小分子干扰RNA片段逆转KBv200细胞多药耐药的实验研究

目的:研究小分子干扰RNA片段(siRNA)对舌癌多药耐药(MDR)细胞系KBv200细胞的MDR1基因表达及其功能的影响,探讨siRNA作为未来化疗增敏剂的可能性。方法:运用针对MDR1基因序列的siRNA(MDR1-siRNA)在脂质体的介导下转染KBv200细胞;用RT-PCR分析MDR1 mRNA的表达水平;流式细胞术检测P-糖蛋白(P-gp)的表达;荧光分光光度法检测细胞内多柔比星(Dox)的积蓄;MTT法检测KBv200细胞对长春新碱(VCR)和Dox的敏感性变化。结果:MDR1-siRNA作用24和48 h能抑制MDR1基因的表达(P<0.05),其mRNA水平和P-gp水平均明显下降,同时使KBv200细胞对VCR和Dox的敏感性显著增加(P<0.01),并显著增加细胞内Dox的蓄积(P<0.01)。结论:MDR1-siRNA能显著抑制KBv200细胞内MDR1基因介导的MDR。

体外转录法制备SARS冠状病毒RNA片段

目的通过体外转录获得SARS冠状病毒RNA片段,为建立RTPCR和荧光定量PCR诊断方法提供阳性对照。方法根据GenBank登录SARS冠状病毒Tor2株基因组序列,选择基因组中18138-18327nt作为目的扩增序列,并将其分解为首尾重叠的3个片段,人工合成对应的单链DNA序列,通过退火延伸获得全长dsDNA片段,PCR扩增该片段后,连接至载体pMD18T上,筛选含目的插入片段的阳性重组质粒pMD18TSARS,用BamHⅠ和HindⅢ切出目的片段,连接至线性化表达性质粒pGEM上;筛选阳性重组质粒pGEMSARS,测序鉴定后,经HindⅢ酶切线性化,用T7RNA聚合酶进行体外转录,得到含SARS冠状病毒目的序列的RNA片段,转录产物经电泳观察后,用RTPCR验证。结果获得含SARS冠状病毒目的基因序列的RNA片段。结论该RNA片段可用于SARS冠状病毒RTPCR和荧光定量RTPCR诊断方法的阳性对照。

bcr/abl反义RNA片段对Ph^+人白血病细胞系致瘤性和存活的影响(英文)

构建了表达2、3和4个相同241bp b3/a2型bcr/abl融合基因的反义RNA片段的重组质粒,酶切电泳和以241bp bcr/abl基因片段为探针进行的菌落原位杂交证实各目的片段已插入逆转录病毒表达载体,分别命名为pDAB2、pDAB3和pDAB4。用脂质体介导的方法将pDAB3导入Ph^+人白血病细胞系(K562和BV173细胞),48小时后用G418进行抗性筛选,观察了对靶细胞增殖的影响。结果表明,外源质粒在靶细胞内表达的反义RNA片段,使细胞致瘤性消失及诱发凋亡。探讨了可能的作用机理。

美国发现SARS病毒特异RNA片段

美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校在SARS病毒基因组中发现了一个特殊的RNA(核糖核酸)片段。在不同的SARS病毒株系中，这一片段并不变化，因此这一RNA片段可能成为未来抗SARS药物的“标靶”。研究人员在这次研究中发现，不同株系的SARS病毒，其RNA链条上都有一个被称为s2m的片段不变。

美发现啮齿动物精子的RNA片段能改变后代的新陈代谢

据科学网2016年1月5日报道，美国伍斯特市马萨诸塞大学医学院基因组学家Oliver Rando与同事对一个表观遗传案例进行了研究，发现用低蛋白饮食喂养的小鼠后代体内涉及胆固醇与脂类代谢的基因的活性升高。对低蛋白喂养雄鼠的精子进行的分析发现，几种tRNAs片段的数量增加，推测精子在通过附睾（来自使细胞成熟的睾丸的一根输送管道）的时候获得了大部分的片段；而用实验方法抑制胚胎干细胞中的一个tRNA片段，则可以增强大约70个基因的活性。这些结果表明，RNA能够改变基因活性。

科学家发现控制个体稳定的RNA片段

美国西北大学研究人员日前称，他们找到了一种在保持动物个体统一性上发挥重要作用的RNA片段。这种被称为miR-7的微RNA对分子网络的稳定性至关重要。研究人员称，该发现或许能进一步增加人们对癌细胞生存机制的认识，以解释癌细胞难以被人为控制的难题。相关研究公布在《细胞》杂志网站上。

