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m^(6)A RNA甲基化调节因子与前列腺癌预后的关系
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作者 刘虹汝 宁静华 +3 位作者 张鑫 赵严红 屈润 张钰哲 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第12期1098-1105,共8页
目的探索N6-甲基腺嘌呤(m^(6)A)RNA甲基化调节因子(以下简称m^(6)A调节因子)与前列腺癌预后的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载416例前列腺癌样本和80例癌旁样本的临床病理数据及其mRNA相关数据,获取METTL3、METTL14、WTAP、... 目的探索N6-甲基腺嘌呤(m^(6)A)RNA甲基化调节因子(以下简称m^(6)A调节因子)与前列腺癌预后的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载416例前列腺癌样本和80例癌旁样本的临床病理数据及其mRNA相关数据,获取METTL3、METTL14、WTAP、RBM15、ZC3H13、YTHDC1、YTHDC2、YTHDF1、YTHDF2、HNRNPC、FTO和ALKBH5共12种m^(6)A调节因子。筛选出前列腺癌样本差异表达的m^(6)A调节因子。对前列腺癌组织样本进行无监督聚类分组,并比较其总体生存率的差异。进行多因素Cox回归分析,根据风险评分分为高风险组和低风险组,比较2组生存率。对临床病理因素进行风险评分,构建多因素Cox回归模型,评估预后预测价值。采用免疫组织化学染色方法检测前列腺癌组织中METTL14和FTO的表达。结果从12个m^(6)A调节因子中筛选出8个差异表达的调节因子。通过无监督聚类分析将前列腺癌样本分成3组,分别为Cluster 1、Cluster 2和Cluster 3,3组的生存时间存在显著差异。多因素Cox回归分析发现,METTL14和FTO与前列腺癌患者的预后密切相关。构建Cox回归模型,对前列腺癌患者进行风险评分,发现高、低风险组总生存率有统计学差异,且风险评分可作为独立预后指标。前列腺癌组织中METTL14和FTO蛋白阳性表达率明显高于癌旁组织(P<0.05)。结论本研究构建了基于m^(6)A调节因子的前列腺癌预后预测模型,其中风险评分可作为独立的预后指标,METTL14和FTO可作为诊断前列腺癌的分子标志物和治疗的潜在靶点。 展开更多
关键词 m^(6)A rna甲基化调节因子 前列腺癌 预后
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m^(6)A RNA甲基化调节因子与肝细胞癌预后的关系 被引量:1
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作者 裴晓健 贾宝学 田晓彤 《山东医药》 CAS 2021年第25期27-31,共5页
目的探讨N^(6)-甲基腺嘌呤(m^(6)A)RNA甲基化调节因子与肝细胞癌(HCC)预后的关系。方法从美国国家癌症研究所基因组数据共享中心下载HCC样本和正常对照样本的RNA-seq转录组数据,并收集HCC样本临床病理资料。从RNA-seq转录组数据中获取FT... 目的探讨N^(6)-甲基腺嘌呤(m^(6)A)RNA甲基化调节因子与肝细胞癌(HCC)预后的关系。方法从美国国家癌症研究所基因组数据共享中心下载HCC样本和正常对照样本的RNA-seq转录组数据,并收集HCC样本临床病理资料。从RNA-seq转录组数据中获取FTO、YTHDC2、YTHDC1、ALKBH5、KIAA1429、METTL3、HNRNPC、YTHDF2、RBM15、YTHDF1、WTAP、METTL14、ZC3H13等十三种m^(6)A RNA甲基化调节因子的表达数据,比较HCC样本和正常对照样本m^(6)A RNA甲基化调节因子表达。采用单因素Cox回归分析和Lasso Cox回归分析筛选与HCC预后相关的m^(6)A RNA甲基化调节因子,并构建风险模型,分析风险模型与HCC预后的关系。结果 HCC样本FTO、YTHDC2、YTHDC1、ALKBH5、KIAA1429、METTL3、HNRNPC、YTHDF2、RBM15、YTHDF1、WTAP表达均高于正常对照样本(P均<0.01),而两样本METTL14、ZC3H13表达比较差异均无统计学意义(P均>0.05)。YTHDF1、ZC3H13、YTHDF2、METTL3和KIAA1429等五种m^(6)A RNA甲基化调节因子是影响HCC预后的危险因素(P均<0.05)。其中,ZC3H13高表达者预后良好,而YTHDF1、YTHDF2、METTL3、KIAA1429高表达者预后较差。根据YTHDF1、ZC3H13、YTHDF2、METTL3、KIAA1429等五种m^(6)A RNA甲基化调节因子构建HCC预后风险模型,然后将HCC患者分为高风险者与低风险者,高风险者5年生存率明显低于低风险者(P<0.05);ROC曲线分析显示,该风险模型的曲线下面积为0.619。单因素和多因素Cox回归分析显示,风险模型评分是影响HCC预后的独立危险因素(P<0.01)。结论 m^(6)A RNA甲基化调节因子表达与HCC预后密切相关,有可能作为肿瘤诊断的分子标志物和潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 肝细胞癌 N^(6)-甲基腺嘌呤rna甲基化调节因子 预后
