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LncRNA GATA3-AS1通过调控miR-362-3p/FABP5轴抑制宫颈癌细胞增殖、迁移及侵袭 被引量:1
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作者 罗健玮 黄泓轲 胡艳丽 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第6期1009-1016,共8页
目的:探究长链非编码RNA GATA3反义RNA 1(lncRNA GATA3-AS1)调控微小RNA-362-3p(miR-362-3p)表达对宫颈癌细胞恶性生物学行为的影响。方法:qRT-PCR检测宫颈癌细胞中lncRNA GATA3-AS1、miR-362-3p、FABP5表达;双荧光素酶报告基因实验验证... 目的:探究长链非编码RNA GATA3反义RNA 1(lncRNA GATA3-AS1)调控微小RNA-362-3p(miR-362-3p)表达对宫颈癌细胞恶性生物学行为的影响。方法:qRT-PCR检测宫颈癌细胞中lncRNA GATA3-AS1、miR-362-3p、FABP5表达;双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA GATA3-AS1和miR-362-3p的靶向关系、miR-362-3p和FABP5的靶向关系;将细胞分为pcDNA-NC组、pcDNA-GATA3-AS1组、si-NC组、si-GATA3-AS1组、si-GATA3-AS1+inhibitor-NC组、si-GATA3-AS1+miR-362-3p inhibitor组、miR-NC组、miR-362-3p mimics组、miR-362-3p mimics+pcDNA-NC组、miR-362-3p mimics+pcDNA FABP5组;Western blot检测蛋白表达;EdU法检测细胞增殖;Transwell检测细胞迁移侵袭。结果:在宫颈癌细胞系中,GATA3-AS1、FABP5均为高表达,miR-362-3p均为低表达,选择HeLa细胞进行后续实验;双荧光素酶报告基因实验表明,lncRNA GATA3-AS1和miR-802、miR-362-3p和FABP5具有靶向关系;与pcDNA-NC组比较,pcDNA-GATA3-AS1组Hela细胞EdU阳性率、迁移侵袭及MMP-2、MMP-9表达明显上升(P<0.05);与si-NC组比较,si-GATA3-AS1组HeLa细胞EdU阳性率、迁移侵袭及MMP-2、MMP-9表达明显下降(P<0.05);抑制miR-362-3p表达或过表达FABP5均可以明显逆转沉默GATA3-AS1或过表达miR-362-3p对于HeLa细胞增殖、迁移、侵袭的抑制作用。结论:沉默GATA3-AS1可以靶向上调miR-362-3p表达,抑制FABP5表达,抑制宫颈癌HeLa细胞增殖迁移及侵袭。 展开更多
关键词 长链非编码rna GATA3反义rna 1 微小rna-362-3p 宫颈癌 增殖 转移
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转运RNA衍生的小RNA研究概述
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作者 骆雅鑫 胡雪峰 《生物学教学》 北大核心 2024年第1期2-5,共4页
转运RNA(tRNA)衍生的小RNA(tsRNAs)是由成熟tRNA或前体tRNA在应激条件下经特定核酸酶切割后所产生的一类小非编码RNA,具有高保守性、组织特异性和疾病相关性等特点,可作为生物标志物及治疗靶点。本文从tsRNAs的发现、分类、生物学功能... 转运RNA(tRNA)衍生的小RNA(tsRNAs)是由成熟tRNA或前体tRNA在应激条件下经特定核酸酶切割后所产生的一类小非编码RNA,具有高保守性、组织特异性和疾病相关性等特点,可作为生物标志物及治疗靶点。本文从tsRNAs的发现、分类、生物学功能及其在疾病中的作用等方面对其研究现状进行综述,以期为表观遗传学相关内容的教学提供参考信息。 展开更多
关键词 非编码rna 转运rna 衍生片段 转运rna半分子
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tRNA衍生片段(tRFs)调节基因表达的机制及其在相关疾病中的研究进展
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作者 赵江华 蔡卫华 +1 位作者 陈琳 居林玲 《南通大学学报(医学版)》 2024年第1期63-67,共5页
转运RNA(transfer RNA,tRNA)衍生片段(tRNA-derived fragments,tRFs)是一类新的调节性非编码RNA,在应激诱导的疾病和癌症中具有独特的生物学功能。细胞必须合成新的蛋白质来维持其寿命,而tRNAs是蛋白质翻译过程的重要组成部分。成熟tRNA... 转运RNA(transfer RNA,tRNA)衍生片段(tRNA-derived fragments,tRFs)是一类新的调节性非编码RNA,在应激诱导的疾病和癌症中具有独特的生物学功能。细胞必须合成新的蛋白质来维持其寿命,而tRNAs是蛋白质翻译过程的重要组成部分。成熟tRNAs和前体tRNAs根据不同的酶切位点被裂解为两种类型:tRNA半体(tiRNAs,长度为28~36 nt)和tRFs(长度为14~30 nt)。前者包含2个亚类:5′-tiRNAs和3′-tiRNAs,后者分为5个亚类:tRF-1、tRF-2、tRF-3、tRF-5和i-tRF。tRFs通过与其他类型的RNA或蛋白质相互作用来调节基因的表达,并在多种疾病中异常表达,如在神经退行性病变、病毒感染等多种疾病中发挥重要作用,且在胃癌、肝癌等多种癌症中异常表达。本文就tRFs在人类疾病中的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 trna衍生片段 转运rna 疾病
