短尾派线粒体基因组特征及基因差异位点分析

分析了短尾派14个物种线粒体基因组全序列,初步揭示了短尾派线粒体基因组的基本特征。短尾派线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组相比,发生了大规模的基因重排;然而,trnH基因的易位是短尾派14个物种所共有的,从而可以视作短尾派线粒体基因组的一个共同衍征。绒螯蟹属和青蟹属所有13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值均远远低于1,显示出很强的纯化(负)选择。从线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析可以看出,在短尾派和青蟹属群体遗传学的研究中,nad5、nad4和nad2基因可以作为coxl基因辅助的分子标记;而在绒螯蟹属群体遗传学的研究中,nad5和nad4基因可以作为coxl基因辅助的分子标记。

海胆纲线粒体基因组特征及基因差异位点分析

研究了海胆纲6个线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因。6个海胆线粒体基因组的基因排列完全相同。海胆纲和球海胆属线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析表明,差异位点数最多的基因为nad5基因,其次为nad4基因和cox1基因。因此,在海胆纲和球海胆群体遗传学的研究中,nad5、nad4和cox1基因是理想的分子标记,用于分析海胆内部不同群体之间的遗传多样性。

中国沿海多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)与四指马鲅(E.tridactylum)形态与遗传位点差异分析

多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)与四指马鲅(Eleutheronema tridactylum)是四指马鲅属(Eleutheronema)中的名贵经济鱼类,具有良好的养殖开发前景。本文对中国沿海多鳞四指马鲅与四指马鲅群体的26个形态特征值进行了多变量比较分析,提取了7个主成分,累计贡献率达到91.112%,前三个主成分贡献率分别为28.759%、21.467%、15.469%。多鳞四指马鲅与四指马鲅形态差异主要体现在头背部、尾柄部、背腹轴及头尾轴的特征。利用4个形态学参数建立了2群体判别公式,综合判别准确率高达100%,可作为多鳞四指马鲅与四指马鲅物种资源的初步判定方法。另外,利用简化基因组测序开发出多鳞四指马鲅与四指马鲅SNP标记69207个、In Del标记12884个,丰富了四指马鲅属鱼类遗传结构研究数据。本研究为进一步开展四指马鲅数属物种资源评估与保护、选育、功能基因研究提供基础资料。

美加明和六烃季铵在交感神经元烟碱受体上作用位点的差异

为比较美加明 (mecamylamine,MEC)和六烃季铵 (hexamethonium ,HEX)在交感神经元烟碱受体上作用位点的差异 ,实验用膜片钳全细胞记录技术研究了MEC和HEX对交感神经元烟碱诱发电流的抑制作用。在培养的颈上神经节细胞上 ,MEC和HEX拮抗烟碱作用的IC50 分别为 0 0 0 12和 0 0 0 95mmol/L ,并且都加速烟碱受体脱敏。在 - 3 0、 - 70和 - 110mV钳制电压下 ,MEC和HEX抑制烟碱诱发电流的作用有电压依赖性。但在每隔 3min连续给药的情况下 ,MEC的作用有使用依赖性而HEX没有 。

等位基因差异特异性PCR检测HBVDNA的前C区1896突变位点及其临床意义

为了探讨ＨＢＶ前Ｃ区 １８９６突变位点检测的临床意义，采用３－末瑞等位基因差异特异性ＰＣＲ方法对９５例乙型肝炎病毒感染者的ＨＢＶＤＮＡ１ ８９６位点进行基因型（野生株／突变株）的检测，结果显示：总突变率为６４．２％，总野生率为５５．８％，纯野生型和纯突变型的检出率分别为２８．４％和２７．４％；不同临床类型的乙肝病毒感染者均可出现突变，其野生型、突变型和混合感染型的检出率之间的比较无显著性差异（Ｐ＞０．０５），急性乙肝与慢性乙肝、携带者、肝硬化和肝癌的总突变率存在差异（Ｐ＜０．０５）；血清不同ＨＢｅ系统均可发生突变．抗－ ＨＢｅ阳性组的突变率显著高于ＨＢｅＡｇ阳性和ＨＢｅ系统阴性组（Ｐ＜０．０５），提示：机体感染了ＨＢＶ后．变异主要是发生在慢性持续性感染过程中．突变株逐渐替代了野生株并成为优势株．使宿主得以持续感染ＨＢＶ。