《细胞》:美科学家发现控制个体稳定的RNA片段

美国西北大学研究人员日前称，他们找到了一种在保持动物个体统一性上发挥重要作用的RNA片段。这种被称为miR-7的微RNA对分子网络的稳定性至关重要。研究人员称，该发现或许能进一步增加人们对癌细胞生存机制的认识，以解释癌细胞难以被人为控制的难题。相关研究公布在《细胞》杂志网站上。

转运RNA衍生片段在心血管疾病中的研究进展

心血管疾病是影响人类健康、导致死亡的重要原因之一。转运RNA衍生片段(tRFs)在心血管疾病的发生、发展中起重要作用,包括参与心肌肥厚的代际遗传,调节血管平滑肌的增殖、迁移和表型转换等。但tRFs的很多作用机制仍不明确,需要大量的研究验证。本文主要概述了tRFs的分类、生物学功能,并对tRFs在心肌肥厚、主动脉夹层、血管平滑肌细胞表型转换中的研究进展进行总结、分析。

核酶的化学合成及其对烟草花叶病毒RNA片段的体外剪切

设计并用化学方法合成了针对烟草花叶病毒ＲＮＡ的核酶Ｒｚ－１及Ｒｚ－１小型化的核酶Ｒｚ－２以及它们的底物ＲＮＡ片段Ｓｂ．研究了两种核酶对底物Ｓｂ的体外催化活性，并把核酸Ｒｚ－１与生物合成的相同组成的核酶Ｒｚ－１’进行了比较试验．

水稻条纹病毒中国分离物和日本分离物RNA1片段序列比较

首次测定了我国水稻条纹叶枯病常年流行区的云南楚雄(CX)及病害暴发区的江苏洪泽(HZ)的RSV 2个分离物RNA1片段的全长序列,这2个分离物RNA1片段的全长序列均为8970 nts。同源性分析结果表明,HZ与日本T分离物的亲缘关系较CX与T分离物的亲缘关系更为接近。通过对纤细病毒属病毒RNA1编码的依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)氨基酸序列分析的结果表明,该蛋白除了具有RNA聚合酶特征的基元序列结构外,还存在mRNA的转录过程中所采取的加帽起始机制的保守性结构域位点,这表明,纤细病毒属病毒和布尼安病毒科病毒及甲型流感病毒一样,都是采取加帽起始机制进行转录的。

EuCAD基因小片段RNAi对烟草木质素合成的影响

【目的】深入研究尾叶桉(Eucalyptus urophylla)肉桂酰乙醇脱氢酶(CAD)基因序列中的关键片段并利用其进行木质素合成调控。【方法】采用生物信息学工具对EuCAD基因进行序列分析,根据编码蛋白保守结构域的分布情况进行筛选,获得一段44 bp关键序列用于构建RNA干扰载体并转化烟草,获得转基因植株并对基因表达水平、木质素含量等表型进行检测。【结果】获得28个转基因株系,转基因植株正常生长发育,与野生型无异,随机挑选3个株系进行检测,发现CAD基因表达水平均较野生型显著降低,以R1株系降幅最大,降至野生型的12.51%。对R1株系进一步检测发现,其茎部直径与野生型无异,但木质部厚度较野生型显著降低,其中第4节处降低11.75%,第6节处降低10.06%,茎部整体木质素含量较野生型降低15.26%。表明该RNAi片段显著抑制烟草中CAD基因表达并影响烟草木质素合成。【结论】通过序列分析筛选出的EuCAD基因小片段,可通过RNA干扰显著影响烟草木质素合成,为尾叶桉木质素合成调控研究提供了技术参考。

胃癌患者血浆长链非编码RNA ENST000005688931.1 RNA片段异质性分析

目的通过检测胃癌患者血浆中长链非编码RNA(lncRNA)ENST00000568893.1 RNA序列不同片段水平,探究RNA片段化分析作为筛选胃癌诊断标志物的可行性。方法依据lncRNA ENST00000568893.1 RNA全长序列将其分为3个不同序列片段,分别设计对应各RNA片段的PCR扩增引物,采用qRT-PCR方法检测lncRNA ENST00000568893.1 RNA不同片段在健康者、胃癌前病变和早期胃癌患者血浆中的含量。结果lncRNA ENST00000568893.1 RNA是以片段化形式存在于血浆中,其不同片段在同类型的血浆样本中含量不同,同一片段在不同类型的血浆中含量不同。结论基于lncRNA ENST00000568893.1 RNA片段在胃癌患者血浆中存在异质性,提示血浆RNA片段异质性可用于筛选胃癌标志物分子,将为肿瘤标志物分子的发现提供新的思路。

