南方番茄病毒在海南省的发生分布及全基因组序列分析

病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发生分布情况,利用RT-PCR技术,对2015—2021年采自海南省的987份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测,结果表明:在9个市(县)的142份样品中检测到STV,早在2015年STV就已经在海南番茄上存在,检出率从2015年(8.82%)到2021年(22.45%)呈逐年上升趋势。同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到4个STV海南分离物的全长基因组,长度均为3446 nt,包含2个部分重叠的ORFs,ORF1(147~1280 nt)和ORF2(1048~3336 nt)分别编码p42蛋白(377 aa)和RdRp蛋白(762 aa),5′UTR和3′UTR的长度分别为146 nt和110 nt。序列一致性分析表明,4个STV海南分离物间基因组序列一致性为99.86%~100.00%,与目前GenBank公布的所有STV分离物基因组间序列一致性为98.45%~99.94%。基于全基因组序列构建的系统发育树显示,80个STV分离物被明显分为2个组(组Ⅰ和组Ⅱ),组Ⅰ包括亚洲、美洲、欧洲和非洲分离物;组Ⅱ中除1个亚洲分离物外,其他均为欧洲分离物;4个海南分离物被分在组Ⅰ,STV分离物的分组与地域呈一定的相关性,而与寄主无相关性。4个海南分离物与组Ⅰ分离物基因组序列变异度较高的区域位于881~1061 nt和1521~1721 nt,与组Ⅱ分离物基因组序列变异度较高的区域位于2041~2241 nt和2761~2921 nt。STV分离物基因组间未发现重组事件。这是在海南省首次报道发现STV。本研究结果有助于了解STV在海南省的分布、发生趋势及遗传多样性,为病害防控提供科学依据。

基于蔬菜核酸检测实验的探究性实验教学设计

以蔬菜中维生素C积累相关基因的检测为例,探索将操作难度相对较高的RNA相关的核酸检测实验应用于本科实验教学中。实践结果表明,学生们可顺利掌握蔬菜中核糖核酸(RNA)的提取、反转录合成互补DNA(cDNA)、PCR扩增检验目的基因表达等RNA相关的实验操作技能,达到了预期的教学目标。本实验项目的实施促进了学生们对多门学科知识的融会贯通,有助于其提高发现问题和解决问题的能力并形成探索精神和创新思维。这对培养具有创新创业实践能力的复合型人才具有重要的作用。

急性脑梗死外周血中Circ-BBS9的表达水平及临床意义

目的:检测急性脑梗死(ACI)中环状RNA-BBS9的表达水平,探讨其作为ACI早期诊断潜在生物标志物的可能性。方法:随机选取2021年1月至12月收治的34例ACI患者作为病例组,41例非ACI患者作为对照组,收集一般资料并采血行生信分析,筛选出差异性最大的Circ RNA作为目的基因,分析两组一般资料和目的基因表达水平与ACI发生的相关性;运用ROC曲线分析目的基因诊断ACI的价值。结果:病例组的男性占比、年龄、高血压病史率、冠心病病史率、吸烟史占比、饮酒史占比、血压水平均高于对照组(P<0.05)。差异性最大的Circ RNA为Circ-BBS9。病例组的Circ-BBS9表达水平低于对照组(P<0.05)。性别、年龄、高血压患病史、冠心病患病史、吸烟史、饮酒史、血压水平以及Circ-BBS9表达均是ACI发生的相关影响因素(P<0.05),其中Circ-BBS9表达水平与ACI发生呈负相关(P<0.05),其他因素与ACI发生呈正相关(P<0.05)。Circ-BBS9具有诊断ACI的价值。结论:Circ-BBS9是急性脑梗死发病的保护因素,Circ-BBS9的表达水平是影响ACI发生的独立因素,外周血检测Circ-BBS9具有预测ACI发病的潜在价值。