基于AMEL基因位点差异的水牛性别PCR鉴别方法

【目的】建立检测不同性别水牛染色体AMEL基因位点差异的PCR鉴别方法,为水牛早期胚胎性别鉴定及水牛分离精子重分析提供简便可靠的检验手段。【方法】采用PCR扩增不同性别水牛染色体中的AMEL基因,Clone Manager 9.0软件分析序列差异,BLASTn程序分析基因同源性,MEGA 6.06软件构建系统发育进化树。【结果】以水牛血液基因组DNA为模板、amel B1为引物,引物退火温度60℃,公水牛可扩增出两条清晰条带,长度分别为376（AMEL-X基因）和304 bp（AMEL-Y基因）;母水牛仅扩增出1条清晰条带,长度为376 bp（AMEL-X基因）。与AMEL-X基因相比,水牛AMEL-Y基因缺失155-226区域的72 bp,同时存在20个基因型多态位点。临床检测结果证实,基于AMEL基因的PCR鉴别结果与实际性别的吻合率达100%,amel B1引物的灵敏度为0.5 ng模板量。BLASTn比对分析结果显示,水牛AMEL-X和AMEL-Y基因与不同哺乳动物的对应序列存在高度保守性,其相似性均接近或高于90%,与牛存在最近的亲缘关系。【结论】AMEL基因在哺乳动物中高度保守,且在不同性别水牛中呈多态性特征,以其作为分子靶标建立的水牛性别PCR鉴定方法切实可行,为水牛早期胚胎性别鉴定及水牛分离精子重分析提供了一个更便捷、高效的检验手段。

恒河猴植入位点差异基因筛选及蛋白激酶H11的克隆

采用cap-finder全长cDNA扩增技术和抑制消减杂交(SSH)相结合的方法研究了恒河猴胚胎植入初始时期子宫内膜植入位点与非植入位点的基因表达差异情况.在准确获取妊娠9.5 d恒河猴植入位点和非植入位点子宫内膜后,用SSH建立了植入位点消减cDNA文库,从中随机挑选了1440个克隆,通过点杂交获得了179个在植入位点高表达的克隆,经测序和与基因库(Gen-Bank／EMBL)比对分析,证实其中102个克隆对应于人或恒河猴的52个同源基因,75个克隆对应于人的58个EST,另外2个克隆没有找到对应的同源基因,推测为新的基因.对其中最高频率出现的差异表达基因-蛋白激酶H11,通过cDNA末端快速扩增(RACE)法克隆得到了它的全长cDNA序列.与人的蛋白激酶H11相比,cDNA序列同源性达到94％,所编码的蛋白质序列同源性为83％.

同工酶差异位点分析在蔬菜杂交种纯度检测中的应用

用 10种同工酶和蛋白质分析体系 ,分析了 7种重要蔬菜的 71个杂交种与其亲本之间的差异位点以及这些差异位点用于杂交种纯度检测的可能性和存在的问题。试验表明 ,作物的不同种类 ,杂交种与亲本之间的亲缘关系以及作物种类的遗传多态性 ,都会影响同工酶差异位点产生的多寡 ,从而影响到这一技术是否能用于此种作物的纯度检测。分析了不同同工酶在不同蔬菜中的多态性以及在蔬菜种子纯度检测中的表现。

对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析

通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA,进而采用步移测序、序列拼接获得2个对虾类线粒体基因组的全序列。结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线粒体基因组,初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征。6个对虾类线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列完全一致。对虾类线粒体基因组所有的主编码基因中,变异程度最高的是nad2和nad6基因。因此,nad2和nad6基因可以作为coxl基因辅助的分子标记,为对虾类生物多样性的保护及对虾类生物资源合理、高效利用等诸多方面提供参考。