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低氧通过HIF-1α介导Hepcidin mRNA的去甲基化修饰促进高原红细胞增多症的分子机制研究
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作者 白洁 黄河 +2 位作者 张莲 浩光东 万玛草 《河北医学》 CAS 2024年第8期1250-1255,共6页
目的:探讨HIF-1α和Hepcidin在高原红细胞增多症致病机制中的作用。方法:招募和测定高原红细胞增多症(HAE组)和同一高海拔地区健康个体(HH组),以及出生于同一高海拔地区并在超过2年的时间段居住于低海拔地区的健康个体(LH组)外周血血红... 目的:探讨HIF-1α和Hepcidin在高原红细胞增多症致病机制中的作用。方法:招募和测定高原红细胞增多症(HAE组)和同一高海拔地区健康个体(HH组),以及出生于同一高海拔地区并在超过2年的时间段居住于低海拔地区的健康个体(LH组)外周血血红蛋白浓度[Hb]、血红蛋白质量(Hbmass)、血容量和外周血O_(2)饱和度(SpO_(2))。ELISA法测定上述个体外周血清HIF-1α和Hepcidin的水平。体外低氧诱导HepG2细胞,实验分组为Control组和Hypoxia组,测定细胞中HIF-1α和Hepcidin mRNA和蛋白质表达水平。m6A含量分析、RNA免疫共沉淀法(RIP)、双荧光素酶报告基因分析法,mRNA稳定性分析法深入探讨HIF-1α对Hepcidin mRNA的m6A去甲基化修饰的分子机制。结果:与LH组相比,HH组[Hb]、Hbmass水平和血容量升高,SpO_(2)降低;与HH组相比,HAE组[Hb]、Hbmass水平和血容量升高,SpO_(2)降低(P<0.05)。与Control组相比,Hypoxia组HIF-1αmRNA和蛋白质相对表达水平升高,Hepcidin mRNA和蛋白质相对表达水平降低(P<0.05)。与Control组相比,Hypoxia组HepG2细胞的m6A(%)水平降低(P<0.05)。mRNA稳定性分析HepG2细胞中Hepcidin mRNA水平,与Control组相比,Hypoxia组Hepcidin mRNA相对表达水平降低(P<0.05)。双荧光素酶报告基因分析结果显示,与共转染了Hepcidin 3'-UTR和shRNA NT组的HepG2细胞相比,共转染了Hepcidin 3'-UTR和HIF-1αshRNA组的HepG2细胞相对荧光素酶活性升高(P<0.05)。RIP结果显示,与IgG组相比,FTO Ab组Hepcidin 3'-UTR富集水平升高(P<0.05)。结论:低氧上调HIF-1α介导Hepcidin mRNA的去甲基化修饰参与高原红细胞增多症疾病进展。 展开更多
关键词 高原红细胞增多症 缺氧诱导因子-1Α 铁调素 m6A rna甲基修饰
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m5C甲基化修饰及其在肿瘤免疫治疗中的研究进展
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作者 陆云洋 杜维东 余东升 《口腔疾病防治》 2024年第2期143-148,共6页
表观遗传修饰在真核细胞生物学过程中有重要的调节作用。肿瘤免疫疗法是治疗癌症的重要手段和临床策略。5⁃甲基胞嘧啶(5⁃methylcytosine,m5C)是继N6甲基腺苷(N6⁃methyladenosine,m6A)之后发现的表观遗传调控网络的重要组成部分。RNA的m5... 表观遗传修饰在真核细胞生物学过程中有重要的调节作用。肿瘤免疫疗法是治疗癌症的重要手段和临床策略。5⁃甲基胞嘧啶(5⁃methylcytosine,m5C)是继N6甲基腺苷(N6⁃methyladenosine,m6A)之后发现的表观遗传调控网络的重要组成部分。RNA的m5C甲基化修饰能影响被修饰RNA分子的命运,并在包括RNA稳定性、蛋白质合成和转录调控在内的各种生物学过程中发挥重要作用。最近研究表明,m5C甲基转移酶、去甲基化酶、甲基化识别蛋白与多种细胞生物学过程和系统性疾病有关,包括肿瘤的发生、转移和肿瘤免疫微环境等。m5C甲基化修饰可在多个水平上广泛影响基因表达和肿瘤发生发展的生物学过程,但其具体机制及与其他表观遗传修饰的相互作用尚未阐明,其在恶性肿瘤中的调控机制、风险评估和靶向治疗的研究有待深入。本文将从m5C的动态调节网络、m5C修饰在实体瘤中的生物学作用及在肿瘤免疫治疗中的潜在靶点等进行综述。 展开更多