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tRNA衍生片段(tRF)在肿瘤侵袭转移中的机制及研究进展
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作者 刘颖军 陈文慧 赵建夫 《分子诊断与治疗杂志》 2024年第2期199-202,211,共5页
转运RNA(tRNA)衍生片段(tRF)又被称为tRNA衍生的小RNA(tsRNAs),是一类新兴的调节性非编码RNA,是在特定条件下特异性切割前tRNA或成熟tRNA而形成的。目前已发现tRF在肿瘤等多种疾病发展进程中具有独特的生物学功能,包括具有miRNA样作用... 转运RNA(tRNA)衍生片段(tRF)又被称为tRNA衍生的小RNA(tsRNAs),是一类新兴的调节性非编码RNA,是在特定条件下特异性切割前tRNA或成熟tRNA而形成的。目前已发现tRF在肿瘤等多种疾病发展进程中具有独特的生物学功能,包括具有miRNA样作用及结合RNA结合蛋白(RBP)调节基因表达、蛋白质翻译、表观遗传学调控、调节细胞周期等。近年来多项研究表明tRF在乳腺癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、肺癌、前列腺癌、白血病等多种肿瘤中异常表达并参与其发展进程。本文总结了它们的分类、生物发生、作用机制以及在肿瘤侵袭和转移中的生物意义,为肿瘤的新型诊断标记和治疗靶点的发现提供新思路。 展开更多
关键词 转运rna(trna) trna衍生片段(tRF) 肿瘤 侵袭转移
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基于TCGA数据筛选乳腺癌预后相关的tsRNA标志物
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作者 傅雨琦 钟山亮 +2 位作者 胡缓缓 袁胜龙 黄新恩 《临床检验杂志》 CAS 2024年第3期212-219,共8页
目的筛选乳腺癌中差异表达的转运RNA衍生小RNA(tsRNA),构建与乳腺癌患者预后相关的预测模型。方法收集癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌患者的tsRNA表达谱以及临床相关数据,利用最小绝对值收敛和选择算子算法(LASSO)筛选出关键tsR... 目的筛选乳腺癌中差异表达的转运RNA衍生小RNA(tsRNA),构建与乳腺癌患者预后相关的预测模型。方法收集癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌患者的tsRNA表达谱以及临床相关数据,利用最小绝对值收敛和选择算子算法(LASSO)筛选出关键tsRNA,构建风险评分模型和列线图预测模型。结果从乳腺癌差异表达的106条tsRNA中识别了11条非零系数的tsRNA,据此构建了评估乳腺癌预后的风险评分模型和列线图预测模型,经测试集和校准曲线证实两模型均具有良好的预测能力。进一步预测上述11条tsRNA的靶基因,发现其富集了8条KEGG通路,包括多条与肿瘤的进展相关的通路;经相关性分析发现,NR2C2和ZNFX1与tRF-21-YBOZZ7ND的表达水平呈负相关。结论成功构建了风险评分模型和列线图预测模型,有望为乳腺癌的预后评估提供新的方法。 展开更多
关键词 乳腺癌 tsrna 预后 生存率
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tsRNA在急性心肌梗死早期诊断中的价值
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作者 刘雯 张志伟 +3 位作者 杨茜洋 朱小伟 杨向东 丁素玲 《中国临床医学》 2024年第3期402-410,共9页
目的 探讨转运RNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNA)在急性心肌梗死(AMI)早期诊断中的价值及其作为AMI诊断标志物的潜能。方法 将年龄及体质量匹配的雄性C57小鼠(8~10周龄)随机分为MI组及对照组(Sham组),每组4只。两... 目的 探讨转运RNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNA)在急性心肌梗死(AMI)早期诊断中的价值及其作为AMI诊断标志物的潜能。方法 将年龄及体质量匹配的雄性C57小鼠(8~10周龄)随机分为MI组及对照组(Sham组),每组4只。两组均于建模24 h后提取左室心肌组织RNA,经去修饰预处理,连接人工化接头后扩增,筛选包含15~40个核苷酸的小RNA扩增产物,构建文库并测序,将测序结果与GtRNAdb数据库成熟的t RNA和tRNA前体序列比对,获得在AMI前后心肌中差异表达的tsRNA谱。采用生物信息学分析同一密码子对应的tRNA在AMI前后剪切方式的改变。依据AMI前后tsRNA表达谱差异,获得在AMI后特异性高丰度表达的tsRNA,并在AMI小鼠心肌和血浆中验证,探讨tsRNA作为AMI诊断标志物的潜能。