消费评价因素与品牌定位点的差异分析——以大闸蟹为例

论文结合从淘宝、京东等主要网络销售平台收集的400例数据,对网络购物中消费者售后评价因素与品牌定位点差异的现象进行分析,指出广泛利用普适性因素进行定位、品牌定位点与竞争参照系统距离不够、形式差异大于实质差异是消费者售后评价因素与品牌定位诉求不一致的重要原因,提出了解决这一问题的途径或方法是:从UGC内容中分析提炼品牌差异化的定位点、提升品牌定位的深度和广度,保持品牌定位与竞争参照系统的足够距离,以及维持和强化主导品牌定位、确保品牌定位在各授权品牌之间有效延续等。

运动能力相关基因位点与个体差异关联研究

在运动能力相关基因位点的研究中，人种和地域的差异造成的基因多态分布特征不同，会造成不同的关联结果。因此，根据目前国内外对相关基因位点在不同人种中的差异进行概括，为寻求我国运动员相匹配的基因住点提供参考。

空间环境诱导秀丽隐杆线虫差异表达基因位点分布的研究

目的研究不同空间环境中差异表达基因位点在秀丽隐杆线虫染色体上的分布特征。方法利用基因位点可视化软件对经空间飞行环境、空间辐射及微重力处理的秀丽隐杆线虫全基因组表达谱进行分析,统计差异表达基因位点数量、比例,并通过指数模型分析其分布特征。结果空间飞行环境较辐射或微重力环境能够诱导更多的基因发生差异表达,差异表达基因分布也更为集中;在三种空间环境中均为Ⅴ号染色体上差异表达基因数量最多,而不同的空间环境中分别在Ⅱ号,Ⅲ号和Ⅴ号染色体上比例最高,在Ⅰ号和Ⅴ号染色体上差异表达基因分布最集中。结论空间环境诱导的秀丽隐杆线虫差异表达基因位点分布特征具有环境特异性,且染色体间存在环境敏感性差异。

确定香稻差异度、均一性和稳定性时制图序列示踪的微卫星位点标记的适用性

目前测定作物品种的差异度、均一性和稳定性(这3者略称为DUS)主要依靠一组形态性状；这一组性状的缺点是个数有限且与环境间有互作等。以DNA为基础的标记例如序列示踪的微卫星位点(STMS)用于确定DUS时的潜力是值得进行研究的。本研究从水稻基因组的12个连锁群体中选出一组(含有55个)制图微卫星位点标记，用来检测了包括商业上重要的Basmati品种在内的23个香稻基因型的差异度。

软粒和硬粒小麦品种间籽粒品质差异的遗传位点

硬粒和软粒小麦间的杂交可能是小麦品种改良的一种新的变异源。众所周知，在软粒和硬粒六倍体小麦品种（Triticum aestivum L．）间存在面粉和面包烘烤品质的差异；本研究鉴定了与这种差异有关的基因组区域。用硬粒春小麦品种Grandin与软粒春小麦品种ACReed杂交，繁殖成了含有101个加倍单倍体品系的1个群体。

高原与平原饲养条件下麦洼牦牛RNA编辑位点的鉴定与分析

为了揭示牦牛在高原与平原饲养条件下的RNA序列分子编辑位点、类型及功能,进而为牦牛的臀肌组织生长、发育、分化及与环境相互作用等研究提供更多的信息,试验将10头麦洼牦牛随机均分成平原组和高原组,每组5头,分别于2018年12月14日—2019年5月12日(冷季)在四川省广汉市(海拔为600 m,平原组)和四川省阿坝藏族羌族自治州红原县(海拔为3 500 m,高原组)进行舍饲栓系和放牧饲养,饲养期间每30 d称量体重1次;试验结束后,屠宰试验牛,取其臀肌组织,通过Illumina HiSeq^(TM)4000测序平台进行高通量测序,利用SPRINT、 JACUSA、RNA-DNA差异位点(RDDs)和RNA-RNA差异位点(RRDs)探测RNA编辑位点(REs),并对REs进行分类、对其所在基因进行GO功能注释及变异风险评估。结果表明:平原组体重在试验第60天时显著高于高原组(P<0.05),90~150天时极显著高于高原组(P<0.01)。总计发现4 351个REs,以A>G、G>A、C>T和T>C编辑类型为主;平原组REs主要富集在大分子代谢过程,高原组REs主要富集在核仁中;仅在平原组中含有2个高风险编辑位点,使ADCY2基因提前终止蛋白质翻译,进而可能影响磷酸化及糖原合成和分解。说明牦牛RNA编辑模式受环境调控,能够影响牦牛臀肌组织的生长发育。