从牦牛乳中提取RNA用于乳腺特异蛋白编码基因的扩增

为建立从乳中提取RNA并扩增基因的方法,从4头麦洼牦牛混合乳中用超速离心法初步分离外泌体后,用TRIzol法提取其中的总RNA,经反转录后用PCR技术扩增乳腺上皮细胞3个特异基因的编码区序列并直接测序.结果显示,乳中提取的RNA质量较好,可以扩出κ-酪蛋白基因和β-乳球蛋白基因的完整编码区,长度分别为705 bp和636 bp,产物可直接测序,但未能扩增出乳铁蛋白基因.此外,本试验初步表明,从牦牛乳中提取RNA用于PCR扩增基因时,其循环数应在35循环到45循环之间.本研究建立了利用牦牛乳中外泌体提取RNA的新方法,提取的RNA可用于扩增基因和测序.

黏虫保幼激素结合蛋白基因MsJHBP3生物学功能及对黏虫生长发育的影响

保幼激素结合蛋白(juvenile hormone binding protein,JHBP)是一类载体蛋白,与保幼激素(juvenile hormone,JH)结合形成复合体后将保幼激素运送到靶器官处调控昆虫的生长发育。本试验在黏虫Mythimna separata转录组中获得7条保幼激素结合蛋白基因,筛选获得一条经保幼激素诱导后高表达的保幼激素结合蛋白MsJHBP3(GenBank登录号:MZ577068),c DNA全长为839bp,开放读码框长度729bp,编码242个氨基酸,氨基酸等电点为5.35,分子量为27.02kDa。不同发育阶段研究表明,Ms JHBP3在蛹期表达量最高,2龄表达量最低。RNA干扰处理4龄幼虫后6 h基因抑制效率最好,达79.72%。干扰后虫体内保幼激素含量为对照的1.14倍;羽化率和化蛹率均较对照组显著降低,羽化率下降7.42%,化蛹率下降3.75%;Ms JHBP3干扰后转录组测序数据分析共获得212个差异基因,其中105个上调基因,107个下调基因,其中保幼激素甲基转移酶基因、保幼激素环氧水解酶基因、保幼激素酯酶基因均上调。本研究表明MsJHBP3影响黏虫生长发育并参与调控JH代谢。本研究结果为黏虫生长发育关键基因的挖掘提供基础数据,为黏虫生物防治提供新的靶标基因和途径。

淹水胁迫下中国南瓜转录组及差异表达基因分析

近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:淹水胁迫后,耐涝型南瓜材料013-2叶片氧化酶基因相对表达量整体上调,均高于淹水敏感型南瓜材料367-2;013-2和367-2叶片鉴定出3231个差异表达基因,其中上调表达基因1778个,下调表达基因1453个。GO富集发现差异表达基因显著富集在光合作用、乙烯反应、磷酸信号转导系统、细胞对乙烯刺激的反应、乙烯激活信号通路等生物过程中;KEGG注释发现有947个差异表达基因被注释到121条代谢通路中,包括光合作用-天线蛋白、植物激素信号转导、MAPK信号通路、植物-病原体相互作用、苯丙烷类生物合成等。KEGG GSEA发现植物激素信号转导、昼夜节律、MAPK信号通路、植物-病原互作等基因集得最高分。研究结果可为进一步探索与南瓜耐涝相关的基因奠定基础。

蜜蜂慢性麻痹病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立慢性蜜蜂麻痹病毒(CBPV)快速诊断方法,本研究根据CBPV RNA依赖RNA聚合酶(RdRp)基因保守区设计特异性引物和TaqMan探针,建立了荧光定量RT-PCR检测方法。结果显示,以构建的重组质粒为标准品建立的TaqMan荧光定量PCR方法,标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数达0.998;该方法最低检出限为10拷贝/μL,与蜜蜂急性麻痹病毒等常见蜜蜂病毒无交叉反应,具有良好的灵敏性和特异性;组内和组间变异系数分别低于0.5%和2%,具有较好的稳定性。本研究建立的CBPV荧光定量RT-PCR检测方法,可用于实验室检测、流行病学调查和疫情监测。