关键词 肿瘤 表观遗传修饰 甲基修饰 5⁃甲基胞嘧啶 N6甲基腺苷 rna甲基 免疫治疗 肿瘤微环境 m5C调节蛋白
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黏着斑激酶相关性鸟苷三磷酸酶调节因子基因启动子甲基化特异性PCR法的建立与初步应用 被引量:1
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作者 钱震 林江 +5 位作者 钱军 姚冬明 王雅丽 韩兰秀 朱照辉 肖高飞 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期408-410,共3页
目的建立甲基化特异性PCR(MSP)技术检测黏着斑激酶相关性鸟苷三磷酸酶调节因子(GRAF)基因启动子甲基化。方法设计针对GRAF基因启动子的MSP引物,建立MSP检测体系,对不同DNA模板进行检测,评价方法的特异性、重复性和灵敏度;对10例急性髓... 目的建立甲基化特异性PCR(MSP)技术检测黏着斑激酶相关性鸟苷三磷酸酶调节因子(GRAF)基因启动子甲基化。方法设计针对GRAF基因启动子的MSP引物,建立MSP检测体系,对不同DNA模板进行检测,评价方法的特异性、重复性和灵敏度;对10例急性髓系白血病(AML)标本进行检测。结果建立的MSP方法仅能扩增出甲基化阳性模板,不能扩增出未甲基化阳性模板和未硫化处理的DNA模板;检测不同稀释度的甲基化阳性模板,其最大灵敏度可达2%;在不同时间进行MSP检测的结果均一致;对10例AML患者的初步检测发现7例存在着GRAF基因启动子甲基化。结论成功建立了检测GRAF基因启动子甲基化的MSP方法,有良好的特异性、灵敏度和重复性,可用于临床AML标本的批量检测。 展开更多
关键词 黏着斑激酶相关性鸟苷三磷酸酶调节因子 甲基特异性PCR 甲基
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DNA甲基化,转录因子及转录调节
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作者 徐文 伍勇 《国际检验医学杂志》 CAS 2009年第11期1077-1079,1081,共4页
表观遗传学是近年来发现的重要肿瘤形成机制之一,而DNA甲基化是其最为常见的方式。DNA甲基化可以通过多种方式参与基因的转录调节,本文就DNA甲基化对各种常见转录因子的不同调节方式及其生物学效应作一综述,以期有助于对转录调控机制的... 表观遗传学是近年来发现的重要肿瘤形成机制之一,而DNA甲基化是其最为常见的方式。DNA甲基化可以通过多种方式参与基因的转录调节,本文就DNA甲基化对各种常见转录因子的不同调节方式及其生物学效应作一综述,以期有助于对转录调控机制的进一步了解,为表观遗传和肿瘤研究等提供一些新的思路。 展开更多
关键词 DNA甲基 转录因子 调节元件 转录
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RNAm^(5)C甲基化修饰在消化系统癌症中的作用机制
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作者 张心煜 程文栎 张文娟 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS 北大核心 2023年第3期259-266,共8页
RNA的5-甲基胞嘧啶(m^(5)C)甲基化是一种常见的转录后修饰类型,该RNA甲基化修饰过程受到RNA m^(5)C甲基转移酶及其结合蛋白等调控体系的联合作用。RNA m^(5)C甲基化调控与消化系统癌症密切相关,其水平异常影响癌症的发生发展进程,m^(5)... RNA的5-甲基胞嘧啶(m^(5)C)甲基化是一种常见的转录后修饰类型,该RNA甲基化修饰过程受到RNA m^(5)C甲基转移酶及其结合蛋白等调控体系的联合作用。RNA m^(5)C甲基化调控与消化系统癌症密切相关,其水平异常影响癌症的发生发展进程,m^(5)C水平升高可促进特定的癌细胞增殖、侵袭和迁移。RNA m^(5)C甲基化及调节体系有望成为消化系统癌症的新型生物标志物,为其预防、干预和治疗提供潜在的作用靶点。 展开更多
关键词 rna甲基 5-甲基胞嘧啶(m^(5)C) 系统癌症 m^(5)C调节因子
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基于TCGA数据库构建头颈部鳞癌RNA甲基化调控因子预后模型
8
作者 彭颐 宗丹 +1 位作者 葛宜枝 何侠 《中国肿瘤外科杂志》 CAS 2022年第4期318-325,共8页
