脑小血管病患者血清小核仁RNA宿主基因8水平与疾病进展及认知功能障碍的相关性研究

目的 探讨脑小血管病(CSVD)患者血清小核仁RNA宿主基因8(SNHG8)表达水平变化与疾病进展及认知功能障碍(CI)的相关性。方法 选取2021年5月至2023年5月在承德医学院附属医院进行诊治的100例CSVD患者为研究对象,根据患者脑动脉指数(PI),将CSVD患者分为轻度组(n=31)、中度组(n=45)和重度组(n=24);另根据蒙特利尔评估量表(MoCA)评分,将CSVD患者分为CI组(n=51)和非CI组(n=49);同时,选取同期在我院体检的健康人群100例为对照组。实时荧光定量PCR法测定血清SNHG8水平;比较对照组、CI组与非CI组一般资料及血清SNHG8水平;比较不同病情程度CSVD患者血清SNHG8水平;Spearman相关性分析血清SNHG8水平与病情程度、MoCA评分之间的关系;受试者工作特征(ROC)曲线分析血清SNHG8水平对CSVD患者并发CI的诊断价值;Logistic回归分析CSVD患者并发CI的影响因素。结果 对照组、CI组与非CI组在性别、年龄、基础病史、TC、TG、HDL-C、LDL-C上差异无统计学意义(P>0.05),在受教育程度、IL-33及IL-18水平上差异有统计学意义(P<0.05);不同病情程度CSVD患者血清SNHG8水平差异有统计学意义(P<0.05),且随CSVD疾病进展,血清SNHG8水平逐渐降低;Spearman相关性分析结果显示,血清SNHG8水平与病情程度呈负相关(r=-0.561,P<0.05),与MoCA评分呈正相关(r=0.583,P<0.05);ROC曲线结果显示,血清SNHG8诊断CSVD患者并发CI的AUC为0.860,敏感度为86.3%,特异度为72.0%;多因素Logistic回归分析结果显示,受教育程度、血清IL-18、IL-33、SNHG8均是CSVD患者发生CI的影响因素。结论 随着CSVD患者病情进展,血清SNHG8水平逐渐降低,且血清SNHG8水平与CSVD患者并发CI密切相关。

环状RNA ACAP2调节微小RNA-421与B细胞易位基因2轴对心肌梗死大鼠心肌损伤的影响

目的探讨环状RNA ACAP2(circACAP2)调节微小RNA(miR)-421/B细胞易位基因2(BTG2)轴对心肌梗死(MI)大鼠心肌损伤的影响。方法构建MI大鼠模型和H9c2细胞模型,将80只大鼠分为假手术组、MI组、小干扰RNA-阴性对照(si-NC)组、si-circACAP2组、pcDNA3.1组、pcDNA3.1-circACAP2组、pcDNA3.1-circACAP2+模拟物(mimic)NC组、pcDNA3.1-circACAP2+miR-421 mimic组,每组各10只。将缺氧H9c2细胞置于24孔板中,瞬时转染细胞,分为缺氧组、缺氧+si-NC组、缺氧+si-circACAP2组、缺氧+pcDNA3.1组、缺氧+pcDNA3.1-circACAP2组、缺氧+pcDNA3.1-circACAP2+mimic NC组、缺氧+pcDNA3.1-circACAP2+miR-421 mimic组,另取正常培养的H9c2细胞作为对照组。检测大鼠左心室射血分数(LVEF)、左心室短轴缩短率(LVFS)、心肌梗死情况、心肌组织病理变化、circACAP2、miR-421、BTG2 mRNA表达情况、乳酸脱氢酶(LDH)、肌酸激酶同工酶(CK-MB)活性、H9c2细胞活力和凋亡、心肌组织BTG2蛋白表达、H9c2细胞BTG2蛋白表达。结果MI组circACAP2、BTG2 mRNA表达高于假手术组(1.84±0.21 vs 1.00±0.10,1.68±0.17 vs 1.00±0.10),miR-421表达低于假手术组(0.49±0.05 vs 1.00±0.11,P<0.05);与假手术组比较,MI组梗死面积、CK-MB、LDH活性升高,LVFS、LVEF降低(P<0.05)。与si-NC组比较,si-circACAP2组心肌损伤减轻,LVFS、LVEF升高,梗死面积、CK-MB、LDH活性降低(P<0.05);与缺氧+si-NC组比较,缺氧+si-circACAP2组细胞活力升高,凋亡率、CK-MB和LDH活性降低(P<0.05)。与pcDNA3.1组比较,pcDNA3.1-circACAP2组心肌损伤加重,LVFS、LVEF降低,梗死面积、CK-MB、LDH活性升高(P<0.05);与缺氧+pcDNA3.1组比较,缺氧+pcDNA3.1-circACAP2组细胞活力降低,凋亡率、CK-MB、LDH活性升高(P<0.05)。结论circACAP2在MI大鼠和H9c2细胞中表达上调,沉默circACAP2可能通过调节miR-421/BTG2轴改善心脏功能,减少心肌损伤,提高心肌细胞活力。