不同性别滩羊背最长肌中肌肉发育相关LncRNA的筛选及分析

旨在从基因水平分析LncRNA对公母滩羊肌肉发育的影响,因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标,而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理,从而进行转录组测序分析,筛选与绵羊肌肉发育相关的LncRNA。通过对公母滩羊各3头(8月龄)的背最长肌组织进行全转录组测序(RNA-seq)和分析,从而筛选出可能与滩羊肌肉发育相关的LncRNA。结果显示:鉴定到的8513个LncRNAs中共筛选出45个组间差异表达LncRNAs,其中18个上调,27个下调。预测DELncRNA的co_location靶基因并进行GO功能富集分析结果显示:靶基因显著富集在268个GO条目中,其中有促生长激素分泌细胞分化、典型的Wnt受体信号通路参与对细胞凋亡过程的负向调节、对生长激素分泌的正向调节、cAMP介导的信号传递等条目;KEGG通路富集分析结果表明,DEGs富集在AMPK、NF-KB、PI3K-AKT、MAPK、cAMP、FOXO等信号通路,进一步筛选出TCONS_00017263、TCONS_00147966、TCONS_00163484、TCONS_00079802、TCONS_00079803这5个可能参与肌肉发育相关的LncRNA。对随机挑选的6个DELs进行实时荧光定量PCR验证,其结果的表达趋势与转录组测序结果趋势一致,进一步验证了测序结果的准确性。研究获得的这些DELncRNA可能造成了滩羊公母肌肉生长发育上的差异,同时这些相关LncRNA为调控肌肉发育提供了更多信息,并为今后宁夏地区不同性别滩羊肉用性能的分子育种提供了科学依据。

基于LiCl法优化酿酒葡萄叶片的RNA提取

为获得纯度高、质量好的酿酒葡萄植株叶片RNA以用于荧光实时定量分析,为后续以酿酒葡萄叶片RNA为材料研究相关转录水平的调控提供技术保障,以经典酿酒葡萄赤霞珠叶片为试验材料,比较分析了重蒸酚法、Trizol法、改良的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法和LiCl法(基于改良的SDS法)4种方法对酿酒葡萄叶片RNA提取的影响。结果表明,重蒸酚法提取RNA浓度较低,完整性较差,存在部分降解;Trizol法提取的RNA则有部分DNA污染;改良CTAB法提取浓度较高,但蛋白和DNA污染严重;LiCl法提取结果显示,28S的条带亮度是18S的2倍,条带无拖尾,完整性较好,存在DNA污染和少量的蛋白污染。进一步在LiCl法基础上利用醋酸钠、DNAase消化、苯酚抽提法进一步优化,并采用荧光实时定量验证,结果表明,醋酸钠的加入RNA质量无明显改善;然而,经氯仿和水饱和酚(体积比1∶1)抽提2次,氯仿抽提1次,氯仿和水饱和酚(体积比1∶1)抽提1次,并经DNAase进行消化,最终提取出质量浓度为173.611μg/mL、A_(260/280)为1.803纯度高、完整性较好且无蛋白和DNA污染的葡萄叶片总RNA;经实时荧光定量PCR进一步验证,该方法提取的RNA经反转录后获得较好的扩增曲线以及融解曲线,并能够对相关基因进行定量分析。

SAT-TB联合FQ-PCR检测在痰涂片阴性肺结核诊断中的效能

目的:分析RNA恒温扩增实时检测技术(SAT-TB)联合荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测在痰涂片阴性肺结核患者诊断中的效能。方法:选取2020年7月至2022年7月该院收治的75例疑似痰涂片阴性肺结核患者进行前瞻性研究。采集所有患者肺泡灌洗液标本,采用SAT-TB、FQ-PCR法进行检测,以结核分枝杆菌痰培养结果为“金标准”,比较SAT-TB、FQ-PCR单项及联合检测在痰涂片阴性肺结核诊断中的效能。结果:金标准结果显示,75例疑似痰涂片阴性肺结核患者中,阳性48例,阴性27例;SAT-TB检测结果显示,阳性36例,阴性39例;FQ-PCR检测结果显示,阳性37例,阴性38例;SAT-TB联合FQ-PCR检测结果显示,阳性47例,阴性28例;SAT-TB联合FQ-PCR检测诊断痰涂片阴性肺结核的灵敏度、准确度均高于SAT-TB、FQ-PCR单项检测诊断,漏诊率低于SAT-TB、FQ-PCR单项检测诊断,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:SAT-TB联合FQ-PCR检测诊断痰涂片阴性肺结核的效能高于二者单项检测诊断效能。