结果 tsRNA表达谱在组内有较好的重复性,组间差异较大。发生AMI后,Asn-GTT、Glu-TTC、Gly-ACC、Gly-GCC、His-GTG、Ile-AAT、Ile-GAT、Pro-TGG、Ser-AGA和Trp-CCA在心肌中剪切方式发生改变,生成有明显差异的tsRNA表达谱。与Sham组相比,MI组有268个tsRNA表达上调,1 228个tsRNA表达下调,且有64个特异性tsRNA。AMI建模第1天,小鼠tRF-Gly-CCC-2-31、tiRNA-Val-CAC-1-32、tiRNA-ValAAC-2-32、tiRNA-Glu-TTC-2-32和tiRNA-Lys-TTT-1-34在心肌中特异性表达,其中tiRNA-Val-AAC-2-32和tiRNA-LysTTT-1-34在AMI小鼠血浆中特异性高丰度表达,并随AMI持续时间动态变化。结论 tsRNA表达谱在AMI前后差异显著,其中在小鼠心肌和血浆中特异性表达的tiRNA-Val-AAC-2-32和tiRNA-Lys-TTT-1-34有AMI诊断潜能,可能在AMI修复过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 转运rna衍生小片段 急性心肌梗死 生物信息学 诊断标志物
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转运RNA衍生片段15:31对TGF-β_(1)诱导的小鼠肾小球系膜细胞增殖和炎症反应的影响
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作者 夏梓桓 单智杰 +1 位作者 乔云阳 张爱青 《山东医药》 CAS 2024年第20期30-34,共5页
目的 观察转运RNA衍生片段15:31-Arg-CCT-3-1(tRF-15:31)对转化生长因子β_(1)(TGF-β_(1))诱导的小鼠肾小球系膜细胞增殖和炎症反应的影响。方法 体外培养小鼠肾小球系膜细胞,将细胞分为tRF组、NC组、模型组和对照组。对照组使用正常... 目的 观察转运RNA衍生片段15:31-Arg-CCT-3-1(tRF-15:31)对转化生长因子β_(1)(TGF-β_(1))诱导的小鼠肾小球系膜细胞增殖和炎症反应的影响。方法 体外培养小鼠肾小球系膜细胞,将细胞分为tRF组、NC组、模型组和对照组。对照组使用正常糖培养基培养细胞。tRF组、NC组、模型组以含10 ng/mL TGF-β_(1)的培养基培养24 h诱导CKD细胞模型;tRF组、NC组分别转染tRF-15:31 mimic和阴性对照。各组干预24 h后,采用CCK-8试剂盒检测细胞增殖能力,采用Western blotting法检测各组细胞中的纤维化指标[纤维连接蛋白(FN)、Ⅰ型胶原蛋白(ColⅠ)、α平滑肌肌动蛋白(α-SMA)]和炎症指标[白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)]蛋白,采用逆转录定量PCR法检测FN、ColⅠ、α-SMA、IL-6、TNF-α mRNA,采用ELISA法检测各组细胞培养液上清中的IL-6、TNF-α。结果模型组增殖活力高于对照组,模型组FN、ColⅠ、α-SMA、IL-6、TNF-α蛋白及mRNA表达和培养液上清中IL-6、TNF-α水平高于对照组(P均<0.05);tRF组增殖活力低于NC组,tRF组FN、ColⅠ、α-SMA、IL-6、TNF-α蛋白及mRNA表达和培养液上清中IL-6、TNF-α水平低于NC组(P均<0.05)。结论 tRF-15:31可抑制TGF-β_(1)诱导的小鼠肾小球系膜细胞增殖,并减少炎症因子分泌。 展开更多
关键词 慢性肾脏病 肾小球系膜细胞 转运rna衍生片段 细胞增殖 炎症反应
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家族性糖尿病中线粒体tRNA^(Leu(UUR))基因突变的发生率及临床特点 被引量:3
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作者 张庆 曾瑞萍 +2 位作者 杜传书 修玲玲 程桦 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 1997年第S1期62-65,共4页
应用PCR-RFLP方法,对140例有家族史的糖尿病患者的线粒体tRNA1eu(UUR)基因nt3243A→G突变进行筛查,结果发现6例(4.3%)该突变基因阳性者。总结其主要临床特征为:①呈母系遗传,②起病早(<4... 应用PCR-RFLP方法,对140例有家族史的糖尿病患者的线粒体tRNA1eu(UUR)基因nt3243A→G突变进行筛查,结果发现6例(4.3%)该突变基因阳性者。总结其主要临床特征为:①呈母系遗传,②起病早(<40岁),③多消瘦(BMI<24mg/m2),④继发性口服降糖药失效需用胰岛素治疗,⑤多伴有神经性耳聋。本研究提示该突变在中国人家族性糖尿病群体中有较高的发生率;在临床上属于另一种糖尿病亚型。 展开更多
关键词 突变 线粒体/遗传学 rna.转移/遗传学 糖尿病/遗传学
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大肠杆菌tRNA^(Leu)的提取、纯化及性质研究 被引量:2
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作者 涂华民 孟建新 +3 位作者 杨燕生 李勇 刘文 王恩多 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 1998年第6期697-703,共7页