基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断算法综述

通过基因表达的变化可以推断基因调控网络.单细胞RNA测序(scRNA-seq)为推断细胞周期或分化等时间依赖性生物过程的基因调控网络提供了新的可能性,基于scRNA-seq数据的基因调控网络推断算法成为一个相对活跃的研究方向.本文首先对26种基因调控网络推断算法进行介绍,包括3种针对批量RNA测序数据的推断算法和23种针对scRNA-seq数据的推断算法(基于布尔网络的算法2种、基于微分方程的算法3种、基于伪时序基因相关性集成策略的算法5种、基于共表达基因的算法4种、基于细胞特异性的算法3种、基于深度学习的算法6种),详细描述了每类算法的方法原理和算法优缺点,对算法进行综合比较;然后分析了推断算法比较研究的相关成果,并使用scRNA-seq数据简单评估了26种算法的性能;最后探讨当前基因调控网络推断算法面临的机遇与挑战.

急性缺血性脑卒中患者血清长链非编码RNA母系表达基因3和Zeste同源物增强子-2表达与神经功能损伤的相关性分析

目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)母系表达基因3(MEG3)与Zeste同源物增强子-2(EZH2)在急性缺血性脑卒中(AIS)患者血清中的表达水平及其与神经功能损伤之间的关系。方法选取延安市人民医院2021年1月至2022年11月收治的92例AIS患者为脑卒中组,92例健康体检者为对照组,根据NIHSS评分将脑卒中组患者分为致残性损伤组19例,非致残性损伤组73例。采用实时荧光定量聚合酶链式反应、酶联免疫吸附法分别检测血清lncRNAMEG3、EZH2水平。采用Spearman相关分析法进行AIS患者血清lncRNAMEG3、EZH2表达水平与美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分之间的相关性分析;采用多因素Logistic回归分析AIS患者合并神经功能致残性损伤的影响因素,并绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析血清lncRNA MEG3、EZH2水平对AIS患者合并神经功能致残性损伤的诊断价值。结果脑卒中组患者血清lncRNA MEG3、EZH2表达水平均高于对照组(t=11.817、11.542,P<0.05)。Spearman相关分析显示,AIS患者血清lncRNA MEG3、EZH2水平与NIHSS评分均呈正相关(r=0.540、0.603,P<0.01)。致残性损伤组体质量指数、吸烟史占比、甘油三酯、总胆固醇、同型半胱氨酸、发病-到院时间(ODT)、lncRNAMEG3、EZH2水平均高于非致残性损伤组(t/χ2=2.103、5.050、9.121、5.585、2.276、5.448、4.638、4.682,P<0.05)。多因素Logistic回归分析显示,甘油三酯、总胆固醇、lncRNA MEG3、EZH2以及ODT均是AIS患者合并神经功能致残性损伤的影响因素(OR=4.853、4.277、2.674、3.052、3.901,P<0.05)。lncRNA MEG3、EZH2联合诊断AIS患者合并神经功能致残性损伤的曲线下面积(AUC)大于lncRNAMEG3以及EZH2单独诊断的AUC(Z=2.626、2.954,P<0.01),敏感度、特异度分别为94.74%、82.15%。结论AIS患者血清lncRNA MEG3、EZH2水平均上升,与AIS患者神经功能损伤程度均正相关,可用作AIS患者合并神经功能致残性损伤的诊断指标,且联合诊断效果更好。

