-362-3p表达,抑制FABP5表达,抑制宫颈癌HeLa细胞增殖迁移及侵袭。

慢性乙型肝炎患者血清HBsAg与单个核细胞乙型肝炎病毒RNA水平对聚乙二醇干扰素治疗效果的预测价值

目的探讨慢性乙型肝炎患者外周血清HBsAg、乙型肝炎病毒(HBV)DNA与血清HBV RNA及单个核细胞(PBMC)HBV RNA的关系。方法50例慢性乙型肝炎患者,给予Peg-IFNα-2b 180μg皮下注射,每周一次,分别在初始治疗、24周和48周,检测患者血清HBV五项、肝功能、HBV DNA、HBV RNA及PBMC中HBV RNA的变化。结果患者三个时间段的生化指标ALT、AST、TBIL、AKP及GGT比较差异无统计学意义(P>0.05);免疫学标志物HBsAg、HBsAb、HBeAg、HBeAb差异有统计学意义(P<0.05);血清HBV DNA及HBV RNA与PBMC HBV RNA差异有显著统计学意义(P<0.001)。结论Peg-IFNα-2b抗病毒治疗各时间段,肝功能转氨酶无显著变化;治疗24周,血HBsAg、HBV DNA与HBV RNA及PBMC HBV RNA快速下降,有显著相关性;治疗48周,血清HBsAg、HBV DNA与HBV RNA及PBMC HBV RNA相关性减弱。因此,24周HBV RNA下降幅度优于48周,更能预测临床治愈。

LncRNA ZEB1-AS1和LncRNA SOX2OT在糖尿病肾病患者中的表达及与肾功能的相关性研究

目的探究长链非编码RNA锌指E盒结合同源盒蛋白1反义链1(LncRNA ZEB1-AS1)和长链非编码RNA性别决定相关基因簇2重叠转录本(LncRNA SOX2OT)在糖尿病肾病(DN)患者中的表达及与肾功能的相关性。方法选取于2021年11月—2023年12月在武汉大学人民医院肾内科收治的DN患者106例为DN组,并根据24 h尿蛋白定量(24 h Upro)水平分为正常蛋白尿亚组43例(<30 mg)、微量蛋白尿亚组39例(30~<300 mg)、大量蛋白尿亚组24例(≥300 mg),另选取同期医院单纯糖尿病患者106例作对照组,检测患者血清LncRNA ZEB1-AS1、LncRNA SOX2OT水平;Pearson法分析LncRNA ZEB1-AS1和LncRNA SOX2OT与肾功能指标的相关性;Logistic分析影响DN患者肾功能损伤的因素。结果DN组血清LncRNA ZEB1-AS1、LncRNA SOX2OT水平低于对照组(t=11.471、10.257,P均<0.001)。血清LncRNA ZEB1-AS1、LncRNA SOX2OT比较,正常尿蛋白亚组>微量尿蛋白亚组>大量尿蛋白亚组(F=58.720、117.722,P均<0.001),BUN、SCr、UA水平比较,正常尿蛋白亚组<微量尿蛋白亚组<大量尿蛋白亚组,差异均有统计学意义(F=122.493、595.589、53.178,P均<0.001);LncRNA ZEB1-AS1、LncRNA SOX2OT分别与BUN、SCr、UA呈负相关(r=-0.487、-0.498、-0.521,-0.527、-0.515、-0.534,P均<0.001);Logistic回归分析显示,糖尿病病程长及高BUN、SCr、UA水平是影响DN患者肾功能损伤的危险因素[OR(95%CI)=1.672(1.128~2.479)、2.839(1.534~5.253)、2.754(1.512~5.017)、2.693(1.464~4.954)],高LncRNA ZEB1-AS1、LncRNA SOX2OT是保护因素[OR(95%CI)=0.875(0.798~0.959)、0.898(0.832~0.969)]。结论血清LncRNA ZEB1-AS1、LncRNA SOX2OT水平与DN患者肾功能有关,可能是评估DN患者肾功能的潜在指标。

