含伪结RNA二级结构预测的支持向量机方法

RNA二级结构预测是生物信息学的一个研究重点和难点.伪结是RNA二级结构中最难预测的一种.本文利用多分类支持向量机对含平面伪结的RNA分子二级结构进行预测.第一步,利用多分类支持向量机进行预测,输出端得到相应碱基的E-NSSEL类别标识.第二步,利用第一步的预测结果,把所有可能配对的标识是否配对通过支持向量机进行判断,并根据判断结果恢复RNA分子二级结构.实验证明,该方法能有效地提高含平面伪结的RNA分子二级结构的预测精度.