基于公共数据库筛选淋巴特异性解旋酶过表达肺腺癌细胞的差异微小RNA及其关键基因对预后的影响

目的 分析淋巴特异性解旋酶(LSH)在肺腺癌PC9细胞过表达后微小RNA(miRNA)的表达差异,并预测其潜在调控基因。方法 采用高通量测序技术检测LSH过表达的PC9细胞系中的总miRNA,并筛选核质比有差异的候选miRNA,采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)对候选miRNA的核质比进行验证,应用生物信息学方法对调控基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及基因本位(GO)功能富集分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络对miRNA核靶点进行筛选,利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究候选靶基因对肺腺癌患者预后的影响。结果 通过对LSH过表达PC9细胞进行测序及基因差异分析,共筛选出5个核质比差异的miRNA:hsa-miRNA-30e-5p、hsa-miRNA-378i、hsa-miRNA-378f、hsa-miRNA-423-5p、hsa-miRNA-4284,其中核内miRNA-4284增加最为显著。经KEGG与GO富集分析发现这些miRNA可能通过结合靶基因参与了RAS信号通路的调控。通过PPI网络及肺癌预后预测发现,差异miRNA可下调CXC趋化因子受体4(CXCR4)表达,增加肺腺癌患者的死亡风险。结论 LSH过表达的肺腺癌PC9细胞核和细胞质中出现多个显著差异表达的miRNA,以核内miRNA-4248变化最为明显,生物信息学分析发现差异miRNA可能通过下调CXCR4的表达增加肺腺癌患者的死亡风险。

Ku70作为RNA解旋酶调节miR-124的加工成熟及神经细胞的分化

目的Ku70蛋白主要通过其DNA结合特性参与双链DNA断裂(DSB)的非同源端连接(NHEJ)修复,有报道称其具有RNA结合功能,本文探索Ku70是否具有RNA解旋酶活性并影响miRNA加工成熟。方法利用RNA免疫共沉淀(RIP)测序结合生物信息学分析Ku蛋白结合的RNA;蛋白质印迹法(Western blot,WB)结合定量反转录PCR(qRTPCR)检测Ku蛋白与miRNAs的表达关系;生物膜干涉技术(BLI)实验分析Ku蛋白与RNA的结合能力;电泳迁移率变动分析(EMSA)实验确定Ku70及Ku80的RNA解旋酶活性;形态学检测结合WB分析Ku70调节miR-124引起的神经细胞功能变化;免疫荧光结合形态学分析寨卡病毒(ZIKV)感染后Ku70及miR-124的变化与神经元分化关联。结果研究发现,Ku70蛋白具有RNA解旋酶活性,并通过其RNA解旋酶活性影响miRNA加工成熟。Ku70缺失引起许多miRNAs上调,其中包括神经细胞特异的miR-124。在人神经前体细胞(h NPCs)和人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)中敲低Ku70可促进miR-124的成熟,从而导致上述细胞向神经元分化。本文进一步发现,ZIKV感染影响了Ku70及miR-124的表达,导致细胞形态的分化。结论本研究揭示了Ku70的一种新功能,即Ku70有可能参与miRNA的成熟调控和神经细胞的分化,并且可能是ZIKV病毒致小头症的原因之一。

RNA解旋酶DEAD-box蛋白家族与肿瘤的相关性研究

RNA解旋酶DEAD-box蛋白家族是RNA解旋酶中最大的家族,是基因表达的重要调控因子,在RNA代谢的多个方面发挥作用。RNA解旋酶DEAD-box蛋白家族既在RNA代谢中具有重要作用,又与人类细胞中基因组的不稳定性直接相关。而基因组的不稳定性是癌症克隆进化的驱动因素,能够促进癌症的发生发展。该文对RNA解旋酶DEAD-box蛋白家族与肿瘤发生发展的相关性做一综述。