基于铜死亡相关lncRNAs的胰腺癌预后模型构建与验证

目的研究铜死亡相关lncRNAs在胰腺癌(PAAD)患者中的预后预测价值,并进一步构建预后预测模型。方法从TCGA数据库中下载胰腺癌患者的转录组测序数据和相应临床信息,通过Pearson相关性分析筛选与预后相关的铜死亡相关lncRNAs,先后利用单因素Cox回归和Lasso回归分析并进一步构建预后模型。根据模型的风险评分中位数,将所有患者分为高风险组和低风险组。通过Kaplan-Meier生存分析、亚组分析、ROC曲线分析及一致性指数分析评估模型的预后预测价值,并利用单因素和多因素回归分析验证模型的独立性。对高、低风险组的差异表达基因进行GO及KEGG功能富集分析,并对高、低风险组患者进行肿瘤突变负荷(TMB)分析、免疫治疗反应预测以及药物敏感性分析。结果通过Pearson相关性分析,确定了127个铜死亡相关的lncRNAs,先后利用单因素Cox回归分析及Lasso回归分析构建了一个基于6个铜死亡相关lncRNAs的预后预测模型。根据模型计算结果将PAAD患者队列分成高风险组和低风险组,Kaplan-Meier生存分析表明低风险组患者的生存时间要长于高风险组(P<0.05)。ROC曲线证明了该模型对胰腺癌患者预后的预测性能良好:1、3、5年ROC曲线下面积分别为0.687、0.753、0.771;基因功能富集分析表明,高、低风险组差异表达基因主要富集于免疫相关通路。此外,高风险组患者的TMB值明显大于低风险组,而TIDE评分明显低于低风险组。最后,通过药物敏感性分析发现不同组的胰腺癌患者对特定药物的敏感性存在统计学差异,对临床用药具有一定的指导意义。结论本研究基于铜死亡相关lncRNAs成功构建了一个PAAD患者预后模型,可精准预测PAAD患者的预后,并为患者的临床药物治疗选择提供个性化指导。

降低lncRNA-RMRP表达抑制人肺癌细胞系A549的增殖和侵袭

目的探讨抑制线粒体RNA加工核糖核酸内切酶RNA组分(RMRP)表达对人肺癌细胞系A549增殖和侵袭的影响;检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者全血和组织中RMRP表达,比较在不同临床指标表达差异性,以期为NSCLC机制研究提供参考资料。方法收集2016年3月至2021年3年在焦作市人民医院行手术治疗的NSCLC患者122例,同期,在体检中心选取健康者50名作为对照组。RT-qPCR检测全血和组织中RMRP mRNA水平。培养A549细胞分为si-RMRP组、siRNA-NC组和空白组(blank组)。RT-qPCR、CCK-8法和Transwell小室法分别检测细胞中RMRP表达、增殖活性和侵袭细胞数。结果NSCLC患者全血中RMRP相对表达量显著高于对照组(P<0.001);NSCLC组织中RMRP相对表达量高于癌旁组织(P<0.001);低分化、淋巴结转移和TNM分期Ⅲ的NSCLC患者全血和组织中RMRP相对表达量较高分化、未发生淋巴结转化和TNM分期Ⅰ~Ⅱ明显升高(P<0.05);Si-RMRP组细胞中RMRP相对表达量低于空白组(blank组)和siRNA-NC组(P<0.001);相比与blank组和siRNA-NC组,24、48、72和96 h时si-RMRP组细胞吸光度(A)值均降低(P<0.05);Si-RMRP组细胞侵袭数低于blank组和siRNA-NC组(P<0.001)。结论NSCLC患者全血和组织中RMRP相对表达量升高,下调A549细胞中RMRP基因表达可抑制细胞增殖,减少细胞侵袭。

