体外转录法制备南芥菜花叶病毒RNA标准品

本研究根据南芥菜花叶病毒外壳蛋白基因保守序列,设计合成了1对引物,在上游引物的5′端引入T7启动子,采用RT-PCR方法获得了体外转录模板,并对转录产物RNA的浓度及OD值进行了测定。将制备的RNA标准品10倍梯度稀释后制作实时荧光定量RT-PCR标准曲线,并利用实时荧光定量RT-PCR对所获得的RNA标准品进行稳定性指标的检测。结果表明,该模板具有良好的线性关系,相关系数为0.9989。该模板稳定性好,-80℃保存30 d后无显著变化。

猪繁殖与呼吸综合征病毒TaqMan荧光定量RT-PCR方法的建立与应用

为快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),本研究针对PRRSV的N蛋白基因保守序列,设计特异性引物和TaqMan探针,以体外转录的RNA作为标准品,设计并优化了检测PRRSV的TaqMan荧光定量PCR方法。应用该方法检测其它主要猪病病原,结果均呈阴性;针对PRRSV阳性RNA的检测灵敏度可以达到10拷贝,比常规PCR灵敏10倍～100倍;结果表明,本实验建立的PRRSV TaqMan荧光定量PCR方法具有良好的特异性、敏感性和重复性。应用建立的方法测定攻毒猪血清中病毒的含量,免疫攻毒组和非免疫攻毒组在第7 d血清中病毒的载量差异不显著,而在第14 d差异显著,免疫攻毒组猪血清中病毒载量明显低于未免疫组。

牛病毒性腹泻/黏膜病病毒荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】设计一种能够快速检测出牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus, BVDV)的方法。【方法】依据GenBank公布的BVDV 5′UTR基因属于特异性保守区域的前提,构建具有特异性的探针和引物,以体外转录病毒RNA作为绝对定量标准品。对荧光定量RT-PCR方法的各反应条件进行优化,创建BVDV荧光定量PCR检测方法。【结果】5.026 7 copies·μL^(-1)是此检测方法的最低下限值,该方法拥有良好的重复性,变异系数在组内、组间均<1%。特异性较高,对其他病毒核酸的扩增均为阴性,如猪瘟病毒、口蹄疫病毒等。【结论】建立的BVDV荧光定量PCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,为牛病毒性腹泻的早期诊断提供了重要的技术支撑。

猪瘟兔化弱毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

【目的】建立一种能够实际应用于猪瘟兔化弱毒疫苗中猪瘟病毒含量检测的荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank中登录号为AF091507的猪瘟病毒（CSFV）兔化弱毒株的全长基因组序列,在其5′非编码区设计2对特异性引物（标准品引物、定量引物）和1条探针（qPCR-P）,通过标准品引物进行RT-PCR扩增及T7 RNA聚合酶体外转录构建标准品RNA。对荧光定量PCR方法的各项条件进行优化,建立猪瘟兔化弱毒荧光定量PCR检测方法,并采用该法对成品猪瘟兔化弱毒疫苗中的病毒含量进行检测。【结果】成功构建了体外转录的标准品RNA,建立了检测猪瘟兔化弱毒的荧光定量PCR方法。该方法检测灵敏度可达10拷贝/μL,比RT-nPCR方法的灵敏度高出1个数量级;该法对标准品RNA检测的线性范围为1.0×108~1.0×102拷贝/μL。对1.0×108,1.0×106,1.0×103拷贝/μL 3种稀释度的标准品RNA进行重复性试验,批内变异系数分别为0.54%,0.52%和0.39%;批间变异系数分别为1.47%,1.85%和1.01%,具有良好的可重复性。应用该方法对不同厂家猪瘟兔化弱毒疫苗中的病毒含量进行测定,可知同一厂家脾淋苗中的病毒含量比细胞苗高出1~2个数量级,而不同厂家同一类型疫苗中病毒含量也有差异,其中脾淋苗差异不大,而细胞苗间的差异较大,最高可达27.2倍。【结论】建立的猪瘟兔化弱毒荧光定量PCR方法,具有敏感性高、特异性强、重复性好的特点,为实际工作中对猪瘟兔化弱毒疫苗的质量监控提供了重要的技术支撑。

