染色及激光显微切割对小鼠牙胚组织总RNA完整度的影响

目的:观察以常规染色结合激光显微切割(laser microdissection,LMD)技术精确分离获取小鼠牙胚间充质组织对所获得组织总RNA完整度的影响。方法:以LMD技术获取胚胎17 d(embryonic 17,E17)和出生后2 d(postnatal 2,PN2)两时期CD1小鼠下颌第一磨牙的牙囊和牙乳头组织;提取组织总RNA后再以2100生物分析仪所提供的核糖体RNA 28s/18s比值(28s/18s Ratio)、RNA完整度数值(RNA integrity number,RIN),以及样品电泳图的图形来综合判断样品完整度。结果:与未经LMD切割的对照组相比,经染色及LMD切割的实验组所提取牙胚组织样品总RNA完整度明显降低;非染色仅实行LMD组样品总RNA完整度高于染色及LMD组,但其完整度仍低于通常基因芯片实验要求。结论:常规染色及LMD过程对所提取牙胚组织总RNA完整度有显著影响。

不同乙醇预处理方式对LMD分离牙胚组织总RNA完整度的影响

目的:探求不同乙醇预处理方式是否对激光显微切割(Laser microdissection,LMD)技术分离获得的小鼠牙胚组织总RNA完整度有影响。以提高LMD技术获取样品的完整度,使之满足后续基因芯片等高通量实验对样品的质检要求。方法:本实验按照LMD切割前是否乙醇预处理的方式分为无预处理LMD组、梯度乙醇处理组以及100%乙醇处理组三组。以LMD技术获取胚胎17天(Embryonic 17,E17)和出生后2天(Postnatal 2,PN2)两时期CD1小鼠下颌第一磨牙的牙胚组织;提取各组总RNA,再以核糖体RNA 28s/18s比值、RNA完整度数值(RNA Integrity Number,RIN),以及样品电泳图的图形来综合判断样品完整度。数据进行统计分析。结果:100%乙醇处理组,RIN值最高且与另两组相比差异有显著性,梯度乙醇处理组RIN值与无预处理LMD组相比,并无显著性差异;以28s/18s比值为指标,100%乙醇预处理组高于其它两组,但差异并无显著性;梯度乙醇处理组与无预处理LMD组间差异亦无统计学意义。结论:100%乙醇直接处理方式更适合用于LMD切割样品的防降解预处理,可显著减少切割过程中的组织RNA完整度破坏。该步操作将有利于获得符合高通量实验质检标准的芯片实验样本。

不同RNA抽提方法对激光显微切割分离小鼠牙胚样品总RNA浓度及完整度影响的研究

目的观察不同RNA抽提方法对激光显微切割(laser microdissection,LMD)分离牙胚样品总RNA浓度及完整度影响。方法本实验按照RNA抽提的不同方式分为试剂盒组、经典Trizol法组以及改良Trizol法组。以LMD技术获取胚胎17d(embryonic 17,E17)和出生后2 d(postnatal 2,PN2)两时期CD1小鼠下颌第一磨牙的牙胚组织;以3种不同方法提取各组总RNA后再以安捷伦公司的2100生物分析仪所提供的核糖体RNA 28 S/18 S比值(28 S/18 S ratio)、RNA完整度数值(RNA in-tegrity number,RIN),以及样品电泳图的图形来综合判断样品完整度。比较各组RNA的浓度和完整度,以SPSS软件进行统计分析。结果改良Trizol法所获得RNA浓度最高,与其余2组相比,差异均有显著性;经典Trizol法组RNA浓度略高于试剂盒组,但差异并无显著性;3组间以RIN值、28 S/18 S以及样品电泳图的图形为完整度指标进行比较,均无显著性差异。结论3种RNA抽提方式对样品总RNA获得率和完整度的影响,以改良Trizol法提取的总RNA获得率最高,而3种方法对所提取总RNA完整度影响无统计学差异。改良Trizol法将有利于获得符合高通量实验质检标准的芯片实验样本。