长链非编码RNA在脑缺血再灌注损伤炎症反应中研究进展

脑缺血再灌注损伤(cerebral ischemia/reperfusion injury,CIRI)是指脑缺血后再恢复血流时导致神经功能缺损症状进一步加重的现象,严重影响患者的预后。近年来研究发现长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)与CIRI后的炎症反应密切相关。从CIRI的机制出发,对近年来发现的影响CIRI炎症反应中LncRNA的表达及其作用机制做一总结,旨在为CIRI的治疗提供新的治疗靶点和研究思路。

非编码RNA调控真社会性昆虫品级分化和个体分工的研究进展

真社会性昆虫是最具代表性的表型可塑性的研究对象之一,其个体之间分工协作的社会性生活方式增强了整个群体的环境适应性和繁殖力。真社会性昆虫虽然具有相同的遗传背景,个体之间却表现出明显的品级分化和个体分工,这是由环境和遗传共同影响的。表观遗传被认为是应对环境条件下重塑基因表达的主要机制,非编码RNA作为一类广泛参与机体生命活动的不编码蛋白的功能性RNA,在真社会性昆虫的品级分化、个体分工等方面起着重要的调控作用。本文从微小RNA、长链非编码RNA、环状RNA、与PIWI蛋白相作用的RNA等非编码RNA,对蜜蜂、蚂蚁及白蚁等真社会性昆虫的非编码RNA调控机制研究进展进行了综述,以加深对真社会性昆虫内在遗传分子基础的理解和认识,也为害虫防治领域提供新的研发视角。

小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA在非酒精性脂肪性肝病中的作用

小细胞外囊泡(small extracellular vesicles,sEVs)是由细胞分泌的一种细胞外囊泡,产生于多泡体,多泡体与质膜融合并释放到细胞外基质。由于小细胞外囊泡可以携带分子质量相对较小的核酸、蛋白质、脂质,能够执行细胞间物质传递、细胞间通讯等功能。因此,小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA不仅参与细胞正常生理过程,也可以在多种疾病的发生发展过程中起重要作用。本文综述了小细胞外囊泡在非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)中的作用,小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA不仅有望成为NAFLD诊断的标志物,同时也具有治疗NAFLD的潜在作用,或能为治疗NAFLD提供新思路。

结直肠癌组织LncRNA LINC00342和miR-203a-3p表达及与预后的关系

目的分析结直肠癌组织长链非编码RNA(LncRNA)LINC00342、微小RNA-203a-3p(miR-203a-3p)表达水平与患者术后5年内预后的关系。方法采集133例结直肠癌患者的结直肠癌组织及癌旁组织。荧光定量PCR法检测LncRNA LINC00342和miR-203a-3p表达;术后随访5年记录患者生存和死亡情况。比较不同情况下LncRNA LINC00342、miR-203a-3p表达及临床病理参数。分析结直肠癌组织中LncRNA LINC00342、miR-203a-3p表达的相关性、与预后的关系及对预后的预测价值。结果结直肠癌组织中LncRNA LINC00342表达水平高于癌旁组织,miR-203a-3p表达水平低于癌旁组织(P<0.05)。结直肠癌组织中LncRNA LINC00342与miR-203a-3p表达水平呈负相关(P<0.05)。LncRNA LINC00342高表达组、miR-203a-3p低表达组肿瘤低分化、TNMⅢ期、有淋巴结转移患者比例分别高于LncRNA LINC00342低表达组和miR-203a-3p高表达组(P<0.05)。LncRNA LINC00342高表达组、miR-203a-3p低表达组术后5年总生存率更低(P<0.05)。死亡组肿瘤低分化、TNMⅢ期、有淋巴结转移患者比例、LncRNA LINC00342表达水平高于存活组,miR-203a-3p表达水平低于存活组(P<0.05)。肿瘤低分化、TNMⅢ期、有淋巴结转移、LncRNA LINC00342高表达、miR-203a-3p低表达是影响患者术后5年内死亡的独立危险因素(P<0.05)。LncRNA LINC00342和miR-203a-3p联合对预后的预测价值高于单独预测。结论结直肠癌组织中LncRNA LINC00342呈高表达,miR-203a-3p呈低表达,二者联合检测有望成为预测术后生存的临床评估指标。