HBV pgRNA联合cccDNA对慢性乙型肝炎患者抗病毒疗效的预测价值

目的探究乙型肝炎(HBV)前基因组RNA(pgRNA)联合共价闭合环状DNA(cccDNA)对慢性乙型肝炎(CHB)患者抗病毒疗效的预测价值。方法收集2019年8月至2022年8月期间于本院进行抗病毒治疗的96例CHB患者的临床资料,根据患者治疗48周后是否获得完全应答分为完全应答组(78例)及非完全应答组(15例)。检测患者不同时间HBV cccDNA和HBV pgRNA水平,Logistic回归分析影响CHB患者获得完全应答的因素,并应用受试者工作特征(ROC)曲线分析pgRNA与cccDNA联合检测在抗病毒疗效的预测价值。结果96例患者中78例抗病毒治疗后获得非完全应答;完全应答组治疗24、48周HBV pgRNA、HBV cccDNA水平均低于非完全应答组(P<0.05);Logistic回归分析显示,治疗24周HBV pgRNA、HBV cccDNA高水平及治疗前ALT低水平是影响CHB患者抗病毒治疗无效的独立危险因素(P<0.05);经ROC分析显示,HBV pgRNA预测CHB患者抗病毒疗效的AUC值为0.618,95%CI为0.513~0.716,HBV cccDNA预测的AUC值为0.667,95%CI为0.561~0.760,二者联合预测的AUC值为0.881,95%CI为0.799~0.938。结论HBV pgRNA与cccDNA在CHB患者抗病毒治疗中下调,且治疗24周HBV pgRNA联合cccDNA检测对CHB抗病毒疗效具有更高的预测价值。

RNA甲基化修饰调控DNA损伤修复过程及其在肿瘤耐药中的作用

DNA损伤修复是指纠正DNA两条单链间错配的碱基、清除DNA链上受损的碱基、恢复DNA正常结构的过程。细胞内存在多种机制来应对不同类型的DNA损伤,同源重组修复便是重要的修复机制之一。在同源重组修复过程中,RNA的合成发挥着重要作用,而RNA甲基化修饰作为一个普遍存在于真核细胞中的调控机制,也参与了这一复杂的修复过程。肿瘤发生过程中普遍存在RNA甲基化修饰失调导致的DNA损伤累积,从而引起肿瘤的恶性转化。此外,RNA甲基化修饰还可以影响放化疗后细胞对DNA损伤的修复能力,使肿瘤细胞的放化疗敏感性发生改变,进而影响治疗效果。本文综述了目前已知的不同类型RNA甲基化修饰在DNA损伤修复过程中的作用,并进一步分析RNA甲基化修饰介导的DNA损伤修复异常在肿瘤临床诊断、预后判断和作为治疗靶点等方面的应用前景。

HBeAg阳性及阴性乙肝患者血清HBV RNA与HBV DNA和转氨酶水平变化的相关性分析

目的 探讨乙型肝炎(简称乙肝)E抗原(HBeAg)阳性乙肝患者血清与HBeAg阴性乙肝患者血清乙肝病毒(HBV) RNA、HBV DNA及转氨酶水平的相关性分析及其在乙肝诊断中的临床意义。方法 选取2022年11月至2023年4月该院门诊及住院部乙肝患者共108例,按照HBeAg状态分为HBeAg阳性组(25例)和HBeAg阴性组(83例),分析两组患者HBV RNA、HBV DNA、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)检测结果,用SPSS26.0软件对数据进行处理,对HBV RNA、HBV DNA及ALT、AST进行相关性分析。结果 HBeAg阳性组HBV RNA、HBV DNA、ALT、AST表达水平明显高于HBeAg阴性组(P<0.05)。相关性分析发现,HBV RNA表达与HBV DNA表达水平呈正相关(P<0.05),与ALT和AST无相关性(P>0.05)。结论 HBeAg阳性乙肝患者与HBeAg阴性乙肝患者的HBV RNA、HBV DNA和转氨酶表达水平存在明显差异,HBV RNA可作为常规检测项目在临床中推广。

LncRNA NORAD通过miR-513b-5p/GREM1轴调节颅内动脉瘤血管平滑肌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的作用机制

