基于TCGA数据库构建头颈部鳞癌RNA甲基化调控因子预后模型

目的探讨RNA甲基化调控因子与头颈部鳞癌(HNSCC)患者预后的相关性。方法从TCGA数据库获取HNSCC样本与正常样本的基因表达谱及临床数据,评估43个RNA甲基化调控因子预测预后的价值。使用LASSO回归分析构建预后模型,将患者按风险评分划为高、低风险组,并对模型进行评估。根据高、低风险组差异表达的基因进行GO富集分析和ssGSEA分析。结果HNSCC组织中显著差异表达的RNA甲基化调控因子共有38个。LASSO回归模型中,高风险组的5年生存率低于低风险组(P<0.001)。单因素与多因素COX回归分析结果显示该评分模型是HNSCC患者独立的预后因素(P<0.05)。GO富集分析和ssGSEA分析提示高风险组的免疫功能可能受到抑制。结论RNA甲基化调控因子在HNSCC的预后中发挥重要作用。

甲状腺癌中m6A甲基化调控因子的表达及其预后价值

背景与目的:甲状腺癌发病率逐年升高,但其发病机制仍不清楚,阐述甲状腺癌的发病机制对改善甲状腺癌患者的预后至关重要。研究表明,m6A甲基化调控因子高度参与癌症发生发展,具有良好的潜在预后价值。因此,本研究通过生物信息学方法分析甲状腺癌中m6A甲基化调控因子的表达并构建基于m6A甲基化调控因子的甲状腺癌预后模型。方法:从TCGA数据库下载甲状腺癌m6A甲基化调控因子的表达数据和相应的临床病理资料,通过Wilcoxon检验分析20个m6A甲基化调控因子在肿瘤和正常组织的差异表达;用一致性聚类分析将甲状腺癌患者分为两个聚类,比较两个聚类患者临床病理因素和总体生存率的差异;Lasso Cox回归分析构建风险预测模型并用ROC曲线下面积(AUC)评估模型的预测能力。结果:19个m6A甲基化调控因子在甲状腺癌和正常组织表达具有统计学差异(均P<0.05),其中HNRNPC、IGF2BP2、FMR1在甲状腺癌组织中明显高表达,而其余表达下调。聚类分析示,cluster 1生存期低于cluster 2(P<0.05),颈淋巴结转移发生率明显高于cluster 2(P<0.01)。基于Lasso Cox回归分析筛选的4个基因(IGF2BP2、RBM15、YTHDF1、YTHDF3)构建风险评估模型,相比低风险组患者,高风险患者生存期明显缩短(P=0.007);ROC曲线示,该模型可以预测甲状腺癌患者的预后(AUC=0.731)。结论:m6A甲基化调控因子在甲状腺癌中存在差异表达,基于甲状腺癌中关键m6A甲基化调控因子所构建的预后风险模型具有较好的预测能力,可为临床决策提供一定的依据。

RNA甲基化识别蛋白YTH N6-甲基腺苷RNA结合蛋白2预测O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶甲基化的脑胶质瘤的化学治疗敏感性

目的研究RNA N6-腺苷酸甲基化(N6-methyladenosine,m6A)识别蛋白YTH N6-甲基腺苷RNA结合蛋白2(YTHDF2)与O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)甲基化胶质瘤化学治疗(简称化疗)抵抗的关联,并探索其潜在机制。方法共纳入中国脑胶质瘤基因图谱计划(CGGA)数据库中的325例胶质瘤患者,收集其一般及临床信息(包括患者的组织学病理和分子病理信息、总生存期、术后辅助性治疗信息和包含YTHDF2在内的基因表达谱信息)。利用Kaplan-Meier生存曲线和Logrank检验评价YTHDF2表达水平与替莫唑胺(TMZ)治疗敏感性及生存预后的关系。通过慢病毒感染体外构建YTHDF2稳定敲低的胶质瘤细胞模型,利用细胞活性检测试剂盒8(CCK-8试剂盒)检测不同YTHDF2表达水平细胞在TMZ处理后的存活率。通过基因集合富集分析(GSEA)和基因本体(GO)功能注释,分析YTHDF2表达升高参与TMZ治疗抵抗的潜在机制。结果临床数据库队列分析发现,m6A识别蛋白YTHDF2表达水平高的胶质母细胞瘤化疗治疗后总生存期显著短于YTHDF2表达水平低者(P<0.01)。经800、1500、2000μmol/L的TMZ处理48 h后,与对照shRNA比较,YTHDF2 shRNA1(800μmol/L的TMZ除外)和YTHDF2 shRNA2的细胞相对存活比例均明显降低,差异均具有统计学意义(均P<0.01)。生存分析结果表明,在MGMT甲基化组中,YTHDF2低表达水平患者的总体生存率明显高于YTHDF2高表达水平患者(P<0.05);在MGMT非甲基化组中,YTHDF2低高表达水平患者的总体生存率差异无统计学意义(P>0.05)。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释结果显示,表达升高的基因主要富集在与细胞因子介导的细胞间相互作用、细胞周期以及Janus激酶-信号转导和转录激活因子信号通路,而表达降低的基因主要富集在正常神经活动相关的信号通路。GSEA分析结果显示,YTHDF2高表达的胶质母细胞瘤基因富集与上皮间质转化、细胞分裂活动和核因子κB介导的肿瘤坏死因子α等特征密切相关。GO功能注释结果显示,在YTHDF2高表达组中,高表达的基因功能主要聚集在细胞周期和细胞因子相关的生物学过程中。结论RNA甲基化识别蛋白YTHDF2表达可用作预测和评估MGMT甲基化的胶质瘤化疗敏感性的分子指标。