一种鉴别栽培柿品种SNP标记的新方法

【目的】为了鉴别栽培柿品种间的遗传差异,开发一种基于核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA internally transcribed spacer)序列简单、高效的SNP分子标记新方法,为种质的收集、利用及推广应用提供参考。【方法】以18种六倍体栽培柿品种叶片为试材,对其ITS区进行扩增测序,并分析序列差异,最后用Sau96 I限制性内切酶对151处杂合位点进行酶切验证。【结果】18份柿品种ITS长度均为730 bp,共存在6个杂合位点,分别在151、168、205、278、279和622 bp处。六倍体柿杂合位点处碱基峰图面积比例存在一定的规律,即C∶T=2∶1、C∶T=1∶1、C∶T=1∶2和A∶G=1∶1,利用出现的杂合位点及其峰图面积比例规律差异将18份栽培柿品种分成11类。【结论】151处位点的酶切结果验证了酶切产物浓度与峰图面积比例一致。这种基于nrDNAITS序列SNP分子标记的新方法能将18份栽培柿品种分成11类。

泛癌症DNA甲基化位点聚类分析

当前对脱氧核糖核苷酸甲基化的研究大多局限在单一疾病中单个基因或者某个较小的区域.针对这一局限,提出了一种基于聚类的甲基化分析方法,从泛癌症角度、在全基因组水平上挖掘甲基化模式.首先对多种癌症进行差异甲基化位点筛选;然后对差异甲基化位点进行聚类;最后进行生物富集分析.在泛癌症项目提供的6种癌症上进行了实验研究,通过筛选得到2 184个差异甲基化位点,通过聚类得到9个甲基化簇.在甲基化簇中进行的模式分析结果显示,不同类型的癌症在甲基化模式上存在共性,甲基化和基因表达之间关系较为复杂,不是单纯的正负相关关系.富集分析结果表明,该项研究得到的基因集合在多个癌症的通路中存在显著富集.

利用RAPD标记对桃不同类群的遗传差异比较

运用RAPD(randomamplifiedpolymorphicDNA)技术对桃属中 2 0 3份试材进行了研究 ,并对其中的砧木类、寿星桃类、碧桃类、垂枝桃类、红叶桃类、硬肉桃类、蜜桃类、水蜜桃类、蟠桃类、油桃类和黄肉桃类采用多态标记、标记频率、扩增位点变异系数、各位点的相关性的比较 ,结果如下 :寿星桃、垂枝桃、红叶桃和碧桃为较原始类 ,而硬肉桃、蜜桃、水蜜桃、蟠桃、油桃和黄肉桃为较进化类 ,且它们相关联程度大 在遗传多样性方面 ,砧木类最高 ;红叶桃、蜜桃、蟠桃和黄肉桃次之 ;寿星桃、碧桃、垂枝桃。

皱纹盘鲍杂交群体与自然种群遗传差异的研究

利用RAPD技术对皱纹盘鲍自然种群和杂交养殖群体进行了遗传差异分析,共检测到173个位点.在自然种群和杂交群体之间及两个杂交群体之间都存在差异,并得到一些群体的特异性片段.利用PopGen32软件计算了各个群体的多态位点比例、平均遗传杂合度、Shannon多态性指数和群体间的遗传距离.结果表明,杂交群体的遗传多样性高于自然群体,从遗传多样性角度揭示了皱纹盘鲍杂种优势的存在.

部分耐盐小麦品种(系)SSR位点遗传多样性研究

选择有多态性的32对SSR引物对80个小麦耐盐品种(系)进行遗传差异研究,共检测出155个等位变异,平均每个位点上有4.75个等位变异;供试80份耐盐小麦品种(系)来源广泛,遗传基础丰富,表现出较高的遗传多样性,遗传相似系数范围在0.26-0.81;聚类分析结果显示,冬性小麦品种(系)聚为一大类;春性小麦品种(系)也聚为一大类;一些系谱相同或相近的品种(系)遗传相似系数较大;A、B、D基因组中SSR位点平均等位变异差异不大,以B基因组较高。