采用高表达大肠杆菌tRNALeu菌株提取、纯化了亮氨酸等受体转移核糖核酸tRNALeu1和tRNALeu2.利用稳态动力学手段研究了tRNALeu1及脱镁tRNALeu1在不同稀土离子作用下与纯化亮氨酰-tRNA合成... 采用高表达大肠杆菌tRNALeu菌株提取、纯化了亮氨酸等受体转移核糖核酸tRNALeu1和tRNALeu2.利用稳态动力学手段研究了tRNALeu1及脱镁tRNALeu1在不同稀土离子作用下与纯化亮氨酰-tRNA合成酶的氨酰化作用.tRNALeu1与亮氨酰-tRNA合成酶的结合及催化效率均受参与稀土离子的影响,表观Km值有较明显的变化.结果表明,亮氨酰-tRNA合成酶催化的tRNALeu1氨酰化反应所需Mg2+能够被稀土离子取代,但亲合性能不同. 展开更多
关键词 氨酰化反应 稀土离子 Trna aaRS 大肠杆菌
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Genome-wide interrogation of transfer RNA-derived small RNAs in a mouse model of traumatic brain injury 被引量:4
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作者 Xiao-Jian Xu Meng-Shi Yang +5 位作者 Bin Zhang Qian-Qian Ge Fei Niu Jin-Qian Dong Yuan Zhuang Bai-Yun Liu 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2022年第2期386-394,共9页
Transfer RNA(t RNA)-derived small RNAs(ts RNAs) are a recently established family of regulatory small non-coding RNAs that modulate diverse biological processes. Growing evidence indicates that ts RNAs are involved in... Transfer RNA(t RNA)-derived small RNAs(ts RNAs) are a recently established family of regulatory small non-coding RNAs that modulate diverse biological processes. Growing evidence indicates that ts RNAs are involved in neurological disorders and play a role in the pathogenesis of neurodegenerative disease. However, whether ts RNAs are involved in traumatic brain injury-induced secondary injury remains poorly understood. In this study, a mouse controlled cortical impact model of traumatic brain injury was established, and integrated ts RNA and messenger RNA(m RNA) transcriptome sequencing were used. The results revealed that 103 ts RNAs were differentially expressed in the mouse model of traumatic brain injury at 72 hours, of which 56 ts RNAs were upregulated and 47 ts RNAs were downregulated. Based on micro RNA-like seed matching and Pearson correlation analysis, 57 differentially expressed ts RNA-m RNA interaction pairs were identified, including 29 ts RNAs and 26 m RNAs. Moreover, Gene Ontology annotation of target genes revealed that the significantly enriched terms were primarily associated with inflammation and synaptic function. Collectively, our findings suggest that ts RNAs may be associated with traumatic brain injury-induced secondary brain injury, and are thus a potential therapeutic target for traumatic brain injury. The study was approved by the Beijing Neurosurgical Institute Animal Care and Use Committee(approval No. 20190411) on April 11, 2019. 展开更多