目的:探讨长链非编码RNA DNA损伤诱导的非编码RNA(LncRNA NORAD)通过miR-513b-5p/GREM1轴调节颅内动脉瘤血管平滑肌细胞(VSMC)增殖、迁移、侵袭和凋亡的机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)法检测人颅内动脉瘤组织和正常组织中LncRNA NORAD、miR-513b-5p及GREM1表达。体外分离培养人VSMC,随机分为对照组、LncRNA NORAD siRNA组、miR-513b-5p mimics组、共转染(LncRNA NORAD siRNA+miR-513b-5p inhibitor)组、共转染阴性对照(LncRNA NORAD siRNA阴性对照+miR-513b-5p inhibitor阴性对照)组,分组转染后,采用实时荧光定量PCR法检测各组细胞LncRNA NORAD、miR-513b-5p及GREM1 mRNA表达;采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和免疫荧光染色检测各组细胞增殖情况;采用Hoechst 33342染色和免疫荧光染色检测各组细胞凋亡情况;采用细胞划痕实验和Transwell实验检测各组细胞迁移、侵袭情况;采用免疫印记实验检测各组细胞上皮间充质转化(EMT)标志蛋白神经钙黏素(N-cadherin)、E-钙黏素(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)表达;采用双荧光素酶报告实验分析VSMC中LncRNA NORAD对miR-513b-5p、miR-513b-5p对GREM1的靶向调控。结果:与正常组织比较,颅内动脉瘤组织LncRNA NORAD、GREM1 mRNA表达明显升高(P<0.05),miR-513b-5p表达明显降低(P<0.05)。与对照组比较,LncRNA NORAD siRNA组、miR-513b-5p mimics组细胞GREM1 mRNA表达、增殖率、Ki67阳性率、迁移率、侵袭数及N-cadherin、Vimentin蛋白表达降低(P<0.05),miR-513b-5p表达、凋亡率及Bax/Bcl-2、E-cadherin蛋白表达升高(P<0.05);共转染阴性对照组各指标差异无统计学意义(P>0.05)。与LncRNA NORAD siRNA组比较,共转染组细胞GREM1 mRNA表达、增殖率、Ki67阳性率、迁移率、侵袭数及N-cadherin、Vimentin蛋白表达升高(P<0.05),miR-513b-5p表达、凋亡率及Bax/Bcl-2、E-cadherin蛋白表达降低(P<0.05)。结论:敲低LncRNA NORAD可通过上调miR-513b-5p表达而降低GREM1表达,从而抑制VSMC增殖与侵袭迁移,并促使其凋亡。

子宫内膜癌组织中dMMR蛋白和miRNA Let-7表达水平及临床价值的研究

目的探讨子宫内膜癌(endometrial carcinoma,EC)中微小RNA Let-7(miRNA Let-7)表达水平与DNA错配修复(DNA mismatch repair,dMMR)蛋白表达缺失的关系及意义。方法选取2016年5月~2022年12月在江苏省连云港市妇幼保健院行根治性手术切除的子宫内膜癌患者74例,分别用免疫组织化学法检测dMMR蛋白(包括MLH1,PMS2,MSH2,MSH6)的表达、实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测miRNA Let-7的相对表达量,按照dMMR蛋白表达情况,将EC患者分为表达完整组(n=43)和表达缺失组(n=31),采用Logistic多因素回归分析与dMMR蛋白缺失相关的危险因素、绘制受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估相关因素的预测价值。结果74例EC病例中,miRNA Let-7的表达水平在肌层浸润<1/2组显著高于肌层浸润≥1/2组,差异具有统计学意义(t=1.79,P=0.04);dMMR蛋白表达的缺失率为41.89%,且年龄<55岁组和miRNA Let-7低表达组(<0.715)患者中的dMMR蛋白缺失率高于≥55岁组和miRNA Let-7高表达组(≥0.715),差异具有统计学意义(χ2=3.92,4.50,均P<0.05);Logistic多因素回归分析结果显示miRNA Let-7表达水平是发生dMMR表达缺失的独立危险因素(P=0.012);Spearman相关分析表明,miRNA Let-7的表达水平与dMMR蛋白缺失呈明显负相关(r=-0.247,P=0.034);ROC曲线分析结果显示,miRNA Let-7表达水平对于预测EC患者中发生dMMR蛋白的缺失具有一定的价值,其AUC为0.737,最佳临界值为0.77,敏感度和特异度分别为0.651,0.806。结论子宫内膜癌患者中miRNA Let-7的表达水平与dMMR蛋白缺失具有相关性,也是发生dMMR蛋白缺失的危险因素,有望为预测dMMR的表达缺失提供帮助。