国产高敏HCV-RNA定量试剂与国产普敏及进口高敏试剂一致性分析

目的分析国产高敏HCV-RNA核酸检测试剂与国产普敏、进口高敏HCV-RNA核酸检测试剂的一致性。方法选取2021年1月至9月中国科学技术大学附属第一医院感染病医院检验科收录的丙肝患者临床样本165例,分别采用国产高敏HCV-RNA核酸检测试剂A与国产普敏HCV-RNA核酸检测试剂B进行HCV-RNA定量检测,对两种HCV-RNA定量检测试剂定量结果均为阳性的样本(≥500 IU/mL,87例)进行Bland-Altman一致性分析;选择稀释样本(15~500 IU/mL,60例),采用国产高敏HCV-RNA核酸检测试剂A与进口高敏HCV-RNA核酸检测试剂C进行HCV-RNA平行定量检测,对两种HCV-RNA定量检测试剂定量结果进行Bland-Altman一致性分析。结果Bland-Altman分析显示试剂A与试剂B定量值差值均值为(-0.0326)log_(10)IU/mL,95%置信区间为(-0.4626~0.3974)log_(10)IU/mL,95.4%(83/87)的样本检测值在95%置信区间内。试剂A与试剂C定量值差值均值为0.1800 log_(10)IU/mL,95%可信区间为(-0.0907~0.4506)log_(10)IU/mL,96.67%(58/60)的样本检测值在95%置信区间内。结论国产高敏定量试剂A与国产普敏定量试剂B在≥500 IU/mL检测结果具有一致性,国产高敏定量试剂A与进口高敏定量试剂C在15~500 IU/mL具有检测结果高度一致性。

基于微滴数字PCR技术建立单细胞水平研究HBV的方法

在单细胞水平研究肝组织内乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)是十分重要的,但相关研究技术尚处于推进阶段,不能满足临床需要。基于微滴数字聚合酶链反应技术(digital droplet polymerase chain reaction,ddPCR),本研究建立了一套单细胞水平绝对定量HBV DNA和RNA的单细胞微滴数字PCR方法(single-cell ddPCR,sc-ddPCR)。通过混合不同比例的HBV阳性和阴性细胞来模拟HBV慢性感染状态下的肝脏,分析此方法检测HBV DNA的线性和检测下限。以cccDNA来源RNA(episome-derived RNA,eRNA)为例,进一步设计针对eRNA的sc-ddPCR检测方案。利用不同来源转录本在结构上的差异,设计针对eRNA的特异性引物探针体系,在HBV肝癌细胞系中验证此引物和探针体系的特异度,并利用梯度稀释的HBV细胞株分析此方法检测eRNA的线性和检测下限。结果显示,本研究建立了基于ddPCR的DNA和RNA的单细胞水平检测方法,该方法表现出良好的线性(HBV DNA:R^(2)=0.9987;eRNA:R^(2)=0.9425),梯度稀释的HBV细胞株均能准确检测出阳性信号,具有高灵敏度(检测下限:HBV DNA为0.16%,eRNA为0.2%)。本研究建立的sc-ddPCR方法可针对多种DNA和RNA进行检测,为进一步研究肝组织内HBV病毒学活动提供了良好的技术支撑,可以更深入地分析肝组织内HBV的病毒学特征,从而有利于HBV治疗策略的优化和研发,具有广阔的应用前景。