关键词 gene set enrichment analysis INFLAMMATION integrated analysis neurodegenerative disease next-generation sequencing secondary injury synaptic function transfer rna-derived small rnas transfer rnas traumatic brain injury
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低氧性大鼠肺动脉平滑肌细胞tsRNA的表达谱分析
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作者 韦雅芹 夏世金 +1 位作者 陈塑宇 邰先桃 《老年医学与保健》 CAS 2023年第1期128-131,144,共5页
目的观察低氧性大鼠肺动脉平滑肌细胞(rat pulmonary artery smooth muscle cells,RPASMCs)中1类新型非编码RNA-tRNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)表达情况。方法采用1%O2的低氧培养箱和常氧培养箱分别培养RPASMCs 24 h,通... 目的观察低氧性大鼠肺动脉平滑肌细胞(rat pulmonary artery smooth muscle cells,RPASMCs)中1类新型非编码RNA-tRNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNA,tsRNA)表达情况。方法采用1%O2的低氧培养箱和常氧培养箱分别培养RPASMCs 24 h,通过tsRNA高通量测序技术和生物信息学检测并分析RPASMCs中tsRNA的表达差异。结果tsRNA高通量测序检测到3806个tsRNA,其中具有明确类型的有504个(上调的tsRNA有195个,下调的tsRNA有309个),差异表达的上调和下调的tsRNA分别为116个和156个,在进一步剔除掉片段长度<16 nt的tsRNA之后,与常氧培养比较,低氧处理的RPASMCs表达显著上调的tsRNA有59个(P<0.01),表达显著下调的tsRNA有9个(P<0.01)。结论低氧刺激RPASMC后,tsRNA表达存在明显差异,可能影响PASMC增殖、凋亡和迁移等功能,可为深入阐明低氧性肺动脉高压的发生机制提供新方法和新思路。 展开更多
关键词 肺动脉平滑肌细胞 大鼠 trna衍生的小rna 转运rna 非编码rna 低氧性肺动脉高压
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稀土离子对大肠杆菌tRNA^(Leu)氨酰化反应的影响
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作者 涂华民 龚孟濂 +3 位作者 杨燕生 李勇 李彤 王恩多 《稀土》 EI CAS CSCD 北大核心 1998年第2期44-48,共5页
金属离子不但对tRNA分子结构起稳定性作用,且为氨酰化反应所必需。稀土离子可以取代tRNA分子中与结构功能有关的固有的镁离子,较低浓度的稀土离子和镁离子一样参与氨酰化反应,金属离子浓度提高时稀土对氨酰化反应的激活作用... 金属离子不但对tRNA分子结构起稳定性作用,且为氨酰化反应所必需。稀土离子可以取代tRNA分子中与结构功能有关的固有的镁离子,较低浓度的稀土离子和镁离子一样参与氨酰化反应,金属离子浓度提高时稀土对氨酰化反应的激活作用不如镁,对于脱镁tRNA分子稀土离子的这种作用更为明显。稀土离子对氨酰化反应的影响可归因于其与ATP及tRNA的强配位作用引起ATP稳定性及tRNA分子构象发生某种改变所致。 展开更多
关键词 稀土离子 Trna合成酶 转移核糖核酸 氨酰化
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The Earliest Discovery of the Role of Magnesium Ions on Stabilizing the Tertiary Structure of the Transfer RNA and Its Biological Significance —A Short Memoir 被引量:1
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作者 Wangyi Liu 《Advances in Biological Chemistry》 2016年第5期147-151,共5页