DNA损伤激活的长链非编码RNA促进多发性骨髓瘤细胞增殖及耐药研究

目的:探讨DNA损伤激活的长链非编码RNA(NORAD)对多发性骨髓瘤(MM)细胞增殖及对硼替佐米(BTZ)化疗耐药性的影响。方法:应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测健康人和骨髓瘤患者、不同MM细胞系中NORAD表达差异,并分析其与MM患者生存率关系;运用慢病毒转染技术,干扰细胞系中NORAD的表达,检测其表达差异;定量PCR(qPCR)检测骨髓瘤细胞系中人类非编码RNA-144a-3p(hsa-miR-144a-3p)的表达;采用双荧光酶素报告验证NORAD和hsa-miR-144a-3p的结合;通过RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)实验进一步验证LncRNA和miRNA的结合;细胞计数试剂8(CCK8)法检测各细胞处理后细胞活性。细胞克隆试验检测细胞增殖能力。结果:MM患者细胞系中NORAD常高表达,提示预后差,生存期短;敲除NORAD基因后,MM耐药细胞系对BTZ药物敏感性增加。MM患者hsa-miR-144a-3p高表达,在骨髓瘤细胞系中加用miR-144a-3p类似物时细胞增殖能力下降;NORAD低表达可显著抑制细胞增殖,细胞对药物敏感性增强。细胞克隆形成实验也证实NORAD低表达可抑制癌细胞增殖。结论:NORAD高表达可增强MM对BTZ化疗耐药性,NORAD可直接与hsa-miR-144a-3p结合,上调其在MM细胞中的表达,进一步调控癌细胞增殖,同时调控患者对BTZ药物敏感性。

原发性肝癌组织中RNA解旋酶DDX21表达与预后的相关性分析

目的:探讨RNA解旋酶DDX21在原发性肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达情况,分析其与肝癌患者的临床预后关系和意义。方法:我们通过免疫组织化学方法检测86例行根治性切除术的肝细胞肝癌患者癌和癌旁组织中的RNA解旋酶DDX21表达水平。统计分析RNA解旋酶DDX21的表达与临床病理参数的关系,运用癌症相关生存分析工具Kaplan-Meier,分析观察RNA解旋酶DDX21的表达水平与患者预后生存期的关系,建立Cox回归模型,寻找影响肝细胞肝癌患者预后的独立因素。结果:癌旁组织胞浆中RNA解旋酶DDX21表达高于癌组织中的表达(P<0.05);癌旁组织胞浆中RNA解旋酶DDX21高表达患者预后良好和无病生存率显著高于RNA解旋酶DDX21低表达患者,肿瘤大小和RNA解旋酶DDX21蛋白表达水平均与肝细胞肝癌预后密切相关(P<0.05);Cox回归分析显示,肿瘤大小和RNA解旋酶DDX21蛋白表达水平均与肝细胞肝癌预后良好显著相关(P<0.05)。结论:RNA解旋酶DDX21有望成为影响肝细胞肝癌患者预后的生物标志物。

RNA解旋酶DDX5在病理生理作用中的研究进展

RNA解旋酶DDX5(DEAD-box helicase 5)是具有多种生物学功能的核蛋白,对多种转录因子有激活作用,且在mRNA、rRNA、miRNA加工,核糖体合成,细胞增殖及分化,细胞骨架重塑,细胞凋亡中发挥十分重要的作用。在血管疾病中,DDX5可以引起动脉粥样硬化的加剧及抑制血管重构。研究表明DDX5与多种肿瘤的发生、调控的解除及关键致癌因子基因的表达有关。此外DDX5还参与神经系统疾病、肾病及肥胖症等疾病的发生与发展。深入探讨DDX5的结构特点,生物学功能与病理生理作用能够为众多临床相关疾病提供治疗参考。

HBV RNA和HBV DNA在慢性乙型肝炎及乙型肝炎病毒相关肝细胞癌中的表达研究

目的探讨乙型肝炎病毒(HBV)RNA和HBV DNA在慢性乙型肝炎(CHB)及乙型肝炎病毒相关肝细胞癌(HBV-HCC)中的表达。方法以2021年6月至2023年6月在西安交通大学第一附属医院消化内科或感染科就诊的82例CHB患者和61例HBV-HCC患者为研究对象。检测两组的HBV DNA、HBV RNA、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、门冬氨酸氨基转移酶(AST)、碱性磷酸酶(ALP)及γ-谷氨酰转移酶(GGT)及乙型肝炎表面抗原(HBsAg)。比较两组的实验室指标,分析两组的HBV DNA与HBV RNA检出情况及相关性,分析HBV DNA与HBV RNA对HBV-HCC的诊断效能。结果CHB组的HBV DNA、HBV RNA载量及HbsAg阳性率高于HBV-HCC组(P<0.05);CHB组的ALT、AST、ALP及GGT水平低于HBV-HCC组(P<0.05)。两组的HBV RNA阳性率均略高于HBV DNA;对阳性数据做散点图结果显示,CHB组的HBV RNA载量高于HBV DNA(P<0.05);对HBV DNA和HBV RNA阳性数据行相关性分析结果显示,两组患者的HBV DNA与HBV RNA均呈正相关(P<0.05)。受试者工作特征(ROC)曲线结果显示,HBV RNA诊断HBV-HCC的曲线下面积(AUC)高于HBV DNA。结论HBV RNA在CHB进展为HBV-HCC的过程中具有比HBV DNA更优的临床监测价值。