RNA结合蛋白ELAVL1的功能及其调控病毒复制的研究进展

胚胎致死异常视觉蛋白1(embryonic lethal abnormal vision like 1, ELAVL1),又被称为人类抗原R(human antigen R, HuR),是一种典型的RNA结合蛋白(RNA binding protein, RBP),通过与3′非翻译区(3′untranslated element, 3′UTR)的AU富含元件(AU-rich element, ARE)结合,在mRNA转录和翻译过程中发挥重要作用。ELAVL1的作用十分广泛,可调控肿瘤的发生发展、凋亡、迁移与侵袭,是许多癌症治疗的关键靶点,还能参与调节编码器官发育和组织稳态的蛋白质和mRNA的水平,也有许多研究表明,ELAVL1通过转录后调控和翻译后修饰来调节病毒复制。本文主要综述了ELAVL1的生物学特点、功能、调控机制及其在病毒复制过程中的调控作用,旨在为进一步研究ELAVL1与畜禽病毒复制之间互作的机制提供理论参考。

基于RNA测序和生物信息学分析鉴定椎旁肌退变中关键的铁死亡基因

目的探究椎旁肌退变(PMD)中的基因表达谱,并鉴定关键的铁死亡基因。方法选取正常和PMD患者各3例,分别取椎旁肌组织进行RNA测序,获得差异表达的基因。通过蛋白-蛋白相互作用(PPI)和基因功能富集分析,与铁死亡基因取交集,鉴定与铁死亡相关的关键中枢基因。通过受试者工作特征(ROC)曲线分析铁死亡基因对PMD疾病的诊断价值。结果在PMD中共鉴定出292个差异表达的基因,其中125个显著下调,167个显著上调。生物信息学分析发现14个差异表达的基因与铁死亡相关,其中铁死亡基因MUC1、ATF3、CDKN1A是关键的中枢基因,对诊断PMD具有良好的敏感度和特异度。功能富集分析发现它们可能通过调控细胞凋亡、铁死亡和骨骼肌组织发育、分化等介导PMD的发生与进展。结论铁死亡基因MUC1、ATF3、CDKN1A可作为诊断PMD的生物标志物,为解码PMD的病理机制及开发新的药物提供理论依据。

基于RNA-seq不明原因复发性流产绒毛组织mRNA基因差异性表达研究

目的:构建不明原因复发性流产(unexplained recurrent spontaneous abortion,URSA)孕妇绒毛组织的mRNA差异性表达谱并进行功能分析,为阐明URSA的发生发展机制提供依据。方法:收集2022年3月于新疆医科大学第一附属医院妇科门诊收治的4例URSA(试验组)和4例选择性终止妊娠孕妇(对照组)的绒毛组织样本。应用转录组测序技术(RNA-seq)筛选2组差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,进一步研究差异表达mRNA的功能,并筛选出URSA的关键基因。结果:RNA-seq分析共筛选出3350个DEGs,其中上调基因2259个,下调基因1091个。通过PPI网络分析,筛选出与URSA有关的前10个关键基因:TYROBP、CD74、GH1、GH2、STAT5A、HLA-DRA、STAT5B、HLA-DRB1、CISH和HLA-A。通过GO和KEGG生物学功能分析,发现差异性表达的mRNA参与到多种白细胞分化相关免疫反应通路和同种异体免疫应答等生物学过程。结论:利用RNA-seq获得的URSA的mRNA差异性表达谱,筛选出可能与URSA有关的关键基因及生物学通路,为进一步研究URSA的发病机制和诊疗靶点提供了理论依据。

