小鼠早期胚胎发育过程中母源基因降解相关内源性小干扰RNA筛选与鉴定

为探究endo-siRNA在小鼠胚胎母源基因降解过程中的功能,通过生物信息学分析对小鼠母源基因和对应小RNA作筛选与鉴定,研究发现近三分之二母源基因为小RNA靶标。母源基因在早期胚胎发育过程中表达模式分析表明endo-siRNA与母源基因表达呈较强负相关,预示endo-siRNA在母源基因降解过程中具有重要功能。验证表明, endo-siRNA可在转录后水平调控母源mRNA水平,调控母源基因降解。研究结果为哺乳动物母胚转换的相关研究提供理论基础。

柯萨奇病毒B3型感染引起HeLa细胞内源性小干扰RNA的变化

探究柯萨奇病毒B3型(Coxsackie virus type B3,CVB3)感染的细胞是否诱导内源性小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)的产生。以CVB3接种HeLa细胞,在细胞培养箱(5%CO 2、37℃)孵育1 h。随后加入含2%血清的细胞维持液,继续培养3 h和6 h后收集细胞。用高通量测序(二代测序)试剂盒提取细胞RNA,并反转录合成cDNA,构建文库,上机测序。过滤数据,去除插入片段过长的序列、低质量序列、poly A序列和小片段序列,与已知的小RNA数据库比对鉴定siRNA。通过茎-环反转录-聚合酶链反应,证实内源性siRNA在感染CVB3后的表达。结果显示,感染CVB33 h和6 h后,HeLa细胞产生了多种内源性siRNA。其中内源性siRNA(novel_sir3502和novel_sir2806)在感染后3 h和6 h均可持续表达。经比对,novel_sir3502和novel_sir2806均可以识别45S和28S核糖体前体RNA。结果提示,CVB3感染可能干扰核糖体成熟。

应用RNA干扰沉默猪内源性反转录病毒

目的:尝试应用RNA干扰(RNAi)沉默猪源PK-15细胞中的猪内源性反转录病毒(PERV),并通过反转录酶活性及pol基因相对荧光定量PCR检测沉默效果。方法:依据GenBank公布的PERV pol基因序列,采用Invitro-gen公司的BLOCK-iT RNAi Designer软件设计Stealth小干扰RNA(siRNA)序列;将合成的siRNA转染PK-15细胞,72 h后检测细胞上清PERV反转录酶活性及细胞内pol基因拷贝数并评价沉默效果。结果:反转录酶活性及pol基因拷贝数检测结果表明,设计的3条Stealth siRNA序列中,位于pol基因3272～3296 bp的序列能有效沉默PERV。结论:RNAi方法可有效使猪源PK-15细胞中的PERV沉默,为进一步研究天然抗病毒分子与PERV的相互作用提供了实验基础,同时也为猪源异种移植研究中去除PERV提供了一种可供尝试的方法。

胆固醇修饰的小干扰RNA静脉注射可抑制小鼠内源性apoB基因表达[英]／Soutschek J…／／Nature．

小干扰RNA(siRNA)分子可特异性抑制靶基因的表达，常规方法制备的siRNA不稳定，生物利用度低，组织分布范围窄，限制了其在体内的应用。载脂蛋白B(ApoB蛋白)是参与小鼠及人胆固醇代谢的重要蛋白质，主要由肝脏产生。本文针对小鼠及人apoB基因设计siRNA，并对其3’端进行胆固醇修饰，观察修饰的siRNA分子在体内的药物动力学以及在小鼠内抑制apoB基因表达的效率。

RNA干扰技术新进展

20世纪90年代初，科学家在矮牵牛花中导入与花青素合成有关的查尔酮合成酶基因，原以为转基因的牵牛花会变得更鲜艳，结果却发现一些花反而变成白色，这种现象引起人们的高度关注，之后的研究将这种过度表达内源基因而引发的基因沉默称为共阻遏。

内源性siRNA对RAB5A和RABEX5表达的抑制作用

目的研究内源性的siRNA对RAB5A和RABEX5表达的抑制作用。方法利用siRNA表达载体pS ilencerTM2.1U6-neo对RAB5A和RABEX5基因分别构建3个特异的siRNA表达载体,并将表达载体分别转染人卵巢癌高转移细胞HO-8910PM。应用逆转录-聚合酶链反应和蛋白印迹检测转染前后HO-8910PM细胞中RAB5A和RABEX5的表达情况,并用荧光免疫细胞化学技术对干扰效率最好的载体进行验证。结果在构建的6个siRNA表达载体中,pS ilencer/siRAB5A-1和pS ilencer/siRAB5A-2对RAB5A表达的抑制率分别为90%和70%,pS ilencer/siRAB5A-3对RAB5A表达没有抑制作用。pS ilencer/siRABEX5-1、pS ilencer/siRABEX5-2和pS ilencer/siRABEX5-3对RABEX5表达的抑制率分别为30%、50%和90%。结论成功构建了对RAB5A和RABEX5表达具有抑制作用的siRNA表达载体,为进一步研究RAB5A和RABEX5的生物学功能提供了实验工具。