In early of 1960s, I was a graduate student studying on tRNA biochemistry. In the course of the research, the magnesium ions stabilized the tertiary structure of tRNA, resulting in its resistance to enzymatic degradat... In early of 1960s, I was a graduate student studying on tRNA biochemistry. In the course of the research, the magnesium ions stabilized the tertiary structure of tRNA, resulting in its resistance to enzymatic degradation was discovered independently. The experiment of deaminated (denatured) tRNA obtained from native tRNA was designed and conducted and further proved the validity of this finding. It was found that magnesium ions could stabilize the tertiary structure of the natrive tRNA but could not stabilize structure of the deaminated tRNA. In term of the methodology, this stabilization technique has been widely applied in sequencing analysis of RNA and has greatly promoted the progress in the study of primary structure of RNA. More importantly, the stabilization of the tertiary structure of RNA by magnesium ions plays a key role both in the processing of messenger RNAs and the ribozyme activity. After our first article in Chinese was published in 1963, a paper of Nishimura & Novelli came into our note. The received date of their paper was March 22 of 1963, only 4 days earlier than that of our first paper. Thus, we and Nishimura & Novelli made almost at the same time the earliest discovery of the role of magnesium ions on stabilizing the tertiary structure of the transfer RNA and thus resulted in resistance of tRNA degradation by enzymes. However, this discovery was not initially appreciated for a period of time but was finally “visualized” and proved by X-ray crystal structure of yeast phenylalanine tRNA, which has provided more accurate information on the geometry of the magnesium-binding sites in tRNA. 展开更多
关键词 Deaminated trna Earliest Discovery Enzymatic Degradation Magnesium Ion Tertiary Structure transfer rna
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tsRNA作为肿瘤诊断和预后标志物的研究进展 被引量:1
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作者 王书奎 顾心亮 《诊断学理论与实践》 2023年第5期413-420,共8页
转运RNA(transfer RNA,tRNA)可结合相应的氨基酸,并将其运送到核糖体上,促进蛋白质的翻译。tRNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNA)是tRNA被切割而产生的。tsRNA具有重要的生物学功能,可发挥调节基因表达和调控蛋白质... 转运RNA(transfer RNA,tRNA)可结合相应的氨基酸,并将其运送到核糖体上,促进蛋白质的翻译。tRNA衍生的小RNA(transfer RNA-derived small RNA,tsRNA)是tRNA被切割而产生的。tsRNA具有重要的生物学功能,可发挥调节基因表达和调控蛋白质翻译等作用。近年来,研究揭示了tsRNA在癌症中的双重调控作用,特别是其在癌症患者体液中的显著差异性,强调了tsRNA作为一种潜在的肿瘤诊断和预后评估生物标志物的重要性。结直肠癌相关tsRNA中,5′tiRNA-His-GTG上调可促进肿瘤的发生和发展;由血管生成素切割产生的5′-tiRNA-Val上调,促进肿瘤转移和生长;tRF-20-MEJB5Y13上调,可促进结直肠癌细胞迁移和侵袭。胃癌相关tsRNA中,tRF-19-3L7L73JD上调可促进恶性肿瘤的进展,而tRF-24-V29K9UV3IU、tRF-5026a和tRF-Val上调可抑制肿瘤的增殖及进展。