猪繁殖与呼吸综合征病毒通用型实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank登录的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美型毒株和欧洲型毒株N蛋白基因保守序列,设计1对特异性引物和1条探针,以ABI公司PRRSV RNA为标准品,优化了PRRSV实时荧光定量RT-PCR检测方法,25μL反应体系引物prrsv-f/prrsv-r(20μmol/L)各0.5μL,探针prrsv-p(10μmol/L)0.5μL为反应最佳工作浓度,标准曲线Ct值和模板启始浓度的log值之间具有良好的线性相关性。特异性、敏感性和重复性检测结果显示,该方法能特异的检测PRRSV北美型毒株和欧洲型毒株,与其他主要猪病病原检测无交叉反应;针对PRRSV RNA标准品检测,灵敏度可以达到10拷贝;重复性检测Ct值变异系数为0.74%～1.52%。用建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法,对40份临床样品检测,与商品化试剂盒检测结果完全一致。

TaqMan~实时定量RT-PCR检测G3型轮状病毒VP7基因方法的建立

目的:建立一种检测G3型轮状病毒VP7基因的TaqMan实时定量RT-PCR方法。方法:设计轮状病毒VP7基因型特异性引物和探针,采用体外转录RNA为标准品,建立TaqMan实时定量RT-PCR方法。结果与结论:本检测方法快速、灵敏且重复性好,可以对107～101copies.μL-1轮状病毒VP7基因进行有效检测,为G3型轮状病毒的检测和定量提供了有用的工具。

呼吸道合胞病毒TaqMan~实时定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)的TaqMan~实时定量RT-PCR检测方法。方法根据GenBank中RSV相关序列,以A、B亚型毒株基因组保守区域设计并合成RSV特异性引物和探针,采用体外转录RNA标准品,建立TaqMan~实时定量RT-PCR方法,同时验证方法特异性、检测范围、灵敏度和精密度。采用建立的方法检测50份下呼吸道感染患儿的痰样品。结果 RNA标准品建立的标准曲线R2> 0. 99,扩增效率在90%～110%之间。建立的方法可特异性扩增RSV Long株和RSV A2株核酸样本,IFA和HPIV-3核酸样本均无扩增;最高可检测到1. 3×10~9 copies/μL的RNA标准品,最低可检测到单拷贝的RNA标准品;4名实验员检测同一样品Ct值的试验内CV小于1. 72%,试验间的CV在2. 44%～3. 39%之间。50份下呼吸道感染患儿痰样品中,24份为RSV阳性,阳性率为48%。结论成功建立了RSV的TaqMan~实时定量RT-PCR方法,且该方法快速、特异、灵敏,可用于临床样本中RSV的有效检测。

犬瘟热病毒一步法荧光定量PCR检测方法的建立

为建立犬瘟热病毒(CDV)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,根据CDV核衣壳蛋白(NP)基因序列,设计合成2对通用引物和1条通用探针,通过体外转录构建绝对定量标准品RNA。对荧光定量PCR方法的各项条件进行优化,建立CDV荧光定量PCR检测方法,该方法检测灵敏度可达4.02拷贝/μL,比普通RT-PCR方法的灵敏度高出100倍,具有良好的重复性。对犬细小病毒(CPV)、犬腺病毒(CAV-1)、犬冠状病毒(CCV)、犬副流感病毒(CPIV)核酸检测为阴性,具有很好的特异性。研究结果表明,建立的CDV荧光定量PCR方法具有敏感性高、特异性强、重复性好的特点,为犬瘟热的早期诊断提供了重要的技术支撑。