目的探讨RNA甲基化调控因子与头颈部鳞癌(HNSCC)患者预后的相关性。方法从TCGA数据库获取HNSCC样本与正常样本的基因表达谱及临床数据,评估43个RNA甲基化调控因子预测预后的价值。使用LASSO回归分析构建预后模型,将患者按风险评分划为... 目的探讨RNA甲基化调控因子与头颈部鳞癌(HNSCC)患者预后的相关性。方法从TCGA数据库获取HNSCC样本与正常样本的基因表达谱及临床数据,评估43个RNA甲基化调控因子预测预后的价值。使用LASSO回归分析构建预后模型,将患者按风险评分划为高、低风险组,并对模型进行评估。根据高、低风险组差异表达的基因进行GO富集分析和ssGSEA分析。结果HNSCC组织中显著差异表达的RNA甲基化调控因子共有38个。LASSO回归模型中,高风险组的5年生存率低于低风险组(P<0.001)。单因素与多因素COX回归分析结果显示该评分模型是HNSCC患者独立的预后因素(P<0.05)。GO富集分析和ssGSEA分析提示高风险组的免疫功能可能受到抑制。结论RNA甲基化调控因子在HNSCC的预后中发挥重要作用。 展开更多
关键词 rna甲基调控因子 头颈部鳞癌 预后 TCGA
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补气通络解毒方对胰腺癌模型小鼠肿瘤高甲基化基因1、沉默信息调节因子、Shh蛋白浓度的影响 被引量:4
9
作者 苏全武 胡波 《实用临床医药杂志》 CAS 2018年第17期36-39,共4页
目的观察补气通络解毒方对胰腺癌模型小鼠肿瘤高甲基化基因1(HIC1)、沉默信息调节因子(SIRT_1)、Shh蛋白浓度的影响。方法将30只裸鼠随机分为3组各10只,采用癌细胞种移植法造模。造模成功后,空白组和模型组给予生理盐水灌胃,治疗组给予... 目的观察补气通络解毒方对胰腺癌模型小鼠肿瘤高甲基化基因1(HIC1)、沉默信息调节因子(SIRT_1)、Shh蛋白浓度的影响。方法将30只裸鼠随机分为3组各10只,采用癌细胞种移植法造模。造模成功后,空白组和模型组给予生理盐水灌胃,治疗组给予补气通络解毒方灌胃,连续14 d。治疗结束后,处死裸鼠,取出瘤组织,以WB法检测各组标本的HIC1、SIRT_1、Shh蛋白浓度。结果 3组HIC 1、SIRT 1、Shh蛋白浓度比较有显著差异(P<0.05)。结论补气通络解毒方对模型小鼠HIC1、SIRT_1、Shh蛋白浓度有调节的作用。 展开更多
关键词 补气通络解毒方 胰腺癌 肿瘤高甲基基因1 沉默信息调节因子 Shh蛋白
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m^6A甲基化调节因子影响口腔鳞状细胞癌生存预后的生物信息学分析 被引量:2
10
作者 徐莉 余程 杜习金 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期443-449,共7页
目的分析m^6A甲基化调节因子对口腔鳞状细胞癌(OSCC)生存预后的影响,探寻相关信号通路和预后相关基因,为OSCC的治疗与预后评估提供候选靶点。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中OSCC的数据,提取m^6A相关基因的表达。使用R软件分析m^6... 目的分析m^6A甲基化调节因子对口腔鳞状细胞癌(OSCC)生存预后的影响,探寻相关信号通路和预后相关基因,为OSCC的治疗与预后评估提供候选靶点。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中OSCC的数据,提取m^6A相关基因的表达。使用R软件分析m^6A甲基化调节因子基因间的相关性、对m^6A甲基化调节因子的基因进行样品聚类分析,并对聚类分组的患者做生存分析和差异性比较。然后,对聚类分组的样本进行基因集富集分析(GSEA)。最后,筛选出m^6A甲基化调节因子中OSCC的预后相关基因。结果OSCC样本分成cluster1和cluster2两组,cluster1的生存期显著低于cluster2,其肿瘤级别显著高于cluster2(均P<0.05)。m^6A甲基化调节因子基因间具有相关性。单因素Cox分析发现YTH结构域结合蛋白2(YTHDF2)、异质核糖蛋白C(HNRNPC)和甲基转移酶样因子14(METTL14)是预后相关基因。GSEA分析显示,m^6A甲基化调节因子的基因主要涉及肿瘤发生与恶化相关的生物学功能和通路。结论m^6A甲基化调节因子对OSCC生存预后产生影响并反映其恶性程度,其中YTHDF2、HNRNPC和METTL14是预后相关基因,可以作为OSCC治疗和预后评估的候选分子靶点。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 生物信息学 m^6 A甲基调节因子 预后
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沉默信息调节因子1基因启动子DNA甲基化在老年钙化性心脏瓣膜病中的临床意义研究 被引量:3
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作者 陈泽伦 赵朝阳 王石坚 《中国心血管病研究》 CAS 2021年第11期979-981,共3页