基于AS1411适配体的DNA-RNA杂交载体的抗肿瘤研究

目的研究连接适配体的DNA-RNA分子作为杂交载体靶向肿瘤细胞并导入功能性RNA分子进入细胞的有效性,以及对肿瘤细胞的影响。方法设计合成短的互补DNA、RNA分子,组装成DNA-RNA杂合链;连接AS1411适配体为靶向分子,再分别连接p21 saRNA和TIGIT siRNA作为药物分子,记为P21 saRNA和TIGIT siRNA,构成杂交载体,通用结构式为AS1411-DNA/RNA-sxRNA;检测AS1411-DNA/RNA-sxRNA能否靶向结合并进入肿瘤细胞及其对瘤细胞生存、迁移、侵袭和凋亡的影响。结果将设计的杂交载体各部分等摩尔加入杂交缓冲体系并于特定温度条件下孵育,TBM聚丙烯酰胺凝胶电泳检测到AS1411-DNA/RNA-sxRNA成功组装;AS1411-DNA/RNA-sxRNA杂交载体在10%血清条件下也显示出良好的抗降解稳定性;荧光显微镜和激光共聚焦显微镜下观察,SKOV3细胞表面及胞内存在绿色大量荧光信号,杂交载体成功进入肿瘤细胞。杂交载体孵育后:在mRNA水平上,p21基因表达(2.14±0.25)是对照组(1.02±0.10)2倍以上,P<0.05;TIGIT基因表达(0.63±0.09)低于对照组(1.09±0.15),P<0.05;在蛋白质水平上,p21基因表达(1.57±0.16)是对照组(1.10±0.09)1.5倍以上,P<0.05;TIGIT基因表达(0.61±0.12)低于对照组(1.01±0.07),P<0.05。CCK-8实验显示,P21saRNA(3.10±0.13)和TIGIT siRNA(2.91±0.13)杂交载体孵育组与空白对照组(3.67±0.15)相比,卵巢癌细胞增殖能力显著下降(P<0.05);划痕实验结果显示,P21 saRNA孵育组愈合率(42.53±2.90)%、TIGIT siRNA孵育组愈合率(36.23±3.43)%,明显低于空白对照组(76.47±3.64)%,P<0.05;Transwell检测迁移能力发现:P21 saRNA孵育组(128.25±5.36)、TIGITsiRNA孵育组(119.50±8.79)低于对照组(186.5±8.56);侵袭能力:P21saRNA孵育组(145.5±9.45)、TIGITsiRNA孵育组(112.25±5.63)也显著低于对照组(202.50±10.12),P<0.05;细胞凋亡率:P21saRNA孵育组(11.74%±2.47%)、TIGIT siRNA孵育组(17.12%±2.04%)明显高于对照组(5.66%±1.44%),P<0.05。结论所制备的AS1411-DNA/RNA-sxRNA杂交载体能够有效靶向肿瘤细胞,携带功能性小RNA靶向导入肿瘤细胞并调控目的基因表达,使肿瘤细胞的增殖、侵袭和迁移能力受到抑制;该结果为利用DNA-RNA偶联AS1411适配体作为靶向工具的杂交载体,靶向杀伤表面表达NCL蛋白的肿瘤细胞提供了实验基础。

