基于小RNA转录组测序的扩展青霉胞内microRNA研究

微小RNA(miRNA)在真核基因表达调控中具有广泛的作用.为了探索miRNA在分子水平上对采后病原菌扩展青霉发育及致病力形成的影响,对扩展青霉菌丝进行了小RNA转录组测序分析.共检测到1个已知miRNA和17个新预测的miRNA,揭示了它们的序列、前体结构和潜在的靶基因信息,并与指状青霉胞内miRNA进行了比较分析.

基于转录组测序分析并验证与肝癌预后相关的miRNA

目的:利用转录组RNA测序分析筛选与肝癌(HCC)预后相关的miRNA。方法:对正常肝细胞HL7702和HCC细胞Huh7、HepG2和Hep3B进行转录本RNA测序,筛选出HCC细胞与正常肝细胞之间的差异表达miRNAs,对差异表达miRNAs进行生物信息学分析,RT-qPCR验证miR-429表达水平,文献分析miR-429与HCC关系。结果:筛选出在Huh7、HepG2和Hep3B中差异表达的miRNAs共100个,其中上调39个,下调61个;KEGG通路分析表明,差异表达miRNAs主要富集于在多糖降解、癌症中的蛋白聚糖、ErbB等信号通路,其中miR-429在4条信号通路中被富集到。转录组RNA测序和RT-qPCR实验显示miR-429在HCC细胞中高表达,利用Kaplan-Meier plotter数据库对其进行生存分析发现,miR-429高表达的HCC患者总体生存期短(HR=1.63,95%CI:1.14~2.31,P<0.05),文献分析发现miR-429在HCC组织和细胞中高表达,且miR-429高表达是HCC患者生存时间的危险因素。结论:miRNA在HCC细胞和正常肝细胞中存在表达差异,筛选出在HCC细胞中高表达的miR-429有望作为HCC患者预后标志物。

基于转录组RNA测序分析牙髓炎中的核心基因

目的:筛选炎症牙髓与健康牙髓的差异表达基因。方法:对5例炎症牙髓样本和6例健康牙髓样本进行转录组RNA测序,筛选差异表达基因,进行生物信息学分析。结果:一共筛选出1216个差异表达基因,包括831个上调基因和385个下调基因。GO分析结果显示,差异基因主要富集于炎症反应、免疫反应和细胞粘附等功能;KEGG通路分析表明,差异基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、破骨细胞分化等炎症相关通路。基因集富集分析结果也富集于炎症反应通路、TNF-α信号通路以及IL6/JAK/STAT3信号通路。根据PPI网络中的节点连通度,共筛选出10个与牙髓炎相关的核心基因:PTPRC、ITGAM、CD86、IL10、TLR4、ITGB2、TYROBP、SPI1、LCP2、TLR2。结论:炎症牙髓与健康牙髓在整体基因表达上存在较显著的差异,差异表达基因大多富集于炎症和免疫反应的功能及信号通路,相关基因具有作为牙髓炎诊断生物标志物的潜在价值。

免疫细胞单细胞测序对肿瘤免疫治疗疗效预测的意义

免疫检查点抑制剂及CAR-T细胞的基础及临床转化研究已成为肿瘤研究的热点之一。免疫治疗已在多种类型的肿瘤中应用,并可观察到持续的应答和显著的生存优势,但仍有部分患者并未受益,如何对免疫治疗疗效进行有效的预测,是亟待解决的问题。单细胞测序技术是在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性,破解多种类型肿瘤的免疫微环境及外周血循环免疫细胞的亚型及图谱,分析肿瘤细胞及肿瘤微环境的异质性,在发掘新的疾病诊断标志物、分辨细胞亚型、治疗靶标及在个体化治疗方面具有独特的优势。