临床应用方面,血浆5-tRF-GlyGCC表达升高,诊断结直肠癌的曲线下面积达0.882,血浆tRF-5026a下降,诊断结直肠癌曲线下面积为0.883。胃癌患者血清tRF-27-FDXXE6XRK45、tRF-29-R9J8909NF5JP和tRF-23-Q99P9P9NDD的表达显著升高,诊断胃癌曲线下面积分别为0.805、0.889和0.783;三阴性乳腺癌血清中tDR-000620下降,与淋巴结转移和疾病复发相关。胃癌患者的血浆外泌体中,tRF-38、tRF-25和tRF-18表达升高,这些指标可用于诊断胃癌,且可能是术后预测因子;肝癌患者血浆外泌体的tRNA-ValTAC-3、tRNA-GlyTCC-5、tRNA-ValAAC-5和tRNA-GluCTC-5的表达水平明显增加,可能是新兴的标志物。本文综述了tsRNA的生成、分类及生物学功能,重点阐述tsRNA作为肿瘤标志物的研究进展以及其在不同肿瘤中发挥的作用。 展开更多
关键词 转运rna衍生的小rna 诊断 预后 肿瘤标志物
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环状RNA hsa_circ_0003056在肝癌细胞系中的表达及功能
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作者 黄玲 丁艳 +3 位作者 郁金红 张永臣 方安宁 严家来 《临床检验杂志》 CAS 2023年第9期661-666,共6页
目的探讨环状RNA hsa_circ_0003056在肝癌细胞系中的表达及功能。方法分别采用过表达质粒和敲减质粒转染HepG2和sk-hep-1肝癌细胞系,CCK-8法检测细胞增殖能力,Transwell试验检测细胞迁移及侵袭细胞数,流式细胞仪检测细胞周期和凋亡水平... 目的探讨环状RNA hsa_circ_0003056在肝癌细胞系中的表达及功能。方法分别采用过表达质粒和敲减质粒转染HepG2和sk-hep-1肝癌细胞系,CCK-8法检测细胞增殖能力,Transwell试验检测细胞迁移及侵袭细胞数,流式细胞仪检测细胞周期和凋亡水平。结果与对照组相比,hsa_circ_0003056过表达组细胞增殖倍数显著升高,迁移及侵袭数明显增多,G 1期细胞比率及凋亡率明显降低;而敲减组细胞增殖倍数及侵袭数均显著降低,G 1期细胞比率及凋亡率显著升高。结论hsa_circ_0003056可促进肝癌细胞系的迁移和侵袭,同时可以加快细胞周期进程,促进细胞增殖,降低细胞凋亡。 展开更多
关键词 环状rna 磷脂酰肌醇转移蛋白β HEPG2 sk-hep-1 细胞功能
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转运RNA衍生片段在心血管疾病中的研究进展 被引量:1
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作者 崔楠 张俊哲 +2 位作者 马群 Muisha B MBIKYO 李昭 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第9期843-846,共4页
心血管疾病是影响人类健康、导致死亡的重要原因之一。转运RNA衍生片段(tRFs)在心血管疾病的发生、发展中起重要作用,包括参与心肌肥厚的代际遗传,调节血管平滑肌的增殖、迁移和表型转换等。但tRFs的很多作用机制仍不明确,需要大量的研... 心血管疾病是影响人类健康、导致死亡的重要原因之一。转运RNA衍生片段(tRFs)在心血管疾病的发生、发展中起重要作用,包括参与心肌肥厚的代际遗传,调节血管平滑肌的增殖、迁移和表型转换等。但tRFs的很多作用机制仍不明确,需要大量的研究验证。本文主要概述了tRFs的分类、生物学功能,并对tRFs在心肌肥厚、主动脉夹层、血管平滑肌细胞表型转换中的研究进展进行总结、分析。 展开更多
关键词 转运rna衍生片段 生物学功能 心血管疾病
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STAT1特异性siRNA真核表达载体的构建及体外转染优化 被引量:1
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作者 贾晓琴 熊瑛 +1 位作者 王宋平 李平 《泸州医学院学报》 2009年第2期116-121,共6页
目的:构建STAT1特异性siRNA真核表达载体,并转染人气道上皮细胞(16HBE)。方法:根据GeneBank数据库提供的STAT1基因两种变异体的共同核苷酸序列,按照Tuschl设计原则,选择设计双链siRNA,再转化为能表达其小发卡结构RNA(small hairpin RNA,... 目的:构建STAT1特异性siRNA真核表达载体,并转染人气道上皮细胞(16HBE)。方法:根据GeneBank数据库提供的STAT1基因两种变异体的共同核苷酸序列,按照Tuschl设计原则,选择设计双链siRNA,再转化为能表达其小发卡结构RNA(small hairpin RNA,shRNA)的DNA序列,并将其连接到带有卡那霉素抗性和增强绿色荧光蛋白的pGenesil-1.1真核表达载体上,将其转染至气道上皮(16HBE)细胞中,观察荧光表达,鉴定其转染效率。结果:通过酶切鉴定和序列测定,成功地构建了二条表达小干扰RNA的质粒及其阴性对照质粒,并成功转染到(16HBE)细胞株中,质粒/脂质体为1μg:2μl条件,能有效地转染细胞,转染效率达到50%以上。结论:成功构建siRNA真核表达载体并能成功体外转染,为下一步气道炎症性疾病的基因沉默研究奠定了良好的基础。 展开更多