基因间长链非编码RNA 467对子宫内膜癌细胞增殖、凋亡及迁移和侵袭能力的影响

目的探讨基因间长链非编码RNA 467(linc00467)对子宫内膜癌细胞增殖、凋亡及迁移和侵袭能力的影响。方法体外培养子宫内膜癌细胞株HEC-1A、Ishikawa、KLE和RL-95-2,应用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测4种细胞中linc00467的相对表达量,选择高表达linc00467的子宫内膜癌细胞株HEC-1A、Ishikawa进行后续实验。分别构建2个linc00467慢病毒沉默表达载体sh-linc00467#1、sh-linc00467#2和空载慢病毒质粒;将对数生长期HEC-1A、Ishikawa细胞分为sh-NC组、sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组,sh-NC组细胞转染空载慢病毒质粒,sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组细胞分别转染sh-linc00467#1和sh-linc00467#2;应用RT-qPCR法检测3组细胞中linc00467的相对表达量,5-乙炔基-2-脱氧尿苷(EdU)实验、克隆形成实验检测3组细胞增殖能力,流式细胞术检测3组细胞凋亡情况,划痕实验检测3组细胞的迁移能力,Transwell小室实验检测3组细胞侵袭能力。结果HEC-1A细胞中linc00467 mRNA的相对表达量显著高于KLE和RL-95-2细胞(P<0.05);Ishikawa细胞中linc00467 mRNA的相对表达量显著高于KLE和RL-95-2细胞(P<0.05);HEC-1A与Ishikawa细胞中linc00467 mRNA的相对表达量比较差异无统计学意义(P>0.05),KLE细胞中linc00467 mRNA的相对表达量显著低于RL-95-2细胞(P<0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞中linc00467 mRNA的相对表达量显著低于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞中linc00467 mRNA的相对表达量比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组EdU阳性HEC-1A、Ishikawa细胞数显著少于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组EdU阳性HEC-1A、Ishikawa细胞数比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞克隆数显著少于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞克隆数比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞凋亡率显著高于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞凋亡率比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞划痕愈合率显著低于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa细胞划痕愈合率比较差异无统计学意义(P>0.05)。sh-linc00467#1组和sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa侵袭细胞数显著少于sh-NC组(P<0.01);sh-linc00467#1组与sh-linc00467#2组HEC-1A、Ishikawa侵袭细胞数比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论下调linc00467表达可抑制子宫内膜癌细胞的增殖、迁移和侵袭,促进子宫内膜癌细胞凋亡。

三株新型鸭源微RNA病毒分离毒株的全基因组序列分析

分离新型鸭源微RNA病毒进行全基因组测序并进行遗传进化分析。对本实验室2021年不同来源的种鸭和肉鸭病料进行PCR检测,初步确定存在一种未知分类的新型微RNA病毒感染。取病死鸭病料组织处理后接种SPF鸡胚分离病毒,设计引物对分离到的病毒进行PCR检测,通过重叠PCR方法进行全基因组扩增测序。将分离病毒各蛋白氨基酸序列两两比对,同时选取GenBank数据库中微RNA病毒代表毒株序列绘制系统进化树,并对主要蛋白P1、2C、3D序列比对分析。结果显示:共分离到三株微RNA病毒,分别命名为21101株、21016株和21075株(GenBank登录号:OQ927377~OQ927379)。基因组长度分别为7445、7445和7447 bp,均包含一个编码2141个氨基酸的开放阅读框(ORF),可划分为P1、P2、P3三个部分,符合微RNA病毒序列特征。基于全基因组序列遗传进化分析发现,三株分离病毒与本实验室前期分离的Duck/FC22/China/2017(GenBank登录号:MN102111)毒株及上海兽医研究所分离的Duck/AH15/CHN/2015(GenBank登录号:MT681985)位于同一分支,与鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)遗传距离最近。分离的三株鸭源微RNA病毒进行全基因组测序及遗传进化分析发现,与目前已知的两株微RNA毒株为同一类新型鸭源微RNA病毒。