甲型H1N1流行性感冒患者疾病严重程度预测指标的初探

目的分析轻症和重症甲型H1N1流行性感冒(以下简称流感)患者外周血转录组的差异,评估影响患者疾病严重程度的指标。方法纳入2018年1月至5月上海复旦大学附属华山医院确诊的10例甲型H1N1流感患者(轻症组与重症组各5例),以健康人群(5名)作为对照。采集研究对象的外周血进行RNA转录组测序并分析其结果。计量资料比较采用t检验和Mann-Whitney U检验,计数资料比较采用Fisher确切概率法。转录组测序结果的数据分析采用生物信息学方法。结果重症组患者血小板计数为(163.4±21.5)×109/L,低于轻症组患者的(255.6±52.5)×109/L,差异有统计学意义(t=3.636,P=0.007)。两组患者的性别、年龄、白细胞计数、中性粒细胞比例、淋巴细胞比例和血红蛋白值的差异均无统计学意义(均P>0.05)。外周血转录组研究结果显示,重症组患者的外周血基质金属蛋白酶8(matrix metalloproteinase 8,MMP8)测序结果的平均值为18.41,高于轻症组的2.33及健康对照组的1.43,差异均有统计学意义(均P<0.01)。基质金属蛋白酶9(matrix metalloproteinase 9,MMP9)的平均值在重症组为174.00,高于轻症组的22.91和健康对照组的34.65,差异均有统计学意义(均P<0.01)。结论MMP8及MMP9有望作为判断甲型H1N1流感患者疾病严重程度的分子生物学标志物。

中药复方MAJ100对三阴性乳腺癌细胞的抑制与机制初探

目的探究中药复方MAJ100对三阴性乳腺癌(TNBC)细胞的抑制作用,初步研究其机制。方法通过CCK-8以及细胞克隆形成能力测定细胞活力;借助流式细胞仪检测细胞的凋亡;采用Transwell细胞实验揭示MAJ100对肿瘤细胞迁移的影响;结合转录组测序结果探讨其作用机制。结果MAJ100以时间剂量依赖方式抑制MDA-MB-231细胞的活力,诱导肿瘤细胞凋亡,且抑制细胞增殖和迁移。MAJ100对TNBC的抑制可能与上调CDKN1A、下调CCNB1、CCNB2、CDK1等基因表达,抑制肿瘤细胞周期、影响P53信号通路有关。结论MAJ100可能通过多靶点、多途径抑制TNBCMDA-MB-231细胞的活性和迁移,并促进细胞凋亡。

特应性皮炎外周血单个核细胞潜在生物标志物的筛选及初步验证

目的探索特应性皮炎(AD)与健康对照者外周血单个核细胞(PBMC)转录组差异,筛选出AD潜在的生物标志物并进行初步验证。方法收集2021年1月至2022年5月在重庆医科大学附属第三医院皮肤整形美容中心9例AD患者及10名健康对照者的外周血,提取PBMC后以RNA转录组测序(RNA-seq)技术进行转录组测序及相对表达量测定,通过对差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)及蛋白互作网络(PPI)分析筛选出生物标志物候选基因并进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行初步验证。结果病例组患者的年龄[M(Q_(1),Q_(3))]为26.50(22.75,30.50)岁,病程[M(Q_(1),Q_(3))]为15(10,20)年。健康对照组的年龄[M(Q_(1),Q_(3))]为37.00(27.75,40.25)岁。相对于健康对照者,AD组共检测出DEGs 1044条,其中上调基因668条,下调基因376条,DEGs经差异可变剪切(AS)分析显示外显子选择性跳跃(46.74%)及外显子跳跃(31.01%)占比较大,GO富集分析显示DEGs主要与炎症反应相关,KEGG富集分析显示DEGs主要与细胞因子相互作用及信号通路相关。综合富集分析及PPI分析筛选出趋化因子C-C基序趋化因子配体4(CCL4)、C-C基序趋化因子受体3(CCR3)、C-X-C基序趋化因子受体5(CXCR5)、核因子κB抑制因子-α(NFKBIA)、C-X-C基序趋化因子配体1(CXCL1)、白细胞介素1B(IL-1B)、C-C基序趋化因子配体20(CCL20)、淋巴细胞抗原96(LY96)作为AD生物标志物的候选基因,qRT-PCR验证显示上述细胞因子及细胞因子受体mRNA相对表达量与转录组测序结果趋势一致。结论CCL4、CCR3、CXCR5、NFKBIA、CXCL1、IL-1B、CCL20、LY96可能为AD的潜在生物标志物,参与AD的发生及发展。