广东省蒲瓜病毒种类鉴定及多重RT-PCR检测方法的建立

【目的】探明侵染广东省蒲瓜的病毒种类,建立一种可以同时检测多种蒲瓜病毒的RT-PCR检测方法,提高蒲瓜病毒种类鉴定效率,为蒲瓜病毒病的精准监测与防控提供依据。【方法】2018—2022年间,从广东省广州市、惠州市、清远市、汕头市和湛江市的蒲瓜主要种植区采集蒲瓜病毒病疑似样品78份,对采集的样品按照地区和症状进行分类,提取每份样品的总RNA,将一个地区具有相同症状样品的RNA等量混合后进行小RNA深度测序分析。根据小RNA深度测序分析结果,设计特异引物进行RT-PCR验证,从而明确侵染广东省蒲瓜的病毒种类。挑选6种检出率高、危害严重的蒲瓜病毒,根据GenBank数据库设计多重PCR检测引物,通过优化反应体系和反应条件,建立同时检测6种蒲瓜病毒的多重RT-PCR方法。【结果】从采集的78份蒲瓜疑似病毒病样品中,共检测到12种病毒,按照检出率从高到低分别为葫芦内源RNA病毒(Lagenaria sicerariaalphaendornavirus,LSEV)(64.1%)、黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)(62.8%)、小西葫芦虎纹花叶病毒(zucchini tigre mosaic virus,ZTMV)(51.3%)、西瓜绿斑驳花叶病毒(watermelon green mottle mosaic virus,WGMMV)(43.6%)、西瓜病毒A(watermelon virus A,WVA)(32.1%)、番木瓜环斑病毒(papaya ringspot virus,PRSV)(19.2%)、小西葫芦黄花叶病毒(zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)(9.0%)、瓜类蚜传黄化病毒(cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)(7.7%)、中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus,SLCCNV)(7.7%)、瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)(5.1%)、瓜类黄矮失调病毒(cucurbit yellow stunting disorder virus,CYSDV)(3.8%)、甜瓜黄斑病毒(melon yellow spot virus,MYSV)(1.3%)。78份样品中,复合侵染率高达80.8%,其中2、3、4、5、6和7种病毒复合侵染的检出率分别为14.1%、16.7%、23.1%、17.9%、7.7%和1.3%。在多重RT-PCR体系中先加入WVA+CCYV+ZTMV+PRSV引物,12个反应后再加入CGMMV+WGMMV引物,引物体积依次为WVA 0.5μL、CCYV 0.5μL、CGMMV 0.4μL、WGMMV 0.4μL、ZTMV 0.6μL、PRSV 0.6μL,从而确立了一种同时扩增6种病毒的多重RT-PCR检测方法。【结论】危害广东省蒲瓜的主要病毒有12种,其中CGMMV、ZTMV、WGMMV、WVA为优势病毒;复合侵染现象较普遍,以3、4和5种病毒的复合侵染形式占比较高;研发出一种同时检测蒲瓜上6种病毒的多重RT-PCR检测技术,提高了蒲瓜病毒种类鉴定效率。

侵染中国陕西南瓜的中国南瓜曲叶病毒的鉴定和全基因组分析

为明确南瓜叶片上卷、黄化的症状是否由病毒侵染引起,本研究采用小RNA深度测序对采集自陕西地区的南瓜叶片样品进行了鉴定。结果显示,侵染南瓜样品的病毒可能是中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus,SLCCNV)。经PCR扩增并且克隆测序获得了病毒的DNA-A和DNA-B组分的全基因组序列。序列比对发现,所克隆的DNA-A组分与SLCCNV海南分离物(SLCCNV-Hn61)DNA-A的一致性最高,为99.1%;DNA-B组分与SLCCNV-Hn61和三亚分离物SLCCNV-SY的DNA-B组分一致性最高,为96.8%。系统进化树分析发现所克隆的DNA-A和DNA-B组分分别与SLCCNV-Hn61和SLCCNV-SY的亲缘关系最近。以上研究结果表明侵染陕西南瓜叶片的病毒是SLCCNV的分离物。这是首次报道SLCCNV在陕西地区的危害,研究结果为当地经济作物南瓜的病害防控提供参考。

