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RNAstructure软件不同版本对FORS-D分析的影响
被引量:
2
1
作者
张驰宇
李全双
+4 位作者
曹威
成婧
俞倩
孙金燕
魏继福
《江苏大学学报(医学版)》
CAS
2006年第4期294-297,309,共5页
目的:研究RNAstructure两个不同版本(4.2和3.6版)对FORS-D分析的影响。方法:以H IV-1 CRF01_AE基因组为对象,将其分隔成连续的含200碱基的片段,两个连续片段之间互相重叠150碱基。用序列打乱程序将每个片段打乱成10个碱基组成相同的随...
目的:研究RNAstructure两个不同版本(4.2和3.6版)对FORS-D分析的影响。方法:以H IV-1 CRF01_AE基因组为对象,将其分隔成连续的含200碱基的片段,两个连续片段之间互相重叠150碱基。用序列打乱程序将每个片段打乱成10个碱基组成相同的随机片段。用RNAstructure软件分别计算每个片段核酸二级结构的最小自由能。结果:两个不同版本RNAstructure软件获得的FONS、FORS-M和FORS-D值在基因组上具有完全一致的分布。用Z检验分别比较两组数据的平均值,发现4.2版获得的FONS(P<0.05)和FORS-M(P<0.01)值明显低于3.6版,而对FORS-D(Z=0.127 1,P>0.05)值没有明显影响。另外,发现GC含量不是两个版本软件造成FONS(P=0.29)和FORS-M(P=0.40)差异的主要因素。结论:使用不同版本的RNAstructure不会影响FORS-D值,但因4.2版可以产生更稳定的二级结构,并具有更高的预测准确性,使用RNAstructure 4.2版进行FORS-D分析将是更好的选择。
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关键词
rnastructure
FORS-D分析
二级结构潜能
最小自由能
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职称材料
软件预测和MAST技术筛选mRNA反义核酸靶点的比较
被引量:
4
2
作者
毛建平
Zicai LIANG
毛秉智
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第3期399-407,共9页
基因mRNA的结构靶点筛选是反义核酸药物研发的一个难题 .兔 (Oryctolaguscuniculus) β珠蛋白基因mRNA的结构靶位点通过运用MAST技术筛选获得 ,和计算机软件RNAstructure3 71模拟分析的位点进行了比较 ,也和寡核苷酸微阵列杂交技术筛选...
基因mRNA的结构靶点筛选是反义核酸药物研发的一个难题 .兔 (Oryctolaguscuniculus) β珠蛋白基因mRNA的结构靶位点通过运用MAST技术筛选获得 ,和计算机软件RNAstructure3 71模拟分析的位点进行了比较 ,也和寡核苷酸微阵列杂交技术筛选获得的靶点结果 (M .Natalie ,1 997)进行了比较 ,显示 :据MAST技术获得的兔 β珠蛋白基因 2个反义核酸结合靶位点 ,和用RNAstructure3 71软件给出的模拟分析的 2个靶位点相同 ,且它们与寡核苷酸微阵列杂交技术的结果完全一致 .运用MAST技术筛选获得绿色荧光蛋白 (GFP)mRNA有 4个结构靶位点 ,体外分析表明这 4个靶位点均有效 ,其中有 3个与RNAstructure3 71软件分析的靶点相同 ,但计算机模拟推荐的结构靶位点较多 ,而且随着基因长度增加确认靶位点的难度增大 ,获得的靶位点还需要实验验证 ,计算机软件模拟分析对实验筛选靶点、设计反义核酸有辅助价值 .MAST方法能筛选各种长度基因mRNA的全部可及位点和准确给定核苷酸的起止位置以供设计反义核酸 ,具有简单快捷的优点 ,将能为反义核酸设计起重要作用 .