人NFE2基因上游增强子lncRNA调控NFE2基因转录和K562细胞增殖

目的转录因子NFE2的异常表达在许多骨髓增殖性肿瘤患者中被观察到,然而造成这种异常的转录调控机制尚不明确,本研究旨在探究参与NFE2转录调控的元件和分子机制。方法首先通过公共数据库中Ch IP-seq数据和ATAC-seq数据预测NFE2基因的潜在增强子元件,并通过双荧光素酶报告实验进行体外验证。随后,通过PRO-seq和GRO-seq数据结合RACE技术克隆这些增强子RNA转录本,经在线编码潜能预测工具分析认为其为lnc RNA,通过RT-q PCR检测该lnc RNA在不同白血病细胞系中和这些细胞诱导分化前后的表达变化及其亚细胞定位。最后,通过慢病毒系统在K562细胞中过表达和敲降该lnc RNA以探究其功能。结果鉴定出调控NFE2转录的3个增强子元件,分别位于NFE2转录起始位点-3.6k,-6.2k和+6.3k区域,这些元件插入NFE2启动子上游均能增强下游萤火虫荧光素酶的表达。克隆出-3.6k增强子负链方向的转录本,将其鉴定为-3.6k-lnc RNA。本研究发现,该lnc RNA在K562、U937和HL-60这3种白血病细胞系中均有一定程度的表达,且均定位于细胞核内。当该lnc RNA在K562细胞中过表达,NFE2水平随之提高,细胞增殖和细胞迁移能力受到抑制;当其被敲降时,NFE2水平相应降低而K562细胞增殖能力随之升高。结论本文鉴定了调控人NFE2基因转录的3个增强子元件和一条增强子lnc RNA转录本,并验证了该lnc RNA对NFE2转录的正调控作用以及对K562细胞增殖能力具有抑制作用。

长链非编码RNA小核仁RNA宿主基因22调控微小RNA-27b-3p对口腔鳞状细胞癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响

目的探究长链非编码RNA(LncRNA)小核仁RNA宿主基因(SNHG)22调控微小RNA(miR)-27b-3p对口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法收集52例OSCC患者的癌组织及癌旁组织标本,体外培养人正常口腔角质细胞HOK和3种人OSCC细胞(CAL-27、SCC-25和HSC-3),实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测癌组织、癌旁组织、HOK细胞和3种OSCC细胞中SNHG22、miR-27b-3p表达情况。对SCC-25细胞进行转染并将其分为Ctrl组(未进行转染)、si-SNHG22组、si-NC组、miR-27b-3p inhibitor组、inhibitor-NC组、si-SNHG22+inhibitor-NC组和si-SNHG22+miR-27b-3p inhibitor组,检测各组SCC-25细胞增殖情况[细胞计数试剂盒8(CCK-8)法检测增殖率、流式细胞术检测增殖指数(PI)];Transwell实验检测各组SCC-25细胞侵袭情况;划痕愈合实验检测各组SCC-25细胞迁移情况;双荧光素酶实验验证SNHG22与miR-27b-3p的靶向作用关系。结果与癌旁组织比较,OSCC癌组织中SNHG22表达显著升高,miR-27b-3p表达显著降低(P<0.05);与HOK细胞比较,CAL-27、SCC-25和HSC-3细胞中SNHG22表达显著升高,miR-27b-3p表达显著降低,且SCC-25细胞中SNHG22与miR-27b-3p的表达与HOK细胞差异最大(P<0.05)。与Ctrl组比较,si-SNHG22组SCC-25细胞增殖率、PI、侵袭数和划痕面积愈合率均显著减少(P<0.05),miR-27b-3p inhibitor组SCC-25细胞增殖率、PI、侵袭数和划痕面积愈合率均显著增加(P<0.05);与si-SNHG22组比较,si-SNHG22+miR-27b-3p inhibitor组SCC-25细胞增殖率、PI、侵袭数和划痕面积愈合率均显著增加(P<0.05)。双荧光素酶实验显示SNHG22与miR-27b-3p存在靶向作用关系。结论SNHG22在OSSC中高表达,miR-27b-3p在OSSC中低表达,SNHG22可能通过海绵化miR-27b-3p促进SCC-25细胞增殖、侵袭和迁移,SNHG22/miR-27b-3p轴可能是OSCC一个新的诊断和治疗靶点。