2019—2021年北京北苑地区流感病毒流行特征分析

目的分析北京北苑地区流感病毒的流行特征,为流感早期诊治及防控提供参考依据。方法收集北苑地区2019年1月至2021年12月流感样病例标本16974例,采用RNA恒温扩增—金探针层析技术(RGT)进行甲乙流病毒核酸检测,并对2021年5月至2021年12月期间492例乙流阳性样本进行荧光PCR分型检测。结果三年共检出流感病毒核酸阳性病例856例(5.04%),2019年显著高于2020年和2021年,差异有统计学意义(χ^(2)=163.363,P<0.05)。三年中,乙流阳性检出率显著高于甲流,差异有统计学意义(χ^(2)=114.039,P<0.05);流感病毒流行特点以冬春季节为主;主要感染人群为5~17岁年龄段儿童和青少年(31.43%);流感样病例阳性检出率,门诊(5.24%)高于住院(3.66%),差异有统计学意义(χ^(2)=9.467,P<0.05);2021年度乙流以Vitoria谱系为主流病毒株(99.6%)。结论2019至2021年北苑地区冬春季流感以乙流为主,以学龄期儿童和青少年感染率最高,应加强病原学监测,也表明乙型流感疫苗覆盖Vitoria谱系的的必要性。

马铃薯干旱相关microRNA的鉴定及其表达分析

马铃薯是世界第三大粮食作物,随着气候变暖以及淡水资源短缺,干旱成为制约其生长发育的重要因素。为了明确马铃薯响应干旱胁迫相关的microRNA(miRNA)及其靶基因的调控模式,利用small RNA测序技术、生物信息学方法和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对20%PEG6000模拟干旱处理0,1,3,6,12,24和48 h共7个时间点马铃薯组培幼苗的sRNA进行高通量测序、筛选和鉴定。从7个处理2个生物学重复共计14个样本中鉴定到621个miRNAs,包括308个已知miRNAs和313个新预测的miRNAs。其中250个已知miRNAs属于69个家族,166个新的miRNAs属于59个家族。miRNA长度分布在20~24 nt,其中主要集中在21和24 nt。差异表达分析共鉴定到40个差异表达的miRNAs,包括16个已知miRNAs和24个新的miRNAs。联合靶基因预测结果和干旱转录组数据,分别对16个已知和17个新miRNAs的81个和70个靶基因进行了功能注释,其主要参与生长代谢、胁迫响应、氧化还原反应及生物合成等过程;qRT-PCR分析结果与测序结果基本一致。研究为进一步挖掘马铃薯响应干旱胁迫的miRNA,以及阐明马铃薯中miRNA参与干旱响应的分子机制提供理论依据。

宫颈癌患者血清lncRNA XIST的表达及其意义

目的探讨血清长链非编码RNA(lncRNA)XIST在宫颈癌辅助诊断中应用的可能性。方法选取2018年12月至2019年12月南通大学附属肿瘤医院的92例初诊宫颈癌患者,60例宫颈上皮内瘤变(CIN)患者,38例子宫良性病变(子宫肌瘤、宫颈炎症)患者及54例体检健康者作为研究对象。分别用化学发光法和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测各组标本血清糖类抗原125(CA125)、人鳞状细胞癌相关抗原(SCCAg)水平和血清lncRNA XIST相对表达水平并进行方法学评价。分析血清lncRNA XIST相对表达水平与临床病理参数间的关系,并用受试者工作特征曲线评价血清lncRNA XIST、CA125、SCCAg单独与联合检测的诊断效能。结果宫颈癌组、CIN组、良性病变组血清lncRNA XIST相对表达水平高于对照组(P<0.01);宫颈癌组血清lncRNA XIST相对表达水平高于CIN组及良性病变组(P<0.01);CIN组与良性病变组血清lncRNA XIST相对表达水平比较差异无统计学意义(P>0.05)。不同年龄、绝经状态、肿瘤FIGO分期、淋巴结转移宫颈癌患者血清lncRNA XIST相对表达水平比较差异有统计学意义(P<0.05),不同肿瘤最大径宫颈癌患者血清lncRNA XIST相对表达水平比较差异无统计学意义(P>0.05)。lncRNA XIST鉴别宫颈癌患者与健康者的曲线下面积大于CA125、SCCAg单项检测,且其灵敏度达90.21%,优于SCCAg、CA125单项检测,两两联合和三者联合时灵敏度均得到提高,三者联合时最高达98.91%。宫颈癌患者血清lncRNA XIST相对表达水平与CA125、SCCAg水平均无相关性(P>0.05)。结论血清lncRNA XIST可以作为一种新的生物学标志物,用于宫颈癌的早期筛查;其相对表达水平可作为宫颈癌与CIN及子宫良性病变的辅助鉴别指标。