目的探讨沉默信息调节因子1(SIRT1)基因启动子区域DNA甲基化修饰变化与老年钙化性心脏瓣膜病的相关性。方法选取我院2020年2月至2021年1月就诊的老年钙化性心脏瓣膜病患者60例,另纳入同期体检的健康老年40例作为对照。甲基化特异性PCR检... 目的探讨沉默信息调节因子1(SIRT1)基因启动子区域DNA甲基化修饰变化与老年钙化性心脏瓣膜病的相关性。方法选取我院2020年2月至2021年1月就诊的老年钙化性心脏瓣膜病患者60例,另纳入同期体检的健康老年40例作为对照。甲基化特异性PCR检测SIRT1基因启动子区域甲基化率,荧光定量PCR检测SIRT1 m RNA表达,ELISA检测SIRT1蛋白和NF-κB蛋白表达。结果观察组SIRT1基因启动子区域甲基化率为63.3%(38/60),显著高于对照组的37.5%(15/40)(P<0.01)。甲基化组SIRT1 m RNA的2-ΔΔCt值显著低于非甲基化组[(0.22±0.05)比(0.36±0.07),P<0.01],甲基化组SIRT1蛋白表达水平显著低于非甲基化组[(82.34±11.56)μmol/L比(143.24±18.73)μmol/L,P<0.01],甲基化组NF-κB蛋白表达水平显著高于非甲基化组[(126.48±17.32)μmol/L比(41.53±7.26)μmol/L,P<0.01]。老年钙化性心脏瓣膜病SIRT1 m RNA与NF-κB蛋白表达呈显著负相关(P<0.05),SIRT1蛋白表达与NF-κB蛋白表达呈显著负相关(P<0.05)。结论老年钙化性心脏瓣膜病患者SIRT1基因启动子区域高甲基化变化,导致SIRT1表达减低,激活炎症反应,可能参与其致病过程。 展开更多
关键词 沉默信息调节因子1 老年钙性心脏瓣膜病 甲基修饰
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长链非编码RNA调控转录因子21基因启动子的去甲基化
12
作者 沈奇骢 张迁 +2 位作者 Arab K Park YJ Lindroth AM 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期629-629,共1页
德国美茵兹大学分子生物学研究所的Niehrs教授和他的研究团队发现,长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)TARID(TCF21 antisense RNA inducing demethylation)可通过募集生长阻滞与DNA损伤诱导蛋白45A(growth arrest and DNAda... 德国美茵兹大学分子生物学研究所的Niehrs教授和他的研究团队发现,长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)TARID(TCF21 antisense RNA inducing demethylation)可通过募集生长阻滞与DNA损伤诱导蛋白45A(growth arrest and DNAdamage-inducible,alpha,GADD45A)/胸腺嘧啶DNA糖基化酶(thymine-DNA glycosylase,TDG)实现肿瘤抑制基因转录因子21(trascriptor factor 21,TCF21)启动子的去甲基化,从而激活TCF21的表达。其相关研究成果发表在今年8月21日的Molecular Cell杂志上。DNA甲基化是一种广泛参与基因表达调控的动态可逆的表观遗传修饰,在正常的生理条件以及一些病理过程中均起着重要作用。通常DNA的甲基化抑制基因转录,代表着基因功能的"关闭"。 展开更多
关键词 非编码rna 基因转录因子 基因表达调控 基因启动子 甲基 长链 ANTISENSE DNA糖基
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囊性纤维化跨膜传导调节因子在上皮性卵巢癌中的表达及机制研究 被引量:1
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作者 吴昊 相俊 +3 位作者 王丰 李惠明 孙云燕 王炎秋 《同济大学学报(医学版)》 CAS 2015年第5期18-22,28,共6页
目的分析囊性纤维化跨膜传导调节因子(cystic fibrosis transmembrane conductance regulator,CFTR)在人肿瘤组织中的表达特征,探讨其临床应用价值。方法采用甲基化特异性PCR检测上皮性卵巢癌组织中CFTR甲基化发生率;采用免疫组织化学... 目的分析囊性纤维化跨膜传导调节因子(cystic fibrosis transmembrane conductance regulator,CFTR)在人肿瘤组织中的表达特征,探讨其临床应用价值。方法采用甲基化特异性PCR检测上皮性卵巢癌组织中CFTR甲基化发生率;采用免疫组织化学法检测卵巢癌组织标本及良性肿瘤组织中CFTR蛋白的表达,分析其表达与临床病理分级的关系及CFTR对卵巢癌细胞侵袭能力的影响。结果卵巢癌中CFTR甲基化发生率大于50%,同时其蛋白表达明显降低,且卵巢癌中CFTR的表达与卵巢癌的病理分级呈正相关性。CFTR去甲基化处理后,细胞凋亡增加。结论 CFTR在卵巢癌中发挥抑癌作用,可能成为新的肿瘤标志物用于卵巢癌的早期诊断及对病情进展的检测。 展开更多