shRNA SIRT3基因对乳腺癌细胞MCF-7侵袭能力的影响及机制研究

目的:探讨shRNA SIRT3基因对乳腺癌细胞MCF-7侵袭能力的影响及机制。方法:以人乳腺癌细胞系MCF-7细胞为实验对象。按照处理方法将乳腺癌MCF-7细胞分成3组,即空白对照组(不转染慢病毒的乳腺癌MCF-7细胞组)、阴性对照组(乳腺癌MCF-7细胞转染无序序列慢病毒载体)和shRNA干扰组(乳腺癌MCF-7细胞转染shRNA SIRT3序列慢病毒载体)。采用实时荧光定量PCR和Western blotting等方法检测SIRT3和凋亡相关因子caspase-3、caspase-9的表达水平;采用Transwell试剂盒检测细胞的侵袭能力。结果:shRNA干扰组SIRT3 mRNA相对表达量均明显低于阴性对照组和空白对照组(P<0.01),caspase-3 mRNA、caspase-9 mRNA相对表达量均明显高于阴性对照组和空白对照组(P<0.01)。Western-blotting检测结果显示,shRNA干扰组SIRT3蛋白相对表达量均明显低于阴性对照组和空白对照组,caspase-3、caspase-9蛋白相对表达量均明显高于阴性对照组和空白对照组(P<0.01)。Transwell实验结果显示,shRNA干扰组迁移细胞数均明显少于阴性对照组和空白对照组(P<0.01)。结论:shRNA-SIRT3的慢病毒干扰载体可促进人乳腺癌细胞的凋亡,抑制人乳腺癌细胞的侵袭。

多发性骨髓瘤患者血清lncRNA PITPNA-AS1、lncRNA NORAD水平及其与患者预后的关系

目的:分析多发性骨髓瘤(MM)患者血清长链非编码RNA(lncRNA)PITPNA反义RNA1(PITPNA-AS1)、lncRNA NORAD水平及其与患者预后的关系。方法:分别选择本院收治的96例MM患者和96例来本院健康查体的志愿者作为试验组和对照组,时间在2018年1月至2020年12月期间;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测两组血清中lncRNA PITPNA-AS1、lncRNA NORAD的相对表达量;采用Pearson相关分析分析血清lncRNA PITPNA-AS1与lncRNA NORAD水平的相关性;采用Kaplan-Meier生存分析分析血清lncRNA PITPNA-AS1、lncRNA NORAD水平与MM预后的关系;采用多元Cox回归分析MM患者预后的影响因素。结果:试验组血清lncRNA PITPNA-AS1、lncRNA NORAD水平显著高于对照组(P<0.05)。Ⅲ期MM患者血清lncRNA PITPNA-AS1、lncRNA NORAD水平显著高于Ⅰ期和Ⅱ期,Ⅱ期显著高于Ⅰ期(P<0.05)。MM患者血清lncRNA PITPNA-AS1与lncRNA NORAD水平呈正相关(r=0.636,P<0.05)。lncRNA PITPNA-AS1和lncRNA NORAD高表达患者3年总生存率均低于低表达患者(χ~2值分别为8.065、11.937,P值分别为0.005、0.001)。ISS分期较高、lncRNA PITPNA-AS1高水平、lncRNA NORAD高水平是MM患者预后的危险因素(P<0.05)。结论:MM患者血清lncRNA PITPNA-AS1、lncRNA NORAD水平异常升高,且与患者预后关系密切。

非编码RNA在颞下颌关节炎中的研究进展

颞下颌关节炎(temporomandibular joint osteoarthritis,TMJOA)是一种临床常见疾病,但发病机制尚不明确且缺乏有效的治疗手段,给患者带来很大困扰。因此,探究TMJOA的发病机制,寻找有效的治疗方法具有重要意义。近年来的研究表明,非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)参与调控TMJOA的发生、发展,在其诊断和治疗方面具有巨大潜力,因此有望成为新的诊断标志物和治疗靶标。本文将对ncRNA在TMJOA中的研究进展作一综述。