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关键词
MRNA
rnastructure
3.71
MAST
Β珠蛋白
GFP
可及位点
反义核酸
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职称材料
题名
RNAstructure软件不同版本对FORS-D分析的影响
被引量:
2
1
作者
张驰宇
李全双
曹威
成婧
俞倩
孙金燕
魏继福
机构
江苏大学医学技术学院
江苏省人民医院中心实验室
出处
《江苏大学学报(医学版)》
CAS
2006年第4期294-297,309,共5页
基金
江苏省自然科学基金-创新人才启动资助项目(BK2006550)
江苏大学高级人才启动资助项目(2281270002)
江苏大学大学生科研资助项目(A095)
文摘
目的:研究RNAstructure两个不同版本(4.2和3.6版)对FORS-D分析的影响。方法:以H IV-1 CRF01_AE基因组为对象,将其分隔成连续的含200碱基的片段,两个连续片段之间互相重叠150碱基。用序列打乱程序将每个片段打乱成10个碱基组成相同的随机片段。用RNAstructure软件分别计算每个片段核酸二级结构的最小自由能。结果:两个不同版本RNAstructure软件获得的FONS、FORS-M和FORS-D值在基因组上具有完全一致的分布。用Z检验分别比较两组数据的平均值,发现4.2版获得的FONS(P<0.05)和FORS-M(P<0.01)值明显低于3.6版,而对FORS-D(Z=0.127 1,P>0.05)值没有明显影响。另外,发现GC含量不是两个版本软件造成FONS(P=0.29)和FORS-M(P=0.40)差异的主要因素。结论:使用不同版本的RNAstructure不会影响FORS-D值,但因4.2版可以产生更稳定的二级结构,并具有更高的预测准确性,使用RNAstructure 4.2版进行FORS-D分析将是更好的选择。
关键词
rnastructure
FORS-D分析
二级结构潜能
最小自由能
Keywords
rnastructure
FORS-D analysis
secondary structure potential
minimum free energy
分类号
R222.2 [医药卫生—中医基础理论]
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职称材料
题名
软件预测和MAST技术筛选mRNA反义核酸靶点的比较
被引量:
4
2
作者
毛建平
Zicai LIANG
毛秉智
机构
军事医学科学院放射医学研究所
Center for Genomics and Bioinformatics
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第3期399-407,共9页
基金
国家自然科学基金 (No.3 0 2 715 46)
北京市自然科学基金 (No.5 0 3 3 0 2 0 )
军事医学科学院回国启动基金资助~~
文摘
基因mRNA的结构靶点筛选是反义核酸药物研发的一个难题 .兔 (Oryctolaguscuniculus) β珠蛋白基因mRNA的结构靶位点通过运用MAST技术筛选获得 ,和计算机软件RNAstructure3 71模拟分析的位点进行了比较 ,也和寡核苷酸微阵列杂交技术筛选获得的靶点结果 (M .Natalie ,1 997)进行了比较 ,显示 :据MAST技术获得的兔 β珠蛋白基因 2个反义核酸结合靶位点 ,和用RNAstructure3 71软件给出的模拟分析的 2个靶位点相同 ,且它们与寡核苷酸微阵列杂交技术的结果完全一致 .运用MAST技术筛选获得绿色荧光蛋白 (GFP)mRNA有 4个结构靶位点 ,体外分析表明这 4个靶位点均有效 ,其中有 3个与RNAstructure3 71软件分析的靶点相同 ,但计算机模拟推荐的结构靶位点较多 ,而且随着基因长度增加确认靶位点的难度增大 ,获得的靶位点还需要实验验证 ,计算机软件模拟分析对实验筛选靶点、设计反义核酸有辅助价值 .MAST方法能筛选各种长度基因mRNA的全部可及位点和准确给定核苷酸的起止位置以供设计反义核酸 ,具有简单快捷的优点 ,将能为反义核酸设计起重要作用 .
关键词
MRNA
rnastructure
3.71
MAST
Β珠蛋白
GFP
可及位点
反义核酸
Keywords
mRNA,
rnastructure
3 71, MAST, β globin, GFP, accessible site, antisense RNA
分类号
Q523 [生物学—生物化学]
Q751 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
RNAstructure软件不同版本对FORS-D分析的影响
张驰宇
李全双
曹威
成婧
俞倩
孙金燕
魏继福
《江苏大学学报(医学版)》
CAS
2006
2
下载PDF
职称材料
2
软件预测和MAST技术筛选mRNA反义核酸靶点的比较
毛建平
Zicai LIANG
毛秉智
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
4
下载PDF
职称材料
已选择
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