关键词 囊性纤维跨膜传导调节因子 甲基 免疫组织 上皮性卵巢肿瘤
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KDR siRNA对乳癌细胞凋亡和NES1与RUNX3基因甲基化影响 被引量:1
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作者 许秀娥 徐宏伟 +2 位作者 葛银林 张金玉 冯翠萍 《青岛大学医学院学报》 CAS 2010年第4期295-297,300,共4页
目的探讨体外水平利用化学修饰的小干扰RNA(siRNA)敲减含激酶插入区受体(KDR)基因治疗乳癌的可行性和特异性。方法采用阳离子脂质体Lipofectamine 2000TM作为转染试剂,将针对人KDR基因的siRNA转染人乳癌细胞株MCF-7敲减KDR基因的表达。... 目的探讨体外水平利用化学修饰的小干扰RNA(siRNA)敲减含激酶插入区受体(KDR)基因治疗乳癌的可行性和特异性。方法采用阳离子脂质体Lipofectamine 2000TM作为转染试剂,将针对人KDR基因的siRNA转染人乳癌细胞株MCF-7敲减KDR基因的表达。通过Hoechst 33258染色观察MCF-7细胞的凋亡情况;采用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测NES1基因和RUNX3基因甲基化状态和mRNA的转录水平。结果靶向KDR的siRNA转染MCF-7细胞后可诱导细胞凋亡,NES1基因和RUNX3基因甲基化程度降低,出现非甲基化条带,同时mRNA表达上调。结论KDR siRNA在体外能逆转MCF-7细胞的NES1基因和RUNX3基因甲基化,并诱导细胞凋亡。 展开更多
关键词 rna干扰 MCF-7细胞 血管内皮生长因子受体2 甲基 细胞凋亡
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肾透明细胞癌患者肾组织干扰素调节因子6基因启动子区甲基化与总生存率的相关性研究
15
作者 张洁心 陈灿 +3 位作者 卫宇昂 陈林媛 邵鹏飞 徐华国 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2024年第2期150-156,共7页
目的探讨干扰素调节因子6(IRF6)基因启动子甲基化在判断肾透明细胞癌(KIRC)患者预后中的价值。方法收集2016年1月至2020年1月在南京医科大学第一附属医院首诊的50例KIRC患者的原发灶组织,采用免疫组化法检测其IRF6蛋白的表达情况,并分析... 目的探讨干扰素调节因子6(IRF6)基因启动子甲基化在判断肾透明细胞癌(KIRC)患者预后中的价值。方法收集2016年1月至2020年1月在南京医科大学第一附属医院首诊的50例KIRC患者的原发灶组织,采用免疫组化法检测其IRF6蛋白的表达情况,并分析IRF6表达水平与患者生存及肿瘤转移的关系。使用生物信息学方法分别比较KIRC和正常肾组织中IRF6的mRNA及蛋白水平差异,基于大数据库分析癌和癌旁组织中IRF6基因启动子区甲基化率差异;将IRF6基因启动子区甲基化状态与患者总生存率(OS)进行统计分析,筛选出呈现显著负相关的区域,利用细胞系体外验证该启动子区甲基化区域与IRF6转录水平的关系。结果KIRC组织中IRF6 mRNA和蛋白水平均显著低于正常样本(P<0.05),该现象在死亡或发生肿瘤转移的KIRC患者中较为突出。KIRC组织中IRF6基因启动子区甲基化程度远高于临近正常肾组织,并且IRF6基因启动子区甲基化与IRF6 mRNA之间存在显著负相关性(R=-0.52)。IRF6基因启动子区域cg12034118和cg16030177的甲基化程度越高,患者OS越短且预后越差;体外KIRC细胞系实验证实,仅cg12034118中有20个CpG位点呈高度甲基化,使用去甲基化试剂5-Aza-CdR处理KIRC细胞系后IRF6转录水平可呈时间和剂量依赖显著性上调(P<0.05)。结论KIRC患者肾组织中IRF6基因启动子区甲基化与OS密切相关。cg12034118提示可作为供实验室检测的生物标志物,其高甲基化率对KIRC患者的预后判断有一定参考价值。 展开更多
关键词 干扰素调节因子6 肾透明细胞癌 甲基 总生存率
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长链非编码RNA在急性肺损伤中的作用及分子调控机制研究进展 被引量:1
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作者 罗飞 张红 《山东医药》 CAS 2024年第6期93-97,共5页