关键词 STAT1基因 小干扰rna 小发卡结构rna 转染 rna干扰
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基于迁移学习和多视图特征融合提高RNA碱基相互作用预测
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作者 王晓飞 樊学强 李章维 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2023年第3期164-172,共9页
RNA碱基相互作用对维持其三维结构的稳定具有重要作用,准确地预测碱基相互作用可以辅助RNA三维结构的预测。然而,用于预测RNA碱基相互作用的数据量少,导致模型未能充分地学习到数据的特征分布,以及数据存在的特性(对称特性和类别不平衡)... RNA碱基相互作用对维持其三维结构的稳定具有重要作用,准确地预测碱基相互作用可以辅助RNA三维结构的预测。然而,用于预测RNA碱基相互作用的数据量少,导致模型未能充分地学习到数据的特征分布,以及数据存在的特性(对称特性和类别不平衡),都影响了模型的性能。针对模型不充分学习和数据特性问题,在深度学习的基础上,提出了一种高性能的RNA碱基相互作用预测方法tpRNA。tpRNA首次在RNA碱基相互作用预测任务中引入迁移学习以改善因数据量少而产生的模型不充分学习问题,并提出高效的损失函数和特征提取模块,充分发挥迁移学习和卷积神经网络在特征学习方面的优势,以缓解数据特性问题。结果表明,引入迁移学习能减小数据量少导致的模型偏差,提出的损失函数能优化模型的训练,特征提取模块能提取到更有效的特征。与最先进的方法相比,tpRNA在低质量输入特征的情形下具有显著的优势。 展开更多
关键词 rna碱基相互作用 迁移学习 数据特性 损失函数 卷积神经网络
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p53反义RNA对人肺癌细胞表型和顺铂敏感性的影响
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作者 汪惠 赖百塘 +4 位作者 李金照 杨学惠 张春彦 湛秀萍 王玥 《中国肺癌杂志》 CAS 2002年第1期1-5,共5页
目的 研究外源p53反义RNA对有p53基因 2 4 8密码点突变的人肺癌细胞系恶性表型和顺铂敏感性的影响。方法 构建p53反义RNA真核细胞表达载体PEGFP p53(AS) ,经酶切图证明反向联结质粒。Lipofectin介导转染有p53基因 2 4 8密码点突变的... 目的 研究外源p53反义RNA对有p53基因 2 4 8密码点突变的人肺癌细胞系恶性表型和顺铂敏感性的影响。方法 构建p53反义RNA真核细胞表达载体PEGFP p53(AS) ,经酶切图证明反向联结质粒。Lipofectin介导转染有p53基因 2 4 8密码点突变的人肺癌细胞系 80 1D ,经G41 8筛选获耐受克隆。稀释法建立单细胞克隆系 ,应用PCR检测外源基因 ,荧光显微镜检测细胞绿色荧光蛋白表达 ,p53单抗免疫组化染色检测p53突变蛋白表达 ,体外集落形成实验检测细胞生长 ,流式细胞仪检测细胞周期 ,MTT法检测细胞对顺铂药物敏感性。结果 酶切图证明了p53 cDNA反向联结于质粒 ,构建了PEGFP p53(AS) ,并建立了转染单细胞克隆系PEGFP p53(AS) 80 1D及空载细胞系PEGFP 80 1D。PCR检测外源p53基因和neo基因存在于转染细胞系 ,而荧光显微镜下发现其胞浆有绿荧光蛋白表达。免疫组化染色p53突变蛋白在 80 1D细胞系为阳性 ,而PEGFP p53(AS) 80 1D为阴性 ,证明外源反义p53在转染细胞稳定表达并封闭内源突变蛋白表达。与母系相比 ,PEG FP p53(AS) 80 1D集落形成抑制率为 61 % (P <0 .0 1 ) ,流式细胞仪检测该细胞系G1期细胞数明显增加 ,出现G1期阻滞的表现。MTT检测PEGFP p53(AS) 80 1D对顺铂比母系更为敏感。结论 有p53基因 2 4 8密码点? 展开更多
关键词 p53反义rna 肺癌 外源p53反义rna 转染细胞 表型 顺铂敏感性 p53基因248密码点突变 药物治疗 基因治疗
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tRNA影响肿瘤发生发展的研究进展 被引量:1
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作者 徐慧璇 陈文标 戴勇 《医学综述》 2020年第3期464-468,474,共6页
转运RNA(tRNA)是一类广泛存在于生物体内,在肽链合成中负责氨基酸转运的非编码小RNA分子。tRNA不仅是简单的翻译原件,还在胁迫信号转导和自适性翻译中发挥着核心作用。tRNA及其相关片段具有许多生物学功能,既可以在应激反应中作为信号分... 转运RNA(tRNA)是一类广泛存在于生物体内,在肽链合成中负责氨基酸转运的非编码小RNA分子。tRNA不仅是简单的翻译原件,还在胁迫信号转导和自适性翻译中发挥着核心作用。tRNA及其相关片段具有许多生物学功能,既可以在应激反应中作为信号分子,又可以作为基因表达的调节者,与人类疾病密切相关,特别是在肿瘤发生、发展中发挥着重要的调控作用。tRNA为肿瘤的诊断和治疗提供了新思路,有望成为疾病诊断的新型标志物。 展开更多
关键词 肿瘤 转运rna 转运rna衍生物 转运rna半分子
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