基于单细胞RNA测序技术的肝癌手术前后外周血B细胞基因表达谱研究

目的探索肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者手术前后外周血B细胞基因表达谱的变化。方法收集2022年9月在广西医科大学附属肿瘤医院行肝切除术治疗的3例HCC患者手术前及手术后的外周血样本,提取外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)并进行单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)。根据测序数据进行B细胞数量分析、上下调基因差异分析、KEGG分析、GSEA-KEGG及GSEA-GO分析和细胞通讯分析,比较手术前后B细胞的动态改变。结果PBMC经scRNA-seq分析识别出了标记基因为MS4A1、CD79A的细胞簇,即B细胞群。B细胞群重新聚类分析后可分为记忆B(memory B)细胞、初始B(naive B)细胞和浆母细胞(plasmablasts)共3个细胞亚群。与术前组相比,术后组naive B和plasmablasts细胞占比升高,memory B细胞占比降低。手术前后B细胞中共筛选出285个显著差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中S100A8、S100A9、IL1R2、MALAT1等152个基因在手术后显著上调(P<0.05),RPS27A、RPS3A、RPS12、RPS3等133个基因在手术后显著下调(P<0.05)。KEGG分析发现手术后B细胞中显著下调的DEGs主要富集到核糖体、抗原处理和提呈通路。GSEA-KEGG分析发现手术后B细胞中表达上调的基因集显著富集于癌症中的转录失调、P53信号通路,表达下调的基因集显著富集于核糖体、抗原处理和提呈通路;GSEA-GO分析发现手术后B细胞中表达上调的基因集显著富集于环氧化酶P450途径、信号模式识别受体活性,表达下调的基因集显著富集于免疫球蛋白复合物、T细胞受体复合物。手术后B细胞与T细胞之间的通讯增强,且手术后配体-受体对CD22-PTPRC在B细胞与B细胞、B细胞与Mono细胞之间的通讯概率上调(P<0.01)。无论是手术前还是手术后,CD22信号通路对B细胞与T细胞之间的通讯均具有较强调控能力。结论HCC患者外周血B细胞基因表达谱在手术前后发生动态变化且与外周血B细胞免疫功能相关,可为研究外周血B细胞的抗肿瘤免疫作用提供新的参考依据。

新型冠状病毒亚基因组RNA检测方法的建立及性能评估

目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估。方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法,对所建立的方法进行优化,包括引物、探针的浓度及比例、延伸温度、反应体积和模板量。并对所建立的方法进行性能评估,包括最低检测限、灵敏度、特异性和重复性。对临床样本进行新冠病毒sgRNA和基因组RNA(genomic RNA,gRNA)检测,并对检测结果进行分析。结果建立了检测新冠病毒sgRNA的RT-PCR方法。所建方法的最低检测限为100 copies/mL,对常见病原体的检测结果均为阴性。对高、中、低浓度样本sgRNA进行检测,CV均<5%。115例疑似新冠病毒感染者的咽拭子样本sgRNA为阳性(115/330,阳性率为34.85%)。gRNA-N Ct值<30时,sgRNA-N的阳性率为100.00%;gRNA-N的Ct值介于30~32时,sgRNA-N的阳性率为68.75%;gRNA-N的Ct值介于32~35时,sgRNA-N的阳性率为44.44%;gRNA-N的Ct值>35时,sgRNA-N均为阴性。结论建立了新冠病毒sgRNA的RT-PCR检测方法,方法灵敏、特异、重复性好。