寄生原虫DNA解旋酶家族研究进展

寄生原虫是一类单细胞真核生物,是人和动物疾病的重要病原之一,给人类健康和畜牧业发展造成了严重的危害。DNA解旋酶是一类参与几乎所有生物DNA代谢的重要解旋酶,目前原虫DNA解旋酶的研究主要集中在恶性疟原虫,且被报道的DNA解旋酶多为人类或酵母的同源物,其保守基序与人类、酵母等都存在差异,是研究抗原虫药物的重要潜在靶标。笔者主要综述了经典解旋酶的保守结构域及其功能特点,介绍了各个解旋酶的极性与偏好底物等生化特性,汇总了已报道原虫DNA解旋酶的种类。目前报道的DNA解旋酶大多集中在恶性疟原虫,其中疟原虫含18种,利士曼原虫含3种,布氏锥虫和兔脑原虫均含2种,弓形虫含1种。同时介绍了目前原虫中较为引人关注DNA解旋酶:RecQ家族、DEAD-box家族、UvrD解旋酶家族和RuvB家族的功能研究进展,其中DEAD-box家族中有3种疟原虫特异性解旋酶PfPSH1/H2/H3并未在宿主人类中发现相似物,另一种解旋酶UvrD则与人类、小鼠、秀丽隐杆线虫等无同源性,而与细菌、真菌等同源性较高。笔者对原虫DNA解旋酶的基本特性和功能进行综述,阐述了目前原虫DNA解旋酶的研究进展及其作为药物靶标的可能性,以期为抗原虫药物靶标筛选及原虫病的防控提供新的研究思路。

DNA病毒和RNA病毒对宿主细胞糖酵解的调控机制研究进展

病毒需要利用宿主细胞为其复制提供原料。人巨细胞病毒(Human cytomegalovirus,HCMV)、单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus,HSV)、卡波济肉瘤相关疱疹病毒(Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus,KSHV)、EB病毒(Epstein-barr virus,EBV)和腺病毒(Adenovirus,AdV)等DNA病毒和丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)、登革病毒(Dengue virus,DENV)、人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)和甲型流感病毒(Influenza A virus,IAV)等RNA病毒均可通过诱导宿主细胞糖酵解,为病毒复制和组装提供能量。DNA病毒HCMV可通过促进钙调蛋白依赖性蛋白激酶激酶表达、抑制葡萄糖转运蛋白1(Glucose transporter 1,GLUT 1)表达,诱导宿主细胞糖酵解,参与早期病毒复制;HSV可能通过激活糖酵解途径限速酶,诱导宿主细胞糖酵解,促进病毒核苷酸的合成;KSHV及EBV在潜伏感染宿主细胞时,促进宿主细胞GLUT1表达上调,诱导宿主细胞糖酵解,维持宿主细胞的存活;AdV可通过E4ORF1基因产物、激活宿主细胞MYC表达,促进宿主细胞糖酵解,参与病毒复制。HCV、DENV2及HIV等RNA病毒可提高糖酵解相关酶表达,促进GLUT1、HK2及HK1蛋白表达,诱导宿主细胞糖酵解,为病毒复制提供能量和原料。

乙型肝炎病毒DNA、丙型肝炎病毒RNA在原发性肝癌患者中的表达及临床意义

目的 探讨乙型肝炎病毒(HBV)DNA、丙型肝炎病毒(HCV)RNA在原发性肝癌患者中的表达及临床意义。方法 选取145例原发性肝癌患者和106例肝硬化患者,分别作为原发性肝癌组和肝硬化组。比较两组患者的HBV、HCV感染率,分析原发性肝癌患者HBV感染模式及HBV DNA阳性分布情况。采用Logistic回归模型分析原发性肝癌的影响因素。随访2年,采用Cox回归模型分析原发性肝癌患者预后的影响因素。结果原发性肝癌组患者HBV、HCV感染率均高于肝硬化组,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。原发性肝癌患者中,乙型肝炎e抗体(抗HBe)(+)乙型肝炎核心抗体(抗HBc)(+)HBV表面抗原(HBsAg)(+)感染模式占比最高(50.50%),且HBV DNA阳性患者主要分布于该模式中,其次为抗HBc(+)HBsAg(+)(16.83%)。原发性肝癌组患者HBsAg(+)、抗HBe(+)、HBV DNA(+)、HCV RNA(+)比例均高于肝硬化组,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,HBV DNA阳性、HCV RNA阳性均是原发性肝癌的独立危险因素(P﹤0.05)。原发性肝癌患者的2年生存率为70.34%,2年无进展生存率为53.10%。无嗜酒史、肿瘤最大径≤5 cm、HBV DNA阴性、HCV RNA阴性原发性肝癌患者的2年生存率分别高于有嗜酒史、肿瘤最大径﹥5 cm、HBV DNA阳性、HCV RNA阳性患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。多因素Cox回归分析结果显示,HBV DNA阳性和HCV RNA阳性均是原发性肝癌患者预后的独立危险因素(P﹤0.01)。结论 原发性肝癌患者HBV、HCV感染率均较高,HBV DNA阳性、HCV RNA阳性均是原发性肝癌患者预后的独立危险因素。