急性肺损伤(ALI)是临床上常见的危重症之一。长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非蛋白质编码RNA,在染色质形成、转录和转录后翻译等基因表达水平直接或间接参与ALI的发生发展。lncRNA核富集丰富转录物1、lncRNA HOX转... 急性肺损伤(ALI)是临床上常见的危重症之一。长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非蛋白质编码RNA,在染色质形成、转录和转录后翻译等基因表达水平直接或间接参与ALI的发生发展。lncRNA核富集丰富转录物1、lncRNA HOX转录反义基因间RNA及lncRNA牛磺酸上调1等lncRNA可作为竞争性内源RNA,与miR-26a-5p、miR-17-5p及miR-34b-5p等微小RNA结合,调节Wnt1诱导的信号通路蛋白1、Rho关联含卷曲螺旋结合蛋白激酶1蛋白及自噬相关蛋白等下游相关蛋白的表达,参与ALI的发生发展。LncRNA可能通过调控DNA甲基化、组蛋白修饰,在表观遗传水平参与ALI的发生发展;L通过组装转录激活因子和抑制因子,调节白细胞介素6(IL-6)、IL-17、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3/9等蛋白质的转录,在转录水平参与ALI的发生发展;与多种RNA结合蛋白相互作用,在转录后水平调控ALI的发生发展。 展开更多
关键词 长链非编码rna lncrna核富集丰富转录物1 lncrna HOX转录反义基因间rna lncrna牛磺酸上调1 微小rna DNA甲基 转录激活因子 rna结合蛋白 急性肺损伤
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转录因子CREB调节小鼠CD4+淋巴细胞中miR-30a的表达
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作者 韩晶晶 王萱若 +4 位作者 张欣怡 高涵 成秀梅 杨留才 曲学彬 《基础医学与临床》 2023年第8期1229-1233,共5页
目的研究CD4^(+)淋巴细胞系中转录因子cAMP反应元件结合蛋白(CREB)对miR-30a的表达调节作用。方法利用UCSC和Ensembl网站确定miR-30a基因启动子区;EMBOSS Cpgplot网站分析启动子区DNA序列的甲基化情况;ECR Browser网站分析启动子区转录... 目的研究CD4^(+)淋巴细胞系中转录因子cAMP反应元件结合蛋白(CREB)对miR-30a的表达调节作用。方法利用UCSC和Ensembl网站确定miR-30a基因启动子区;EMBOSS Cpgplot网站分析启动子区DNA序列的甲基化情况;ECR Browser网站分析启动子区转录因子结合区域及其保守性;JASPAR数据库筛选启动子区结合的转录因子;染色质免疫沉淀检测小鼠CD4^(+)淋巴细胞中miR-30a基因启动子区CREB的结合量;依据培养基中是否添加CREB抑制剂KG-501将小鼠CD4^(+)淋巴细胞分为对照组、溶剂对照组和KG-501处理组,RT-qPCR检测KG-501对细胞中miR-30a表达的影响。结果miR-30a基因启动子区未发现可被甲基化的CpG岛;启动子区含有高保守性的转录因子结合序列,其中包含多个CREB的结合位点;转录因子CREB直接结合于miR-30a基因启动子区的上游区段;添加KG-501可明显下调细胞中miR-30a的表达(P<0.05)。结论转录因子CREB直接结合于小鼠CD4^(+)淋巴细胞中miR-30a基因启动子区的特定位点,调节miR-30a的表达。 展开更多
关键词 微小rna DNA甲基 转录因子 CAMP反应元件结合蛋白
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N^6-甲基腺苷依赖的信使RNA稳定性调节 被引量:1
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作者 陈桂玲 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期267-267,共1页
N^6-甲基腺苷(N^6-methyladenosine,m^6 A)修饰是现今最常见的高等真核生物信使RNA(mRNA)内部(非帽子结构)修饰,是在转录后由m^6A甲基转移酶(如MT-A70)在序列的G(m^6A)C(70%)或A(m^6A)C(30%)部位上加工形成的。这... N^6-甲基腺苷(N^6-methyladenosine,m^6 A)修饰是现今最常见的高等真核生物信使RNA(mRNA)内部(非帽子结构)修饰,是在转录后由m^6A甲基转移酶(如MT-A70)在序列的G(m^6A)C(70%)或A(m^6A)C(30%)部位上加工形成的。这种修饰对于细胞的存活和发育是必不可少的,但其确切作用仍有待进一步研究。 展开更多
关键词 N^6-甲基腺苷 信使rna稳定性调节 甲基 生物学功能
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研究揭示甲基化修饰调控棉花纤维伸长新机制