转运RNA衍生片段在消化系统恶性肿瘤中的研究进展

核酸内切酶可切割转运RNA(tRNA),产生一类异质性的小非编码RNA,即tRNA衍生片段(tRF)。在生物界中,tRF广泛存在,具有独特而多样的生物学功能,其在人类多种消化系统恶性肿瘤中异常表达,并在外周血循环中丰富且稳定表达,具有组织特异性。通过类似微RNA和蛋白海绵的作用机制,调控基因表达与翻译,参与肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭。因此,tRF有望成为新的肿瘤标志物和潜在的治疗靶点,但目前其生物学机制尚未完全阐明,有待未来进一步探索。

长片段非编码RNA及其功能

本文主要介绍了长片段非编码RNA的特性、功能以及与一些疾病的关系。

番茄环斑病毒5’RNA1保守片段的克隆及病毒检测

提取感染番茄环斑病毒TomatoRingspotNepovirus(TomRSV)的番杏 (TetragoniaExpansa)和葡萄品种赤霞珠(Vitis.cv.CabernetSauvignon)嫩叶及其阴性对照的总RNA ,根据NCBI中报道的TomRSV病毒四个分离物RNA15’端保守片段设计引物 ,对提取的总RNA进行RT -PCR扩增 ,获得长 4 5 0bp特异性片段 ,并克隆到PMD18-T载体中构建PT -TomRSV重组载体。以PT -TomRSV载体为阳性对照 ,以无毒赤霞珠叶片为阴性对照 ,对带毒赤霞珠葡萄叶片作番茄环斑病毒巢式PCR检测。

基于RNA条形码技术对新型冠状病毒的鉴定

旨在设计一种通过RNA条形码片段对SARS-CoV-2进行更快、更准确鉴定的技术。该技术基于NCBI数据库对所有Beta-CoV属以及7种HCoVs的序列进行筛选并构建序列库。通过生物信息学方法对序列库进行遗传多样性分析、遗传距离分析以及系统发育树的构建,从而测试条形码片段在不同情况下对鉴定SARS-CoV-2的准确性与稳定性。基于SNP位点对序列进行剪裁并利用NCBI的Blast功能将剪裁的片段进行打分,得到鉴别效果最优的条形码片段并可视化。结果表明,RNA条形码片段可以准确地将SARS-CoV-2从序列库内包含的所有毒株中鉴定出来,而通过Blast打分以及P值检验最终得到的2条条形码片段(分别位于ORF1ab和S基因编码区)对鉴定SARS-CoV-2具有很好的稳定性。RNA条形码技术不仅有利于探索SARS-CoV-2全基因组序列多态性与物种特异性遗传标记的关系,还有利于为SARS-CoV-2的鉴定技术提供新思路。

Science：CRISPR系统新发现!可将RNA片段整合进宿主基因组CRISPR（clusteredregularly—interspacedshortpalindromicrepeats，成簇的规律间隔性短回文重复序列）系统调控着许多种原核生物体内的适应性免疫应答

在Ⅰ型和Ⅱ型CRISPR系统中，CRISPR相关的Cas1和Cas2蛋白已被证实能够捕获来自入侵的病原体的短DNA片段，从而让细菌适应新的病原体威胁。在几种Ⅲ型CRISPR系统中，Cas1天然地与一种逆转录酶（reversetranscriptase，RT）融合在一起。

Science:CRISPR系统新发现!可将RNA片段整合进宿主基因组CRISPR(clustered regularly-interspaced short palindromic repeats,成簇的规律间隔性短回文重复序列)系统调控着许多种原核生物体内的适应性免疫应答

CRISPR本身其实就是细菌基因组DNA上的一段特殊的序列，这段序列倒是很有个性：几十个碱基构成的特殊DNA序列连续串联重复多次。在重复单元之间的间隔也差不多有几十个碱基那么长。但是这些间隔序列的构成却是千变万化毫无规律可循。

《自然》：研究发现与心脏衰老有关RNA片段

研究人员在新一期英国《自然》杂志发表报告说，他们通过动物实验发现一种与心脏衰老有关的核糖核酸（RNA）片段，这一成果有望为心血管疾病的防治提供新思路。