RNA干扰技术及在妇科肿瘤研究中的应用

RNA干扰(RNAi)是生物体内由具有同源性的双链RNA(doublestrandedRNA,dsRNA)引发的序列特异的转录后基因沉默机制。RNAi主要通过体外合成的dsRNA导入细胞或在细胞内产生的dsRNA被核酸酶Dicer切割成21～25nt的小干扰RNA(siRNA),由siRNA介导识别并靶向切割同源mRNA分子而实现。该技术能够快速、高效、特异地抑制靶基因的表达。RNAi技术为肿瘤的研究和治疗开辟了一条新的通路。就该项技术及在妇科肿瘤研究中的应用做一综述。

RNA干扰技术及其在乳腺癌研究中的应用

RNA干扰（RNA interference，RNAi）也称转录后的基因沉默（post—transcriptional—gene silencing，PTGS），是指将外源性或内源性双链RNA（double stranded RNA，dsR—NA）导入细胞后引起与该段RNA同源的mRNA产生特异性降解，其相应的基因受到抑制。

RNA干扰在乳腺癌研究中的应用

RNAi（RNA interference）是指内源性或外源性双链RNA（double—stranded RNA，dsRNA）分子在基因转录水平上关闭相应序列基因转录所致的细胞内有效的、特异性的基因封闭。RNAi现象广泛存在于生物界，是生物体抵御病毒或其他外来核酸人侵而保持自身遗传稳定的保护性机制，1998年，

长链非编码RNAs在抗病毒固有免疫中研究进展

长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)作为一类重要的调控分子,在表观遗传学、转录及转录后等多水平参与免疫反应调控。在抗病毒固有免疫反应中,lncRNAs主要通过与蛋白质、DNA、微小RNA、信使RNA等互作来发挥调节作用;与此同时,病毒亦可通过自身lncRNAs作用于宿主参与免疫逃逸。本文概括了lncRNAs在调控抗病毒固有免疫中的重要作用和相关机制,以及lncRNAs在宿主-病毒互作中免疫逃逸等最新研究进展,以期对病毒感染性疾病提供新的研究思路和诊疗方法。

microRNA及其在心血管疾病中的作用研究进展

microRNA是一类长22个核苷酸左右的进化保守的内源性非编码单链RNA小分子。自1993年Lee等发现第一个被称为lin-4的microRNA以来，研究者对microRNA的生物合成、功能及作用机制进行了大量研究。目前，人们已经鉴别出500多个人类microRNA，它与RNA干扰（RNAi）一起被认为是RNA研究的又一次革命。

RNAi技术在肿瘤研究中的应用

外源性或内源性双链RNA(Double-stranded RNA,dsRNA)在细胞导致与其同源的mRNA分子发生特异性降解,从而干扰相应基因的表达,这种现象被称为RNA干扰(RNA interference,RNAi).

小RNA高通量测序数据分析方法

本文应用Perl语言和My SQL数据库构建了小RNA高通量测序数据分析平台,以4个水稻数据集为分析对象,详细介绍了小RNA高通量测序数据的处理方法和流程。我们以MSU 6.1水稻基因组为参考,构建了该版本的全基因组结构及已知nc RNAs位点信息数据库,结合Perl脚本可以实现小RNA在基因组上的详细定位与统计,同时我们从数据库中提取已知pre-mi RNAs表达特征,设计了一个新的mi RNAs挖掘方法,该方法可以筛选出大量的新mi RNAs,其中已知mi RNAs命中率可以达到98%。针对水稻小RNA种类的多样性,我们对mi RNAs和endo-si RNAs的鉴别也给予了探讨和说明。本文设计的高通量测序数据分析平台,方法简单高效,以数据库作为存储和查询媒介,能够实现多位点reads的分析,可以得到灵活多样的数据统计结果。依照本文的方法同样可以构建其他模式物种的小RNA数据分析平台,在高通量测序逐渐普及的将来,本文的方法对中小实验室建立自己的数据分析平台具有实践指导意义。

微小RNA和肿瘤

微小RNA(miRNA)是内源性的干扰RNA。它通过抑制基因转录后的表达调控基因功能,从而影响细胞的生理过程。其中有些miRNA如mir-155,mir-15、mir-16等可能和肿瘤有关。

植物非编码小RNA研究进展(英文)

在植物和动物中存在着大量非编码小RNA,它们通过对靶标mRNA直接切割或在转录后抑制其翻译对基因表达起调控作用.本文主要综述了该领域在以下2方面的研究进展.1)微RNA(miRNA)介导的具有相位排列的小干扰RNA(phasiRNA):由miRNA介导的phasiRNA可由编码和非编码位点产生;介绍了phasiRNA产生的模式特征,以及phasiRNA和miRNA的进化机制.2)介绍了最近出现的内源miRNA诱捕靶标(endogenous target mimics,eTMs)研究进展,包括利用人工诱捕靶标检验miRNA的功能,通过生物信息学方法在全基因组水平计算识别eTMs等.