小核仁RNA宿主基因8在人类癌症中的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在人类癌症中具有重要作用。小核仁RNA宿主基因8(small nucleolar RNA host gene 8,SNHG8)被发现与多种人类疾病有关,如食管癌、肝癌、胃癌、心肌梗死等。基于以往对于SNHG8表达的研究,SNHG8可作为竞争性内源性RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调节疾病的发生和进展,通过作用于相关miRNA及miRNA靶基因调节下游信号通路。此外,SNHG8的过表达与患者的临床特征密切相关,并通过不同作用机制调节肿瘤细胞的增殖、侵袭、转移以及抗凋亡。SNHG8在疾病发生和进展中的作用表明,SNHG8可作为疾病治疗、检测的新靶点或生物标志物。

单细胞RNA测序联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病中的核心基因

目的 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)联合实验验证树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的核心基因。方法从基因表达数据集(GEO)数据库下载单细胞数据GSE173896和芯片数据GSE38974。GSE173896进行质控、批次矫正、降维聚类、细胞类型注释及组间树突状细胞差异表达基因(DC-DEG)鉴定。GSE38974差异分析得到的差异基因(DEG)与DC-DEG取交集获取共有DC-DEG,评估共有DC-DEG对COPD的诊断效能和共有DC-DEG富集分析及其与GSE38974免疫细胞浸润中激活的树突状细胞(DC)、浆细胞样树突状细胞(pDC)和Th17细胞的相关性。肺气肿小鼠模型肺组织对共有DC-DEG的mRNA表达量进行实验验证。结果 GSE173896得到组间DC-DEG 18个,GSE38974得到646个DEG,两者取交集得到3个DC-DEG,包括白细胞介素1受体拮抗剂(IL1RN)、 S100钙结合蛋白A8(S100A8)和S100A9,曲线下面积(AUC)值分别为0.841、 0.804和0.966。基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)主要富集于慢性炎症反应、含胶原蛋白的细胞外基质、晚期糖基化终产物受体(RAGE)结合、 Toll样受体(TLR)结合、白细胞介素17(IL-17)信号通路等。IL1RN、 S100A8和S100A9均与激活的DC、 pDC及Th17细胞呈正相关。实验验证结果显示肺气肿小鼠肺组织IL1RN、 S100A8和S100A9的mRNA相对表达量上调。结论 IL1RN、 S100A8和S100A9可能是DC在COPD发病机制中的核心基因,为后续COPD的免疫治疗提供潜在靶点和理论依据。

lncRNA与急性髓系白血病中常见基因突变之间关系的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)作为新兴分子,近年来在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)的发病机制、预后、耐药等领域备受关注。基因突变作为AML预后判断和治疗的重要靶点,已有大量的研究积累。本文将结合AML中lncRNA研究的最新报道,梳理lncRNA与AML中常见基因突变的关系,回顾两者对AML发生发展的影响,为临床诊断和治疗AML提供新的参考和思路。

肺缺血-再灌注核心基因介导的竞争性内源性RNA网络的构建

目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平。构建并验证ceRNA网络。分析基于ceRNA网络的靶向药物。结果共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因。GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关。KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路。PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因。ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p和miR-593-3p与CD3G的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p和miR-491-5p与IL2RG表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p和miR-590-3p与SYK表达相关;miR-590-3p和miR-875-3p与CD8A表达相关;miR-143-5p、miR-1231、miR-590-3p、miR-875-3p与STAT1表达相关。CD3G有13种靶向药物,IL2RG有4种靶向药物,SYK有28种靶向药物,lncRNA MUC2有3种靶向药物,未发现CD8A、STAT1和其他ceRNA网络基因的靶向药物。结论CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因,对核心基因进行研究分析可能有助于肺缺血-再灌注损伤的诊断,并提供新的研究思路和治疗靶点。