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《农业科技与信息》 2023年第7期79-79,共1页
中国农业科学院棉花研究所棉花分子遗传改良创新团队揭示了N6-甲基腺苷(m6 A)甲基化调控纤维伸长的分子机制,对棉花纤维品质的遗传改良具有指导意义。相关研究成果发表在《植物杂志》上。该研究对陆地棉短纤维突变体和陆地棉野生型的棉... 中国农业科学院棉花研究所棉花分子遗传改良创新团队揭示了N6-甲基腺苷(m6 A)甲基化调控纤维伸长的分子机制,对棉花纤维品质的遗传改良具有指导意义。相关研究成果发表在《植物杂志》上。该研究对陆地棉短纤维突变体和陆地棉野生型的棉纤维进行研究,构建了陆地棉纤维N6-甲基腺苷甲基化图谱,发现N6-甲基腺苷甲基化可以影响纤维伸长相关基因及转录因子信使RNA的稳定性。 展开更多
关键词 棉花纤维品质 甲基修饰 信使rna 创新团队 转录因子 分子机制 新机制
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IGF_(2)BP_(1)调控lncRNA NEAT1在类风湿关节炎中的作用
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作者 肖剑伟 蔡旭 +3 位作者 黄新民 洪易炜 颜真波 陈新鹏 《临床与病理杂志》 CAS 2024年第3期354-362,共9页
目的:类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种常见的全身性自身免疫疾病,可能导致关节变形和功能障碍。本研究旨在探索胰岛素样生长因子-2 mRNA结合蛋白1(insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1,IGF_(2)BP_(1))在R... 目的:类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种常见的全身性自身免疫疾病,可能导致关节变形和功能障碍。本研究旨在探索胰岛素样生长因子-2 mRNA结合蛋白1(insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1,IGF_(2)BP_(1))在RA中的表达水平,以及其对长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)核丰富转录本1(nuclear paraspeckle assembly transcript 1,NEAT1)稳定性的影响和在RA发病机制中的作用。方法:通过GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取RA数据集,并将其分为正常对照组和RA组,使用R软件分析获取N^(6)-甲基腺苷(N^(6)-methyladenosine,m^(6)A)相关的甲基化酶的表达量并进行差异分析。分析差异表达的m^(6)A甲基化酶与lncRNA NEAT1的相关性。通过在线网站ENCORI预测与lncRNA NEAT1结合的蛋白质,并与lncRNA NEAT1表达相关的m^(6)A甲基化酶取交集,从而获取关键基因。通过RNA蛋白质相互作用分析实验(RNA pull-down)验证在RA滑膜细胞中NEAT1与关键基因结合的情况。通过蛋白质印迹法验证关键基因在正常滑膜细胞和RA滑膜细胞中的表达水平。在RA滑膜细胞中转染关键基因的小干扰RNA,通过real-time RT-PCR检测NEAT1在滑膜细胞中的表达水平。结果:差异分析结果显示:与正常对照组相比,共有8个m^(6)A甲基化基因在RA组中存在差异表达,其中IGF_(2)BP_(1)、甲基转移酶样蛋白14(methyltransferase 14,N^(6)-adenosine-methyltransferase subunit,MEEEL14)与lncRNA NEAT1存在相关性;ENCORI预测结果显示:共有23个蛋白质能够与lncRNA NEAT1结合,与NEAT1共表达m^(6)A甲基化酶取交集,获得NEAT1相关m^(6)A甲基化蛋白IGF_(2)BP_(1)。蛋白质印迹法显示:与正常对照组相比,RA组中IGF_(2)BP_(1)蛋白在RA滑膜细胞中表达升高(P<0.05);RNA pull-down结果显示IGF_(2)BP_(1)蛋白与NEAT1结合;real-time RT-PCR的结果表明:敲减IGF_(2)BP_(1)可显著降低NEAT1 mRNA表达水平(P<0.01)。结论:IGF_(2)BP_(1)可能通过稳定lncRNA NEAT1表达参与RA发病,调控IGF_(2)BP_(1)水平可能是一种新的治疗RA的方法。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 N6-甲基腺苷甲基 长链非编码rna核丰富转录本1 胰岛素样生长因子-2 mrna结合蛋白1 生物信息学
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