RNAstructure软件不同版本对FORS-D分析的影响

目的:研究RNAstructure两个不同版本(4.2和3.6版)对FORS-D分析的影响。方法:以H IV-1 CRF01_AE基因组为对象,将其分隔成连续的含200碱基的片段,两个连续片段之间互相重叠150碱基。用序列打乱程序将每个片段打乱成10个碱基组成相同的随机片段。用RNAstructure软件分别计算每个片段核酸二级结构的最小自由能。结果:两个不同版本RNAstructure软件获得的FONS、FORS-M和FORS-D值在基因组上具有完全一致的分布。用Z检验分别比较两组数据的平均值,发现4.2版获得的FONS(P<0.05)和FORS-M(P<0.01)值明显低于3.6版,而对FORS-D(Z=0.127 1,P>0.05)值没有明显影响。另外,发现GC含量不是两个版本软件造成FONS(P=0.29)和FORS-M(P=0.40)差异的主要因素。结论:使用不同版本的RNAstructure不会影响FORS-D值,但因4.2版可以产生更稳定的二级结构,并具有更高的预测准确性,使用RNAstructure 4.2版进行FORS-D分析将是更好的选择。

软件预测和MAST技术筛选mRNA反义核酸靶点的比较

基因mRNA的结构靶点筛选是反义核酸药物研发的一个难题 .兔 (Oryctolaguscuniculus) β珠蛋白基因mRNA的结构靶位点通过运用MAST技术筛选获得 ,和计算机软件RNAstructure3 71模拟分析的位点进行了比较 ,也和寡核苷酸微阵列杂交技术筛选获得的靶点结果 (M .Natalie ,1 997)进行了比较 ,显示 :据MAST技术获得的兔 β珠蛋白基因 2个反义核酸结合靶位点 ,和用RNAstructure3 71软件给出的模拟分析的 2个靶位点相同 ,且它们与寡核苷酸微阵列杂交技术的结果完全一致 .运用MAST技术筛选获得绿色荧光蛋白 (GFP)mRNA有 4个结构靶位点 ,体外分析表明这 4个靶位点均有效 ,其中有 3个与RNAstructure3 71软件分析的靶点相同 ,但计算机模拟推荐的结构靶位点较多 ,而且随着基因长度增加确认靶位点的难度增大 ,获得的靶位点还需要实验验证 ,计算机软件模拟分析对实验筛选靶点、设计反义核酸有辅助价值 .MAST方法能筛选各种长度基因mRNA的全部可及位点和准确给定核苷酸的起止位置以供设计反义核酸 ,具有简单快捷的优点 ,将能为反义核酸设计起重要作用 .