桃树病毒病RNA-seq检测分析

选择一桃园内的17份样品,利用转录组测序进行病毒及类病毒鉴定,并用qRT-PCR验证特定病毒的检测情况。结果表明,在17份样品中,共检出10种病毒,其中柑橘裂皮类病毒(CEVd)和桃病毒T(PeVT)感染率分别为58.82%和47.06%;其他8种病毒的感染率为5.88%~17.56%。17份样品中,仅1份种质没有病毒检出;有8份种质感染1种病毒;其余8份种质感染2~5种病毒。研究了解了桃产业的病毒病感染情况,对提出相应的防治措施提供参考。

Gentier96全自动医用PCR分析系统检测HBV-DNA及HCV-RNA的性能验证

目的 对实验室新购入设备Gentier96全自动医用PCR分析系统使用HBV-DNA及HCV-RNA定量检测项目进行性能验证。方法 通过检测HBV-DNA及HCV-RNA定量检测项目,对精密度、正确度、线性范围及抗干扰能力进行验证和评价。结果 该系统检测低水平和高水平HBV-DNA的实验室变异系数(CV)分别为4.12%、1.27%。低水平和高水平HCV-RNA的实验室变异系数(CV)分别为4.75%、1.46%。HBV-DNA国家标准物质GBW(E)090137(浓度编号S5)靶值的对数值3.15、GBW(E)090139(浓度编号S2)靶值的对数值6.66。HCV-RNA国家标准物质GBW(E)090140(浓度编号S5)靶值的对数值3.34、GBW(E)090142(浓度编号S3)靶值的对数值5.64,实测值与靶值的差异均在±0.4对数值范围内。该分析系统HBV-DNA定量检测在4.69×10~2.04×109范围内呈线性,线性回归方程为Y=0.9884X+0.1452,R2=0.9994。HCV-RNA定量检测在3.47×10~2.33×107范围内呈线性,线性回归方程为Y=0.9548X+0.3302,R2=0.9997。干扰物质血红蛋白(Hb)样本与对照组样本偏倚<±7.5%,表明常见抗干扰物质血红蛋白(Hb)浓度≤2g/dL时对HBV-DNA和HCV-RNA定量检测结果无影响。结论 Gentier96全自动医用PCR分析系统检测HBV-DNA及HCV-RNA已达到相关标准要求,可用于样本检测。

扩展青霉菌实时定量PCR内参基因挖掘与应用

实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术因其高效且便捷的特点在基因表达检测中被广泛应用。实时定量PCR结果数据处理策略之一是使用内参基因进行基因表达数据的标准化。文章基于扩展青霉菌孢子不同生长阶段的RNA-seq数据,挖掘和注释了694个稳定表达的候选内参基因;随机挑选出Knr4、Isy1、Spt5、Nucb、Hp1、Hp2、Whth、Hp3、Gph3、Pwi、Taf4、Hp4、Asy、GTPase在内的14个基因,以4、25℃条件下PDB培养基生长6、12、24、36 h的扩展青霉菌为材料,进行实时定量PCR实验。实时定量PCR数据基于geNorm和NormFinder 2种软件的综合分析,表明Isy1、Spt5、Nucb、Hp1适合作为内参基因。以Isy1和Spt5分别作为内参基因,检测Gh30基因在4、25℃条件下扩展青霉菌生长发育过程中的基因表达,显示出一致的基因表达水平,进一步验证了挖掘得到的内参基因的可靠性。该研究为扩展青霉菌的分子生物学研究提供了优良的内参基因,同时提供了一种高效的内参基因的挖掘和鉴定方法。