新风胶囊含药血清通过调控环状RNA Cbl原癌基因B(circ-CBLB)影响类风湿关节炎滑膜成纤维细胞增殖和凋亡

目的探讨新风胶囊(XFC)含药血清通过调控环状RNA Cbl原癌基因B(circ-CBLB)对类风湿关节炎成纤维细胞样滑膜细胞(RA-FLS)增殖、凋亡的影响。方法XFC灌胃大鼠,制备含药血清。人RA-FLS来源于RA患者滑膜组织,用100μL的10 ng/mL肿瘤坏死因子α(TNF-α)刺激RA-FLS建立模型。构建pcDNA3.1-circ-CBLB及阴性对照,分别转染至RA-FLS中。实验分为对照组、TNF-α处理的RA-FLS组、XFC处理的RA-FLS组、pcDNA3.1-circ-CBLB-NC转染的RA-FLS组(过表达空转组)、pcDNA3.1-circ-CBLB转染的RA-FLS组(过表达组)、pcDNA3.1-circ-CBLB联合XFC处理的RA-FLS组(过表达给药组)。采用CCK-8法检测细胞活力,采用流式细胞术检测细胞周期与凋亡,采用实时定量PCR检测circ-CBLB表达水平,采用ELISA检测抗炎因子白细胞介素4(IL-4)、IL-10,促炎因子IL-6、TNF-α水平。结果XFC最佳含药血清量为200 mL/L,处理时间为72 h;与同一时间模型组相比,XFC组、过表达组、过表达给药组的细胞活力均下降。与模型组比较,XFC组、过表达组、过表达给药组circ-CBLB表达水平升高、凋亡率升高,S期和G2期细胞比例增加,IL-4、IL-10含量升高,IL-6、TNF-α含量降低。结论XFC处理上调RA-FLS中circ-CBLB表达,提高抗炎因子的水平,降低促炎因子的水平,抑制RA-FLS的细胞活力,提高其凋亡率,延长细胞周期,抑制RA-FLS增殖并促进其凋亡。

小核仁RNA宿主基因在间充质干细胞成骨分化中作用机制的研究进展

骨愈合和骨再生是维持骨稳态的复杂生理过程,其中间充质干细胞作为成骨细胞的主要来源在其中发挥着重要作用。研究表明,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)广泛参与调节间充质干细胞的成骨分化,其中小核仁RNA宿主基因(small nucleolar RNA host gene,SNHG)作为近年来新发现的一类非编码基因家族,可通过多种途径调控间充质干细胞成骨分化,有望成为骨代谢和骨再生治疗中的新靶点。因此,本文旨在总结SNHG家族基因在间充质干细胞成骨过程中的作用机制。

微小RNA靶基因调控的信号通路在急性心肌梗死演进过程中作用的研究进展

急性心肌梗死(AMI)作为心血管疾病的危重症,是导致全球心血管疾病死亡的主要原因之一。近年来,越来越多的研究揭示了信号通路在AMI过程中发挥的作用,微小RNA(miRNAs)对AMI中信号通路的调控也逐渐得到重视。本文总结了miRNAs介导的信号通路在AMI中的作用,以期为miRNAs治疗应用于临床提供理论依据。

长链非编码RNA牛磺酸上调基因1对胃癌细胞增殖、迁移和血管生成的影响

目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)对胃癌细胞增殖、迁移和血管生成的影响。方法基于公共数据库分析LncRNA TUG1在胃癌组织和癌旁组织中的表达水平。通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测lncRNA TUG1在胃癌细胞系中的表达;采用si-TUG1、si-NC转染胃癌细胞SGC-7901,分别采用细胞计数试剂盒8(CCK-8)法、克隆形成实验、Transwell实验和基质胶成管实验分析敲低lncRNA TUG1对胃癌细胞增殖、集落形成、迁移和血管生成的影响。基于公共数据库分析烷基化修复蛋白B同源物5(ALKBH5)基因与lncRNA TUG1的相关性。采用放线菌素D实验验证ALKBH5与lncRNA TUG1的调控关系。通过细胞功能实验分析敲低ALKBH5对胃癌细胞增殖、集落形成、迁移和血管生成的影响。结果lncRNA TUG1在胃癌组织和胃癌细胞系中均表达上调;敲低lncRNA TUG1后,SGC-7901细胞增殖、集落形成、迁移、血管生成能力均较对照细胞下降,差异有统计学意义(P<0.05)。数据库分析结果显示,在胃癌中,ALKBH5与lncRNA TUG1表达呈正相关(r=0.37,P<0.05)。与对照细胞相比,敲低ALKBH5的SGC-7901细胞lncRNA TUG1的RNA稳定性下降,且细胞增殖、集落形成、迁移、血管生成能力均下降,差异有统计学意义(P<0.05)。结论ALKBH5通过诱导lncRNA TUG1表达,促进胃癌细胞的增殖、集落形成、迁移和血管生成。