妊娠期高血压病患者血清DNMT1 mRNA和LncRNA UCA1水平表达与妊娠结局的关系

目的分析妊娠期高血压疾病(hypertensive disorder complicating pregnancy,HDCP)患者血清DNA甲基转移酶1(DNA methyltransferase 1,DNMT1)信使RNA(messenger RNA,mRNA)、长链非编码RNA(long non-codingRNA,LncRNA)尿路上皮癌胚抗原1(urothelial carcinoembryonic antigen 1,UCA1)水平与妊娠结局的关系。方法选取2021年3月~2023年8月在邯郸市妇幼保健院诊治的HDCP患者195例为病例组、健康妊娠孕妇195例为对照组。收集所有孕妇临床资料并检测分娩前1天生化指标;荧光定量PCR法检测血清DNMT1 mRNA,LncRNA UCA1水平;根据病情将病例组分为妊娠期高血压(pregnancy induced hypertension,PIH)组、轻度子痫前期(preeclampsia,PE)组、重度PE组;根据HDCP患者分娩时不良妊娠结局情况分为妊娠结局良好组和妊娠结局不良组;比较对照组和病例组临床资料和生化指标、血清DNMT1 mRNA,LncRNA UCA1水平;比较不同严重程度HDCP患者血清DNMT1mRNA和LncRNA UCA1水平;比较不同妊娠结局HDCP患者临床资料和生化指标、血清DNMT1 mRNA和LncRNAUCA1水平;分析HDCP患者血清DNMT1 mRNA与LncRNA UCA1的相关性,影响HDCP患者妊娠结局的因素,血清DNMT1 mRNA和LncRNA UCA1对HDCP患者发生不良妊娠结局的预测价值。结果与对照组比较,病例组收缩压、舒张压、白细胞计数水平明显升高,血清DNMT1 mRNA(0.72±0.18 vs 1.00±0.04),LncRNA UCA1(0.61±0.16vs 1.00±0.02)水平明显降低,差异具有统计学意义(t=40.651,32.595,7.837,21.205,33.775,均P<0.001);PIH组、轻度PE组、重度PE组血清DNMT1 mRNA(0.85±0.20,0.74±0.18,0.50±0.15),LncRNA UCA1(0.77±0.18,0.58±0.16,0.43±0.13)水平依次降低,差异具有统计学意义(F=52.687,64.030,均P<0.001);HDCP患者血清DNMT1 mRNA与LncRNA UCA1呈正相关(r=0.582,P<0.001);与妊娠结局良好组比较,妊娠结局不良组HDCP严重程度较高,收缩压、舒张压、白细胞计数水平明显升高,血清DNMT1 mRNA(0.80±0.20 vs 0.59±0.15),LncRNA UCA1(0.72±0.17 vs 0.43±0.14)水平明显降低,差异具有统计学意义(χ^(2)=18.386,t=2.615~12.290,均P<0.05);重度PE[OR(95%CI)=1.708(1.193~2.445)]、收缩压[OR(95%CI)=1.495(1.090~2.049)]、舒张压[OR(95%CI)=1.621(1.076~2.442)]是影响HDCP患者发生不良妊娠结局的危险因素,DNMT1 mRNA[OR(95%CI)=0.833(0.725~0.957)],LncRNA UCA1[OR(95%CI)=0.796(0.696~0.909)]是影响HDCP患者发生不良妊娠结局的保护因素(均P<0.05);DNMT1 mRNA和LncRNA UCA1二者联合预测HDCP患者发生不良妊娠结局的曲线下面积(area under curve,AUC)大于DNMT1 mRNA及LncRNA UCA1单独预测的AUC(0.926 vs 0.832,0.844),差异具有统计学意义(Z=2.932,2.345,均P<0.05)。结论HDCP患者血清DNMT1 mRNA和LncRNA UCA1水平均较低,与病情程度、妊娠结局相关,DNMT1 mRNA联合LncRNA UCA1检测对不良妊娠结局有较佳预测效能。