重型颅脑损伤病人血清微小RNA-542-3p、长链非编码RNA牛磺酸上调基因1表达及其与预后的关系

目的探讨微小RNA-542-3p(miR-542-3p)、长链非编码RNA牛磺酸上调基因1(lncRNA TUG1)在重型颅脑损伤(STBI)病人血清中的表达及与病人预后的关系。方法2020年1月~2022年7月收治的128例STBI病人为重型组,130例轻、中型TBI病人为对照组,检测病人血清miR-542-3p、lncRNA TUG1表达量,采用Pearson法分析二者相关性。Logistic回归分析血清miR-542-3p、lncRNA TUG1对STBI病人预后不良的影响,并以受试者工作特征(ROC)曲线分析二者对STBI病人预后的预测效能。结果重型组病人血清miR-542-3p与lncRNA TUG1表达量分别低于和高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。STBI病人血清miR-542-3p与lncRNA TUG1表达量呈负相关(r=-0.595,P<0.001)。预后不良组血清lncRNA TUG1与miR-542-3p水平分别高于和低于预后良好组,差异有统计学意义(P<0.05)。高lncRNA TUG1水平是STBI病人预后不良的危险因素(P<0.05),高miR-542-3p水平是保护因素(P<0.05)。血清miR-542-3p、lncRNA TUG1联合预测STBI病人预后的曲线下面积(AUC)(0.939)高于单独预测的AUC(Z=2.410,P=0.016;Z=3.339,P<0.001)。结论STBI病人血清miR-542-3p表达下调,lncRNA TUG1表达上调,二者均可用于STBI病人预后预测,且二者联合的预测价值更高。

长链非编码RNA尿路上皮癌相关1基因与脓毒症患者炎症因子严重程度及预后的关系

目的探索长链非编码RNA尿路上皮癌相关1(lncRNA UCA1)基因与脓毒症患者炎症因子、严重程度及28天死亡关系。方法收集2022年1月至2023年12月期间中国人民解放军联勤保障部队第九六○医院收治的174例脓毒症患者临床资料。按照与脓毒症患者性别相同,年龄相差1岁之内1∶1配对收集同期健康体检者作为对照组。通过实时荧光定量(RT-qPCR)法检测外周血单核细胞中lncRNA UCA1水平。酶联免疫吸附(ELISA)法检测血清中肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-6、IL-17、细胞间黏附分子1(ICAM1)和血管细胞黏附分子1(VCAM1)水平。使用COX风险比例回归模型分析影响脓毒症患者28天病死率相关危险因素。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估独立危险因素预测脓毒症患者28天死亡的效能。结果与对照组比较,脓毒症患者lncRNA UCA1水平更高(Z=76.235,P<0.001)。脓毒症患者lncRNA UCA1与TNF-α(r=0.384)、IL-6(r=0.308)、IL-17(r=0.472)、ICAM1(r=0.361)和VCAM1(r=0.492)水平、APACHEⅡ(r=0.393)和SOFA评分(r=0.427)均呈正相关(P均<0.001),而对照组中lncRNA UCA1与上述参数均无相关性(P均>0.05)。LncRNA UCA1水平升高(HR=2.186,P=0.007)、年龄增加(HR=1.245,P=0.011)、真菌感染(HR=19.259,P=0.010),C-反应蛋白(CRP)升高(HR=1.334,P=0.036)及APACHEⅡ评分增加(HR=1.245,P=0.017)是脓毒症患者28天死亡的独立危险因素。ROC曲线分析可见lncRNA UCA1(AUC=0.757)、APACHEⅡ评分(AUC=0.865)、CRP(AUC=0.731)及年龄(AUC=0.616)均可预测脓毒症患者28天死亡情况。结论脓毒症患者lncRNA UCA1水平升高,IncRNA UCA1与多种促炎细胞因子、疾病严重程度和不良预后相关。