结核分枝杆菌DNA及RNA检测在结核病中的诊断价值

目的分析结核分枝杆菌DNA和RNA联合检测在结核病诊断中的意义。方法对1168例用实时荧光定量PCR法检测结核菌DNA为阳性的标本继续用恒温扩增技术检测结核菌RNA。结果1168例研究对象中,DNA检测阳性601例,阳性率51.46%;其中男性377例,阳性率49.22%,女性224例,阳性率55.72%;RNA检测阳性297例,阳性率25.43%;其中男性188例,阳性率29.06%,女性109例,阳性率20.92%。不同性别的DNA和RNA检测阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=4.466、10.07,P<0.05)。各类标本中痰液DNA和RNA及DNA+RNA检测阳性最高,分别为335例、170例、142例,阳性率分别为55.74%、57.24%、60.43%,脑脊液DNA和RNA及DNA+RNA检测阳性最低。不同年龄组中,21~30岁组DNA检测阳性最高,为133例,阳性率22.13%。41~50岁组RNA及DNA+RNA检测阳性最高,分别为67例、62例,阳性率分别为22.56%、25.96%;10≤岁组DNA和RNA及DNA+RNA检测阳性最低。结论MTB-DNA检测阳性率明显高于MTB-RNA且女性较男性高;各种检测在不同类型标本中,痰液阳性率最高,脑脊液最低;年龄组在21~30岁组DNA阳性率最高,41~50岁组RNA及DNA+RNA阳性率最高,10≤岁组各检测阳性率最低。

转座酶可及性染色质测序法联合RNA测序探究解旋酶样转录因子基因的缺失对肝细胞癌的影响

目的:探究解旋酶样转录因子(helicase like transcription factor,HLTF)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中潜在的调控机制。方法:构建HLTF基因稳定敲除的HCC细胞株。应用RNA测序法(RNA sequencing,RNA-seq)检测并分析肝癌细胞HLTF基因敲除前后的差异表达基因。应用转座酶可及性染色质测序法(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)检测HLTF基因敲除前后肝癌细胞染色质可及性的改变。采用RNA-seq和ATAC-seq多组学数据进行联合分析,寻找HLTF基因潜在的下游调控通路和关键基因。结果:癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库分析表明HLTF基因在HCC组织中的表达水平升高,且其高表达与HCC预后不良有关联;RNA-seq分析结果显示,与野生型肝癌细胞相比,HLTF基因敲除细胞中有563个基因的表达水平上调,656个基因的表达水平下调;ATAC-seq分析结果显示,共27818个区域在HLTF基因缺失时染色质可及性发生显著改变,其中14225个区域染色质可及性增强,13593个区域染色质可及性减弱;对染色质可及性改变的区域进行motif富集分析,数据显示在染色质可及性增强的区域,Atf3、Fra1和BATF等被富集,在染色质可及性减弱的区域,Fra1、Fra2和JunB等被富集;RNA-seq和ATAC-seq多组学数据联合分析表明,重叠基因主要富集在花生四烯酸代谢通路、Wnt信号通路、钙离子信号通路和转化生长因子β(transforming growth factorβ,TGF-β)信号通路等。HLTF基因的缺失使核RNA输出因子3(nuclear RNA export factor 3,NXF3)基因表达水平升高。NXF3基因高表达的HCC患者的预后较NXF3基因低表达的HCC患者好。结论:在HCC中,HLTF基因可能参与调控花生四烯酸代谢通路、Wnt信号通路和TGF-β信号通路等,NXF3基因可能是HLTF基因的潜在下游基因。

Mechanism of Herbal Medicine and Food Dandelion Effects May be Related to RNA or DNA Regulation: A Review

Background: A dandelion is a common plant with a global growth distribution that has been used as a medicinal and food with no adverse effects. Purpose: In this article, the products and effects of dandelions are reviewed to help further in-depth studies and develop more products derived from dandelions in the future. Method: The literature about dandelion in various databases such as Pubmed is searched. Results: Dandelions have many effects, such as virus inhibition, anti-tumor activity, nutritional value, anti-aging, potential as a vaccine and alleviation of heat stress. The mechanism underlying these effects is analyzed and it was found that dandelions were regulated by RNA or DNA. Conclusion: As a medicinal and food, dandelions are safe and have many effects. Many products derived from dandelions have been developed. The metabolic regulation is related with ribonucleic acid or possibly deoxynucleic acid. Further in-depth studies should be conducted on the regulation of dandelions through RNA or DNA. There will likely be more products derived from dandelions in the future.